View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8129_low_2 (Length: 526)

Name: NF8129_low_2
Description: NF8129
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8129_low_2
NF8129_low_2
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (4-509)||(35938952-35939461)
chr7 (108-509)||(35977069-35977470)
chr7 (108-509)||(35998481-35998882)
chr7 (108-509)||(35946406-35946807)
chr7 (109-503)||(35981641-35982035)
chr7 (109-503)||(36003053-36003447)
chr7 (159-509)||(36217707-36218057)
chr7 (108-509)||(35957614-35958015)
chr7 (159-509)||(36221698-36222048)
chr7 (101-491)||(32727210-32727605)
chr7 (388-491)||(35952063-35952166)
chr7 (163-216)||(35954965-35955018)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (106-509)||(18125334-18125737)
chr1 (106-509)||(18117681-18118084)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (98-509)||(26328679-26329090)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 473; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 35939461 - 35938952
Alignment:
Q  4 tccaatgagatggacatcaggcagataattattaaaataatcaactcgggcttcgcttccacatttacttctagtccaactccaacggttagtttttctc 103  Q
    ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939461 tccaatgagtttgatatcaggcagataattattaaaataatcaactcgggcttcgcttccacatttacttctagtccaactccaacggttagtttttctc 35939362  T
Q  104 agcaagaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatg 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939361 agcaagaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatg 35939262  T
Q  204 gaatgatg----atcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgat 299  Q
    ||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939261 gaatgatggatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttgataaaagttggcacagtagaatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgat 35939162  T
Q  300 tgcttcaatgacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaa 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939161 tgcttcaatgacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaa 35939062  T
Q  400 gaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgtttt 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939061 gaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgtttt 35938962  T
Q  500 caaaatttga 509  Q
    ||||||||||    
T  35938961 caaaatttga 35938952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 108 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 35977470 - 35977069
Alignment:
Q  108 agaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaat 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  35977470 agaaaacatcaacaacttagatattgtgcaactagtaagtcgtctcagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaat 35977371  T
Q  208 gatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaa 307  Q
    ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  35977370 gatgatcgtgcaaagtggcttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgtagtaactcaattgcttcga 35977271  T
Q  308 tgacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaa 407  Q
    ||| |||   ||||||  | ||||| ||  | || ||||||  | || |  |||||||||||||||||||||  || || |||||||| |||||| ||||    
T  35977270 tgatgggtgatgttcctccatatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctgtttgtcaaatgggcgttcaaggaaggcgaagaaaaaaa 35977171  T
Q  408 atatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattt 507  Q
    |||||||||||| ||  |||| | ||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  35977170 atatccaaatctagtagagatcggaaaagaaattgtaaaaaagtgccaaggggttccgctagctgtgagaacattaggaagttctctcttctcaaacttt 35977071  T
Q  508 ga 509  Q
    ||    
T  35977070 ga 35977069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 108 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 35998882 - 35998481
Alignment:
Q  108 agaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaat 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  35998882 agaaaacatcaacaacttagatattgtgcaactagtaagtcgtctcagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaat 35998783  T
Q  208 gatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaa 307  Q
    ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  35998782 gatgatcgtgcaaagtggcttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgtagtaactcaattgcttcga 35998683  T
Q  308 tgacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaa 407  Q
    ||| |||   ||||||  | ||||| ||  | || ||||||  | || |  |||||||||||||||||||||  || || |||||||| |||||| ||||    
T  35998682 tgatgggtgatgttcctccatatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctgtttgtcaaatgggcgttcaaggaaggcgaagaaaaaaa 35998583  T
Q  408 atatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattt 507  Q
    |||||||||||| ||  |||| | ||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  35998582 atatccaaatctagtagagatcggaaaagaaattgtaaaaaagtgccaaggggttccgctagctgtgagaacattaggaagttctctcttctcaaacttt 35998483  T
Q  508 ga 509  Q
    ||    
