View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8091_low_9 (Length: 594)

Name: NF8091_low_9
Description: NF8091
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8091_low_9
NF8091_low_9
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-589)||(1629965-1630559)
chr3 (149-590)||(1607121-1607567)
chr3 (149-590)||(1624142-1624577)
chr3 (151-590)||(10819713-10820160)
chr3 (1-140)||(10820598-10820733)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (160-509)||(18785179-18785528)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (168-374)||(12803384-12803590)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Original strand, 1629965 - 1630559
Alignment:
Q  1 cctaaatttaaatgatccaagagtaattatttaaaataaaaaattaaagtaattgtatg----taagaaagcctcaagtataatttaaatattataaacc 96  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1629965 cctaaatttaaatgatccaagagtaattatttaaaataaaaaatgaaagtaattgtatgcatgtaagaaagcctcaagtataatttaaatattataaacc 1630064  T
Q  97 tatcttattataaaaatttagaacttcaaatgataaaataaaaagagattaaaggagatggaatataactcacctgctgttgcagagctataagtggtat 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1630065 tatcttattataaaaatttagaacttcaaatgataaaataaaaagagattaaaggagatggaatataactcacctgctgttgcagagctataagtggtat 1630164  T
Q  197 aaccaccttgaacacttctagaacttgttattatggtattttgcataccatcaccaaccagcataatattgtcattatgaacagcaacctcaatgttctc 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1630165 aaccaccttgaacacttctagaacttgttattatggtattttgcatcccatcaccaaccagcataatattgtcattatgaacagcaacctcaatgttctc 1630264  T
Q  297 tctataaacacctttcttaacatgtatcacaaaccttgtcttatattttctcttagcagcagcatttaaagcagcttgcacagtcttgtactgaccagaa 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1630265 tctataaacacctttcttaacatgtatcacaaaccttgtcttatattttctcttagcagcagcatttaaagcagcttgcacagtcttgtactgtccagaa 1630364  T
Q  397 ccatcttttgccaccacaagattgtactttactggagacttagactgcaaaagcttcctttcatgcacagaaaaccaatttggaaatgacccttcttctg 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1630365 ccatcttttgccaccacaagattgtactttactggagacttagactgcaaaagcttcctttcatgcacagaaaaccaatttgaaaatgacccttcttctg 1630464  T
Q  497 tttctgcaagtgacgaatccagatattttgattaatatgac--tatatattcatataaaagtacataagcgatagtgttatgacatcaatattat 589  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  1630465 tttctgcaagtgacgaatccaaaatttttgattagtatgactatatatattcatataaaagtacataagcgatagtgctatgacttcaatattat 1630559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 149 - 590
Target Start/End: Original strand, 1607121 - 1607567
Alignment:
Q  149 aggagatggaatataactcacctgctgttgcagagctataagtggtataaccaccttgaacacttctagaacttgttattatggtattttgcataccatc 248  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1607121 aggaaatgaaatataattcacctgctgttgcagagctataagtggtaaaaccaccttgaacacttctagaacttgttattatggtattttgcatcccatc 1607220  T
Q  249 accaaccagcataatattgtcattatgaacagcaacctcaatgttctctctataaacacctttcttaacatgtatcacaaaccttgtcttatattttctc 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1607221 accaaccagcataatattgtcattatgaacagcaacctcaatgttctctctataaacacctttcttaacatgtatcacaaaccttgtcttatattttctc 1607320  T
Q  349 ttagcagcagcatttaaagcagcttgcacagtcttgtactgaccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggagacttagactgcaaaa 448  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  1607321 ttagcagcagcatttaaagcagcctgcacagtcttgtactgtccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggaccctttgactgcaaaa 1607420  T
Q  449 gcttcctttcatgcacagaaaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtgacgaatccagatattttgattaatatgac----tatatat 544  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    |||||||    
T  1607421 gcttcctttcatgcacagaaaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtgacgaatccagaaattttgattagtatgactatatatatat 1607520  T
Q  545 tcatat-aaaagtacataagcgatagtgttatgacatcaatattatc 590  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1607521 tcatataaaaagtacataagcgatagtgttatgacatcaatattatc 1607567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 149 - 590
Target Start/End: Original strand, 1624142 - 1624577
Alignment:
Q  149 aggagatggaatataactcacctgctgttgcagagctataagtggtataaccaccttgaacacttctagaacttgttattatggtattttgcataccatc 248  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1624142 aggaaatgaaatataattcacctgctgttgcagagctataagtggtaaaaccaccttgaacacttctagaacttgttattatggtattttgcatcccatc 1624241  T
Q  249 accaaccagcataatattgtcattatgaacagcaacctcaatgttctctctataaacacctttcttaacatgtatcacaaaccttgtcttatattttctc 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1624242 accaaccagcataatattgtcattatgaacagcaacctcaatgttctctctataaacacctttcttaacatgtatcacaaaccttgtcttatattttctc 1624341  T
Q  349 ttagcagcagcatttaaagcagcttgcacagtcttgtactgaccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggagacttagactgcaaaa 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  1624342 ttagcagcagcatttaaagcagcttgcacagtcttgtactgaccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggaccctttgactgcaaaa 1624441  T
Q  449 gcttcctttcatgcacagaaaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtgacgaatccagatattttgattaatatgactatatattcat 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||      ||    
T  1624442 gcttcctttcatgcacagaaaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtgacggatccagaaattttgattagtatgactat------at 1624535  T
Q  549 ataaaagtacataagcgatagtgttatgacatcaatattatc 590  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1624536 ataaaagtacataagccatagtgttatgacatcaatattatc 1624577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 151 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 10820160 - 10819713
Alignment:
Q  151 gagatggaatataactcacctgctgttgcagagctataagtggtataaccaccttgaacacttctagaacttgttattatggtattttgcataccatcac 250  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  10820160 gagatggaatataactcaccggctgttgcagagctataagtggtaaaaccaccttgaacacttctagaacttgttatgatggtattttgcattccatcac 10820061  T
Q  251 caaccagcataatattgtcattatgaacagcaacctcaatgttctctctataaacacctttcttaacatgtatcacaaaccttgtcttatattttctctt 350  Q
    | |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  10820060 cgaccaacataatgttatcattatgaacagcaacctcaatgttctctttataaacacctttcttcacatgtatcacataccttgtcttgtattttctctt 10819961  T
Q  351 agcagcagcatttaaagcagcttgcacagtcttgtactgaccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggagacttagactgcaaaagc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||    
T  10819960 agcagcagcatttaaagcagcttgcacagtcttgtactgtccagaaccatcttttgccaccacaagattgaacttcattggagacttagactgcaaaagc 10819861  T
Q  451 ttcctttcatgcacagaaaaccaatttggaaatgacccttc------ttctgtttctgcaagtgacgaatccagatattttgattaatatgac--tatat 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||      |||||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||| ||||||  |||||    
T  10819860 ttcctttcatgcacagaaaaccaatttggaagtgacccttcttctatttctgtttctgcaa-tgacggatccagaaatttagattagtatgactatatat 10819762  T
Q  543 attcatat-aaaagtacataagcgatagtgttatgacatcaatattatc 590  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10819761 atttatataaaaagtacataagcgatagtgttatgacatcaatattatc 10819713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 10820733 - 10820598
Alignment:
Q  1 cctaaatttaaatgatccaagagtaattatttaaaataaaaaattaaagtaattgtatgtaagaaagcctcaagtataatttaaatattataaacctatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | || |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10820733 cctaaatttaaatgatccaagagtaattatttaaaa----atatgaaagtaattgtaggtaagaaagccacaattataatttaaatattataaacctatc 10820638  T
Q  101 ttattataaaaatttagaacttcaaatgataaaataaaaa 140  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  10820637 ttagtataaaattttagaacttcaaaatataaaataaaaa 10820598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 160 - 509
Target Start/End: Original strand, 18785179 - 18785528
Alignment:
Q  160 tataactcacctgctgttgcagagctataagtggtataaccaccttgaacacttctagaacttgttattatggtattttgcataccatcaccaaccagca 259  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  18785179 tataattcacctgctgttgcagagctataagtggtaaaaccaccttgaacacttctagaacttgttattatggtattttgcatcccatcaccaaccaaca 18785278  T
Q  260 taatattgtcattatgaacagcaacctcaatgttctctctataaacacctttcttaacatgtatcacaaaccttgtcttatattttctcttagcagcagc 359  Q
    |||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18785279 taatgttatcattgtgaaccgcaacctcaatgttctctttataaacacctttcttcacatgtatcacaaaccttgtcttatattttctcttagcagcagc 18785378  T
Q  360 atttaaagcagcttgcacagtcttgtactgaccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggagacttagactgcaaaagcttcctttca 459  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18785379 atttagagcagcttgcacagtcttgtactgtccagaaccatcttttgccaccacaatattgtactttactggagacttagactgcaaaagcttcctttca 18785478  T
Q  460 tgcacagaaaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtga 509  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18785479 tgcatagaaaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtga 18785528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 168 - 374
Target Start/End: Original strand, 12803384 - 12803590
Alignment:
Q  168 acctgctgttgcagagctataagtggtataaccaccttgaacacttctagaacttgttattatggtattttgcataccatcaccaaccagcataatattg 267  Q
    |||||| || ||||||||||| || ||| ||||| |||||||| |||||  ||||||||| |  ||||||    | |||||||| |||| |||||||||     
T  12803384 acctgcagtggcagagctataggtagtaaaaccagcttgaacatttctattacttgttatcactgtatttctacttccatcacctaccaacataatatta 12803483  T
Q  268 tcatt-atgaacagcaacctcaatgttctctctataaacacctttcttaacatgtatcacaaaccttgtcttatattttctcttagcagcagcatttaaa 366  Q
    ||||| ||   |  ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| ||| |  ||||| |  |||||||||||| |    
T  12803484 tcattcatcttcc-caaccacaatattctctctataaacacctttcttcacacgtataacaaatcttgttttaaaccttctcctcccagcagcatttata 12803582  T
Q  367 gcagcttg 374  Q
    ||| ||||    
T  12803583 gcatcttg 12803590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University