View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8124_high_3 (Length: 421)

Name: NF8124_high_3
Description: NF8124
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8124_high_3
NF8124_high_3
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (8-405)||(37307229-37307626)
chr2 (12-189)||(13186680-13186858)
chr2 (186-397)||(40190362-40190573)
chr2 (186-388)||(7305032-7305234)
chr2 (186-400)||(13186933-13187147)
chr2 (212-404)||(6598990-6599182)
chr2 (12-189)||(7305311-7305488)
chr2 (87-182)||(40190655-40190750)
chr2 (240-405)||(40426102-40426267)
chr2 (9-78)||(40196727-40196797)
chr2 (92-172)||(26381517-26381597)
chr2 (186-317)||(17290074-17290205)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (186-405)||(27156102-27156321)
chr3 (12-189)||(54346527-54346705)
chr3 (186-405)||(54346780-54346999)
chr3 (12-189)||(27156396-27156573)
chr3 (186-403)||(43812992-43813208)
chr3 (27-189)||(46428363-46428526)
chr3 (27-189)||(42794293-42794456)
chr3 (27-189)||(54812477-54812640)
chr3 (186-317)||(42794531-42794662)
chr3 (186-317)||(46428601-46428732)
chr3 (109-189)||(34265159-34265239)
chr3 (186-317)||(54812271-54812402)
chr3 (101-189)||(43912481-43912569)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (186-400)||(23084850-23085064)
chr1 (12-189)||(23949490-23949668)
chr1 (188-405)||(42677238-42677455)
chr1 (186-405)||(5308687-5308906)
chr1 (186-405)||(23949743-23949962)
chr1 (12-189)||(23085139-23085318)
chr1 (12-189)||(5308434-5308612)
chr1 (12-189)||(50952796-50952975)
chr1 (186-388)||(50952519-50952721)
chr1 (186-404)||(34553808-34554026)
chr1 (27-191)||(22065428-22065593)
chr1 (186-317)||(22065224-22065355)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (12-178)||(34080978-34081145)
chr5 (186-405)||(22540255-22540474)
chr5 (186-405)||(18259074-18259293)
chr5 (12-189)||(18259368-18259545)
chr5 (186-404)||(34080677-34080892)
chr5 (186-369)||(4560287-4560470)
chr5 (111-178)||(4560554-4560621)
chr5 (92-182)||(32216661-32216751)
chr5 (186-317)||(18934098-18934229)
chr5 (111-189)||(18883272-18883350)
chr5 (140-189)||(18933974-18934023)
chr5 (281-350)||(33909837-33909906)
chr5 (186-246)||(32216837-32216897)
chr5 (186-247)||(18883426-18883487)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (186-405)||(36894351-36894570)
chr4 (186-405)||(34389740-34389959)
chr4 (15-189)||(34390034-34390209)
chr4 (16-189)||(36894645-36894820)
chr4 (9-189)||(47597819-47598000)
chr4 (109-189)||(43271019-43271099)
chr4 (186-247)||(47597683-47597744)
chr4 (186-247)||(43270883-43270944)
chr4 (126-158)||(28561506-28561538)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (186-388)||(48618979-48619181)
chr7 (12-189)||(8019973-8020151)
chr7 (186-405)||(29213663-29213883)
chr7 (12-189)||(48618726-48618904)
chr7 (186-405)||(8019680-8019898)
chr7 (15-177)||(29213969-29214132)
chr7 (12-113)||(25713258-25713360)
chr7 (111-189)||(24473340-24473418)
chr7 (186-317)||(24473493-24473624)
chr7 (291-353)||(29759836-29759897)
chr7 (110-189)||(29760073-29760152)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (12-191)||(26616951-26617131)
chr8 (12-189)||(1635790-1635968)
chr8 (186-405)||(26616661-26616878)
chr8 (12-189)||(456584-456762)
chr8 (186-388)||(1636043-1636245)
chr8 (190-405)||(456295-456510)
chr8 (27-189)||(44145512-44145675)
chr8 (186-369)||(44145749-44145932)
chr8 (134-189)||(38560847-38560902)
chr8 (186-247)||(38560711-38560772)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (27-189)||(1223191-1223354)
chr6 (291-331)||(34336896-34336936)
chr6 (186-247)||(1223055-1223116)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 37307626 - 37307229
Alignment:
Q  8 ggacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacatgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37307626 ggacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacatgatggtgcttgcaaagatacgagggttattgctggatgtggcg 37307527  T
Q  108 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattttgatcgacatgattcc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37307526 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattttgatcgacatgatttc 37307427  T
Q  208 tgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttgacgt 307  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37307426 tgataatttcaagttcaatgagaatattcctgttttagtttaccggatctgaaagttgccgaagatgagttgaaatgttcaactcaaccatacttgacgt 37307327  T
Q  308 gaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtctccttctagtgaggtccaaag 405  Q
    |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37307326 gaaggaaataggagtgctgattggctcgttaacttaagcatttctacggatcactttaatttactaatgttggagtctccttctagcgaggtccaaag 37307229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Original strand, 13186680 - 13186858
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  13186680 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggtttgatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 13186779  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13186780 tttttcgtgatttagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 13186858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 186 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 40190573 - 40190362
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||  ||| |||   ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  40190573 agattttgatcgatatgatttctgataattttaagttcaatgaacatattcctattttagtccaccagatcccaaaactgctgaagatgagttggaatgt 40190474  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  40190473 tcaactcaaccatacttgacatgaaggaaataggagtgtagattgactcactaacttaagcatttatacggatcactttaatttactagtgttggaatct 40190374  T
Q  386 ccttctagtgag 397  Q
    ||| ||||||||    
T  40190373 cctcctagtgag 40190362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 186 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 7305234 - 7305032
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||  | || |||| |||||||||||||||| |    
