View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8065_low_4 (Length: 358)

Name: NF8065_low_4
Description: NF8065
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8065_low_4
NF8065_low_4
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-346)||(29453455-29453800)
chr1 (4-345)||(29443475-29443825)
chr1 (1-208)||(29423049-29423256)
chr1 (4-328)||(29467934-29468273)
chr1 (252-345)||(29422941-29423034)
[»] chr2 (40 HSPs)
chr2 (4-345)||(9315647-9316007)
chr2 (4-339)||(9284344-9284703)
chr2 (14-156)||(10335692-10335834)
chr2 (222-345)||(11987865-11987989)
chr2 (222-345)||(12012927-12013051)
chr2 (49-159)||(9061358-9061468)
chr2 (49-159)||(9291755-9291865)
chr2 (167-309)||(10371503-10371644)
chr2 (4-159)||(9320815-9320970)
chr2 (48-159)||(11987685-11987796)
chr2 (49-345)||(10347401-10347707)
chr2 (48-159)||(12012750-12012858)
chr2 (52-156)||(12019090-12019194)
chr2 (40-156)||(8579695-8579811)
chr2 (49-159)||(8573725-8573835)
chr2 (179-330)||(9294990-9295144)
chr2 (209-345)||(9320599-9320736)
chr2 (4-153)||(9364467-9364616)
chr2 (4-111)||(7115799-7115906)
chr2 (41-159)||(9328432-9328550)
chr2 (178-345)||(9364245-9364409)
chr2 (49-150)||(10371679-10371780)
chr2 (240-345)||(12019285-12019388)
chr2 (25-345)||(9065789-9066135)
chr2 (257-345)||(9291566-9291655)
chr2 (48-159)||(12006316-12006427)
chr2 (46-159)||(10352942-10353055)
chr2 (57-159)||(9274333-9274435)
chr2 (209-335)||(9061545-9061675)
chr2 (209-345)||(9328228-9328355)
chr2 (51-159)||(10341182-10341293)
chr2 (293-345)||(12006543-12006595)
chr2 (260-335)||(9274200-9274276)
chr2 (48-108)||(16268952-16269012)
chr2 (250-337)||(8573934-8574024)
chr2 (211-324)||(9272296-9272410)
chr2 (289-345)||(10352738-10352794)
chr2 (168-245)||(10335589-10335665)
chr2 (290-334)||(10341038-10341082)
chr2 (290-345)||(19393258-19393318)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (53-159)||(41966911-41967017)
chr8 (175-345)||(41967066-41967236)
[»] scaffold0667 (2 HSPs)
scaffold0667 (211-345)||(4073-4208)
scaffold0667 (48-156)||(4289-4394)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (209-345)||(37462098-37462236)
chr3 (50-144)||(37462313-37462410)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (49-144)||(45230256-45230351)
chr7 (49-131)||(45243531-45243613)
chr7 (49-158)||(45237760-45237869)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (289-344)||(26574525-26574580)
chr4 (54-156)||(561019-561121)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 29453455 - 29453800
Alignment:
Q  1 agcttattcgagcgatggaagtatggttctgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29453455 agcttattcgagcgatggaagtatggttctgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaagga 29453554  T
Q  101 attcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccaccttccttccccaggaaagagaatcatacaagcaagagaaggtactccttat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29453555 attcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccaccttccttccccaggaaagagaattatacaagcaagagaaggtactccttat 29453654  T
Q  201 ttattatctgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaagcaaattgaattc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29453655 ttattatctgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaagtaaattgaattc 29453754  T
Q  301 ttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctaccta 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29453755 ttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctaccta 29453800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 4 - 345
Target Start/End: Original strand, 29443475 - 29443825
Alignment:
Q  4 ttattcgagcgatggaagtatggttctgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaatt 103  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||    
T  29443475 ttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaatt 29443574  T
Q  104 cctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccaccttccttccccaggaaagagaatcatacaagcaagagaaggtactccttattta 203  Q
    ||||   | ||||| || || |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |    
T  29443575 cctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttctttccccaggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattga 29443674  T
Q  204 ttatctgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag--caaat-------t 294  Q
    ||| |||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||  |||||       |    
T  29443675 ttacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattct 29443774  T
Q  295 gaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29443775 gaattcttatcataggacaaggattctctaattattttgaagtctctacct 29443825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 29423256 - 29423049
Alignment:
Q  1 agcttattcgagcgatggaagtatggttctgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29423256 agcttattcgagcgatggaggtatggttctgttgcaagtagatcctgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttcaagga 29423157  T
Q  101 attcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccaccttccttccccaggaaagagaatcatacaagcaagagaaggtactccttat 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  29423156 attcctaatttcgatcaagccatgatttgtgttggaagtcttgtatcaccttccttccctaggaaggagaatcgcacaagcaagagaaggtacttcttat 29423057  T
Q  201 ttattatc 208  Q
    | ||||||    
T  29423056 tgattatc 29423049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 4 - 328
Target Start/End: Original strand, 29467934 - 29468273
Alignment:
Q  4 ttattcgagcgatggaagtatggttctgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaatt 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||    
T  29467934 ttattcgagcgatggaagtatggttctgtttgaagtagaccatgagaagttgttttggtatgatctcaagagtgaacatgttaattatgttgaaggaatt 29468033  T
Q  104 cctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccaccttccttccccaggaaagagaatcatacaagcaagagaaggtactccttattta 203  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||| |    
T  29468034 cctaatttgaatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtaccaccttccttccctaggaacgagaatcgcacaagcaagagaaggtacttcttattga 29468133  T
Q  204 ttatctgagttttt---------gctctgtataagttaatttca--gttcaatagatccatcatatgatat-----atgcagttaaactttatgttaaaa 287  Q
    || |||||||||||         | | ||||||||||||| |||  ||| ||| || | ||||||||||||     ||||||||||||| |  |||||||    
T  29468134 ttgtctgagttttttgagtttttgttatgtataagttaatatcacagtt-aatggacctatcatatgatatgatatatgcagttaaactct--gttaaaa 29468230  T
Q  288 g--caaattgaattcttattatagaacaaggattctctaatta 328  Q
    |  ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  29468231 ggtcaaattgaattcttattataggacaatgattctctaatta 29468273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 252 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 29423034 - 29422941
Alignment:
Q  252 atcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag--caaattgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||||  ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29423034 atcatatgatatatctagttaaactct--gttaaaaggtcaaattgaattcttattatatgacaatgattctctaattattttgaagtctctacct 29422941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 121; Significance: 6e-62; HSPs: 40)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 9316007 - 9315647
Alignment:
Q  4 ttattcgagcgatggaagtatggttctgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaatt 103  Q
    |||||| || || ||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||  | | |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  9316007 ttattctagtgacggaagtaaggttctattggaaatagattgtaagaagctgttttggtgtgacttgatgagtgaacaagttatttatgttgaaggaatt 9315908  T
Q  104 cctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccaccttccttcccc---------------aggaaagagaatcatacaagcaaga--- 185  Q
     ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||                | ||| |||||||||||||||||||       
T  9315907 tctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttgtaccaccttccttccctgttgattattgtaggaagaaggagaatcatacaagcaagaaca 9315808  T
Q  186 ---gaaggtactccttatttattatctgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgt 282  Q
       |||||||||   ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||| ||||     
T  9315807 agagaaggtact---tatatattatttgagtttttgctatgtataagttaatgtcagttcaatggacccatcatatgatataagtagttaaactctatgc 9315711  T
Q  283 taaaag-caaattgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  9315710 taaaggtcaaattgaattcttattataggacaaggattccctaattactttaaattctctacct 9315647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 4 - 339
Target Start/End: Original strand, 9284344 - 9284703
Alignment:
Q  4 ttattcgagcgatggaagtatggttctgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaatt 103  Q
    |||||| || ||||| |||| |||||| || ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  9284344 ttattctagtgatggtagtaaggttctattagaaatagattgtaagaagctggtttggtatgatttgaagagtgagcaagttatttatgttgaaggaatt 9284443  T
Q  104 cctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccaccttccttccc---------------caggaaagagaatcatacaagcaaga--- 185  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||                | ||| ||||||| |  ||||||||       
T  9284444 cctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttgtgccaccttccttccctgttgataattctagtaagaaggagaatcgtttaagcaagagca 9284543  T
Q  186 ---gaaggtac-tccttatttattatctgag-tttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttat 280  Q
       |||||||| || ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  9284544 agagaaggtacttctttattgattatctgagttttttgctttgtataagttaattttagtttaatggacccatcatataatttatgtagttaaactttat 9284643  T
