View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8119_high_6 (Length: 237)

Name: NF8119_high_6
Description: NF8119
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8119_high_6
NF8119_high_6
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-237)||(8055128-8055364)
chr2 (1-237)||(36674787-36675023)
chr2 (1-237)||(35950623-35950859)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (1-237)||(30405988-30406224)
chr8 (1-237)||(197869-198105)
chr8 (1-237)||(312706-312942)
chr8 (1-237)||(43807668-43807904)
chr8 (3-237)||(1291062-1291296)
chr8 (1-226)||(31473351-31473576)
chr8 (1-237)||(41949546-41949774)
chr8 (1-236)||(27435367-27435602)
chr8 (88-189)||(44912831-44912931)
chr8 (58-230)||(17782398-17782570)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-237)||(12023025-12023261)
chr5 (1-237)||(7099559-7099795)
chr5 (1-237)||(16798405-16798641)
chr5 (1-237)||(40367785-40368021)
chr5 (4-237)||(37681775-37682008)
chr5 (1-237)||(10276940-10277176)
chr5 (118-237)||(26336992-26337111)
chr5 (15-230)||(26454449-26454664)
chr5 (67-125)||(30067036-30067094)
[»] scaffold0044 (1 HSPs)
scaffold0044 (1-237)||(45050-45286)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (1-237)||(27761133-27761369)
chr7 (1-237)||(7940268-7940504)
chr7 (6-237)||(13828290-13828520)
chr7 (22-222)||(22580684-22580884)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-237)||(54167529-54167765)
chr3 (1-237)||(21849935-21850171)
chr3 (1-237)||(43554028-43554264)
chr3 (1-237)||(53353162-53353403)
[»] scaffold0440 (2 HSPs)
scaffold0440 (1-237)||(7242-7478)
scaffold0440 (16-237)||(2731-2952)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-237)||(26315749-26315985)
chr1 (1-237)||(43592006-43592242)
chr1 (22-230)||(30647122-30647330)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-237)||(44151294-44151530)
chr4 (1-237)||(50628115-50628351)
chr4 (1-237)||(8892806-8893042)
chr4 (1-237)||(31358888-31359123)
chr4 (137-173)||(29258261-29258297)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (1-237)||(8315689-8315925)
chr6 (1-237)||(17887030-17887266)
chr6 (79-237)||(27552295-27552453)
chr6 (71-237)||(17163431-17163597)
chr6 (1-81)||(27568524-27568604)
chr6 (26-229)||(3596333-3596539)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 8055128 - 8055364
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8055128 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 8055227  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8055228 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctgcagtttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 8055327  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8055328 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 8055364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 36674787 - 36675023
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
36674787 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagccaagttcc 36674886  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36674887 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcacttcagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 36674986  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36674987 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 36675023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 35950859 - 35950623
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
35950859 agcagacctatataattgttcatagacaacaaatctgctataagcttagcaataaatccagttatgcatggaagaagcaagcatatagaagccaagtttc 35950760  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35950759 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactgcagattgttcattgctccactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 35950660  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
35950659 caggttcatcaagcttagaagcttgattggaatgaag 35950623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 30406224 - 30405988
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
30406224 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagcaaagttcc 30406125  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
30406124 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactgcagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaagattga 30406025  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30406024 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 30405988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 198105 - 197869
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
198105 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcacatagaagcaaagtttc 198006  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
198005 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 197906  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
197905 cagattcatcaagctcagaagtttgattggaatgaag 197869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 312942 - 312706
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
312942 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcacatagaagcaaagtttc 312843  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
312842 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 312743  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
312742 cagattcatcaagctcagaagtttgattggaatgaag 312706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 43807904 - 43807668
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
43807904 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagccaagttcc 43807805  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43807804 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcacttcagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 43807705  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43807704 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 43807668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 237
Target Start/End: Original strand, 1291062 - 1291296
Alignment:
3 cagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttcat 102  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