T  7305234 agattttgatcgacatgatttctaataatttcaagttcaatgagaatattcctgttttactttaccggatccggaacctgctgaagatgagttggaattt 7305135  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||  ||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  7305134 tcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctctctaatttaagcatttctacagatcactttaattttctagtgttggagtct 7305035  T
Q  386 cct 388  Q
    |||    
T  7305034 cct 7305032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 186 - 400
Target Start/End: Original strand, 13186933 - 13187147
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||  | ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  13186933 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatggaaatattcctgttttagtttaccgtatccggaagctgctgaagacgagttggaatgt 13187032  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||  |||| ||||||||  |  |||||||||||    
T  13187033 tcaactcaatcatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacatatcattttaattttattgtgttggagtct 13187132  T
Q  386 ccttctagtgaggtc 400  Q
    ||| || ||||||||    
T  13187133 cctccttgtgaggtc 13187147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 212 - 404
Target Start/End: Original strand, 6598990 - 6599182
Alignment:
Q  212 aatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttgacgtgaag 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  | ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  6598990 aatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagttcaccggatccggaagttgctgaagatgaattggaatgttcaactcaaccataattggcgtgaag 6599089  T
Q  312 gaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtctccttctagtgaggtccaaa 404  Q
    |||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||  || |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6599090 gaaataagagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacatatcactttgattttttagtgttggagtctcctcctagtgaggtccaaa 6599182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 7305488 - 7305311
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |  |    
T  7305488 atcatctatata-gttggtagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggagttattgctggatgtggtggcc 7305390  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  7305389 tttttcatgattcagacggtagatggatcaaagactacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 7305311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 87 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 40190750 - 40190655
Alignment:
Q  87 gggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 182  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40190750 gggttatttctggatgtggcgttctttttcgtgattcagacgttagatggatcaaaggctacattaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 40190655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 240 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 40426267 - 40426102
Alignment:
Q  240 ttttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgttcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaa 339  Q
    ||||||||||||| ||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  40426267 ttttagtttaccgtatccggaagctgctgaagatgagttggaatgttcaactcacccatatttggtgtgaaggaaataggagtgctgattgactcgctaa 40426168  T
Q  340 cttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtctccttctagtgaggtccaaag 405  Q
     ||||||||||||||  |||| |||||||| ||  || ||||||||||| || |||||||| ||||    
T  40426167 tttaagcatttctacagatcattttaattttcttgtgctggagtctcctccttgtgaggtcaaaag 40426102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 9 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 40196797 - 40196727
Alignment:
Q  9 gacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaac-atgatggtgcttgcaa 78  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  40196797 gacatcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagctcaacaatggtggtgcttgcaa 40196727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 92 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 26381597 - 26381517
Alignment:
Q  92 attgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 172  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||    
T  26381597 attgctggatgtgcgaatctctttcgtgactcagaaggtagatggattaaagactacactaagaagattggtgcgtgtgat 26381517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 186 - 317
Target Start/End: Original strand, 17290074 - 17290205
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||  | |||||||| ||||||||| | |||||||||||| | || ||  | ||||||| ||  |||  |||| ||||    
T  17290074 agatattgatcgacatgatttctgacgagttcaagtttaatgggaatgtgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgt 17290173  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaata 317  Q
     ||| ||||||||| ||| |||||||||||||    
T  17290174 gcaaatcaaccatatttggcgtgaaggaaata 17290205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 186 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 27156321 - 27156102
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  27156321 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagtttaatgggaatattcctgttttagtttaccggatccggaagctgctgaagatgagttggaatgt 27156222  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||| || |||||||||||  |||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  27156221 tcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttcagcatttctacagatcattttaattttctagtgttggagtct 27156122  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaaag 405  Q
    ||| || |||||||| ||||    
T  27156121 cctccttgtgaggtcaaaag 27156102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Original strand, 54346527 - 54346705
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  54346527 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 54346626  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  54346627 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 54346705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 186 - 405
Target Start/End: Original strand, 54346780 - 54346999
