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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8122_low_17 (Length: 241)

Name: NF8122_low_17
Description: NF8122
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8122_low_17
NF8122_low_17
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-226)||(18788441-18788659)
chr1 (4-226)||(52730702-52730923)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-226)||(7602517-7602740)
chr3 (1-226)||(34904892-34905115)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-226)||(19209420-19209640)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-229)||(54534053-54534276)
chr4 (1-93)||(9980028-9980120)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-226)||(33685353-33685575)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (4-226)||(18079235-18079452)
chr8 (1-226)||(44520546-44520770)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 149; Significance: 8e-79; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 18788441 - 18788659
Alignment:
Q  1 atgtgattttacccataactaaaatatgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18788441 atgtgattttacccataactaaaatttgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacg 18788540  T
Q  101 tgatataactcnnnnnnnnnattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaacttnnnnnnnnnnnntcagacttaacaaaatataa 200  Q
    |||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||    
T  18788541 tgatataactc----tttttattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaactt---aaaaaaaaatcagacttaacaaaatataa 18788633  T
Q  201 cgtgagacatgatcaatggtcatggt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  18788634 cgtgagacatgatcaatggtcatggt 18788659  T

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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 4 - 226
Target Start/End: Original strand, 52730702 - 52730923
Alignment:
Q  4 tgattttacccataactaaaatatgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacgtga 103  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52730702 tgattttacccataactaaaatttgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccagtcttaaatatttaaagtaaacgtga 52730801  T
Q  104 tataactcnnnnnnnnnattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaacttnnnnnnnnnnnntcagacttaacaaaatataacgt 203  Q
    ||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||            |||||||||||||||||||||||    
T  52730802 tataactc-ttttttttattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaatttaaaaaataaaaatcagacttaacaaaatataacgt 52730900  T
Q  204 gagacatgatcaatggtcatggt 226  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  52730901 gagacataatcaatggtcatggt 52730923  T

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Target: chr3 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 7602740 - 7602517
Alignment:
Q  1 atgtgattttacccataactaaaatatgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7602740 atgtgattttacccataactaaaatttgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaataccttcggtcttaaatatttaaagtaaacg 7602641  T
Q  101 tgatataactcnnnnnnnnnattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaacttnnnnnnnnnnnntcagacttaacaaaatataa 200  Q
    ||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||    
T  7602640 tgatataact--tttttttaattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaacttttaaaaaataaatcagacttaacaaaatataa 7602543  T
Q  201 cgtgagacatgatcaatggtcatggt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  7602542 cgtgagacatgatcaatggtcatggt 7602517  T

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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 34905115 - 34904892
Alignment:
Q  1 atgtgattttacccataactaaaatatgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34905115 atgtgattttacccataactaaaatttgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacg 34905016  T
Q  101 tgatataactcnnnnnnnnnattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaacttnnnnnnnnnnnntcagacttaacaaaatataa 200  Q
    |||||| ||||          |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||| || ||||||||||||    
T  34905015 tgatattactctttttttatttatttatttataacctttattttacagataaatttatttaacaactt--aaaaaaaaaatcaggctaaacaaaatataa 34904918  T
Q  201 cgtgagacatgatcaatggtcatggt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  34904917 cgtgagacatgatcaatggtcatggt 34904892  T

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Target: chr2 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 19209420 - 19209640
Alignment:
Q  1 atgtgattttacccataactaaaatatgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19209420 atgtgattttacccataactaaaatttgagaattacacaacttgccttaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacg 19209519  T
Q  101 tgatataactcnnnnnnnnnattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaacttnnnnnnnnnnnntcagacttaacaaaatataa 200  Q
    |||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||    
T  19209520 tgatataactc--tttttttattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaactt---aaaaaaaaatcagacttaacaaaatataa 19209614  T
Q  201 cgtgagacatgatcaatggtcatggt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  19209615 cgtgagacatgatcaatggtcatggt 19209640  T

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Target: chr4 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 54534276 - 54534053
Alignment:
Q  1 atgtgattttacccataactaaaatatgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54534276 atgtgattttacccataactaaaatttgagaattacacaacttgccttaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacg 54534177  T
Q  101 tgatataactcnnnnnnnnnattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaacttnnnnnnnnnnnntcagacttaacaaaatataa 200  Q
    | |||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||    
T  54534176 ttatataactc--tttttttattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaactt---aaaaaaaaatcagacttaacaaaatataa 54534082  T
Q  201 cgtgagacatgatcaatggtcatggtgat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54534081 cgtgagacatgatcaatggtcatggtgat 54534053  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 93
Target Start/End: Original strand, 9980028 - 9980120
Alignment:
Q  1 atgtgattttacccataactaaaatatgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaa 93  Q
    ||||||||| ||  |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |  |||||| ||  |||||||| ||||||    
T  9980028 atgtgatttaactgataattaaaatttgagaactacacaacttgccctaatggattgcatattgaataatacccccaatcttaaatgtttaaa 9980120  T

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Target: chr5 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 33685575 - 33685353
Alignment:
Q  1 atgtgattttacccataactaaaatatgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33685575 atgtgattttacccataactaaaatttgagaattacacaacttgccctaatggatataatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacg 33685476  T
Q  101 tgatataactcnnnnnnnnnattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaacttnnnnnnnnnnnntcagacttaacaaaatataa 200  Q
    |||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            | ||||||||||||||||||    
T  33685475 tgatataactc--tttttttattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaacttaaaaaaaaaaatt-agacttaacaaaatataa 33685379  T
Q  201 cgtgagacatgatcaatggtcatggt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  33685378 cgtgagacatgatcaatggtcatggt 33685353  T

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Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 4 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 18079452 - 18079235
Alignment:
Q  4 tgattttacccataactaaaatatgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacgtga 103  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18079452 tgattttacccataactaaaatttgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctctggtcttaaatatttaaagtaaacgtga 18079353  T
Q  104 tataactcnnnnnnnnnattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaacttnnnnnnnnnnnntcagacttaacaaaatataacgt 203  Q
    ||||||||         |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||    
T  18079352 tataactc--tttttttattattatttataacctttattttgcagataaatttatttaacaactt---aaaaaaaaatcagacttaacaaaatataacgt 18079258  T
Q  204 gagacatgatcaatggtcatggt 226  Q
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T  18079257 gagacatgatcaatggtcatggt 18079235  T

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Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 44520546 - 44520770
Alignment:
Q  1 atgtgattttacccataactaaaatatgagaattacacaacttgccctaatggatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttaaagtaaacg 100  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  44520546 atgtgattttatccataattaaaatttgagaattacacaacttgccctaattgatagaatatttataaatacctccggtcttaaatatttatagtaaaca 44520645  T
Q  101 tgatataactcnnnnnnnnnattattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaactt---nnnnnnnnnnnntcagacttaacaaaata 197  Q
    |||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||    
T  44520646 tgatataactcttttttt---ttattatttataacctttattttacagataaatttatttaacaacttcaaaaaaaaaaaaaatcagacttaacaaaata 44520742  T
Q  198 taacgtgagacatgatcaatggtcatggt 226  Q
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T  44520743 taacgt-agacatgatcaatggtcatggt 44520770  T

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