View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8061_low_31 (Length: 393)

Name: NF8061_low_31
Description: NF8061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8061_low_31
NF8061_low_31
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (1-387)||(28567878-28568267)
chr3 (1-393)||(28574700-28575107)
chr3 (1-393)||(28579752-28580160)
chr3 (1-393)||(26315754-26316165)
chr3 (165-393)||(28585899-28586127)
chr3 (1-133)||(28586185-28586317)
chr3 (196-364)||(20617093-20617261)
chr3 (16-125)||(20618387-20618496)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (165-393)||(24071320-24071548)
chr6 (193-393)||(24079216-24079416)
chr6 (1-132)||(24071657-24071788)
[»] scaffold0870 (1 HSPs)
scaffold0870 (1-147)||(4822-4971)
[»] scaffold0889 (1 HSPs)
scaffold0889 (1-108)||(4618-4728)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (38-114)||(2600805-2600881)
chr2 (197-316)||(2601423-2601542)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 1 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 28568267 - 28567878
Alignment:
Q  1 tcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctat---tgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaaga 97  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||    
T  28568267 tcttgaaaatctgcatttgatattgaacaccaatcctataattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttgctgaga 28568168  T
Q  98 caaggaggccactatgtcaatgcaggtttgtttaatacagatcctctccacatttgaatatatatatttagtaatataatgactaactataattgttgtg 197  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28568167 caaggaggccattacgtaaatgcaggtttgtttaatacagatcctctccaaaattgaatatatatatttagtaataaaatgactaactataattgttgtg 28568068  T
Q  198 cagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgtttgaagaaaaacatggtgaggatgtgaaaggtctcattgccctttacgaagcatcgcaact 297  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28568067 tagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgtttgaagaaaaacatggtgaggatgtgaaaggtctcattgccctttacgaagcatcgcaact 28567968  T
Q  298 aagtattgaaggagaagattgtcttaacgatgttggaaacctctgttgtgagcttctacatgcatggttgtcaagaaacaaagaacataa 387  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28567967 aagtattgaaggagaagatagtcttaacgatgtaggatatctctgctgtgagcttctacatgcatggttgtcaagaaaccaagaacataa 28567878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 28575107 - 28574700
Alignment:
Q  1 tcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaagacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28575107 tcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctgagacaa 28575008  T
Q  101 ggaggccactatgtcaatgcaggtttgtttaatacagatcctctccacatttgaatatata---------------tatttagtaatataatgactaact 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  | |||||| ||||||||||| |||               |||||||||||||| |||||||||    
T  28575007 ggaggccactatgtcaatgcaggttagtttaattcgtaccctctctacatttgaatacataattttactataggagtatttagtaatatagtgactaact 28574908  T
Q  186 ataattgttgtgcagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgtttgaagaaaaacatggtgaggatgtgaaaggtctcattgccctttacga 285  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  28574907 ataattgttgtgtagatttatttgacagcttgaagtgcaacaaaagaatgtttgaagaaaaacatggtgaggatttgaaaggcctcattgccctttacga 28574808  T
Q  286 agcatcgcaactaagtattgaaggagaagattgtcttaacgatgttggaaacctctgttgtgagcttctacatgcatggttgtcaagaaacaaagaacat 385  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||  ||||||||||||||   ||| | ||||||||| ||||||||    
T  28574807 agcatcacaactaagtattgacggagaagatagtcttaacgatgtaggatatctctgccgtgagcttctacataattggctatcaagaaaccaagaacat 28574708  T
Q  386 aatgaagc 393  Q
    ||||||||    
T  28574707 aatgaagc 28574700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 28580160 - 28579752
Alignment:
Q  1 tcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaagacaa 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  28580160 tcttgaaaaactacatttgatattgaacaacaatcctattgattttgtaagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttgctgagacaa 28580061  T
Q  101 ggaggccactatgtcaatgcaggtttgtttaatacagatcctctccacatttgaatatata----------------tatttagtaatataatgactaac 184  Q
    |||||||| || || |||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||||                || ||||||||||| ||||||||    
T  28580060 ggaggccattacgtaaatgcaggttagtttaatacgtaccctctccacatttgaatatataatttactaggagtatttagttagtaatatagtgactaac 28579961  T
Q  185 tataattgttgtgcagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgtttgaagaaaaacatggtgaggatgtgaaaggtctcattgccctttacg 284  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| || || || |||||||| ||| | |||||||    
T  28579960 tataattgttgtgtagatttatttgacagcttgaagtggaacaaaagaatgttgaaagaaaaacatggagaagaagtaaaaggtctaattacactttacg 28579861  T