Q  281 gttaaaag-caaattgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtct 339  Q
     ||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  9284644 attaaaggtcaaattgaattcttattatcggacaaggagtctccaattactttgatgtct 9284703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 14 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 10335834 - 10335692
Alignment:
Q  14 gatggaagtatggttctgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcg 113  Q
    |||||||||| |||||| |||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  10335834 gatggaagtaaggttctattggaaatcgattgtaagaagttgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcctaatttgg 10335735  T
Q  114 atcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccaccttcctt 156  Q
    || |  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  10335734 atgacactatgatttgtgttggaagtcttgtttcaccttcctt 10335692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 222 - 345
Target Start/End: Original strand, 11987865 - 11987989
Alignment:
Q  222 tgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag-caaattgaattcttattatagaacaaggattc 320  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||     
T  11987865 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatgtgatatatgtagttaaactttatgttaaaggtcaaattgaattcctattataggacaaggattt 11987964  T
Q  321 tctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  11987965 tctaattactttgaagtctctacct 11987989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 222 - 345
Target Start/End: Original strand, 12012927 - 12013051
Alignment:
Q  222 tgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag-caaattgaattcttattatagaacaaggattc 320  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||  |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12012927 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatgtagttagactccatgttaaaggtcaaattgaattcttattataggacaaggattc 12013026  T
Q  321 tctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  12013027 tctaattactttgaagtctctacct 12013051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 159
Target Start/End: Original strand, 9061358 - 9061468
Alignment:
Q  49 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgcca 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||| ||  ||    
T  9061358 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtctcgtatca 9061457  T
Q  149 ccttccttccc 159  Q
    |||| ||||||    
T  9061458 cctttcttccc 9061468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 9291865 - 9291755
Alignment:
Q  49 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgcca 148  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| | |||    
T  9291865 gaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttctacca 9291766  T
Q  149 ccttccttccc 159  Q
    |||||||||||    
T  9291765 ccttccttccc 9291755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 167 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 10371644 - 10371503
Alignment:
Q  167 gagaatcatacaagcaagagaaggtactccttatttattatctgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatg 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  || ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  10371644 gagaatcatacaagcaagagaaggtacttattgttt--taactgagtttttgttgtgtataagttaatatcagttcaatggatccatcatattatatatg 10371547  T
Q  267 cagttaaactttatgttaaaag-caaattgaattcttattatag 309  Q
    |||||||||| | ||||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  10371546 cagttaaactctgtgttaaaggtcaaattgaattcttatcatag 10371503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 9320970 - 9320815
Alignment:
Q  4 ttattcgagcgatggaagtatggttctgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaatt 103  Q
    ||||||||| |||||||  | |||| |||||   ||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  9320970 ttattcgagtgatggaaaaaaggttttgttgagggtagatgctgagaagctgttttggtatgatttgaagagtgcacaagttagttatgttgaaggaatt 9320871  T
Q  104 cctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccaccttccttccc 159  Q
    ||| ||||| ||  || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9320870 cctgatttccatggagttatgttttgtgttggaagtcttgtcccaccttccttccc 9320815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 48 - 159
Target Start/End: Original strand, 11987685 - 11987796
Alignment:
Q  48 agaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgcc 147  Q
    |||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11987685 agaagctggtttggtatgatttgaagagtgaacaatttagttatgttgacggaattcctaaattcgatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtacc 11987784  T
Q  148 accttccttccc 159  Q
    ||| ||||||||    