1291062 cagacctataatattgttcatagacaacaaatctactataagcttggcaagaaatccagttctgcttgggagaagcaagcatatagaagccaagtttcat 1291161  T
103 tttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttgaca 202  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||    
1291162 tttctgagggagcaagtgaacaagggagcactgcagattgttcattgctctactgagcatcagcttgcagatatattcactaaagctttgaaggttgaca 1291261  T
203 gattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
1291262 gattcatcaaactcagaagcttgattggaatgaag 1291296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 31473576 - 31473351
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
31473576 agcagacctattgcattgttcatagataacaaatcttctataagcttagcaagaaatccaattcttcatggaagaagcaagcatatagaagctaagttcc 31473477  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
31473476 attttctgagggagcaagtgaacaagggagaactgcagattgtccattgctccactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggtattgaaggttga 31473377  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttga 226  Q
    ||| ||||||||||| ||||| ||||    
31473376 caggttcatcaagctaagaagtttga 31473351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 41949546 - 41949774
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||| ||||||||||| ||| |||| ||||| |    
41949546 agcagacctatagaattgttcatggacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccaattttgtatgggagaagcaagcacatataagctaagttcc 41949645  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||| | ||||| ||||||||||        ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
41949646 attttttgagggagcaagtgaaca--------ctacagattgttcattgctctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 41949737  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
41949738 cagtttcatcaagctcagaagcttgatttgaatgaag 41949774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 27435602 - 27435367
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    |||||||| |||  |||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| || ||||| || ||||| |    
27435602 agcagaccaataacattgttcaaagataacagatctgctataagcttagcaagaaatccagttttgcttggaagaagcaaacacatagaggctaagttcc 27435503  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||    
27435502 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcattgcagattgttcattgtttcactaagctgcagcttgcagaaatattcactaagccattgaaggatga 27435403  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaa 236  Q
    ||| ||||||||||| |  || |||||||| |||||    
27435402 caggttcatcaagctaaagagtttgattggcatgaa 27435367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 88 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 44912931 - 44912831
Alignment:
88 gaagcaaagtttcattttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaagg 187  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||| || || ||| ||||| | ||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||    
44912931 gaagtaaagtttcattttcttagggaataagtaaacaaaggggctctaaagatt-tccattgttctactgagctgcaacttcctgacatattcactaagg 44912833  T
188 ca 189  Q
    ||    
44912832 ca 44912831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 58 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 17782570 - 17782398
Alignment:
58 ccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttcattttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactg 157  Q
    |||||| | |||||||||||||| || || ||||| ||  |  ||||||| || |||||||| ||||||| |||| |  ||||||| |||||||||||||    
17782570 ccagttttgcatggaagaagcaaacacattgaagccaaaatcgattttcttagagaacaagtaaacaaggaagcattgaagattgtccattgttctactg 17782471  T
158 agctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttgacagattcatcaagctcagaagcttgattgg 230  Q
    | || ||| ||| |||  | |||| |||  |  ||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
17782470 aactgcagattgtagatttgttcattaaacctctgaaatttgacaggttcatcaagctaagaagcttgattgg 17782398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 12023025 - 12023261
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12023025 agcagacctatagaattactcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 12023124  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12023125 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 12023224  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12023225 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 12023261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 7099795 - 7099559
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
7099795 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagccaagttcc 7099696  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7099695 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcacttcagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 7099596  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7099595 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 7099559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 16798405 - 16798641
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
16798405 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagccaagttcc 16798504  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16798505 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcacttcagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 16798604  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16798605 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 16798641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 40368021 - 40367785
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
40368021 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagccaagtttc 40367922  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
40367921 attttctaagggagcaagtgaacaagggagcactgcagattgttcattgctctactaagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 40367822  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
40367821 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 40367785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 4 - 237
