View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8131_low_1 (Length: 753)

Name: NF8131_low_1
Description: NF8131
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8131_low_1
NF8131_low_1
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (59-743)||(21110983-21111667)
chr7 (59-707)||(18658141-18658789)
chr7 (59-699)||(21129987-21130627)
chr7 (50-434)||(21123124-21123508)
chr7 (133-465)||(21108272-21108601)
chr7 (133-465)||(21098653-21098982)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (59-699)||(39132109-39132749)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (523-743)||(4329279-4329499)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (132-465)||(26675261-26675591)
chr3 (71-467)||(26736859-26737246)
chr3 (133-467)||(26743870-26744201)
chr3 (71-467)||(26698471-26698858)
chr3 (71-467)||(26713623-26714010)
chr3 (71-467)||(26733634-26734021)
chr3 (181-460)||(26731850-26732126)
chr3 (181-432)||(26690539-26690787)
chr3 (324-467)||(26750795-26750938)
chr3 (181-460)||(26694700-26694976)
chr3 (59-255)||(26751004-26751194)
chr3 (348-455)||(47212046-47212153)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 59 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 21111667 - 21110983
Alignment:
Q  59 aagcatagaattttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgattggagtaaaaggtatgata 158  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21111667 aagcatagacttttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgattggagtaaaaggtatgata 21111568  T
Q  159 ttgctttaggaacagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattc 258  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21111567 ttgctttaggaacagctagagttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattc 21111468  T
Q  259 taactttcagcccaagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaaga 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21111467 taactttcagcccaagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaaga 21111368  T
Q  359 ggatatatggcccctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtattgttggagatgataaccggaaaga 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  21111367 ggatatatggcccctgaatggatttccaattcaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgttttgttggatatgataaccggaaaga 21111268  T
Q  459 gtccaacaatgatgaatatagaaggagttgatggagaagttgcatacaatggaaggttgataacttgggtaagagagaaaaagaggagtagatgttgggt 558  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21111267 gtccaacaatgatgaatatggaaggagttgatggagaagtggcatacaatggaaggttgataaattgggtaagagagaaaaagaggagtagatgttgggt 21111168  T
Q  559 ggaagaaattttggatcctaatattggaactaattgtgattcaagtaagatggaaattttggcgaaagttgctttggagtgtgaagagatagataaaaat 658  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  21111167 ggaagaaattatggatcctaaaattggaactaattgtgattcaagtaagatggaaattttggcgaaagttgctttggagtgtgtagaggtagataaaaat 21111068  T
Q  659 attaggcctactatgagtcaagtggttgagaagcttcaaagaaatgaaatagattcctaggtctcttaatgagtgatgcatgatg 743  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21111067 attaggcctactatgagtcaggtggttgagaagcttcaaagaaatgaaatagattcctaggtctcttaatgagtgatgcatgatg 21110983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 59 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 18658789 - 18658141
Alignment:
Q  59 aagcatagaattttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgattggagtaaaaggtatgata 158  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18658789 aagcatagacttttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgactggagtaaaaggtatgata 18658690  T
Q  159 ttgctttaggaacagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattc 258  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18658689 ttgctttaggaacagctaaagttctagcttatctacatgaagaatgtttggaatggattttgcattgtgatataaagcctcaaaacatacttcttgattc 18658590  T
Q  259 taactttcagcccaagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaaga 358  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18658589 taactttcaccctaagttagcagattttggattatctaagctgaaaacccgaaacagtcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaaga 18658490  T