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||  | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  54346780 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatggaaatattcctgttttagtttaccgtatccggaagctgctgaagatgagttggaatgt 54346879  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||  |||| |||||||| ||  || ||||||||    
T  54346880 tcaactcacccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacagatcattttaattttcttgtgctggagtct 54346979  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaaag 405  Q
    ||| || |||||||| ||||    
T  54346980 cctccttgtgaggtcaaaag 54346999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 27156573 - 27156396
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  27156573 atcatctatataggttggaagcggcctcgaaaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttatt-ctggatgtggcggcc 27156475  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  27156474 tttttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattagagcttgtgatgccttacatgctgagat 27156396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 186 - 403
Target Start/End: Original strand, 43812992 - 43813208
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |  ||||| ||||||| | ||||||||||||||||   |||| ||  | |||||||||| |||||    
T  43812992 agattttgatcgatatgatttctgataatttcaaatgtaatggcaatattcatgttttagtttaccggatccaaaagttgttgcagatgagttgaaatgt 43813091  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||   |||  ||||||||  |  ||||| |||||    
T  43813092 tcaactcaaccataattggcgtgaaggaaattggagtgctgattgactcgctaacttaagcatttctatagatc-gtttaatttgttgttgttgaagtct 43813190  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaa 403  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  43813191 cctcctagtgaggtccaa 43813208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 27 - 189
Target Start/End: Original strand, 46428363 - 46428526
Alignment:
Q  27 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 125  Q
    ||||| || ||||| |||||||| | |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  46428363 tggaaacgacctcaggaaggttgaatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 46428462  T
Q  126 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46428463 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgttgagat 46428526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 27 - 189
Target Start/End: Original strand, 42794293 - 42794456
Alignment:
Q  27 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 125  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||| ||| |||    
T  42794293 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgcgatgcag 42794392  T
Q  126 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  42794393 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgtcttacatgctgagat 42794456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 27 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 54812640 - 54812477
Alignment:
Q  27 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 125  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||   || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  54812640 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacggcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 54812541  T
Q  126 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  54812540 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattgaagcttgtgatgccttacatgctgagat 54812477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 186 - 317
Target Start/End: Original strand, 42794531 - 42794662
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||| ||||||||||||||| || | || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| | || ||  | ||||||| ||  |||  |||| ||||    
T  42794531 agatattgatcgacatgatttctaacaagttcaagtttaatgggaatatgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgt 42794630  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaata 317  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  42794631 gcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaata 42794662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 186 - 317
Target Start/End: Original strand, 46428601 - 46428732
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| | || ||  | ||||||| ||  |||  |||| ||||    
T  46428601 agatattgatcgacatgatttctgacaagttcaagtttaatgggaatatgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgt 46428700  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaata 317  Q
     ||| ||||||||||||| | |||||||||||    
T  46428701 gcaaatcaaccatacttggcatgaaggaaata 46428732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 189
Target Start/End: Original strand, 34265159 - 34265239
Alignment:
Q  109 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||| ||| | |||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  34265159 tcttattcgtgattcagatggtaaatggattaaatgttacactaaaaagattgaagcttgtgatgtcttacatgctgagat 34265239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 186 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 54812402 - 54812271
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||  | |||||||| ||||||||| | |||||||||||| | || ||  | ||||||| ||  |||  || | ||||    
T  54812402 agatattgatcgacatgatttctgacgagttcaagtttaatgggaatgtgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattagcatgt 54812303  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaata 317  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  54812302 gcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaata 54812271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 43912569 - 43912481
Alignment:
Q  101 tgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    ||||| ||| |||||||||||  ||| | || |||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  43912569 tgtggtgatatttttcgtgatgtagatgataaatggattaaaggctacgttaagaagatttgagcttgtgataccttacatgatgagat 43912481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 131; Significance: 8e-68; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 186 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 23085064 - 23084850