Target Start/End: Original strand, 37681775 - 37682008
Alignment:
4 agacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttcatt 103  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37681775 agacctatagaattactcatagacaacaaatttgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttcatt 37681874  T
104 ttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttgacag 203  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37681875 ttctgagggagcaaatgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttgacag 37681974  T
204 attcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37681975 attcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 37682008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 10276940 - 10277176
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
10276940 agcagacctatataattgttcatatacaacaaatctgctataagcttagtaagaaatccaattctgcatggaagaagcaagcatatagaagccaagtttc 10277039  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
10277040 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactgcagattgttcattgctctactgagctacagcttgcggacatattcactaaggcattgaaggttga 10277139  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
10277140 caggttcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 10277176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 118 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 26337111 - 26336992
Alignment:
118 gtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttgacagattcatcaagctca 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
26337111 gtgaacaagggagcactgcagatttttcattgctctactgagctgcagcttgtagacatattcactaaggcattgaaggttgacaggttcatcaagctca 26337012  T
218 gaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||||||||||||||||||||    
26337011 gaagcttgattggaatgaag 26336992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 26454664 - 26454449
Alignment:
15 attgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttcattttctaagggaa 114  Q
    |||| ||||||| ||||||||  |||| | ||||||||  |||||| || | |||||||  || || || || ||||  |||||||| ||||| ||||||    
26454664 attgttcatagataacaaatcatctattaacttagcaaataatccaattttgcatggaatgagtaaacacattgaagttaagtttcactttctgagggaa 26454565  T
115 caagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttgacagattcatcaagc 214  Q
    ||||| |||||||  ||| | || |||||||||||||| | |||||| || |||||||| |||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||    
26454564 caagttaacaaggaggcattgcaaattgttcattgttccattgagctgcaacttgcagatatattcactaaacctttgaaggttgacatattcatcaagc 26454465  T
215 tcagaagcttgattgg 230  Q
    | || ||| |||||||    
26454464 taaggagcatgattgg 26454449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 125
Target Start/End: Original strand, 30067036 - 30067094
Alignment:
67 catggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttcattttctaagggaacaagtgaacaa 125  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
30067036 catggaagaagcaagcatattgaagcaaagtttcattttctcagagaacaagtgaacaa 30067094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 45286 - 45050
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
45286 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcacatagaagcaaagtttc 45187  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45186 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 45087  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
45086 cagattcatcaagctcagaagtttgattggaatgaag 45050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 27761133 - 27761369
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
27761133 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaaacaaagtttc 27761232  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27761233 attttctaagggagcaagtgaacaagggagcactgcagattgttcattgctctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 27761332  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27761333 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 27761369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 7940504 - 7940268
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
7940504 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagccaagttcc 7940405  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7940404 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcacttcagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 7940305  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7940304 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 7940268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 6 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 13828520 - 13828290
Alignment:
6 acctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttcatttt 105  Q
    |||||| | |||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||    
13828520 acctattgcattgttcatagataacaaatctacaataagcttagcaagaaatccagttttgcatggaagaagcaaacacatagaggctaagtttcatttt 13828421  T
106 ctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttgacagat 205  Q
     | ||||| ||||| ||||| || ||| |  ||||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | |    
13828420 ttgagggagcaagtaaacaaaggtgcattgtagattgtccattgctccactgagctgcaacttgcagacatattcactaa-gcattaaaggttgacgggt 13828322  T
206 tcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||    
13828321 tcatcaagctcagaagtttgattggcatgaag 13828290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 22 - 222
Target Start/End: Original strand, 22580684 - 22580884
Alignment:
22 atagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttcattttctaagggaacaagtga 121  Q
    ||||||||||||||  |||||| |||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||| || || || || || |||||||| |  |||||||| |    
22580684 atagacaacaaatcaactataaacttagctaaaaatccagttttacatggaaggagcaagcacattgaggccaaattccattttcttatagaacaagtaa 22580783  T
122 acaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttgacagattcatcaagctcagaag 221  Q
    |||||| |||| |  |||||||||| || || ||||| || |||||||||||  | ||||| ||  |  ||||||||||||  ||||||||||| |||||    