Q  359 ggatatatggcccctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtattgttggagatgataaccggaaaga 458  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18658489 ggatatatggcccctgagtggattttcaatttgccaataacatctaaagtggatgtttatggttatggggttgtattgttggagatgataactggaaaga 18658390  T
Q  459 gtccaacaatgatgaatatagaaggagttgatggagaagttgcatacaatggaaggttgataacttgggtaagagagaaaaagaggagtagatgttgggt 558  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18658389 gtccaacgatgatgaatatagaagacgttgatggagaaatggcatacaatggaaggttgataacttgggtaagagagaaaaagaggagtacatgttgggt 18658290  T
Q  559 ggaagaaattttggatcctaatattggaactaattgtgattcaagtaagatggaaattttggcgaaagttgctttggagtgtgaagagatagataaaaat 658  Q
     ||||||||| ||||||||   || || || |||||||||| || |||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||  ||||| | ||    
T  18658289 tgaagaaattatggatcctgcaatggggaccaattgtgatttaaataagatggaagttttggctaaagttgctttggattgtgtagaggaagatagagat 18658190  T
Q  659 attaggcctactatgagtcaagtggttgagaagcttcaaagaaatgaaa 707  Q
    |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  18658189 attaggcctaatatgagccaggtggttgagaagcttcaaagcaatgaaa 18658141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 59 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 21130627 - 21129987
Alignment:
Q  59 aagcatagaattttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgattggagtaaaaggtatgata 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21130627 aagcatagaattttggtatatgagtacatggaaaatggttctttagcggaaaatctttcatccaaaaccaacacacttgattggactaaaaggtatgata 21130528  T
Q  159 ttgctttaggaacagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattc 258  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21130527 ttgctttaggaacagctagagttttagcatatctacatgaagaatgtttggaatggattttgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattc 21130428  T
Q  259 taactttcagcccaagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaaga 358  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||   ||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  21130427 taactttcagcccaagttagccgattttggattgtctaagctacaaaatcgaaacaatctcgataatagttcaggattctcaatgattagaggaacacga 21130328  T
Q  359 ggatatatggcccctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtattgttggagatgataaccggaaaga 458  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  21130327 ggatatatggcacctgagtggattttcaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttacggggttgtcgtgttagagatgataaccggaaaga 21130228  T
Q  459 gtccaacaatgatgaatatagaaggagttgatggagaagttgcatacaatggaaggttgataacttgggtaagagagaaaaagaggagtagatgttgggt 558  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21130227 gtccaacaatgatgaatatagaaggagttgatggagaagggacatataatggaaggttgataacttgggtaagagagaaaaagaggagtacatgttgggt 21130128  T
Q  559 ggaagaaattttggatcctaatattggaactaattgtgattcaagtaagatggaaattttggcgaaagttgctttggagtgtgaagagatagataaaaat 658  Q
     ||| |||| |||||||||   || || | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||  ||   |||||   ||    
T  21130127 tgaacaaatcttggatcctgcaatagggaataattatgatttaagtaagatggaaattttggttagagttgctttggattgtgttgaagaagatagggat 21130028  T
Q  659 attaggcctactatgagtcaagtggttgagaagcttcaaag 699  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  21130027 attaggcctactatgagtcaggttgttgagatgcttcaaag 21129987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 50 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 21123508 - 21123124
Alignment:
Q  50 atatgagtgaagcatagaattttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgattggagtaaaa 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21123508 atatgagtgaagcatagaattttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgattggagtaaaa 21123409  T
Q  150 ggtatgatattgctttaggaacagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatact 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21123408 ggtatgatattgctttaggaacagctagagttcttgcttatctacatgaagaatgtatggagtggattttgcattgtgatataaagcctcaaaatatact 21123309  T
Q  250 tcttgattctaactttcagcccaagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattaga 349  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21123308 tcttgattctaactttcaacccaagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattaga 21123209  T
Q  350 ggaacaagaggatatatggcccctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtat 434  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21123208 ggaacaagaggatatatggcccctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtat 21123124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 133 - 465
Target Start/End: Original strand, 21108272 - 21108601
Alignment:
Q  133 acttgattggagtaaaaggtatgatattgctttaggaacagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatata 232  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||| ||||  || ||| || ||| | || |||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||    
T  21108272 acttgattggagtaaaaggtacaaaattgttttatcaatagcaagagttttagcatatctacatgaagaatgtttggagtggattttgcattgtgatata 21108371  T
Q  233 aagcctcaaaatatacttcttgattctaactttcagcccaagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcag 332  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||| |||||||||   |||     
T  21108372 aagccacaaaacatacttcttgattctaacttccagcccaagttagccgattttggattgtcaaagctgcaaaacaggaacaaccttaataat---tcat 21108468  T
Q  333 aattctcaatgattagaggaacaagaggatatatggcccctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgt 432  Q
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||    
T  21108469 gcatctcaatgattagaggaacaagagggtatatggcacctgaatggattttcaatttgccaataacatctaaggtggatgtttatagttatggaatagt 21108568  T
Q  433 attgttggagatgataaccggaaagagtccaac 465  Q
      | ||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  21108569 tgttttggaaatgataacaggaaaaagtccaac 21108601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 133 - 465
Target Start/End: Original strand, 21098653 - 21098982
Alignment:
Q  133 acttgattggagtaaaaggtatgatattgctttaggaacagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatata 232  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||||||  || ||  || ||| | || |||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||    
T  21098653 acttgattggagtaaaaggtacaaaattgctttatcaataggaagagttttagcatatctacatgaagaatgtttggaatggattttacattgtgatata 21098752  T
Q  233 aagcctcaaaatatacttcttgattctaactttcagcccaagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcag 332  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    || ||||||     
T  21098753 aagccgcaaaatatacttcttgattctaacttcgaacccaagttagcggattttggattgtctaagctgcaaaacagaaacaatct---caacaattcaa 21098849  T
Q  333 aattctcaatgattagaggaacaagaggatatatggcccctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgt 432  Q
       | || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  | ||    
T  21098850 gtgtatctatgattagaggaacaagagggtatatggccccagaatggattttcaatttgccaataacatctaaagtagatgtttatagctatggaatagt 21098949  T
Q  433 attgttggagatgataaccggaaagagtccaac 465  Q
      | ||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  21098950 tgtattggaaatgataacaggaaaaagtccaac 21098982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 59 - 699
Target Start/End: Original strand, 39132109 - 39132749
Alignment:
Q  59 aagcatagaattttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgattggagtaaaaggtatgata 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  39132109 aagcatagaattttggtatatgagtacatgaagaatgactctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacatgcttgattggagtaaaaggtatgata 39132208  T
Q  159 ttgctttaggaacagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattc 258  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| | || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39132209 ttgctttaggaacagctagagtcctagcttatctacatgaagaatgtttggagtggattttacattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattc 39132308  T
Q  259 taactttcagcccaagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaaga 358  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39132309 taactatcaacccaagttagcagactttggattgtctaagctgagaaatagaaacaatgtcaatagtaattcagaattctcaatgattagaggaacaaga 39132408  T