T  11987785 accctccttccc 11987796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 49 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 10347707 - 10347401
Alignment:
Q  49 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcct---aatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtg 145  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||   ||| |  || || ||||| |||||||||||||||||||     
T  10347707 gaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcctcctaatatgaatgaaactatgttttgtgttggaagtcttgtc 10347608  T
Q  146 ccaccttccttccc---------------caggaaagagaatcatacaagcaagagaaggtactccttatttattatctgagtttttgctctgtataagt 230  Q
    ||||||||||||||                | ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| | |||||||||    
T  10347607 ccaccttccttccctgttgataatcgtaggaagaaggagaatcatccaagcaagagaaggtacttcttattgtttaactgagtttttgttgtgtataagt 10347508  T
Q  231 taatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaagcaaattgaattcttattatagaaca-aggattctctaattac 329  Q
    | || |||||||||| ||   ||||||| ||||||||||||||||| |||        |||||||||||||||| |||| | | || ||| |||||||||    
T  10347507 t-atatcagttcaatggacttatcatatcatatatgcagttaaactctat--------caaattgaattcttatcataggatagagtattttctaattac 10347417  T
Q  330 tttgaagtctctacct 345  Q
    |||||||||| |||||    
T  10347416 tttgaagtctttacct 10347401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 48 - 159
Target Start/End: Original strand, 12012750 - 12012858
Alignment:
Q  48 agaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgcc 147  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12012750 agaagctggtttggtatgatttgaagagt---caagttagttatgttgaaggaattcctaatttcgatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtacc 12012846  T
Q  148 accttccttccc 159  Q
    ||| ||||||||    
T  12012847 accctccttccc 12012858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 52 - 156
Target Start/End: Original strand, 12019090 - 12019194
Alignment:
Q  52 gctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccacct 151  Q
    |||| ||||||||||| | |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12019090 gctggtttggtatgatttgaagagtcagcaagttagttatgttgaaggaattcctaatttcgatgaagccatgatttgtgttggaagtcttgtaccacct 12019189  T
Q  152 tcctt 156  Q
    |||||    
T  12019190 tcctt 12019194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 40 - 156
Target Start/End: Original strand, 8579695 - 8579811
Alignment:
Q  40 agattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagt 139  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||      
T  8579695 agattgtaagaagctgttttggtatgatctcaaaagtgaagaagttacttgtgttcaaggaattcctaatttcaatgaaactatgatttatgttggaacc 8579794  T
Q  140 cttgtgccaccttcctt 156  Q
    ||| | |||||||||||    
T  8579795 cttctaccaccttcctt 8579811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 49 - 159
Target Start/End: Original strand, 8573725 - 8573835
Alignment:
Q  49 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgcca 148  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||   ||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  8573725 gaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaagtcagttatgttgaaggaattcctaattggaatgcagctatgttttgtgttggaagtcttgtacca 8573824  T
Q  149 ccttccttccc 159  Q
    |||| ||||||    
T  8573825 cctttcttccc 8573835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 179 - 330
Target Start/End: Original strand, 9294990 - 9295144
Alignment:
Q  179 agcaagagaaggtactcctt-atttattatctgagttttt-gctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaact 276  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||| || ||||  ||||||||    
T  9294990 agcaagagaaggtacttctttattgattatctgagttttttgctttgtataagttaattttagtttaatggacccatcatataatttatgtggttaaact 9295089  T
Q  277 ttatgttaaaag-caaattgaattcttattatagaacaaggattctctaattact 330  Q
     |||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||    
T  9295090 ctatgctaaaggtcaaattgaattcttattataggacaggggttctctaattact 9295144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 209 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 9320736 - 9320599
Alignment:
Q  209 tgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag-caaattgaattcttattat 307  Q
    |||||||||||| ||||| |||| || ||| |||||| || ||||||||||||||||  ||||||||| |||| || | | ||||||||||| |||||||    
T  9320736 tgagtttttgctatgtattagttgatgtcaattcaatggacccatcatatgatatattaagttaaactctatgctataggtcaaattgaatttttattat 9320637  T
Q  308 agaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
     | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9320636 cggacaaggatactctaattactttgaagtctctacct 9320599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 9364616 - 9364467
Alignment:
Q  4 ttattcgagcgatggaagtatggttctgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaatt 103  Q