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  23085064 agattttgatcgacatgatttttgataatttcaagttcaatgggaatattcatgttttagtttaccggatccggaagctgctgaagatgagttggaatgt 23084965  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  23084964 tcaactcaaccatatttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacgtatcattttaattttctagtgttggagtct 23084865  T
Q  386 ccttctagtgaggtc 400  Q
    ||| || ||||||||    
T  23084864 cctccttgtgaggtc 23084850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Original strand, 23949490 - 23949668
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  23949490 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 23949589  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23949590 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 23949668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 188 - 405
Target Start/End: Original strand, 42677238 - 42677455
Alignment:
Q  188 attttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgttc 287  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||  | ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42677238 attttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatggaaatattcctgttttagtttaccgtatccggaagctgctgaagatgagttggaatgttc 42677337  T
Q  288 aactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtctcc 387  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||  |||  |||||||| ||| |||||||||||||    
T  42677338 aactcaaccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacagatctttttaattttctagtgttggagtctcc 42677437  T
Q  388 ttctagtgaggtccaaag 405  Q
    | || |||||||| ||||    
T  42677438 tccttgtgaggtcaaaag 42677455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 186 - 405
Target Start/End: Original strand, 5308687 - 5308906
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||  | || |||| ||||||||||||||||||    
T  5308687 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatggaaatattcctgttttagtttaccgtatccggaatctgctgaagatgagttggaatgt 5308786  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||  |||| |||||||| ||  |||||||||||    
T  5308787 tcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacatatcattttaattttcttgtgttggagtct 5308886  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaaag 405  Q
    ||| || |||||||| ||||    
T  5308887 cctccttgtgaggtcaaaag 5308906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 186 - 405
Target Start/End: Original strand, 23949743 - 23949962
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  | ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  23949743 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttaccgtatccggaagctgctgaagatgagttagaatgt 23949842  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||  |||| ||||||||  |  |||||||||||    
T  23949843 tcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacagatcattttaattttattgtgttggagtct 23949942  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaaag 405  Q
    ||| || |||||||| ||||    
T  23949943 cctccttgtgaggtcaaaag 23949962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 23085318 - 23085139
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgaggg-ttattgctggatgtggcgat 109  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||      
T  23085318 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatggggggttattgctggatgaggcggc 23085219  T
Q  110 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23085218 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 23085139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Original strand, 5308434 - 5308612
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   |    
T  5308434 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggctgcc 5308533  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  5308534 tttttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 5308612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 50952975 - 50952796
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  50952975 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 50952876  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggc-tacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  50952875 tttttcgtgattcagacggtagatagatcaaaggcttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 50952796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 186 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 50952721 - 50952519
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  50952721 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcatgttttagtttaccggatccggaagctgctgaagatgagttggaatgt 50952622  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||| |||| |||  |||||||||||||  |||  |||||||| ||| ||||||||| |    
T  50952621 tcaactcaaccatacttggcgtgaagaaaataggagtgctgattggctcgctaatataagcatttctacagatctttttaattttctagtgttggagtat 50952522  T
Q  386 cct 388  Q
    |||    
T  50952521 cct 50952519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 186 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 34554026 - 34553808
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||  | ||  ||||||||||| ||||||||||| || ||||    ||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  34554026 agatttttatcgacatgatttctgataattttgaatttgatgggaatatttctattttagttcactggatccagaagatgctgaagatgagttagaatgt 34553927  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||| ||||||||||| ||| |||| ||||| |||  ||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  34553926 tcaactcaaccatacttggtgtgaaggaaatagaagtgctgattgactcgctaatttaaacatttatacatatcactttaattttcttgtgttggagtct 34553827  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaaa 404  Q
    ||| |||||||||||||||    
T  34553826 cctcctagtgaggtccaaa 34553808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 27 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 22065593 - 22065428
Alignment:
Q  27 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 125  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||| |   ||||   || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  22065593 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagtgacggtgcctgcaaggatatgggtcatattttcggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 22065494  T