T  35998482 ga 35998481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 108 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 35946807 - 35946406
Alignment:
Q  108 agaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaat 207  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  35946807 agaaaacaccaacaacttagatattgtgcaactagtaagtcgtctaagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaat 35946708  T
Q  208 gatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaa 307  Q
    ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||  | |||||||| |    
T  35946707 gatgatcgtgcaaagtggcttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatggtgacaacacgcagtaacgcaattgcttcga 35946608  T
Q  308 tgacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaa 407  Q
    ||| |||   ||||||  | ||| | ||  | || ||||||  | ||||  |||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  35946607 tgatgggtgatgttcctccatatattttggaaggtctttctccaaagaattgtttgtctctgtttgtcaaatgggcattcaaggaaggtgaagaaaaaaa 35946508  T
Q  408 atatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattt 507  Q
     ||||||||||| ||   ||| | ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||| |||||||| ||||||||| || ||||| |||    
T  35946507 gtatccaaatctagtagcgataggaaaagaaattgtgaaaaaatgccaaggggttccactagccgtgagaacattagcaagttctctcttctcaaacttt 35946408  T
Q  508 ga 509  Q
    ||    
T  35946407 ga 35946406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 109 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 35982035 - 35981641
Alignment:
Q  109 gaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatg 208  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||| ||   || |||| | |||  |||||||||  | |||||||||||||| ||||| |||||  |  ||||||    
T  35982035 gaaaaccttaacaacttagatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgcggaatg 35981936  T
Q  209 atgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaat 308  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||| |||||||  | ||||| ||||| ||||| || ||| |||| ||    
T  35981935 atgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgat 35981836  T
Q  309 gacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaa 408  Q
    || |||   ||||||  ||||||| ||  | || ||||||  | || |  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||    
T  35981835 gatgggtgatgttcctccgtatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctgtttgtcaaatgggcatttaaggaaggtgaagaaacaaaa 35981736  T
Q  409 tatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaa 503  Q
    ||||||||||| ||| | || | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35981735 tatccaaatctagtggatatcggaaaagaaattgtgaaaaaatgtcgaggagttccactagctgtcaaaacattaggaagttccctgttttcaaa 35981641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 109 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 36003447 - 36003053
Alignment:
Q  109 gaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatg 208  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||| ||   || |||| | |||  |||||||||  | |||||||||||||| ||||| |||||  |  ||||||    
T  36003447 gaaaaccttaacaacttagatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgcggaatg 36003348  T
Q  209 atgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaat 308  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||| |||||||  | ||||| ||||| ||||| || ||| |||| ||    
T  36003347 atgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgat 36003248  T
Q  309 gacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaa 408  Q
    || |||   ||||||  ||||||| ||  | || ||||||  | || |  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||    
T  36003247 gatgggtgatgttcctccgtatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctgtttgtcaaatgggcatttaaggaaggtgaagaaacaaaa 36003148  T
Q  409 tatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaa 503  Q
    ||||||||||| ||| | || | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36003147 tatccaaatctagtggatatcggaaaagaaattgtgaaaaaatgtcgaggagttccactagctgtcaaaacattaggaagttccctgttttcaaa 36003053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 159 - 509
Target Start/End: Original strand, 36217707 - 36218057
Alignment:
Q  159 taaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatgatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcaca 258  Q
    |||||| ||||| ||||||||| | |||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||  ||    
T  36217707 taaactatctggccaaaagtttatcctcgtgctagatgatgtatggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttggaagatttgatcaaagttggtgca 36217806  T
Q  259 gtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaaca 358  Q
    |||||| | ||||| || ||||| ||||| || || ||  ||||||| |||| ||| |||||||| |||||| | ||  | || |||||   |||| |      
T  36217807 gtaggaagtaaaattatagtgaccacacgtagcaactcagttgcttccatgatgggtactgttccttcgtatgttttggaaggtctttcgttagaggatt 36217906  T
Q  359 gtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaagg 458  Q
    |||| ||||||||||| ||||  ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||   ||    
