View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8130_high_1 (Length: 710)

Name: NF8130_high_1
Description: NF8130
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8130_high_1
NF8130_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-694)||(3414091-3414766)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 694
Target Start/End: Original strand, 3414091 - 3414766
Alignment:
Q  19 caatcaatatgacgcatgaagccacacccagaaagctaacacaatgaacaatttaagactaattagaagtgaatcttagcaaattgaaacaaaatgccac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3414091 caatcaatatgacgcatgaagccataaccagaaagctaacacaatgaacaatttaagactaattagaagtgaatctcagcaaattgaaacaaaatgccac 3414190  T
Q  119 atatcgtgaaccaccatagatgaagacatctgatatggaaaacaaactttgatcatgaaacagacaaagggaaaaatagacccaaaccgtccagtacata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3414191 atatcgtgaaccaccatagatgaagacatctgatatggaaaccaaactttgatcatgaagcagacaaagggcaaaatagacccaaaccgtccagtacata 3414290  T
Q  219 tgaggcaacaaccaaaaattgggacctcaaaatcaagaatcagaaaggccaccataaccatgaatagaaaccaaagatctccaaagaatgataatccata 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3414291 tgaggcaacaaccgaaaattgggacctcaaaatcaagaatcagaatggccaccataaccatgaatagaaaccaaagatctccaaagaacgataatccata 3414390  T
Q  319 aatgcgggtctccaacggcaacaaacataagaatgacgacaccaaaaataggttgaaagagtgttggagtaaaatatcgtcaaaagggaaatggttaaaa 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3414391 aatgcgggtctccaacggcaacaaacataagaatgacgacaccaaaaataggttgaaagagtgttggagtaaaatatcgtcaaaagggaaatgattaaaa 3414490  T
Q  419 caatccaaatatggtgagacagttatgcagaggatgaatattgtcgcgccacatcccaatgaggctacatcttgaatcggaaattcagatttgggggtag 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3414491 caatccaaatatggtgagacagttatgcagaggatgaatattgtcgcgccacaacccaatgaggctacatcttgaatcggaaattcagatttgggggtag 3414590  T
Q  519 agatgcgcaatgacatattaaggttaaagagaggtcatagagatatttggtttagatagctacacaaatttgtctctcgatcctaaaatgcttactttag 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3414591 agatgcgcaatgacatattaaggttaaagagaggtcagagagatatttggtttagataactacacaaatttgtctctcgatcctaaaatgcttactttag 3414690  T
Q  619 catgaaagggtcttgaaagatatttgcttaatttaacacaaaccaatctagaatattgatttgaaacagacccttt 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3414691 catgaaagggtcttgaaagatatttgcttaatttaacacaaaccaatctagaatattgatttgaaacagacccttt 3414766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University