Q  126 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattt 191  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  22065493 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagattt 22065428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 22065355 - 22065224
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||| | |||||||||||| | || ||  | | ||||| ||  |||  |||| ||||    
T  22065355 agatattgatcgacatgatttctgacaagttcaagtttaatgggaatgtgcctattttagttcatcgtatcaggaggctgctgagaatggattggcatgt 22065256  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaata 317  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  22065255 gcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaata 22065224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 12 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 34081145 - 34080978
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  34081145 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggtc 34081046  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34081045 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 34080978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 186 - 405
Target Start/End: Original strand, 22540255 - 22540474
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||  | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  22540255 agattttgatcgacgtgatttctgataatttcaagttcgatggaaatattcctgttttagtttactggatccggaagctgctgaagatgagttggaatgt 22540354  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||| || ||||| ||| ||||| |||||    
T  22540355 tcaactcaaccatacttggcgtaaaggaaataggagtgttgattgactcgctaatttaagcatttctacagatcatttaaattttctagtgttgaagtct 22540454  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaaag 405  Q
    ||| || |||||||| ||||    
T  22540455 cctccttgtgaggtcaaaag 22540474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 186 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 18259293 - 18259074
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||  | ||||||| |||||| ||||| |||||    
T  18259293 agattttgatcgacatgatttctgataattccaaattcaatgggaatattcttgttttagtttaccggatccggaagctgctgaagataagttgaaatgt 18259194  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||||||| ||  |||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  18259193 tcaactcaaccatacctggcgcgaaggaaatatgagtgctgattggctcgctaatttaagcatttcgacagatcattttaattttctagtgttggagtct 18259094  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaaag 405  Q
    ||| || |||||||| ||||    
T  18259093 cctccttgtgaggtcaaaag 18259074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 18259545 - 18259368
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | |||| |||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||||  |    
T  18259545 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatagtgcttgcaaggatatgggggttattgttg-atgtggcggcc 18259447  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18259446 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaagactacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 18259368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 186 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 34080892 - 34080677
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||    ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  34080892 agattttgatggatatgatttctgataaattcaagttcaatgcgaatattcttgttttagttcaccggatccagaagctgctgaagatgggttggaatgt 34080793  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| || | ||| |||| ||||| |||  |||||||||||||  || |||||||||||    
T  34080792 tcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaacatgagtgttgattggcttgctaatttaaacatttttacatatcactttaattttatagtgttggagtct 34080693  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaaa 404  Q
    |   |||||||||||||||    
T  34080692 c---ctagtgaggtccaaa 34080677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 186 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 4560470 - 4560287
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| | || ||  | ||||||| ||  |||  |||| ||||    
T  4560470 agatattgatcgacatgatttctgaaaagttcaagtttaatgggaatatgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgt 4560371  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaattt 369  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||| | ||| || |||||||||  |||||| || |||||    
T  4560370 gcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaatagaagtgctgattgacttgctaattttagcatttctgtgaatcatttgaattt 4560287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 111 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 4560621 - 4560554
Alignment:
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 178  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4560621 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 4560554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 92 - 182
Target Start/End: Original strand, 32216661 - 32216751
Alignment:
Q  92 attgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 182  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  32216661 attgttggatgtgggggtctttttcgtgacttggacggtagatggattaaaggctacaataagaagattggtgtgtgtcatgccttatatg 32216751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 317
Target Start/End: Original strand, 18934098 - 18934229
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||  | |||||||| ||||||||| | |||||||||||| | || ||  | ||||||| ||  |||  |||| ||||    
T  18934098 agatattgatcgacatgatttctgacgagttcaagtttaatgggaatgtgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgt 18934197  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaata 317  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  18934198 gcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaata 18934229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 111 - 189
Target Start/End: Original strand, 18883272 - 18883350
Alignment:
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||| |||| |||| |||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  18883272 tttttcatgatgcagatggtaaatggattaaaggctgcactaataagattggaacttgtgatgccttacttgttgagat 18883350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 140 - 189
Target Start/End: Original strand, 18933974 - 18934023
Alignment:
Q  140 aaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18933974 aaaggctacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 18934023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 281 - 350
Target Start/End: Original strand, 33909837 - 33909906
Alignment:
Q  281 aatgttcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcattt 350  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  33909837 aatgttcaaccgaaccatatttgacgtcaaagaaataaaagtgttaattgactcgttaacttaaacattt 33909906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 246
Target Start/End: Original strand, 32216837 - 32216897
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagt 246  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  |||||| | ||||||| |||||| |||||||||||    
T  32216837 agattttgatcaacatgattcctggcaatttccatttcaatgagaatatccctattttagt 32216897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 247
Target Start/End: Original strand, 18883426 - 18883487
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtt 247  Q
    |||| ||||||||||||||| | || || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  18883426 agatattgatcgacatgatttcggacaagtttaagtttaatgggaatatccctattttagtt 18883487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 186 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 36894570 - 36894351
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  | ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36894570 agattttgatcgacatgatttctaataatttcaagttcaatgtgaatattcctgttttagtttaccggatccggaagttgctgaagatgagttggaatgt 36894471  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||  |||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  36894470 tcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaataggagtgttgattggctcgctaatttaagcatttatacagatcattttaattttctagtgttggagtct 36894371  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaaag 405  Q
    ||| || |||||||| ||||    
T  36894370 cctccttgtgaggtcaaaag 36894351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 186 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 34389959 - 34389740
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  34389959 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcttgttttagtttaccggatccgaaagctgctgaagatgatttggaatgt 34389860  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||| |||||||||| |||  |||| ||||||||  || |||||||||||    
T  34389859 tcaactcaaccatacttagcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagcatttttacatatcattttaattttttagtgttggagtct 34389760  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaaag 405  Q
    ||| || |||||||| ||||    
T  34389759 cctccttgtgaggtcaaaag 34389740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 34390209 - 34390034
Alignment:
Q  15 atctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 113  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  34390209 atctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggccttt 34390110  T
Q  114 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  34390109 ttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctatactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 34390034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 36894820 - 36894645
Alignment:
Q  16 tctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaac--atgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 113  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||   |||    
T  36894820 tctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagctttaataatgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggctttt 36894721  T
Q  114 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  36894720 ttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 36894645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 9 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 47598000 - 47597819
Alignment:
Q  9 gacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcg 107  Q
    ||||| ||||| ||| | ||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| |    
T  47598000 gacattatctacataggatggaaacgacctcaagaaggttggatcaaactcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtg 47597901  T
Q  108 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
     | ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  47597900 gtatttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 47597819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 109 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 43271099 - 43271019
Alignment:
Q  109 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||||||| ||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  43271099 tctttttcgtaattcagatggtaaattgattaaaggctacactaagaagatgtgagcttgtgatgccttacatgctgagat 43271019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 47597744 - 47597683
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtt 247  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  47597744 agatattgatcgacatgatttctgacaagttcaagtttaatgggaatatgcctattttagtt 47597683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 43270944 - 43270883
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtt 247  Q
    |||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||    
T  43270944 agatattgatcgacatgatttttgacaatttcaagcttaatggaaatatccctattttagtt 43270883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 126 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 28561538 - 28561506
Alignment:
Q  126 acggtagatggatcaaaggctacactaagaaga 158  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28561538 acggtagatggattaaaggctacactaagaaga 28561506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 186 - 388