T  36217907 gtttgtctctgtttgtgaaatgggcattcaaggatggagaagaagaaaaatatccaaatctagtggagattggaaaagaaattgtgaaaaaatgtgctgg 36218006  T
Q  459 agttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttga 509  Q
    |||||| |||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  36218007 agttccgctggctgtgagaacggtaggaagttctctgttctcaaaatttga 36218057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 108 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 35958015 - 35957614
Alignment:
Q  108 agaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaat 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | |   |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||    
T  35958015 agaaaacatcaacaacttagatattgtgcagctagtaagtcgtctcaaacaaaaactttctggtcaaaagtttttagttgtgttagatgacgtatggaat 35957916  T
Q  208 gatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaa 307  Q
    ||||||||| |||| ||| |||| ||||  || ||| ||||||||||  ||  |||| ||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  35957915 gatgatcgtgcaaagtggcttgaattgatcgaattgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgcagtaactcaattgcttcaa 35957816  T
Q  308 tgacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaa 407  Q
    ||| |||   ||||    | ||| | ||| | || ||||||  | || |  || ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||| ||||    
T  35957815 tgatgggtgatgtttttccttatgttttaaaaggtctttctccaaaggattgtatatctctgtttgtcaaatgggcattcaaggaaggcgaagaaaaaaa 35957716  T
Q  408 atatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattt 507  Q
     ||||||||||  ||  |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||| ||| |||| ||||||||| || ||||| |||    
T  35957715 ttatccaaatcaagtagagattggaaaagaaattgtgaaaaaatgccaaggggttccactagccgtgagaactttagcaagttctctcttctcaaacttt 35957616  T
Q  508 ga 509  Q
    ||    
T  35957615 ga 35957614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 159 - 509
Target Start/End: Original strand, 36221698 - 36222048
Alignment:
Q  159 taaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatgatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcaca 258  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| |  ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  | ||||| | ||||||||   |    
T  36221698 taaactttctggtcaaaagtttatcctcatcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatggattgagttgttaaatttgatcaaagttggtgga 36221797  T
Q  259 gtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaaca 358  Q
    | || | | ||| |||| ||||| ||| | ||||| || |||||||| |||| | | |||||||| |||||| | ||  | || |||||  |||||| |     
T  36221798 gaagaaagtaaagtcatagtgacgacatgtagtaactcaattgcttccatgatgagtactgttccttcgtatattttggaaggtctttcgcaagagagct 36221897  T
Q  359 gtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaagg 458  Q
    |||| | | ||||||| ||||  |||||||| || || ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||   ||    
T  36221898 gtttgtatttgtttgtgaaatgggcatttaaagacggagaagaagaaaaatattcaaatctagtggagattggaaaagaaattgtgaaaaaatgtgctgg 36221997  T
Q  459 agttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttga 509  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36221998 agttccgctggctgtcaaaacattaggaagttctctgttatcaaaatttga 36222048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 101 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 32727605 - 32727210
Alignment:
Q  101 ctcagcaagaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacat 200  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||   |||||||   |||  ||||||| ||||||| |||||||| || ||  |||| || ||    
T  32727605 ctcaccaagaaaacatcaacaactttgatattgagcagctacaaagtcgttaaagacataaacttgctggtcagaagtttttgcttgtcctagacgatat 32727506  T
Q  201 atggaatgatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgatt 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||  ||| |||| |||||||||| ||||| ||||| || || ||  ||    
T  32727505 atggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgatagatttgataaaagtcggtgcagcaggaagcaaaatcatagtgacgacacgtagcaactcattt 32727406  T
Q  301 gcttcaatgacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatc-----tctgtttgtcaaatcagcatttaaggaagg 395  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||||  | ||  | || ||||||  ||   |  |||||||     | ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  32727405 gcttcaatgatgggtactattccctcgtacgttttggaaggtctttctctaggagattgtttatctttaatttgtttgtcaaatgggcatttaaggaagg 32727306  T
Q  396 tgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttc 491  Q
    ||||| ||  ||||||||| |||| ||| | ||||  || ||||||||||||||||||  ||| ||||||||  |||||| ||||||| |||||||    
T  32727305 tgaagtagttaaatatccagatctcgtgcatattggcaaagaaattgtgaaaaaatgtgcaggggttccactttctgtgagaacattacgaagttc 32727210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 388 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 35952166 - 35952063
Alignment:
Q  388 aaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaa 487  Q
    ||||| || |||||| |||||||||||||||| ||  |||||| ||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  35952166 aaggatggcgaagaaaaaaaatatccaaatctagtagagattggaaaagatactgtgaaaaaatgtcaaggggttccactggctgtgaaatcattgggaa 35952067  T