Q  359 ggatatatggcccctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtattgttggagatgataaccggaaaga 458  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  39132409 ggatatatggctcctgaatgggttttcaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatgggattgttttgttggagatgataactggaaaaa 39132508  T
Q  459 gtccaacaatgatgaatatagaaggagttgatggagaagttgcatacaatggaaggttgataacttgggtaagagagaaaaagaggagtagatgttgggt 558  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  39132509 gatcaacaatgatgaatattgaaggagttgatggagaagtggcatataatggaaggttggtaacttgggtaagagagaaaaaaaggagtgcatgttgggt 39132608  T
Q  559 ggaagaaattttggatcctaatattggaactaattgtgattcaagtaagatggaaattttggcgaaagttgctttggagtgtgaagagatagataaaaat 658  Q
    |||||||||| ||||||||   || |  | ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||| | ||    
T  39132609 ggaagaaattatggatccttcaatagtgattaattgtgatttaattaagatggaaattttggctaaagttgctttggagtgtgtagaggaagatagagat 39132708  T
Q  659 attaggcctactatgagtcaagtggttgagaagcttcaaag 699  Q
    |||||||||| |||||| || |||||||||| |||| ||||    
T  39132709 attaggcctaatatgagccaggtggttgagatgcttgaaag 39132749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 193; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 523 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 4329499 - 4329279
Alignment:
Q  523 ttgggtaagagagaaaaagaggagtagatgttgggtggaagaaattttggatcctaatattggaactaattgtgattcaagtaagatggaaattttggcg 622  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4329499 ttgggtaagagagaaaaagaggagtagatgttgggtggaagaaattatggatcctaatattggaactaattgtgattcaagtaagatggaaattttggcc 4329400  T
Q  623 aaagttgctttggagtgtgaagagatagataaaaatattaggcctactatgagtcaagtggttgagaagcttcaaagaaatgaaatagattcctaggtct 722  Q
    |||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4329399 aaagttgctttgaagtgtgtagaggtagataaaaatattaggcctactatgagtcaggtggttgagaagcttcaaagaaatgaaatagattcctaggtct 4329300  T
Q  723 cttaatgagtgatgcatgatg 743  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  4329299 cttaatgagtgatacatgatg 4329279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 132 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 26675591 - 26675261
Alignment:
Q  132 cacttgattggagtaaaaggtatgatattgctttaggaacagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatat 231  Q
    ||||||||||| |||| |||||| | |||||| ||||||| || |  | |||||| ||| |||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||    
T  26675591 cacttgattggggtaagaggtataacattgctctaggaaccgcaaaggctcttgcatatttacatgaagaatgtttggagtggattttgcattgtgatat 26675492  T
Q  232 aaagcctcaaaatatacttcttgattctaactttcagcccaagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattca 331  Q
    |||||||||||| |||||| |||| ||| | |  |  |||||  ||| ||||||||| |||||||||||   |   || |||||||||||||||   |||    
T  26675491 aaagcctcaaaacatacttattgactctgattaccgacccaaaatagtagattttgggttgtctaagctattacataggaacaatcttaataat---tca 26675395  T
Q  332 gaattctcaatgattagaggaacaagaggatatatggcccctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttg 431  Q
       ||||||| ||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||| || ||||| || || || || |||||||||||||||||  |||    
T  26675394 agtttctcaaggatgagaggaacaagaggttacatggcacctgaatggattttcaacttgccaatcacttccaaggtagatgtttatagttatggaattg 26675295  T
Q  432 tattgttggagatgataaccggaaagagtccaac 465  Q
    |  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26675294 tggtgttggagatgattaccggaaagagtccaac 26675261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 71 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 26737246 - 26736859
Alignment:
Q  71 ttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgattggagtaaaaggtatgatattgctttaggaa 170  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| ||||| ||   | |   |||||||||| | || || |||| ||||||| ||||||    
T  26737246 ttggtttatgagtacatggaaaatggtactttagctgataatctctcatcaaa---tga---acttgattggggaaagagatatggtattgctataggaa 26737153  T
Q  171 cagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattctaactttcagcc 270  Q