Target Start/End: Original strand, 48618979 - 48619181
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||  | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  48618979 agattttgattgacatgatttctgataatttcaagtttaatgggaatattcctgttttagtttactgtatccggaagctgctgaagatgagttggaatgt 48619078  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  48619079 tcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaataagagtgctgattggctcgctaatttaagcatttctacaaatcattttaattttctagtgttggagtct 48619178  T
Q  386 cct 388  Q
    |||    
T  48619179 cct 48619181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 8020151 - 8019973
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  |    
T  8020151 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgttggatgtggcggcc 8020052  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8020051 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 8019973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 186 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 29213883 - 29213663
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| || |||||||    |||||   ||||||||||||||||||    
T  29213883 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatggaaatatttctgttttacttcaccggatccagaagctattgaagatgagttggaatgt 29213784  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataag-agtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtc 384  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  29213783 tcaactcaaccatacttggcgtgaaagaaaaaaggagtgttgattgactcgctaatttaagcatttctacagatcactttaattttcttgtgttggagtc 29213684  T
Q  385 tccttctagtgaggtccaaag 405  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  29213683 tcctcctagtgaggtccaaag 29213663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Original strand, 48618726 - 48618904
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||  |    
T  48618726 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggttatgggggttattgccggatgtggcggcc 48618825  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  48618826 ttttttgtgattcagatggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 48618904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 186 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 8019898 - 8019680
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  | || |||| ||||||||||||||||||    
T  8019898 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttaccgtatccggaatctgctgaagatgagttggaatgt 8019799  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||| | ||||||  |||| |||||||| ||  || ||||||||    
T  8019798 tcaactcacccatacttggcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaagtaattctacagatca-tttaattttcttgtgctggagtct 8019700  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaaag 405  Q
    ||| || |||||||| ||||    
T  8019699 cctccttgtgaggtcaaaag 8019680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 15 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 29214132 - 29213969
Alignment:
Q  15 atctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 113  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||  ||||| || |||||  |||||||||||  ||||    
T  29214132 atctatataggttggaagcggtctcatgaaggttggatcaagctcaatagtgatggtgcttgcaagaatatggggattatttttggatgtggcggccttt 29214033  T
Q  114 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctt 177  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29214032 ttcgtgatttagacggtagatgggtcaaatgctacactaagaagattagagcttgtgatgcctt 29213969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 12 - 113
Target Start/End: Original strand, 25713258 - 25713360
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  25713258 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagctcaacagtgatgatgcttgcaaggacatgggggttattgttggatgtggcggtc 25713357  T
Q  111 ttt 113  Q
    |||    
T  25713358 ttt 25713360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 111 - 189
Target Start/End: Original strand, 24473340 - 24473418
Alignment:
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  24473340 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 24473418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 186 - 317
Target Start/End: Original strand, 24473493 - 24473624
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| | || ||  | ||||||| ||  |||  |||| ||||    
T  24473493 agatattgatcgacatgatttctgacaagttcaagtttaatgggaatatgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgt 24473592  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaata 317  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  24473593 gcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaata 24473624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 29759897 - 29759836
Alignment:
Q  291 tcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttcta 353  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  29759897 tcaaccatacttgacgtgaaggagatatgagtgttgaataacttgttaactt-agcatttcta 29759836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 110 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 29760152 - 29760073
Alignment:
Q  110 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||| ||||| || |||| | ||||||||| || ||  ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  29760152 cttttttgtgatacaaacggaaaatggatcaatggttatgctaagaagattggagtttgtgatgctttacatgttgagat 29760073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 12 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 26617131 - 26616951
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||  |    
T  26617131 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgagggttattgcttcatgtggcggcc 26617032  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattt 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  26617031 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagattt 26616951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Original strand, 1635790 - 1635968