22580784 acaaggaagcattgaagattgttcactgctccactgaactgcagcttgcagatttgttcaccaaacctatgaaggttgacacgttcatcaagctaagaag 22580883  T
222 c 222  Q
    |    
22580884 c 22580884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 54167765 - 54167529
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
54167765 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcacatagaagcaaagtttc 54167666  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
54167665 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 54167566  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
54167565 cagattcatcaagctcagaagtttgattggaatgaag 54167529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 21849935 - 21850171
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
21849935 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 21850034  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
21850035 attttctaagggagcaagtgaacaagggagcactgcagattgttcattgctctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 21850134  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
21850135 cagattcaacaagctcagaagctttattggaatgaag 21850171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 43554028 - 43554264
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
43554028 agcagacctatggcattgttcatagacaacaaatatggtataatcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagccaagtttc 43554127  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||||| |||| |  ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
43554128 attttctgagggagctagtgaacaaggaagcattgtagattgttcattgctctattgagctgcagcttgcaaacatattcactaaggcattgaaggttga 43554227  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
43554228 caggttcatcaagctcagaagcttgatttgaatgaag 43554264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 53353403 - 53353162
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | || || || |    
53353403 agcagacctatagcattgttcatcgacaacaaatatgctataagcttagcaataaatccagttctgcatgggagaagcaagcatataaaggctaaattcc 53353304  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || ||| | |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
53353303 attttctaagggagcaagtgaacaaaggtgcattgcagattgtccattgctccactgagctgcagcttgcagacatattcacaaaagcattgaaggttga 53353204  T
201 cagattc-----atcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||| |||     ||||||||||||||||||||||| ||||||    
53353203 caggttcatcatatcaagctcagaagcttgattggcatgaag 53353162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 7242 - 7478
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7242 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 7341  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
7342 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctgtagcttgcagacatattcactaaggcattaaaggttga 7441  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
7442 cagattcatcaagctcagaagtttgattggaatgaag 7478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 16 - 237
Target Start/End: Original strand, 2731 - 2952
Alignment:
16 ttgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttcattttctaagggaac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |    
2731 ttgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagcaaagttacattttctgagggagc 2830  T
116 aagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttgacagattcatcaagct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
2831 aagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctgaagcttgcagacatattcactaaggcattaaaggttgacagattcatcaagct 2930  T
216 cagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||| |||||||||||||||    
2931 cagaagtttgattggaatgaag 2952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 26315749 - 26315985
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
26315749 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagccaagttcc 26315848  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26315849 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcacttcagattgttcattgttctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 26315948  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26315949 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 26315985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 43592242 - 43592006
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |    
43592242 agcagacctatataattgttcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaattcagttctgcatgggagaagcaagcatataaaagctaagttcc 43592143  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43592142 attttatgagggaccaagtgaacaagggagctctgtagattgttcattgctctactgagctacaacttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 43592043  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
43592042 caggttcatcaagctcaaaagcttgattggaatgaag 43592006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 230
Target Start/End: Original strand, 30647122 - 30647330
Alignment:
22 atagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttcattttctaagggaacaagtga 121  Q
    ||||||||||| |   |||||| |||| | | ||| |||||| | |||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||||||  | |    
30647122 atagacaacaagttaactataaacttatccaaaaacccagttttgcatggaaggagcaaacacattgaagcaaagttccattttcttagggaacagttaa 30647221  T
122 acaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttgacagattcatcaagctcagaag 221  Q
     ||| ||||| ||| || |||| |||||||| |||||  | ||||||||  | || |||||||||||  ||||| ||| ||| || | |||||| |||||    
30647222 ccaaaggagctctaaaggttgtccattgttccactgatttgcagcttgcgaatatgttcactaaggctatgaagattgtcaggtttaacaagcttagaag 30647321  T
222 cttgattgg 230  Q
    |||||||||    
30647322 cttgattgg 30647330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 44151294 - 44151530
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
44151294 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagccaagttcc 44151393  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44151394 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcacttcagattgttcattgttctactaagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 44151493  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44151494 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 44151530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 50628351 - 50628115