Q  285 aagcatcgcaactaagtattgaaggagaagattgtcttaacgatgttggaaacctctgttgtgagcttctacatgcatggttgtcaagaaacaaagaaca 384  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||  ||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||||||    
T  28579860 aagcatcacaactaagtattgaaggagaagatagtcttaacgatgtaggatatctctgccgtgagcttctacatggatggctatcaagaaaccaagaaca 28579761  T
Q  385 taatgaagc 393  Q
    |||||||||    
T  28579760 taatgaagc 28579752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 26316165 - 26315754
Alignment:
Q  1 tcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaagacaa 100  Q
    |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  26316165 tcttgagaagctatattcgatattgaacaccaatcctaatgattttatgagtatccatgaactctacgaagttgcacttgcattccgcttgctcagacaa 26316066  T
Q  101 ggaggccactatgtcaatgcaggtttgtttaatacagatcctctccacatttgaatatatatatt-----------------tagtaatataatgactaa 183  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||  |  |||||||||||||||||||||| ||                 |||||||||| |||||||    
T  26316065 ggaggacattatgtaaatgcaggttagtttaatacttacactctccacatttgaatatatattttactataagtattttagttagtaatatagtgactaa 26315966  T
Q  184 ctataat--tgttgtgcagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgtttgaagaaaaacatggtgaggatgtgaaaggtctcattgcccttt 281  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  26315965 ctataatattgttttgcagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgttcgaagaaaaacatggcgaggatgtgaaaggtctcgttgcccttt 26315866  T
Q  282 acgaagcatcgcaactaagtattgaaggagaagattgtcttaacgatgttggaaacctctgttgtgagcttctacatgcatggttgtcaagaaacaaaga 381  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| || | ||| ||||||| ||||||| |||| |||||||| || ||||    
T  26315865 acgaagcatcacaactaagtattgaaggagaagatagtcttaacgatttaggatacgtttgtcgtgagctactacatggatggctgtcaagacaccaaga 26315766  T
Q  382 acataatgaagc 393  Q
    ||||||| ||||    
T  26315765 acataatcaagc 26315754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 165 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 28586127 - 28585899
Alignment:
Q  165 ttagtaatataatgactaactataattgttgtgcagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgtttgaagaaaaacatggtgaggatgtgaa 264  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||    
T  28586127 ttagtaatatagtgaccaactataattgttgtgtagatttatttgacagcttgaagtggaacaaaagaatgttgaaagaaaaacatggcgaggatgtcaa 28586028  T
Q  265 aggtctcattgccctttacgaagcatcgcaactaagtattgaaggagaagattgtcttaacgatgttggaaacctctgttgtgagcttctacatgcatgg 364  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||  ||||||||||||||| ||||    
T  28586027 aggtcttattgctctttacgaagcatcacaactaagtattgaaggagaagatagtcttaacgatgtaggatatctctgccgtgagcttctacatggatgg 28585928  T
Q  365 ttgtcaagaaacaaagaacataatgaagc 393  Q
     | ||||||||| ||||||||||||||||    
T  28585927 ctatcaagaaaccaagaacataatgaagc 28585899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 28586317 - 28586185
Alignment:
Q  1 tcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaagacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| || |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  28586317 tcttgaaaagctacatttgacattgaacaccaattcaattgattttgcgagtagccatgaaatctatgaagttgcacttgcattccgcttgctgagacaa 28586218  T
Q  101 ggaggccactatgtcaatgcaggtttgtttaat 133  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  28586217 ggaggccattacgtaaatgcaggtttgtttaat 28586185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 196 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 20617261 - 20617093
Alignment:
Q  196 tgcagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgtttga-agaaaaacatggtgaggatgtgaaaggtctcattgccctttacgaagcatcgca 294  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |||  |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||    
T  20617261 tgcagagttatttgactgcttgaagtgtagcaaaa-aatcattgagagtaaaatatggtgaggatgtgaaaggtctcattgccttgtatgaagcatccca 20617163  T
Q  295 actaagtattgaaggagaagattgtcttaacgatgttggaaacctctgttgtgagcttctacatgcatgg 364  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || ||| | ||  ||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  20617162 actaagtattgaaggagaagatggtctcaatgatttagggtacctcagttgtgagcttcttcaagcatgg 20617093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 16 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 20618496 - 20618387
Alignment:
Q  16 tttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaagacaaggaggccactatgtc 115  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||    
T  20618496 tttgatattgagcagcaatccaattgattttgttagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgtttgctcagacaaggaggctattatgtc 20618397  T
Q  116 aatgcaggtt 125  Q
    ||||||||||    
