View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8139_low_1 (Length: 762)

Name: NF8139_low_1
Description: NF8139
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8139_low_1
NF8139_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-749)||(25035315-25036082)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 564; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 564; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 25036082 - 25035315
Alignment:
Q  19 ccatcttctcatagaatcagtttcattaccaaaagtaacactttctctatgtcatcacctattggaaaatattccaaactcaaaaa-gcttttctctggc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |    
T  25036082 ccatcttctcatagaatcagtttcattaccaaaagtaacactttctctatttcatcacctattggaaaatattccaaactcaaaaaagcttttctctacc 25035983  T
Q  118 aaaaacataagcaccacagcaaccgttac------------cgcgccttccacctgcggaagtaggccgcgagtgtcggtaaatagtggagaagtttcta 205  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25035982 aaaaacttgagcaccacagcaaccgttactgcaaccgcggccgcgccttccacctgtggaagtaggccgcgagtgtcggtaaatagtggagaagtttcta 25035883  T
Q  206 gaaagtactgccaccaaaaaggtcatagaaatgagaatattgtccctataagtattgaaaatatggatcctcctcttcctgtgatcaagagagtgatgaa 305  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25035882 gaaagtactgcaaccaaaaaggtcatagaaatgagaatattgtccctataagtattgaaaatatggatcctcctcttcctgtgatcaagagagtgatgaa 25035783  T
Q  306 tttagaggatgaaaatcaggtggatagtctttggaaaagaaggtctggtgaggtaaggttgaaaagtttacagcttcaacagattcaccaaactagacat 405  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25035782 gttagaggatgaaaatcaggtggatagtctttggaaaagaaggtctggtgaggtaaggttgaaaagtttacagcttcaacagattcaccaaactagacat 25035683  T
Q  406 caatttcagctaacaagtgattgatcaatgatcaaacgaaacatatccaattttttgttttagtaagataagtttatacatatgatataatctgcaggtt 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25035682 caatttcagctaacaagtgattgatcaatgatcaaatgaaacatatccaattttttgttttagtaagataagtttatacatatgatataatctgcaggtt 25035583  T
Q  506 ttgtttatagtttttgtattgaat---tattgatcaccttct-----------tatgtacctcgcataatggaattaggtagattaatgaatagaacata 591  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25035582 ttgtttatagtttttgtattgaattattattgatcacctttttgaattgagggtatgtacctcgcataatggaattaggtagattaatgaatagaacata 25035483  T
Q  592 tatccagacttgtatatgatcatagcaccgacacctcggattgaaggagtgtttggtatccggcacgtgtcagtgaccgacattagcacaattggttaca 691  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  25035482 tatccagacttgtatacgatcatagcaccgacacctcggattgaaggagtgtttggtatccggcacgtgtcagtgatcgacattaacacaattggttaca 25035383  T
Q  692 ttgagtca----------cttatattattatagatatgttttagtattggtgtcgagtctgatgtcca 749  Q
    ||||||||          |||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||    
T  25035382 ttgagtcacttataatttcttatattattatagatatgtttcggtatctgtgtcgagtctgatgtcca 25035315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University