Q  488 gttc 491  Q
    ||||    
T  35952066 gttc 35952063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 35955018 - 35954965
Alignment:
Q  163 ctttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatgatgatcgt 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  35955018 ctttctggtcaaaactttttactcgtgttagatgatgtatggaatgataatcgt 35954965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 140; Significance: 4e-73; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 106 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 18125737 - 18125334
Alignment:
Q  106 caagaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatgga 205  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||| | ||| |   | ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||    
T  18125737 caagaaaacatcatcaacttagatattgtgcaactagtaagtcttctgaaacaaacactttcaagtcaaaagtttttacttgtgttagatgatgtatgga 18125638  T
Q  206 atgatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttc 305  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||| || ||||||||||| | ||| || ||||||||    
T  18125637 atgatgatcgtgcaaagtggatcgagttgaaagatttgataaaagttggcacaagaggaagcaaaattatggtgacaacacgtaataactcaattgcttc 18125538  T
Q  306 aatgacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaa 405  Q
     |||| ||| | ||||||||| ||| | || || || ||||||    || |  |||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||    
T  18125537 gatgatgggtaatgttccctcatatgttttgcaaggtctttctttgaaggattgtttatctctatttgtcaaatgggcattcaaggaaggcgaagaagaa 18125438  T
Q  406 aaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaat 505  Q
    |||||||||||||| ||  |||| | ||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||| || || |||||||    
T  18125437 aaatatccaaatctagtagagataggaaaagagattgtgaaaaaatgccaaggggttccactagctgttagaacattaggaagttccctattctcaaaat 18125338  T
Q  506 ttga 509  Q
    ||||    
T  18125337 ttga 18125334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 106 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 18118084 - 18117681
Alignment:
Q  106 caagaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatgga 205  Q
    ||||||||||| ||| | || ||||||| ||||||   ||||||| |||||  |||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  18118084 caagaaaacataaaccattttgatattgagcagctacaaagtcgtctgagacgtaaactttatggtaaaaggtttttacttgtgttagatgatatatgga 18117985  T
Q  206 atgatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttc 305  Q
    |||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||| || || ||||| ||    
T  18117984 atgatgattgtgtaaaatggatcgagttgaaagatttgattaaagttggcacagtaggaagcaaagtcatggcgacaacacgcagcaactcaattgcatc 18117885  T
Q  306 aatgacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaa 405  Q
     |||| ||| ||||||||||| ||| | ||| | ||||||||||  || ||| |||||||| ||||||| ||||  ||||| |||||||| ||||||||     
T  18117884 gatgatgggtactgttccctcctatgttttaaaaggcctttctattgaaaactgtttatctttgtttgtgaaatgggcattcaaggaaggcgaagaagac 18117785  T
Q  406 aaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaat 505  Q
    |||||||||||||| ||  |||| | ||| ||||||||||| |||||    || |||||||| |  |||| |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  18117784 aaatatccaaatctagttgagataggaaaagaaattgtgaagaaatgcgcgggggttccactcgtcgtgagaacattaggaagctgtctgttttcaaaat 18117685  T
Q  506 ttga 509  Q
    ||||    
T  18117684 ttga 18117681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 98 - 509
Target Start/End: Original strand, 26328679 - 26329090
Alignment:
Q  98 tttctcagcaagaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatga 197  Q
    ||||||| |||||||||||| |  |||| ||||||| |||  | || |||||| | |||  ||| ||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  26328679 tttctcaccaagaaaacattgaacactttgatattgagcaattagtgagtcgtcttagacataagctttcaggtaaaaagtttgtactcgtcttagatga 26328778  T
Q  198 catatggaatgatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcg 297  Q
     |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||| | |||||||| | ||||||||||| ||||| | |    
T  26328779 tatatgggatgataaccgttcaaaatggattgagttgaaagatctgataaaagttggtgcagtagaaagcaaaatcttagtgacaacacgtagtaacttg 26328878  T
Q  298 attgcttcaatgacgggcactgttccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtg 397  Q
    |||||||| |||| ||| || ||||||  ||||   ||| | || ||||||   || ||  |||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||| |    
T  26328879 attgcttcgatgatgggaacggttcccatgtatactttaaaaggtctttctttggataattgtttgtctctctttgtcaaatgggcatttaaggaaggag 26328978  T
Q  398 aagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgtt 497  Q
    |||||| ||| |||||| ||||   | |||||| ||| || || | ||||||||| | |||  ||||| | || |||||||| ||||||||||| || ||    
T  26328979 aagaagtaaagtatccacatctatcggagattggaaaagatatagcgaaaaaatgccgagggattccattagcagtgaaaacgttaggaagttcactctt 26329078  T
Q  498 ttcaaaatttga 509  Q
     |||||||||||    
T  26329079 ctcaaaatttga 26329090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University