T  20618396 aatgcaggtt 20618387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 165 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 24071548 - 24071320
Alignment:
Q  165 ttagtaatataatgactaactataattgttgtgcagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgtttgaagaaaaacatggtgaggatgtgaa 264  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24071548 ttagtaatgtagtgactaactataattgttgtgtagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgtttgaagaaacacatggtgaggatgtgaa 24071449  T
Q  265 aggtctcattgccctttacgaagcatcgcaactaagtattgaaggagaagattgtcttaacgatgttggaaacctctgttgtgagcttctacatgcatgg 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  24071448 aggtctcattgccctttacgaagcatcgcaactaagtattgaaggagaagatcatcttaacgatgtaggatacctctgttgtgaacttttacatgcatgg 24071349  T
Q  365 ttgtcaagaaacaaagaacataatgaagc 393  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  24071348 ttgtcaagaaatcaagaacataatgaagc 24071320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 193 - 393
Target Start/End: Original strand, 24079216 - 24079416
Alignment:
Q  193 ttgtgcagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgtttgaagaaaaacatggtgaggatgtgaaaggtctcattgccctttacgaagcatcg 292  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24079216 ttgtgtagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgtttgaagaaaaacatggtgaggatgtgaaaggtctcattgccctttacgaagcatcg 24079315  T
Q  293 caactaagtattgaaggagaagattgtcttaacgatgttggaaacctctgttgtgagcttctacatgcatggttgtcaagaaacaaagaacataatgaag 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  24079316 caactaagtattgaaggagaagatcatcttaacgatgtaggatacctctgttgggaacttttacatgcatggttgtcaagaaatcaagaacataatgaag 24079415  T
Q  393 c 393  Q
    |    
T  24079416 c 24079416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 24071788 - 24071657
Alignment:
Q  1 tcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaagacaa 100  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  24071788 tcttgaaaacttgcatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgagtagccatgaactctatcaagttgcacttgcattccgcttgctcagacaa 24071689  T
Q  101 ggaggccactatgtcaatgcaggtttgtttaa 132  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  24071688 ggaggccattatgtaaatgcaggtatgtttaa 24071657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0870 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0870
Description:

Target: scaffold0870; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 147
Target Start/End: Original strand, 4822 - 4971
Alignment:
Q  1 tcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctat---tgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaaga 97  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||    
T  4822 tcttgaaaatctgcatttgatattgaacaccaatcctataattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttgctgaga 4921  T
Q  98 caaggaggccactatgtcaatgcaggtttgtttaatacagatcctctcca 147  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4922 caaggaggccattacgtaaatgcaggtttgtttaatacagatcctctcca 4971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0889 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0889
Description:

Target: scaffold0889; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 4618 - 4728
Alignment:
Q  1 tcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctat---tgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaaga 97  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||    
T  4618 tcttgaaaatctgcatttgatattgaacaccaatcctataattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttgctgaga 4717  T
Q  98 caaggaggcca 108  Q
    |||||||||||    
T  4718 caaggaggcca 4728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 38 - 114
Target Start/End: Original strand, 2600805 - 2600881
Alignment:
Q  38 attgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaagacaaggaggccactatgt 114  Q
    |||||||||||  |||||||||||||| ||||| || | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2600805 attgattttgtccatagccatgaactccatgaagttgcgcttacatttcgcttgctaagacaaggaggccactatgt 2600881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 316
Target Start/End: Original strand, 2601423 - 2601542
Alignment:
Q  197 gcagatttatttgacagcttgaagtgtaacaaaagaatgtttgaagaaaaacatggtgaggatgtgaaaggtctcattgccctttacgaagcatcgcaac 296  Q
    |||||| ||||||||||||||| || |||||| ||||  |||   ||||||  |||||||||||||||  ||||||||||  | || ||||| || || |    
T  2601423 gcagatatatttgacagcttgatgtttaacaagagaaattttagtgaaaaatttggtgaggatgtgaagagtctcattgctatgtatgaagcctcccagc 2601522  T
Q  297 taagtattgaaggagaagat 316  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  2601523 taagtattgagggagaagat 2601542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University