    ||||||||| |||||||  | |||| | |||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| | |||||  |||||||    
T  9364616 ttattcgagtgatggaaagaaggttttattggaaatagatcgtaagaagctgttttggtacgatctcaagagtgaaaacgttactagtgttccaggaatt 9364517  T
Q  104 cctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccaccttc 153  Q
    |||||| |  || ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  9364516 cctaatatgaatgaagctatgatttgtgttggtagtcttgtaccaccttc 9364467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 4 - 111
Target Start/End: Original strand, 7115799 - 7115906
Alignment:
Q  4 ttattcgagcgatggaagtatggttctgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaatt 103  Q
    |||||| || |||||||| | |||||| |||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7115799 ttattctagtgatggaagcaaggttctattggaaatagattgtaggaagctggtttggtatgatttgaagagcgaacaagttagttgtgttgaaggaatt 7115898  T
Q  104 cctaattt 111  Q
    ||||||||    
T  7115899 cctaattt 7115906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 41 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 9328550 - 9328432
Alignment:
Q  41 gattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtc 140  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||| | | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || | | |||| ||| |||||||||||    
T  9328550 gattttgagaagctgtttttgtatgattttaggagtgcacaagttagttatgttgaaggaattcctgatttccatgatgttatgttttctgttggaagtc 9328451  T
Q  141 ttgtgccaccttccttccc 159  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  9328450 ttgtaccaccttccttccc 9328432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 178 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 9364409 - 9364245
Alignment:
Q  178 aagcaagagaaggtactccttatttattatctgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactt 277  Q
    |||||||||||||||   ||| ||  |||||||||| |||||| |||||||| | || || |||||||  | ||||||||||||||||| | |||||||     
T  9364409 aagcaagagaaggta---cttgttgtttatctgagtctttgctgtgtataagct-atatccgttcaatgaacccatcatatgatatatgtacttaaactc 9364314  T
Q  278 tatgttaaaag-caaattgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    ||| ||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  9364313 tatattaaaggtcaaatggaattcttattataggacaaggagtctctaattactttgaagtctatacct 9364245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 49 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 10371780 - 10371679
Alignment:
Q  49 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgcca 148  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||| | |||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  10371780 gaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaaattctaatttggatgatgctatggtttgtgttggtagtcttgtacca 10371681  T
Q  149 cc 150  Q
    ||    
T  10371680 cc 10371679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 240 - 345
Target Start/End: Original strand, 12019285 - 12019388
Alignment:
Q  240 ttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaagcaaattgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtct 339  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||     | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12019285 ttcaatggacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgttaatgt--attggaattcttattataggacaaggattctctaattactttgaagtct 12019382  T
Q  340 ctacct 345  Q
    ||||||    
T  12019383 ctacct 12019388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 25 - 345
Target Start/End: Original strand, 9065789 - 9066135
Alignment:
Q  25 ggttctgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatg 124  Q
    |||| ||||||| ||||||  | ||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||   || |  || ||    
T  9065789 ggttttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgatttgaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtg 9065888  T
Q  125 atttgtgttggaagtcttgtgccaccttccttccc------------caggaaagagaatcatacaagcaagagaaggtactccttatttattatc---- 208  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||             ||||| |||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||| ||        
T  9065889 atttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaaggagaatcgaacaaccaagagaaggtacttcttatttattttctaag 9065988  T
Q  209 ---tgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaat--------agatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag-caaattga 296  Q
       |||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||         || ||||||||||||||||| || |||||||  || | || | ||||||||    
T  9065989 ttttgagttcttgctttgtacaagttaatatcagttcaatggacccaatgacccatcatatgatatatgtagctaaactt--tgctcaaggtcaaattga 9066086  T
