View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8089_low_4 (Length: 472)

Name: NF8089_low_4
Description: NF8089
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8089_low_4
NF8089_low_4
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (18-456)||(31040473-31040911)
chr5 (18-456)||(31053962-31054400)
chr5 (33-456)||(31073549-31073972)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 31040911 - 31040473
Alignment:
Q  18 gtggtgtctatctatatattacaatagctgaatagctatccctaattcatgaacaaaaacatgtcaccccttattcttttaccctttgctctcttgctat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31040911 gtggtgtctatctatatattacaatagctgaatagctatccctaattcatgaacaaaaacatgtcaccccttattcttttaccctttgctctcttgctat 31040812  T
Q  118 tcttcttgttcaaaaaacacaaaacatctaagaaatcaacaactcttccaccaggtcctaaaggccttcctttcattggaaacttacaccaacttgatag 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31040811 tcttcttgttcaaaaaacacaaaacatctaagaaatcaacaactcttccaccaggtcctaaaggccttcctttcattggaaacttacaccaacttgatag 31040712  T
Q  218 ttcagttcttggtttaaatttctatgaactctctaagaaatatggccctataatctcccttaaacttggttcaaagcaaacagtcgttgtttcatcagca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31040711 ttcagttcttggtttaaatttctatgaactctctaagaaatatggccctataatctcccttaaacttggttcaaagcaaacagtcgttgtttcatcagca 31040612  T
Q  318 aaaatggccaaagaagtaatgaaaacacatgatatcgaattctgtaaccgacccgcgttaatcagccatatgaaaatatcatataatggattagatcaaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31040611 aaaatggccaaagaagtaatgaaaacacatgatatcgaattctgtaaccgacccgcgttaatcagccatatgaaaatatcatataatggattagatcaaa 31040512  T
Q  418 tatttgcaccatatagagaatattggagacacacaaaaa 456  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31040511 tatttgcaccatatagagaatattggagacacacaaaaa 31040473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 31054400 - 31053962
Alignment:
Q  18 gtggtgtctatctatatattacaatagctgaatagctatccctaattcatgaacaaaaacatgtcaccccttattcttttaccctttgctctcttgctat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31054400 gtggtgtctatctatatattacaatagctgaatagctatccctaattcatgaacaaaaacatgtcaccccttattcttttaccctttgctctcttgctat 31054301  T
Q  118 tcttcttgttcaaaaaacacaaaacatctaagaaatcaacaactcttccaccaggtcctaaaggccttcctttcattggaaacttacaccaacttgatag 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31054300 tcttcttgttcaaaaaacacaaaacatctaagaaatcaacaactcttccaccaggtcctaaaggccttcctttcattggaaacttacaccaacttgatag 31054201  T
Q  218 ttcagttcttggtttaaatttctatgaactctctaagaaatatggccctataatctcccttaaacttggttcaaagcaaacagtcgttgtttcatcagca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31054200 ttcagttcttggtttaaatttctatgaactctctaagaaatatggccctataatctcccttaaacttggttcaaagcaaacagtcgttgtttcatcagca 31054101  T
Q  318 aaaatggccaaagaagtaatgaaaacacatgatatcgaattctgtaaccgacccgcgttaatcagccatatgaaaatatcatataatggattagatcaaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31054100 aaaatggccaaagaagtaatgaaaacacatgatatcgaattctgtaaccgacccgcgttaatcagccatatgaaaatatcatataatggattagatcaaa 31054001  T
Q  418 tatttgcaccatatagagaatattggagacacacaaaaa 456  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31054000 tatttgcaccatatagagaatattggagacacacaaaaa 31053962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 31073972 - 31073549
Alignment:
Q  33 atattacaatagctgaatagctatccctaattcatgaacaaaaacatgtcaccccttattcttttaccctttgctctcttgctattcttcttgttcaaaa 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31073972 atattacaatagctgaatagctatccctaattcatgaacaaaaacatgtcaccccttattcttttaccctttgctctcttgctattcttcttgttcaaaa 31073873  T
Q  133 aacacaaaacatctaagaaatcaacaactcttccaccaggtcctaaaggccttcctttcattggaaacttacaccaacttgatagttcagttcttggttt 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31073872 aacacaaaacatctaagaaatcaacaactcttccaccaggtcctaaaggccttcctttcattggaaacttacaccaacttgatagttcagctcttggttt 31073773  T
Q  233 aaatttctatgaactctctaagaaatatggccctataatctcccttaaacttggttcaaagcaaacagtcgttgtttcatcagcaaaaatggccaaagaa 332  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  31073772 aaacttctatgaactctcaaagaaatatggctctttaatctatcttaaacttggttcaaggcaaacaatagttgtttcatcagctaaaatggccaaacaa 31073673  T
Q  333 gtaatgaaaacacatgatatcgaattctgtaaccgacccgcgttaatcagccatatgaaaatatcatataatggattagatcaaatatttgcaccatata 432  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| |||||||||| ||  | ||| |||||||||    
T  31073672 gtaatgaaaacacacgacatcgatttctgtaaccgacccgctttaatcagccatatgaaattctcatatgatggattagaccagtttttttcaccatata 31073573  T
Q  433 gagaatattggagacacacaaaaa 456  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  31073572 gagaatattggagacacaccaaaa 31073549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University