View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8119_low_20 (Length: 236)

Name: NF8119_low_20
Description: NF8119
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8119_low_20
NF8119_low_20
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (21-217)||(7063-7259)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (21-217)||(30406207-30406403)
chr8 (21-217)||(198088-198284)
chr8 (21-217)||(312925-313121)
chr8 (21-217)||(43807887-43808083)
chr8 (19-217)||(41949367-41949565)
chr8 (19-217)||(31473557-31473755)
chr8 (28-217)||(1290881-1291070)
chr8 (31-217)||(27435595-27435781)
chr8 (112-217)||(17782650-17782755)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (21-217)||(27760954-27761150)
chr7 (21-217)||(7940487-7940683)
chr7 (19-203)||(13828506-13828690)
chr7 (105-217)||(22580484-22580596)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (21-217)||(44151115-44151311)
chr4 (19-217)||(50628332-50628530)
chr4 (22-217)||(8893026-8893221)
chr4 (19-217)||(31358709-31358907)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (21-217)||(8054949-8055145)
chr2 (21-217)||(36674608-36674804)
chr2 (19-217)||(35950840-35951038)
[»] scaffold0044 (1 HSPs)
scaffold0044 (21-217)||(45269-45465)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (21-217)||(27568587-27568783)
chr6 (21-217)||(8315908-8316104)
chr6 (19-217)||(17887247-17887445)
chr6 (110-213)||(23256037-23256140)
chr6 (164-217)||(3596274-3596327)
chr6 (86-191)||(15565406-15565511)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (21-217)||(54167748-54167944)
chr3 (21-217)||(21849756-21849952)
chr3 (19-217)||(43553849-43554047)
chr3 (19-217)||(53353384-53353582)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (22-217)||(12022846-12023041)
chr5 (21-217)||(7099778-7099974)
chr5 (21-217)||(16798226-16798422)
chr5 (22-217)||(37681593-37681788)
chr5 (19-217)||(10276761-10276959)
chr5 (21-129)||(40368004-40368112)
chr5 (38-217)||(26454678-26454857)
chr5 (86-197)||(25632304-25632415)
chr5 (86-209)||(30066799-30066922)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (21-217)||(26315570-26315766)
chr1 (19-217)||(43592223-43592421)
chr1 (100-217)||(30646922-30647039)


Alignment Details
Target: scaffold0440 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 7259 - 7063
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7259 caattctataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 7160  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7159 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 7063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Original strand, 30406207 - 30406403
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30406207 caattctataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 30406306  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30406307 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 30406403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Original strand, 198088 - 198284
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198088 caattctataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 198187  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198188 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 198284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Original strand, 312925 - 313121
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312925 caattctataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 313024  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  313025 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 313121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Original strand, 43807887 - 43808083
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43807887 caattctataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 43807986  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43807987 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 43808083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 41949565 - 41949367
Alignment:
Q  19 aacaattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41949565 aacaattctataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 41949466  T
Q  119 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41949465 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacacaataaaattagagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 41949367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Original strand, 31473557 - 31473755
Alignment:
Q  19 aacaattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 118  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31473557 aacaatgcaataggtctgctaacttctatctccgtctccttgagtatattttcaagccatactgcctggcatgctgccatacatcctgcaatatactcag 31473656  T
Q  119 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  31473657 attcacaggttgacaatgccacaactggttgcttcttaacacaccatgaaattggggcatttagaaacttgaataggtaacctgaagtgctttttctat 31473755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 28 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 1291070 - 1290881
Alignment:
Q  28 ataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagattcacagg 127  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1291070 ataggtctgttaacttctatctccatctccttgagtatattttcaagtcatactgtctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagattcacaag 1290971  T
Q  128 ttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1290970 ttgacaataccacaacaggttgcttcttagcacaccctgaaattgaagcattcataaatttgaataggtactctgaagtgctctttctat 1290881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 31 - 217
Target Start/End: Original strand, 27435595 - 27435781
Alignment:
Q  31 ggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagattcacaggttg 130  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || | |||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27435595 ggtctgctcacttctatctccatctccttgagtatgttttaaagccatactgcctgacatgctgtcatacaccctgcaatatactcagattcaaaggttg 27435694  T
Q  131 acaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| || || |||||||    
T  27435695 acaatgccacaactagttgcttcttagcacaccatgaaattggggcattcagaaacttgaataggtaacctgaggtactttttctat 27435781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 112 - 217
Target Start/End: Original strand, 17782650 - 17782755
Alignment:
Q  112 tactcagattcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctct 211  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| | || ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| || || |    
T  17782650 tactcagattcacatgttgacaatggtaacactggttgcttcttagcacactaagagattagagcattcagaaacttgaataggtagcctgaggtccttt 17782749  T
Q  212 ttctat 217  Q
    ||||||    
T  17782750 ttctat 17782755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 27761150 - 27760954
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761150 caattctataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 27761051  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761050 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 27760954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Original strand, 7940487 - 7940683
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7940487 caattctataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagac 7940586  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940587 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 7940683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Original strand, 13828506 - 13828690
Alignment:
Q  19 aacaattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 118  Q
