View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8127_low_16 (Length: 298)

Name: NF8127_low_16
Description: NF8127
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8127_low_16
NF8127_low_16
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (12-298)||(4784972-4785258)
chr7 (12-298)||(4817401-4817687)
chr7 (12-298)||(4862582-4862868)
chr7 (31-298)||(4713222-4713489)
chr7 (12-298)||(4698327-4698613)
chr7 (29-298)||(4854590-4854859)
chr7 (26-181)||(4652330-4652485)
chr7 (26-283)||(4665643-4665900)
chr7 (12-283)||(4629617-4629888)
chr7 (12-283)||(4660509-4660780)
chr7 (50-283)||(4635565-4635798)
chr7 (26-123)||(4642572-4642669)
chr7 (26-283)||(4671348-4671605)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (38-171)||(18926902-18927035)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 12 - 298
Target Start/End: Original strand, 4784972 - 4785258
Alignment:
12 aatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
4784972 aatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcgttc 4785071  T
112 tttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattct 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
4785072 tttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattct 4785171  T
212 ataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgat 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
4785172 ataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatgatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgat 4785258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 12 - 298
Target Start/End: Original strand, 4817401 - 4817687
Alignment:
12 aatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttc 111  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
4817401 aatactacatgcgacaaagattgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcggtc 4817500  T
112 tttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattct 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
4817501 tttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattct 4817600  T
212 ataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgat 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
4817601 ataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatgatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgat 4817687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 12 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 4862868 - 4862582
Alignment:
12 aatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttc 111  Q
    |||||||| | || ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||    
4862868 aatactaccttcgtcaaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcggtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccaccattggttcgttc 4862769  T
112 tttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattct 211  Q
    ||  || ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
4862768 ttctgaaaagaaaaaagcgagtttagtcgtttggtttcaaaaatgttacaatgaaggtgtcataattgaagagatggtagatccgttcataaaagattct 4862669  T
212 ataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgat 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4862668 ataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgat 4862582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 31 - 298
Target Start/End: Original strand, 4713222 - 4713489
Alignment:
31 gttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagca 130  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| || ||||||||||||| ||||||      
4713222 gttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtg 4713321  T
131 agtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttga 230  Q
    |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
4713322 aacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttga 4713421  T
231 aatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgat 298  Q
    ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||    
4713422 aatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgat 4713489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 12 - 298
Target Start/End: Original strand, 4698327 - 4698613
Alignment:
12 aatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttc 111  Q
    |||||||| | || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||    
4698327 aatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactcttttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttc 4698426  T
112 tttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattct 211  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |   ||||||| |||| ||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
4698427 tttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaagagatggtggacccgttcataaaggattct 4698526  T
212 ataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgat 298  Q
    |||||   ||| ||| | ||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
4698527 ataacggctgaatgtctaaaaagttattgccaaatggtgttgagttgtttgcatgatgatggaaatcaacggatgtcgatgagtgat 4698613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 29 - 298
Target Start/End: Original strand, 4854590 - 4854859
Alignment:
29 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaag 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| || |||| || ||  ||||||||||||||||    
4854590 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttggatcatttattggataagaaaaaag 4854689  T
129 caagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgttt 228  Q
      |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||    
4854690 tgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggagtgatagttgaagagatggtggacccattcataaaggactctataacaagtgagtgttt 4854789  T
229 gaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgat 298  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||    
4854790 gaaattttattgtcaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacggatgtctatgagtgat 4854859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 26 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 4652485 - 4652330
Alignment:
26 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 125  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| |    
4652485 caaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaata 4652386  T
126 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaa 181  Q
     ||||||| | | |  ||||||| ||| ||| ||| |||||||||||| |||||||    
4652385 cagcaagtctagtttgttggtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaa 4652330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 26 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 4665900 - 4665643
Alignment:
26 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 125  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| |    
4665900 caaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaata 4665801  T
126 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 225  Q
      || ||| | | |  ||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||| | || || || || ||| |||  |||||||| |||  |||||     
4665800 ctgctagtctagtttgttggtttaaaaaatgttacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagttgatccattcgtaagggattctatcacagatgagta 4665701  T
226 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacga 283  Q
     ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| |||||||| ||||| | |||||||    
4665700 cttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttgcatgatgatgggactcaacga 4665643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 12 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 4629888 - 4629617
Alignment:
12 aatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttc 111  Q
    ||||||| ||||  |||||| | |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||      
4629888 aatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtga 4629789  T
112 tttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattct 211  Q
    |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||||||| |||  | |||||||||||||  |||||| | || || || || ||| |||  ||||||    
4629788 tttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttcaaaaatgccataatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtcgatccattcttaagggattct 4629689  T
212 ataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacga 283  Q
    || |||  |||||| ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| |||||||| ||||| | |||||||    
4629688 atcacagttgagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttgcatgatgatgggactcaacga 4629617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 12 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 4660780 - 4660509
Alignment:
12 aatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttc 111  Q
    ||||||| ||||  |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||       
4660780 aatactatatgctccaaaggttaactctaaaatctgaagtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccaccattggttcgcga 4660681  T
112 tttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattct 211  Q
    |||||||||||| | | | ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||  ||||||||||||  |||||| | || ||||| || | | |||||||||||    
4660680 tttggataagaatacaactagtctagtttgttggtttaaaagatgctatgatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatccatccctaaaagattct 4660581  T
212 ataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacga 283  Q
    || ||   |||||||||| ||| ||||||  |  |||  ||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
4660580 atcacggatgagtgtttggaatattattgcaagttggcgttaagttgtttgcatgatgatgggactcaacga 4660509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 50 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 4635798 - 4635565
Alignment:
50 gtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttc 149  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||      
4635798 gtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggttca 4635699  T
150 aaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggt 249  Q
    ||| ||| ||| | ||||||||||  |||||| | |||||||| || ||| ||| |||||| || ||  | ||||||||  ||| || |||  |  |||     
4635698 aaagatgctacgaagaaggtgtggcgattgaacaaatggtggatccattcctaagagattccatcacgggcgagtgttttgaatatttttgcaagttggc 4635599  T
250 tttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacga 283  Q
     ||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
4635598 gttaagttgtttgcatgatgatggaattcaacga 4635565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 4642669 - 4642572
Alignment:
26 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaa 123  Q
    |||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || || || |||||||||  ||||||||||||    
4642669 caaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcgttcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgtaatttggataagaa 4642572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 4671605 - 4671348
Alignment:
26 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 125  Q
    |||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| |    
4671605 caaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcattcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaata 4671506  T
126 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 225  Q
     ||| ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||  |||||| | ||  ||||  | ||| |||  |||||||| ||  |||||||    
4671505 cagctagtctagtttgttggtttaaaagatgctacgatgaaggtgtggcgattgaacaaatactggattcattcctaagggattctatcacgggtgagtg 4671406  T
226 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacga 283  Q
    |||| ||| ||||||  |  |||  || ||||| |||||||| ||||||| |||||||    
4671405 tttggaatattattgcaagttggcgttgagttgcttgcatgatgatggaactcaacga 4671348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 38 - 171
Target Start/End: Original strand, 18926902 - 18927035
Alignment:
38 ctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttgg 137  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||   ||| |||||||| |  || ||| | |    
18926902 ctaaaatctgacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgcaaggccacctttggttcgcgatttagataagaagacggctagtctag 18927001  T
138 ctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgt 171  Q
     |  ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
18927002 tttgttggtttcaaagatgttacgatgaaggtgt 18927035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University