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  1635790 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatataggggttattgctggatgtggcggcc 1635889  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1635890 tttttcgtgattcagacggtaaatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 1635968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 186 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 26616878 - 26616661
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  26616878 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgtt--agtttaccggatctggaagctgctgaagatgagttggaatgt 26616781  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||| |||  ||| ||||||||||||||  |||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  26616780 tcaactcaaccatacttggcgtgaaggaaatatgagtactgattggctcactaatttaagcatttctacagatcattttaattttctagtgttggagtct 26616681  T
Q  386 ccttctagtgaggtccaaag 405  Q
    ||| || |||| ||| ||||    
T  26616680 cctccttgtgatgtcaaaag 26616661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 456762 - 456584
Alignment:
Q  12 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| || ||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  456762 atcatctatataggttggaagcggcctcgagagggttggatcaggcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 456663  T
Q  111 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  456662 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagtttgtgatgtcttatatgctgagat 456584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 186 - 388
Target Start/End: Original strand, 1636043 - 1636245
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  1636043 agattttgatcgacatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttagtttaccgtatccggaagctgctgaagatgagttggaatgt 1636142  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtct 385  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||| |||| |||||||||  |||| |||||||| ||  || ||||||||    
T  1636143 tcaactcacccatacttagcgtgaaggaaataggagtgctgattggctcgctaatttaatcatttctacagatcattttaattttcttgtgctggagtct 1636242  T
Q  386 cct 388  Q
    |||    
T  1636243 cct 1636245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 190 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 456510 - 456295
Alignment:
Q  190 tttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgttcaa 289  Q
    |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||  | ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  456510 tttgattgatatgatttctgataatttcaagttcaatgggaatattcctgttttatttcaccggatccggaagctactgaagatgagttggaatgttcaa 456411  T
Q  290 ctcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaatttactaatgttggagtctcctt 389  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||| |||| ||| |||| |||||||||| |||||||| ||||  || || |||||| ||||     
T  456410 ctcaaccatacttgacgcgaaggaaataggagtgctaattggctcgctaatttaaacatttctacgtatcactttgattttttagtgctggagtttcctc 456311  T
Q  390 ctagtgaggtccaaag 405  Q
    ||| | ||||||||||    
T  456310 ctaataaggtccaaag 456295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 27 - 189
Target Start/End: Original strand, 44145512 - 44145675
Alignment:
Q  27 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 125  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  44145512 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 44145611  T
Q  126 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  44145612 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 44145675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 186 - 369
Target Start/End: Original strand, 44145749 - 44145932
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtttaccggatttgaaagctgccgaagatgagttggaatgt 285  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||  | |||||||| ||||||||| | |||||||||||| | || ||  | ||||||| ||  |||  |||| ||||    
T  44145749 agatattgatcgacatgatttctgacgagttcaagtttaatgggaatgtgcctattttagttcatcgtatcaggaagctgctgagaatggattggcatgt 44145848  T
Q  286 tcaactcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattgactcgttaacttaagcatttctacgaatcactttaattt 369  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||| | ||| || |||||||||  |||||| || |||||    
T  44145849 gcaaatcaaccatacttggcgtgaaggaaatagaagtgctgattgacttgctaattttagcatttctgtgaatcatttgaattt 44145932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 134 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 38560902 - 38560847
Alignment:
Q  134 tggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  38560902 tggattaaaggctacactgagaatatcggagtttgtgatgccttacatgttgagat 38560847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 38560772 - 38560711
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtt 247  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  38560772 agatattgatcgacgtgatttctgataggttcaaatttaatgggaatatccctattttagtt 38560711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 27 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 1223354 - 1223191
Alignment:
Q  27 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 125  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | |  ||||| | | ||||||||||  ||     
T  1223354 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccgattgtggtggtatttttcgtgacgcat 1223255  T
Q  126 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 189  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1223254 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 1223191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 331
Target Start/End: Original strand, 34336896 - 34336936
Alignment:
Q  291 tcaaccatacttgacgtgaaggaaataagagtgttgattga 331  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34336896 tcaatcatacttgacgagaaggaaataagagtgttgattga 34336936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 1223116 - 1223055
Alignment:
Q  186 agattttgatcgacatgattcctgataatttcaagttcaatgggaatattcctattttagtt 247  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||  | |||||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  1223116 agatattgatcgacatgatttctgacgagttcaagtttaatgggaatgtgcctattttagtt 1223055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University