Q  297 attcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    | |||||| |||| | || |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9066087 agtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacct 9066135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 257 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 9291655 - 9291566
Alignment:
Q  257 atgatatatgcagttaaactttatgttaaaag-caaattgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    |||||| ||| ||||||||| |||| |||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9291655 atgatacatgtagttaaactctatgctaaaggttaaattgaattcttattataggacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 9291566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 48 - 159
Target Start/End: Original strand, 12006316 - 12006427
Alignment:
Q  48 agaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgcc 147  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||| ||   |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |     
T  12006316 agaagctggtttggtatgatttgaagagtgaagaagttaattacattgagggaattccaaatttcgatgaagcgatgatttgtgttggaagtcttgtact 12006415  T
Q  148 accttccttccc 159  Q
     |||||||||||    
T  12006416 gccttccttccc 12006427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 46 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 10353055 - 10352942
Alignment:
Q  46 tgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtg 145  Q
    |||||| || |||||||||||| |  ||||| |||||||||||| |||| ||| ||||| |||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||     
T  10353055 tgagaatctattttggtatgatttggagagtaaacaagttagttatgttcaagaaattcttaatttggatgacactatgatttgtgttggaagtcttgta 10352956  T
Q  146 ccaccttccttccc 159  Q
    ||||||| ||||||    
T  10352955 ccaccttacttccc 10352942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 57 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 9274435 - 9274333
Alignment:
Q  57 tttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccaccttcctt 156  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||  | |||| ||||| ||||||||| |||| ||||| |||||    
T  9274435 tttggtatgatttgaagagtgaacaagttagttttgttaaaggaattcctaacttcaatggaactattatttgggttggaagttttgtaccaccctcctt 9274336  T
Q  157 ccc 159  Q
    |||    
T  9274335 ccc 9274333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 209 - 335
Target Start/End: Original strand, 9061545 - 9061675
Alignment:
Q  209 tgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag-caaattgaattcttattat 307  Q
    |||||||||||| |||||||||| || |||||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||| |  ||||||||||||| ||||    
T  9061545 tgagtttttgctatgtataagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactctatgctaaaggttaaattgaattcttgttat 9061642  T
Q  308 agaacaag-----gattctctaattactttgaa 335  Q
    || |||||     ||||||||||||||||||||    
T  9061643 aggacaaggatttgattctctaattactttgaa 9061675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 209 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 9328355 - 9328228
Alignment:
Q  209 tgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag-caaattgaattcttattat 307  Q
    |||||||||||| |||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||||||| ||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||  ||    
T  9328355 tgagtttttgctatgtataagttgatgtcaattcaatggacccgtcatatgatatatgaagttaaactctatgctaaaggtcaaattgaattctta--at 9328258  T
Q  308 agaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    ||        ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9328257 ag--------ttctctaattactttgaagtctctacct 9328228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 51 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 10341293 - 10341182
Alignment:
Q  51 agctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgt---gttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgcc 147  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| |   ||||||||||||||| |||| ||| | |||||||| |||||||||||| | || ||    
T  10341293 agctgttttggtatgatttggagagtgaacaagttagttattatgttgaaggaattcctgatttggatgatgctatgatgtgtgttggaagtatagtacc 10341194  T
Q  148 accttccttccc 159  Q
    ||||| ||||||    
T  10341193 acctttcttccc 10341182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 293 - 345
Target Start/End: Original strand, 12006543 - 12006595
Alignment:
Q  293 ttgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12006543 ttgaattcttattttaggacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 12006595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 260 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 9274276 - 9274200
Alignment:
Q  260 atatatgcagttaaactttatgttaaaag-caaattgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaa 335  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| | ||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  9274276 atatatgtagttaaactttatgctaaaggtcatgttgaattcttattataggacaaggattcactaattactttgaa 9274200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 16269012 - 16268952
Alignment:
Q  48 agaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaa 108  Q
    ||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  16269012 agaagttgttttggtatgatttgaagagtgaacgagttagttatgttgaaggaattcctaa 16268952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #35
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 250 - 337
Target Start/End: Original strand, 8573934 - 8574024
Alignment:
Q  250 ccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag-caaattgaattcttatta--tagaacaaggattctctaattactttgaagt 337  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| |||| |||| | |||||| ||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8573934 ccatcatatgatatatgtggttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagt 8574024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #36
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 211 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 9272410 - 9272296
Alignment:
Q  211 agtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag-caaattgaattcttattatag 309  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||| |||  | |||||||||||| | |||| ||||||   ||| |||| | | |||||||||||||||||||    
T  9272410 agtttttgctatgtataagttaatgtcagtttaatgaacccatcatatgatctttgcaattaaacccaatgctaaaggtctaattgaattcttattatag 9272311  T
Q  310 aacaaggattctcta 324  Q
    ||  |||||||||||    
T  9272310 aaataggattctcta 9272296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #37
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 289 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 10352794 - 10352738
Alignment:
Q  289 caaattgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    |||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  10352794 caaattgaattcttatcataggataaggattctctaattactttgacgtctttacct 10352738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #38
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 168 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10335665 - 10335589
Alignment:
Q  168 agaatcatacaagcaagagaaggtactccttatttattatctgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaat 245  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||  ||  ||||||||||| | |||||||||| || ||||||||||    
T  10335665 agaatcgtacaagcaagggaaggtacttcttattgtttgactgagtttttgttgtgtataagtt-atatcagttcaat 10335589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #39
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 290 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 10341082 - 10341038
Alignment:
Q  290 aaattgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttga 334  Q
    ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  10341082 aaattgaattcttatcataggataaggattctctaattaccttga 10341038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #40
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 290 - 345
Target Start/End: Original strand, 19393258 - 19393318
Alignment:
Q  290 aaattgaattcttattatagaacaag-----gattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    |||||||||||||||||||| | |||     ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19393258 aaattgaattcttattataggaaaaggattagattctctaattactttgaagtctcaacct 19393318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 53 - 159
Target Start/End: Original strand, 41966911 - 41967017
Alignment:
Q  53 ctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccacctt 152  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  41966911 ctgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattacttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagccatgttttgtgttggaagtcttgtaccacctt 41967010  T
Q  153 ccttccc 159  Q
    |||||||    
T  41967011 ccttccc 41967017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 175 - 345
Target Start/End: Original strand, 41967066 - 41967236
Alignment:
Q  175 tacaagcaagagaaggtactccttatttattatctgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaa 274  Q
    |||||||||||||||||||| ||| || ||||||| || ||||||| |||||| ||||  || ||| |||| || ||||||||  ||| ||| | |||||    
T  41967066 tacaagcaagagaaggtacttcttgttcattatcttagcttttgctttgtatatgttagatt-agtgcaatggacccatcatacaatacatgtacttaaa 41967164  T
Q  275 ctttatgttaaaag-caaattgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    || ||||||||| |  |||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||| |||| || |||||    
T  41967165 ctctatgttaaaggttaaattgaattcttattataggataactattctctaattacttcgaaggctttacct 41967236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667 (Bit Score: 64; Significance: 6e-28; HSPs: 2)
