View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8082_high_3 (Length: 391)

Name: NF8082_high_3
Description: NF8082
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8082_high_3
NF8082_high_3
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (16-380)||(14653021-14653385)
chr7 (16-310)||(14661456-14661750)
chr7 (18-206)||(14757772-14757960)
chr7 (62-228)||(14749831-14749997)
chr7 (18-176)||(14764962-14765120)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (16-380)||(17690367-17690731)
chr5 (16-310)||(17683511-17683805)
chr5 (18-206)||(17570575-17570763)
chr5 (62-203)||(17621824-17621965)
chr5 (18-176)||(17563479-17563637)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (20-184)||(15196051-15196215)
chr1 (20-184)||(15216469-15216633)
chr1 (23-184)||(15195400-15195561)
chr1 (23-184)||(15215818-15215979)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (31-184)||(24395374-24395527)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 380
Target Start/End: Original strand, 14653021 - 14653385
Alignment:
Q  16 attacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  14653021 attacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgctgagattaatcaatatggagaactctgg 14653120  T
Q  116 gtttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaataaaagaagtg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14653121 gtttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaataaaagaagtg 14653220  T
Q  216 atgatctcacacattcgagtgtccgttaacaagcttgttactgatccaaaaaggtctaaggatcctgttcaatttttgtgcaggctcttggatgatctca 315  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14653221 atgatctcacacattcgagtgtctgttaacaagcttgttactgatccaaaaagggttaaggatcctgttcaatttttgtggaggctcttggatgatctca 14653320  T
Q  316 ccatgctcgggaggcttacttcaatccatataaagattttcttagtctcaaaacttggccttcat 380  Q
     |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14653321 acatgatcgggaggcttgcttcaacccatataaagattttcttagtttcaaaacttggccttcat 14653385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 16 - 310
Target Start/End: Original strand, 14661456 - 14661750
Alignment:
Q  16 attacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  14661456 attacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgctgagattaatcaatatggagaactctgg 14661555  T
Q  116 gtttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaataaaagaagtg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |    
T  14661556 gtttgtaaacatgctttgtggtaataaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgtcgtgttcctgatggtctcttaaaaatacaagaagcg 14661655  T
Q  216 atgatctcacacattcgagtgtccgttaacaagcttgttactgatccaaaaaggtctaaggatcctgttcaatttttgtgcaggctcttggatga 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||    
T  14661656 atgatctcacacattcgagtgtccgttgacaagcttgttactgatccaaagaggttggaggatcctgttgaatttttgcagaggctcttggatga 14661750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 14757960 - 14757772
Alignment:
Q  18 tacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttggt 117  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||  |||    
T  14757960 tacttagaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactcggggt 14757861  T
Q  118 ttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaata 206  Q
    | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  14757860 tagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactaatggtctctcgaaaata 14757772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 62 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 14749997 - 14749831
Alignment:
Q  62 gaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttggtttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaaga 161  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||  ||||||||| |  || |||| ||| |||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||  |||    
T  14749997 gaaggagactattgaaaatcacatgcttagattaatccaattgcagaattctgggttagtaaacatgctttgtggtgataaatataacgatttgggtaga 14749898  T
Q  162 atgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaataaaagaagtgatgatctcacaca 228  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||  ||||||   ||||||||||  |||||||    
T  14749897 atgtataacttgttccatcgtgttcctgatggtctcttgaaaatacgtgaagtgatgacttcacaca 14749831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 14765120 - 14764962
Alignment:
Q  18 tacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttggt 117  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||| || |  | | |||||||||||| | ||||||| |||||  ||||||||| ||| |||||  ||| |||    
T  14765120 tacttggaccctagcactgaaacgaaaattactactctggtggagaaggagatgctcgaaaatcacatgcttagattaatctataaggagacttctgggt 14765021  T
Q  118 ttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttc 176  Q
    | |||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||  || |||||||||||||||    
T  14765020 tagtaaacatgcttggtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttc 14764962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 16 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 17690731 - 17690367
Alignment:
Q  16 attacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  17690731 attacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgcctagattaatcaatatggagaactctgg 17690632  T
Q  116 gtttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaataaaagaagtg 215  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17690631 gtttgtaaacatgatttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaataaaagacgtg 17690532  T
Q  216 atgatctcacacattcgagtgtccgttaacaagcttgttactgatccaaaaaggtctaaggatcctgttcaatttttgtgcaggctcttggatgatctca 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17690531 atgatctcacacattcgagtgtccgttaacaagcttgttattgatccaaaaaggttgaaggatcctgttcaatttttgtggaggctcttggatgatctca 17690432  T
Q  316 ccatgctcgggaggcttacttcaatccatataaagattttcttagtctcaaaacttggccttcat 380  Q
    |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17690431 ccatgctcaggaggcttgcttcaacccatataaagattttcttagtcttaaaacttggccttcat 17690367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 17683805 - 17683511
Alignment:
Q  16 attacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  17683805 attacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgctgagattaatcaatatggagaactctgg 17683706  T
Q  116 gtttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaataaaagaagtg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||| |    
T  17683705 gtttgtaaacatgctttgtggtaataaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgtcgggttcctgatggtctctcaaaaatacaagaagcg 17683606  T
Q  216 atgatctcacacattcgagtgtccgttaacaagcttgttactgatccaaaaaggtctaaggatcctgttcaatttttgtgcaggctcttggatga 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||    
T  17683605 atgatctcacacattcgagtgtccgttgacaagcttgttactgatccaaagaggttggaggatcctgttgaatttttgcagaggctattggatga 17683511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 206
Target Start/End: Original strand, 17570575 - 17570763
Alignment:
Q  18 tacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttggt 117  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||  |||    
T  17570575 tacttggaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactcggggt 17570674  T
Q  118 ttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaata 206  Q
    | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  17570675 tagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactaatggtctctcgaaaata 17570763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 62 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 17621965 - 17621824
Alignment:
Q  62 gaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttggtttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaaga 161  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||  ||||||||| ||||||| || ||| |||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||  |||    
T  17621965 gaaggagattattgaaaatgacatgcttagattaatccatatggaaaattctgggttagtaaacatgatttgtggtgataaatatgaagacttgggtaga 17621866  T
Q  162 atgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaa 203  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||    
T  17621865 atgtataacttgttccgtcgtgttcctgatgttctctaaaaa 17621824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 176
Target Start/End: Original strand, 17563479 - 17563637
Alignment:
Q  18 tacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttggt 117  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||| |||| || |  | | |||||||||||| | ||||||| |||||  ||||||||| ||| |||||  ||| |||    
T  17563479 tacttggaccctagcactgaaacgaagattactactctggtggagaaggagatgctcgaaaatcacatgcttagattaatctataaggagacttctgggt 17563578  T
Q  118 ttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttc 176  Q
    | |||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||  || |||||||||||||||    
T  17563579 tagtaaacatgcttggtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttc 17563637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 20 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 15196215 - 15196051
Alignment:
Q  20 cttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttggttt 119  Q
    |||||||||||  ||| ||||||| |||| || || | | |||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  15196215 cttggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggtta 15196116  T
Q  120 gtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgt 184  Q
    ||||||||| || ||| |  ||| ||| ||||||||   |||||||||||||||||||| |||||    
T  15196115 gtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgt 15196051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 20 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 15216633 - 15216469
Alignment:
Q  20 cttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttggttt 119  Q
    |||||||||||  ||| ||||||| |||| || || | | |||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  15216633 cttggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggtta 15216534  T
Q  120 gtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgt 184  Q
    ||||||||| || ||| |  ||| ||| ||||||||   |||||||||||||||||||| |||||    
T  15216533 gtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgt 15216469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 15195561 - 15195400
Alignment:
Q  23 ggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttggtttgta 122  Q
    ||||||||  ||| ||||||| |||| || || | | |||||||||||||| ||||||| ||||   |||||||||  ||||||||||||| |||| |||    
T  15195561 ggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgattagattaatccttatggagaactctgggttagta 15195462  T
Q  123 aacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgt 184  Q
    |||||| || ||| |  ||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||    
T  15195461 aacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcgtgt 15195400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 15215979 - 15215818
Alignment:
Q  23 ggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttggtttgta 122  Q
    ||||||||  ||| ||||||| |||| || || | | |||||||||||||| ||||||| ||||   |||||||||  ||||||||||||| |||| |||    
T  15215979 ggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgattagattaatccttatggagaactctgggttagta 15215880  T
Q  123 aacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgt 184  Q
    |||||| || ||| |  ||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||    
T  15215879 aacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcgtgt 15215818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 31 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 24395527 - 24395374
Alignment:
Q  31 agactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgccgagattaatcaatatggagaactcttggtttgtaaacatgct 130  Q
    ||||||||||||| |||| ||| | | | |||| | ||||||||||||||| |||||  || |||||| |||||||||| ||| | || || ||||||||    
T  24395527 agactgaaaagaagattaataaagtggtggagacgcagatgattgaaaatcacatgctcaggttaatccatatggagaattctggtttagtcaacatgct 24395428  T
Q  131 ttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgt 184  Q
    ||||| |  |||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||    
T  24395427 ttgtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttccgccgtgt 24395374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University