    | || |    |||||||||| |||||||||| ||| | || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| ||| | | ||  ||    
T  26737152 ctgcaaaatgtcttgcttatttacatgaagagtgtttggagtggattttgcattgcgatataaagccgcaaaacatacttgttgactctgattatcgacc 26737053  T
Q  271 caagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaagaggatatatggcc 370  Q
     ||| | ||||||||||| |||||||||||    | ||| ||  | |   || |||||||| | ||||||| |||| |||| ||| |||| || |||||     
T  26737052 taaggttgcagattttggtttgtctaagctattgaacaggaatgagc---atgataattcaaacttctcaaggattcgagggacacgaggttacatggca 26736956  T
Q  371 cctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtattgttggagatgataaccggaaagagtccaacaa 467  Q
    ||||||||| ||| |||  | | ||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  26736955 cctgaatgggttttcaacatgcaaatcacttcaaaagtggatgtttatagctatggagttgtggtgttggagatgattacaggaaagagtccaacaa 26736859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 133 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 26744201 - 26743870
Alignment:
Q  133 acttgattggagtaaaaggtatgatattgctttaggaacagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatata 232  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||| | ||||| || |  |  ||||||||| |||| ||||||||| | || ||||| |||||||||||||||    
T  26744201 acttgattggagtaaaaggtataacattgctatgggaactgcaaagggccttgcttatttacacgaagaatgtttggagtggattttgcattgtgatata 26744102  T
Q  233 aagcctcaaaatatacttcttgattctaactttcagcccaagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcag 332  Q
    ||||| ||||| |||||| |||| ||| | |  || || ||| |||| |||||||| ||||| |||||   ||  ||  || | |||  | || |||||     
T  26744101 aagccgcaaaacatacttgttgactctgattaccaaccgaaggtagcggattttggtttgtccaagctattaaatagggacga-ctt--tgatcattcaa 26744005  T
Q  333 aattctcaatgattagaggaacaagaggatatatggcccctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgt 432  Q
    ||||||| | |||| |||| |||||||| || ||||| ||||| ||| ||| |||  |   ||| || || ||||||||||||||||| ||||| || ||    
T  26744004 aattctcgaggattcgagggacaagaggttacatggcacctgagtgggttttcaacatggaaatcacttcaaaagtggatgtttatagctatggagtcgt 26743905  T
Q  433 attgttggagatgataaccggaaagagtccaacaa 467  Q
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26743904 tgtgttggagatgattaccggaaagagtccaacaa 26743870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 71 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 26698858 - 26698471
Alignment:
Q  71 ttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgattggagtaaaaggtatgatattgctttaggaa 170  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||   || | |   |||||||||| ||||||||||| | |||||| | ||||    
T  26698858 ttggtttatgagtacatggaaaatggtactttagctgataatctctcatc---aagtga---acttgattggggtaaaaggtataacattgctatgggaa 26698765  T
Q  171 cagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattctaactttcagcc 270  Q
    | || |  | |||||||||| |||| ||||| ||| | || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| ||  | | ||| ||    
T  26698764 ctgcaaagggtcttgcttatttacacgaagagtgtttggagtggattttgcattgcgatataaagccacaaaacatacttgttgactcggattatcaacc 26698665  T
Q  271 caagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaagaggatatatggcc 370  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||    |  || ||  | ||   | |||||||| | ||||| | |||| |||| |||||||| || |||||     
T  26698664 taaggtagcagattttggtttgtctaagctattgaataggaatgacct---tgataattcaaatttctcgaggattcgagggacaagaggttacatggca 26698568  T
Q  371 cctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtattgttggagatgataaccggaaagagtccaacaa 467  Q
    ||||||||| ||| |||  | | ||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| || || || ||| |||||||||    
T  26698567 cctgaatgggttttcaacatgcaaattacttcaaaagtggatgtttatagctatggagttgtggtgttggagataattactggtaagggtccaacaa 26698471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 71 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 26714010 - 26713623
Alignment:
Q  71 ttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgattggagtaaaaggtatgatattgctttaggaa 170  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| | ||| ||   | |   |||||||||| | || || |||| ||||||| ||||||    