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
50628351 agcagacctatagaattgttcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaattcagttccgcatggaagaagcaagcatatagaagccaagtttc 50628252  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
50628251 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactgtagattgttcattgctctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 50628152  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
50628151 caggttcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 50628115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 8893042 - 8892806
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||| |    
8893042 agcagacctatagaattaatcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaaacatatagaagctgagttcc 8892943  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8892942 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgctctactgagctgcaacttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 8892843  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
8892842 cagattcatcaagctcaaaaggttgattggaatgaag 8892806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 31358888 - 31359123
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||  |||||||    
31358888 agcagacctatagcattgttcatagacaacaaatctgttataagcttagaaagaaatctagttatgcatgggagaagcaagcatatagaagtcaagtttc 31358987  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
31358988 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactgtagattgttcattgctctactgagctgcagcttgcagacatattcattaaggcattgaaggttga 31359087  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
31359088 caggttcatcaagctcag-agcttgattggaatgaag 31359123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 137 - 173
Target Start/End: Original strand, 29258261 - 29258297
Alignment:
137 agattgttcattgttctactgagctacagcttgcaga 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29258261 agattgttcattgttctactgagctacagcttgcaga 29258297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 8315925 - 8315689
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8315925 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagtttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 8315826  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
8315825 attttctgagggagcaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgatctactgagctgaagcttgcagacatattcactaaggcattaaaggttga 8315726  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
8315725 cagattcatcaagctcagaagtttgattggaatgaag 8315689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 17887266 - 17887030
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||| ||||||| || || |    
17887266 agcagacctatagaattgttcatagacaacaaatcagctataagcttagcaagaaatctagttctgcatggaagaagtaaacatgtagaagctaacttcc 17887167  T
101 attttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 200  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
17887166 attttctgagggagcaagtaaacaagggagcactgcagattgttcattgctctactgagctgcagcttgcagacatattcactaaggcattgaaggttga 17887067  T
201 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
17887066 cagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 17887030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 79 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 27552453 - 27552295
Alignment:
79 aagcatatagaagcaaagtttcattttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatat 178  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
27552453 aagcatatagaagccaagtttcattttctaagggagcaagtaaacaagggagcactgcagattgttcattgctctactgagctgcagcttgcagacatat 27552354  T
179 tcactaaggcattgaaggttgacagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27552353 tcactaaggcattgaaggttgacatattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 27552295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 71 - 237
Target Start/End: Original strand, 17163431 - 17163597
Alignment:
71 gaagaagcaagcatatagaagcaaagtttcattttctaagggaacaagtgaacaagggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgc 170  Q
    |||||||||| ||  |||| |||||||| |||||||| |||||  |||||||||| || ||| | |||||||| ||||| || |||||||| |  |||||    
17163431 gaagaagcaaacacgtagaggcaaagttccattttctgagggagaaagtgaacaaaggtgcattgcagattgtccattgctccactgagctgcttcttgc 17163530  T
171 agacatattcactaaggcattgaaggttgacagattcatcaagctcagaagcttgattggaatgaag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
17163531 agacatattcactaaggcattgaaggttgacagattcatcaagctcagaagcttgattggtatgaag 17163597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 27568604 - 27568524
Alignment:
1 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaag 81  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
27568604 agcagacctatagaattgctcatagacaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctgcatggaagaagcaag 27568524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 26 - 229
Target Start/End: Original strand, 3596333 - 3596539
Alignment:
26 acaacaaatctgctataagcttagcaagaaatccagttctacatggaagaagcaagcatatagaagcaaagtttcattttctaagggaacaagtgaacaa 125  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||| | |||||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
3596333 acaacaaatcggctataaacttagtaaagaatccagttttgcatggaaggaggaagcacattgaagctaagtttcactttcttagggaacaagtaaacaa 3596432  T
126 gggagcactacagattgttcattgttctactgagctacagcttgcagacatattcactaa---ggcattgaaggttgacagattcatcaagctcagaagc 222  Q
    |  |||| |  ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    ||||||||     |  ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||    
3596433 gcaagcattgaagattgtccattgttctactgagctgcaacttgcagattagttcactaaattacctctgaaggttggcaggttcatcaagctaagaagc 3596532  T
223 ttgattg 229  Q
    |||||||    
3596533 ttgattg 3596539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University