    |||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13828506 aacaatgcaataggtatactaacttctatctccatcttcttgagtatattttcaagccatattgtctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 13828605  T
Q  119 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctga 203  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||    
T  13828606 actcacaggttgacaatgccacaactggtttcttcttagcacaccatgaaattggggcattcaggaacttgaataggtaacctga 13828690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 105 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 22580596 - 22580484
Alignment:
Q  105 tgcaatatactcagattcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaa 204  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||||| ||| ||| |     
T  22580596 tgcaatgtactcagattcacaggttgaaaatactaccacttgttgcttctaagcacaccaagagattggagcatttagaaatttgaatatgtagcctaag 22580497  T
Q  205 gtgctctttctat 217  Q
    || ||||||||||    
T  22580496 gtactctttctat 22580484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 44151311 - 44151115
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151311 caattctataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 44151212  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151211 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 44151115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Original strand, 50628332 - 50628530
Alignment:
Q  19 aacaattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50628332 aacaattctataggtctgctaacttctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 50628431  T
Q  119 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50628432 attcacaggttgacaatgccacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 50628530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 22 - 217
Target Start/End: Original strand, 8893026 - 8893221
Alignment:
Q  22 aattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagatt 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8893026 aattctataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagctatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagatt 8893125  T
Q  122 cacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8893126 cacaggttgacaatgctacaactgggtgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtatcctgaagtgctctttctat 8893221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 31358907 - 31358709
Alignment:
Q  19 aacaattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 118  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||    
T  31358907 aacaatgctataggtctgctaacctctatctccatctcattgagtatattttcaagccatactgcctgacatactgccatacatcctgcaatatacttag 31358808  T
Q  119 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31358807 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 31358709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 8055145 - 8054949
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055145 caattctataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 8055046  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055045 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 8054949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 36674804 - 36674608
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36674804 caattctataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagac 36674705  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36674704 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 36674608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Original strand, 35950840 - 35951038
Alignment:
Q  19 aacaattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 118  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35950840 aacaattatataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 35950939  T
Q  119 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35950940 attcacagattgacaatgccacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtactctttctat 35951038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Original strand, 45269 - 45465
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45269 caattctataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 45368  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45369 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 45465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Original strand, 27568587 - 27568783
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27568587 caattctataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 27568686  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27568687 tcacaggttgacaatgctacaattggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 27568783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Original strand, 8315908 - 8316104
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8315908 caattctataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagac 8316007  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8316008 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 8316104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Original strand, 17887247 - 17887445
Alignment:
Q  19 aacaattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17887247 aacaattctataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgcttccatacaccctgcaatatactcag 17887346  T
Q  119 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17887347 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacacggtgaaattggatcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 17887445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 110 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 23256140 - 23256037
Alignment:
Q  110 tatactcagattcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgct 209  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| || |||||||| ||| | |||||    
T  23256140 tatactcagatttacatgttcacaatgctaccactagttgcttcttagcacaccaagagattggagcattcagaaatttaaataggtaacctaaggtgct 23256041  T
Q  210 cttt 213  Q
    ||||    
T  23256040 cttt 23256037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 3596327 - 3596274
Alignment:
Q  164 atgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  3596327 atgaaattggagcattcagaaacttgaataggtaacctgatgtgctcttcctat 3596274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 86 - 191
Target Start/End: Original strand, 15565406 - 15565511
Alignment:
Q  86 gacatgctgccatacaccctgcaatatactcagattcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaa 185  Q
    |||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||| ||||| | ||| |  |  |||| |||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  15565406 gacatgctgctaaacactctgcaatgtactcagattcacaagttgaaagtgccattataggtttcttctttgtacaccatgatataagagcattcataaa 15565505  T
Q  186 cttgaa 191  Q
     |||||    
T  15565506 tttgaa 15565511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Original strand, 54167748 - 54167944
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167748 caattctataggtctgctaacctctatctccatctccttaagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 54167847  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167848 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 54167944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 21849952 - 21849756
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21849952 caattctataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagccatattgcctaacatgctgccatacaccctgcaatatattcagat 21849853  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21849852 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtactctttctat 21849756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 43554047 - 43553849
Alignment:
Q  19 aacaattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 118  Q
    |||||| | |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43554047 aacaatgccataggtctgctaacctatatctccatctatttgagtatattttcaagccatattgcttgacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 43553948  T
Q  119 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43553947 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccgtgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 43553849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Original strand, 53353384 - 53353582
Alignment:
Q  19 aacaattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 118  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  ||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  53353384 aacaatgctataggtctgctaacctctatctccatttccttaagtatattttcaagtcatactgcctgacatgctgtcatacatcctgcaatatactcag 53353483  T
Q  119 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  53353484 attcacaggttgacaatgctacaactggttgtttcttagcacaccatgaaattggagcatttaagaacttaaataggtaccctgaagtgctctttctat 53353582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 176; Significance: 6e-95; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 22 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 12023041 - 12022846
Alignment:
Q  22 aattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagatt 121  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023041 aattctataggtctgctaacctctatctccatctccttaagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagatt 12022942  T
Q  122 cacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12022941 cacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 12022846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Original strand, 7099778 - 7099974
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7099778 caattctataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagac 7099877  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099878 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 7099974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 16798422 - 16798226
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16798422 caattctataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagac 16798323  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798322 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 16798226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 22 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 37681788 - 37681593
Alignment:
Q  22 aattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagatt 121  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37681788 aattctataggtctactaacctctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagatt 37681689  T
Q  122 cacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37681688 cacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaatttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 37681593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 10276959 - 10276761
Alignment:
Q  19 aacaattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 118  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10276959 aacaattatataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagccatattgtttgacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 10276860  T
Q  119 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  10276859 attcacaagttgacaatgccacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccatgaagtgatctttctat 10276761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 21 - 129
Target Start/End: Original strand, 40368004 - 40368112
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40368004 caattctataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcatat 40368103  T
Q  121 tcacaggtt 129  Q
    |||||||||    
T  40368104 tcacaggtt 40368112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 38 - 217
Target Start/End: Original strand, 26454678 - 26454857
Alignment:
Q  38 taacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagattcacaggttgacaatgc 137  Q
    |||| ||||| ||||| | |||||||||||| |||||||| | |||  |||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||    
T  26454678 taacttctatttccatattcttgagtatattttcaagctaaactgcttgacaagctgtcatacatcctgcaatgtactcagattcacaagttgacagtgc 26454777  T
Q  138 tacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattgga--gcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||| | |||||||||||||||  |||| |||||||| ||||    
T  26454778 tacaactggttgcttcttagcacaccatgaa--tggatcgcatttagaaacttgaataggtaatctgaggtgctcttcctat 26454857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 86 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 25632415 - 25632304
Alignment:
Q  86 gacatgctgccatacaccctgcaatatactcagattcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaa 185  Q
    |||| |||||||  || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | | ||||| ||||||||| ||||| || ||  ||||||| | |||    
T  25632415 gacaggctgccaatcaacctgcaatgtactcagattcacatgttgacaaggctgccattggtttcttcttagctcaccaagagatcagagcatttagaaa 25632316  T
Q  186 cttgaataggta 197  Q
     ||||| |||||    
T  25632315 tttgaacaggta 25632304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 86 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 30066922 - 30066799
Alignment:
Q  86 gacatgctgccatacaccctgcaatatactcagattcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaa 185  Q
    |||||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||| ||||| | | |||  ||  ||||||| || | ||||||||| || |||||||||| |||    
T  30066922 gacatgctgctaaacaccctacaatgtactcagattcacaagttgaaagtactaatacaagttgcttttttgtacaccatgatataggagcattcagaaa 30066823  T
Q  186 cttgaataggtaccctgaagtgct 209  Q
     ||||| | ||| | |||||||||    
T  30066822 tttgaacaagtagcatgaagtgct 30066799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 26315766 - 26315570
Alignment:
Q  21 caattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcagat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26315766 caattctataggtctgctaacctctatctccatctctttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgctgccatacaccctgcaatatactcagac 26315667  T
Q  121 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26315666 tcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 26315570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Original strand, 43592223 - 43592421
Alignment:
Q  19 aacaattcaataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattctcaagctatattgccggacatgctgccatacaccctgcaatatactcag 118  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||     
T  43592223 aacaattatataggtctgctaacctctatctccatctccttgagtatattttcaagccatattgcctgacatgttgccatacaccctgtaatatactcaa 43592322  T
Q  119 attcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtaccctgaagtgctctttctat 217  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43592323 attcacaggttaacaatgccacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaatttgaataggtaccatgaagtgctctttctat 43592421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 100 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 30647039 - 30646922
Alignment:
Q  100 caccctgcaatatactcagattcacaggttgacaatgctacaactggttgcttcttagcacaccatgaaattggagcattcataaacttgaataggtacc 199  Q
    |||| ||||||| ||||| | ||||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||| || || | ||| |    
T  30647039 caccatgcaatacactcaaactcacaagttgataaggctaccaccggttgcttcttagcacaccatgatatttgagcatttagaaatttaaacaagtagc 30646940  T
Q  200 ctgaagtgctctttctat 217  Q
    || |||| ||||||||||    
T  30646939 ctcaagtactctttctat 30646922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University