T  26714010 ttggtttatgagtacatggaaaatggtactttagctgataatctcttatcaaa---tga---acttgattggggaaagagatatggtattgctataggaa 26713917  T
Q  171 cagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattctaactttcagcc 270  Q
    | || |    |||||||||| |||||||||| ||| | || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| | | | | ||  ||    
T  26713916 ctgcaaaatgtcttgcttatttacatgaagagtgtttggagtggattttgcattgcgatataaagccgcaaaacatacttgttgactatgattatcgacc 26713817  T
Q  271 caagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaagaggatatatggcc 370  Q
     ||| | ||||||||||| |||||||||||    |  || ||  | |   || |||||||| | ||||||| |||| |||| ||| |||| || |||||     
T  26713816 taaggttgcagattttggtttgtctaagctattgaaaaggaatgagc---atgataattcaaacttctcaaggattcgagggacacgaggttacatggca 26713720  T
Q  371 cctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtattgttggagatgataaccggaaagagtccaacaa 467  Q
    ||||||||| ||| |||  | | ||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26713719 cctgaatgggttttcaacatgcaaatcacttcaaaagtggatgtttatagctatggagttgtggtgttggagatgattaccggaaagagtccaacaa 26713623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 71 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 26734021 - 26733634
Alignment:
Q  71 ttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgattggagtaaaaggtatgatattgctttaggaa 170  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||   || | |   |||||||||| ||||||||||| | |||||| | ||||    
T  26734021 ttggtttatgagtacatggaaaatggtactttagctgataatctctcatc---aagtga---acttgattggggtaaaaggtataacattgctatgggaa 26733928  T
Q  171 cagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattctaactttcagcc 270  Q
    | || |  | |||||||||| |||| ||||| ||| | || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| ||  | | ||| ||    
T  26733927 ctgcaaagggtcttgcttatttacacgaagagtgtttggagtggattttgcattgcgatataaagccacaaaacatacttgttgactcggattatcaacc 26733828  T
Q  271 caagttagcagattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaagaggatatatggcc 370  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||    |  || ||  | ||   | |||||||| | ||||| | |||| |||| |||||||| || |||||     
T  26733827 taaggtagcagattttggtttgtctaagctattgaataggaatgacct---tgataattcaaatttctcgaggattcgagggacaagaggttacatggca 26733731  T
Q  371 cctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtattgttggagatgataaccggaaagagtccaacaa 467  Q
    ||||||||| ||| |||  | | ||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| || || || ||| |||||||||    
T  26733730 cctgaatgggttttcaacatgcaaattacttcaaaagtggatgtttatagctatggagttgtggtgttggagataattactggtaagggtccaacaa 26733634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 181 - 460
Target Start/End: Original strand, 26731850 - 26732126
Alignment:
Q  181 tcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattctaactttcagcccaagttagca 280  Q
    |||||| ||| |||||||||||||| | || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||  |||| ||| | |  || |||||| ||||     
T  26731850 tcttgcatatttacatgaagaatgtttggagtggattttgcattgtgacataaagccgcaaaacatactaattgactctgattaccaacccaaggtagcg 26731949  T
Q  281 gattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaagaggatatatggcccctgaatgga 380  Q
    |||||||| ||||||||| |   |   || ||||||||| |||||   |||   ||||||| ||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  26731950 gattttgggttgtctaagttactacaaaggaacaatcttgataat---tcaagtttctcaaggatgagaggaacaagaggttacatggcacctgaatgga 26732046  T
Q  381 tttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtattgttggagatgataaccggaaagagt 460  Q
    ||| ||| || ||||| || || || || ||||||||||| ||||| |||||  || | |||||||| ||||| ||||||    
T  26732047 ttttcaacttgccaatcacttccaaggtagatgtttatagctatggagttgtgctgctagagatgattaccgggaagagt 26732126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 181 - 432
Target Start/End: Original strand, 26690539 - 26690787
Alignment:
Q  181 tcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattctaactttcagcccaagttagca 280  Q
    |||||| ||| |||||||||||||| | || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||  |||| || || |  || |||||| ||||     