Name: scaffold0667
Description:

Target: scaffold0667; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 211 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 4208 - 4073
Alignment:
Q  211 agtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag-caaattgaattcttattatag 309  Q
    |||||||||| ||||||||||||| || ||||||| || |||||||||||| |||  ||||||||| | || |||||  |||||||||||||||||||||    
T  4208 agtttttgctgtgtataagttaatatctgttcaatggacccatcatatgatttatttagttaaactctgtgctaaaactcaaattgaattcttattatag 4109  T
Q  310 aacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
     | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  4108 gaaaaggattctataattactttgaattctctacct 4073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 48 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 4394 - 4289
Alignment:
Q  48 agaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgcc 147  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||   ||| ||||||| ||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  4394 agaagctgttttggtatgatttgaagactgaacaagttagttatg---aagaaattcctgatttcaatggagctaagatttgtgttggaagtcttgtacc 4298  T
Q  148 accttcctt 156  Q
    |||||||||    
T  4297 accttcctt 4289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 64; Significance: 6e-28; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 209 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 37462236 - 37462098
Alignment:
Q  209 tgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag--caaattgaattcttatta 306  Q
    |||||||||| | ||||||||||  | | |||||| | || ||||||||||||||||| ||||||  | |||| ||||||  |||||||||||||| |||    
T  37462236 tgagtttttgttatgtataagtttctgttagttcattggacccatcatatgatatatgtagttaagttctatgctaaaaggtcaaattgaattcttgtta 37462137  T
Q  307 tagaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 345  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37462136 taggacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 37462098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 37462410 - 37462313
Alignment:
Q  50 aagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaa---gctatgatttgtgttggaagtcttgt 144  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||  ||  |   |||||||||||||||| |||||||||    
T  37462410 aagctgttttggtatgattggaagagtgaacaagttagttatattgaaggagttcctaatttgaatggagctgctatgatttgtgttgaaagtcttgt 37462313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 44; Significance: 5e-16; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 49 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 45230351 - 45230256
Alignment:
Q  49 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgt 144  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||| |||||||||||| |||| || |||  |||||||||| || ||| |||||    
T  45230351 gaagctgttttggtatgatttcaagagtgaacaagttactcatgttcaaggaattcctactttcaatgaagtaatgatttgtgctgaaagccttgt 45230256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 45243613 - 45243531
Alignment:
Q  49 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtg 131  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||| |||||||||||| |||| || |||  ||||||||||    
T  45243613 gaagctgttttggtatgatctcaacagtgaacaacttacttatgttcaaggaattcctactttcaatgaagtaatgatttgtg 45243531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 49 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 45237869 - 45237760
Alignment:
Q  49 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgcca 148  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||  ||||||||||| |||  || |||  |||||||||| || ||| ||||| |||    
T  45237869 gaagttgttttggtatgacctcaagaatgaacaagttatttatgttcgaggaattcctactttgaatgaagtaatgatttgtgctgaaagccttgtacca 45237770  T
Q  149 ccttccttcc 158  Q
    ||||||||||    
T  45237769 ccttccttcc 45237760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 289 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 26574580 - 26574525
Alignment:
Q  289 caaattgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctacc 344  Q
    |||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  26574580 caaattgaattcttatcataggataaggattctctaattactttgacgtctttacc 26574525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 54 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 561121 - 561019
Alignment:
Q  54 tgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccaccttc 153  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||  || ||  ||||||  ||||||||||||| || || ||| |||||||| ||||||||| ||| | ||||||||    
T  561121 tgttttggtatgatctcaaaagtaaaagagctacctgtgttccaggaattcctaatatcaataaagttatgatttatgttggaagccttctaccaccttc 561022  T
Q  154 ctt 156  Q
    |||    
T  561021 ctt 561019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University