View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8132_low_6 (Length: 634)

Name: NF8132_low_6
Description: NF8132
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8132_low_6
NF8132_low_6
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-627)||(48003551-48004170)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 544; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 544; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 627
Target Start/End: Original strand, 48003551 - 48004170
Alignment:
Q  1 taaaaagctaagcatatgaattgtaatgttgtcctctaatttgactctgaaaacattcaatgacttcagtcgaaacgtttgttatcaaaggcttgcaagc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  48003551 taaaaagctaagcatatgaattgtaatgttgtcctctaatttgactctgaaaacattcaatgacttcagtcgaaacatttgttatcaaaggcttgcaggc 48003650  T
Q  101 taccaagcttctttttgcaaacgatttccgtaacttaagcaaggaacgcatactaactcaa--ccacacaaaaatacatttgcaaacatgcaactcttca 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48003651 taccaagcttctttttgcaaacgatttccgtaacttaagcaaggaacgcatactaactcaaaaccacacaaaaatacatttgcaaacatgcaactcttta 48003750  T
Q  199 atgttttactctatactgctttcaactttttcttcaagtttcaacaactaaagtactaaacacacaattttgggagtttctatcccctgcacttctaaaa 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48003751 atgttttactctatactgctttcaactttttcttcaagtttcaacaactaaagtactaaacacacaattttgggagtttctatcccctgcacttctaaaa 48003850  T
Q  299 aatcacacatgtttctcaaagtatacttccagatgtcaaaaaattgtgtttttctaatagcatacttccaaagtgttgtgggattgggaaaagaaacgcc 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  48003851 aatcacacatgtttctcaaagtatacttccagatgtcaaaaaattgtgtttttctaatagtatacttccaaagtgttgtgggattgggaaaagaaacacc 48003950  T
Q  399 catattataattcattcggtcacaactcacaaccattgattgttggatatgttgcagatatgttgctatccatttaacaaaaggaaatactgtatatttc 498  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48003951 caaattataattcattcggtcacaactcacaaacattga------gat-tgttg--gatatgttgctatccatttaacaaaaggaaatactgtatatttc 48004041  T
Q  499 cttgttagcagaacaccagcagtttggtgattagattaaatcacagataaaagaactatttatctgaagtgaccctaatcttggtaaattccaaatgcct 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48004042 cttgttagcagaacaccagcagtttggtgattagattaaatcacagataaaagaactatttatctgaagtgaccctaatcttggtaaattccaaatgcct 48004141  T
Q  599 tttgttccaaaatttacatgtgatgatgt 627  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48004142 tttgttccaaaatttacatgtcatgatgt 48004170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University