T  26690539 tcttgcatatttacatgaagaatgtttggagtggattttgcattgtgacataaagccgcaaaacatactaattgactccaattaccaacccaaggtagcg 26690638  T
Q  281 gattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaagaggatatatggcccctgaatgga 380  Q
    |||||||| ||||||||| |   |   || ||||||||   | ||||||||   ||||||| ||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  26690639 gattttgggttgtctaagttactacaaaggaacaatct---tgataattcaagtttctcaaggatgagaggaacaagaggttacatggcacctgaatgga 26690735  T
Q  381 tttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgt 432  Q
    ||| ||| || ||||| || || || || ||||||||||| ||||| |||||    
T  26690736 ttttcaacttgccaatcacttccaaggtagatgtttatagctatggagttgt 26690787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 324 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 26750938 - 26750795
Alignment:
Q  324 ataattcagaattctcaatgattagaggaacaagaggatatatggcccctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagtta 423  Q
    |||||||| | ||||| | |||| |||| |||||||| || ||||| ||||||||| ||| |||  | | ||| || ||||||||||| |||||||| ||    
T  26750938 ataattcaaatttctcgaggattcgagggacaagaggttacatggcacctgaatgggttttcaacatgcaaatcacttctaaagtggacgtttatagcta 26750839  T
Q  424 tggggttgtattgttggagatgataaccggaaagagtccaacaa 467  Q
    ||| || ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26750838 tggagtcgttgtgttggagatgattaccggaaagagtccaacaa 26750795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 181 - 460
Target Start/End: Original strand, 26694700 - 26694976
Alignment:
Q  181 tcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttgattctaactttcagcccaagttagca 280  Q
    |||||| ||| |||||||||||||| | || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||  |||| || || |  || |||||| ||||     
T  26694700 tcttgcctatttacatgaagaatgtttggagtggattttgcattgtgacataaagccgcaaaacatactaattgactccaattaccaacccaaggtagcg 26694799  T
Q  281 gattttggattgtctaagctgaaaagcagaaacaatcttaataataattcagaattctcaatgattagaggaacaagaggatatatggcccctgaatgga 380  Q
    |||||||| ||||||||| |   |   || |||||| |   | ||||||||   ||||||| ||| |||||||||||||| || ||||  ||||||||||    
T  26694800 gattttgggttgtctaagttagtacaaaggaacaattt---tgataattcaagtttctcaaggatgagaggaacaagaggttacatgggacctgaatgga 26694896  T
Q  381 tttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtattgttggagatgataaccggaaagagt 460  Q
    ||| ||| || ||||| || || || || ||||||||||| ||||| |||||  || | |||||||| ||||| ||||||    
T  26694897 ttttcaacttgccaatcacttccaaggtagatgtttatagctatggagttgtgctgctagagatgattaccgggaagagt 26694976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 59 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 26751194 - 26751004
Alignment:
Q  59 aagcatagaattttggtatatgagtacatggaaaatggatctttagctgaaaatctttcatctaaaactaacacacttgattggagtaaaaggtatgata 158  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| |||||  |||  |    |||||||||| |||| |||||| | |    
T  26751194 aagcatagattgttggtttatgagtacatggaaaagggtactttagctgataatctctcatc--aaatga----acttgattggggtaagaggtataaca 26751101  T
Q  159 ttgctttaggaacagctagtgttcttgcttatctacatgaagaatgtctcgaatggatattgcattgtgatataaagcctcaaaatatacttcttga 255  Q
    ||||| | ||||| || |  |  ||||| ||| |||| ||||||||| | || ||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||| ||||    
T  26751100 ttgctatgggaactgcaaagggacttgcgtatttacacgaagaatgtttggagtggattttgcattgcgatataaaaccgcaaaacatacttgttga 26751004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 348 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 47212153 - 47212046
Alignment:
Q  348 gaggaacaagaggatatatggcccctgaatggatttccaatttaccaataacatctaaagtggatgtttatagttatggggttgtattgttggagatgat 447  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||  |||    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||  | ||  ||||||| |||||    
T  47212153 gaggaacaagaggttacatggcacctgagtggattttgaatcattcaataacatctaaagttgatgtttatagctatggaatggttgtgttggaaatgat 47212054  T
Q  448 aaccggaa 455  Q
    ||| ||||    
T  47212053 aactggaa 47212046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University