View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8148_low_2 (Length: 557)

Name: NF8148_low_2
Description: NF8148
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8148_low_2
NF8148_low_2
[»] chr3 (50 HSPs)
chr3 (1-541)||(22620453-22620993)
chr3 (1-541)||(22656623-22657145)
chr3 (1-294)||(22647970-22648263)
chr3 (293-539)||(22628094-22628340)
chr3 (395-541)||(30988862-30989008)
chr3 (368-541)||(21946360-21946533)
chr3 (395-541)||(22053469-22053615)
chr3 (404-541)||(21931193-21931330)
chr3 (1-238)||(22357847-22358081)
chr3 (368-541)||(22105444-22105617)
chr3 (356-541)||(22647741-22647926)
chr3 (40-278)||(22187414-22187652)
chr3 (395-541)||(22467520-22467666)
chr3 (40-245)||(21930847-21931052)
chr3 (40-245)||(21937579-21937784)
chr3 (356-540)||(18966545-18966729)
chr3 (404-528)||(22028772-22028896)
chr3 (404-528)||(22187760-22187884)
chr3 (1-278)||(22115472-22115749)
chr3 (368-541)||(22115821-22115994)
chr3 (311-519)||(22614850-22615058)
chr3 (40-246)||(30989139-30989345)
chr3 (40-245)||(22028426-22028631)
chr3 (1-278)||(22034904-22035181)
chr3 (395-540)||(22357572-22357717)
chr3 (395-541)||(22367493-22367639)
chr3 (395-541)||(22430739-22430885)
chr3 (49-241)||(22436476-22436665)
chr3 (77-241)||(22615110-22615271)
chr3 (395-541)||(22635075-22635221)
chr3 (368-541)||(22180153-22180326)
chr3 (92-238)||(22442590-22442733)
chr3 (398-541)||(22436200-22436343)
chr3 (395-490)||(22442362-22442457)
chr3 (368-541)||(21937889-21938062)
chr3 (41-245)||(22179844-22180048)
chr3 (395-537)||(22458062-22458204)
chr3 (395-537)||(22481043-22481185)
chr3 (395-541)||(22630010-22630156)
chr3 (404-481)||(22035289-22035366)
chr3 (98-245)||(22105192-22105339)
chr3 (395-540)||(22353382-22353527)
chr3 (149-238)||(22367772-22367861)
chr3 (40-238)||(22431018-22431213)
chr3 (40-243)||(21946050-21946253)
chr3 (82-245)||(22053201-22053361)
chr3 (40-122)||(22367885-22367967)
chr3 (1-241)||(22458331-22458568)
chr3 (1-241)||(22481312-22481549)
chr3 (77-121)||(18966946-18966990)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (1-541)||(2305043-2305564)
chr1 (1-541)||(34989604-34990126)
chr1 (293-541)||(34976032-34976280)
chr1 (293-541)||(34983143-34983391)
chr1 (225-295)||(34975982-34976052)
chr1 (225-295)||(34983093-34983163)
[»] scaffold1439 (1 HSPs)
scaffold1439 (1-219)||(1454-1672)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (293-541)||(40580594-40580843)
chr5 (1-140)||(40580375-40580514)
chr5 (194-294)||(40580513-40580613)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (406-528)||(872294-872417)
chr7 (406-528)||(1233571-1233694)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 516; Significance: 0; HSPs: 50)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 22620993 - 22620453
Alignment:
Q  1 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22620993 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 22620894  T
Q  101 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22620893 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagttgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagg 22620794  T
Q  201 gtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatctacaaagttgaaaaatgcatttgattggcggagatttaatgaaaatatgacttttaatga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22620793 gtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatctacaaagttgaaaaatgcatttgattggcggagatttaatgaaaatatgacttttaatga 22620694  T
Q  301 aaatatgactttagagctaaagaaggatcccaatttgatagggattnnnnnnntattaggtttcagctatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22620693 aaatatgactttagagctaaagaaggatcccaatttgatagggattaaaaaaatattaggtttcagctatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgt 22620594  T
Q  401 ttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaaggggga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22620593 ttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaaggggga 22620494  T
Q  501 atactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22620493 atactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 22620453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 22657145 - 22656623
Alignment:
Q  1 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |  |||||||||    
T  22657145 gatatttattacaacaagaaatatggatgttgcggtgtattgtaagaaatcttcttttattgaagtgcatgaactacatcctttaacagtagaacaatct 22657046  T
Q  101 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagg 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||| ||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22657045 tttgagttgtttaataagaaggcctttcaatttgactttaatggatgttgtccaaaagagctcattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaaag 22656946  T
Q  201 gtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatctacaaagttgaaaaatgcatttgattggcggagatttaatgaaaatatgacttttaatga 300  Q
    ||||||| || |||||||| ||  |||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||  |||||||||                  ||    
T  22656945 gtttaccgctggcaattgtggctattggcggccttttatctacaaaggagaaaaatgcatttgaatggcaaagatttaat------------------ga 22656864  T
Q  301 aaatatgactttagagctaaagaaggatcccaatttgatagggattnnnnnnntattaggtttcagctatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgt 400  Q
    |||||| ||||||||| |||| || ||| || |||| |  |||||        || | ||||||||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||    
T  22656863 aaatataactttagagttaaataatgattcccatttaaccgggataaaaaaaatacttggtttcagctacgatgatttgcctttttatcttaagtcatgt 22656764  T
Q  401 ttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaaggggga 500  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  22656763 ttgttgtattttggaatatatccagaagattatgaagttgaatcaaagagagtgatacggcaatggatagctgaaggttttgtgaaagaagaaaggggga 22656664  T
Q  501 atactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22656663 aaactttggaagaagttgcagaaggatatttaacagagttg 22656623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 22648263 - 22647970
Alignment:
Q  1 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||| | |||||||||||  | |||||||||    
T  22648263 gatatttattacaacaagaaatatggatgttgccatatattgtaagaaatcttctttcattgaagtgtatgaattgcaacctttaacaaatgaacaatct 22648164  T
Q  101 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagg 200  Q
    |||||||||||||| ||||||  |||||  ||||||    ||||| | ||||||||||| || |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  22648163 tttgagttgttcaacaagaagacatttcagtttgacaacaatggatgttgtccaaaagaactcattgatatatcttttgaaatttctagaaaatgcaagg 22648064  T
Q  201 gtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatctacaaagttgaaaaatgcatttgattggcggagatttaatgaaaatatgacttt 294  Q
    ||||||| || |||||||| ||| |||||||||| || ||||||||   |||||||| |||||| |||| || ||||  | |||||||||||||    
T  22648063 gtttaccgctggcaattgttgccattggtggtctattgtctacaaaagagaaaaatgtatttgagtggcagaaattttgtaaaaatatgacttt 22647970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 293 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 22628340 - 22628094
Alignment:
Q  293 tttaatgaaaatatgactttagagctaaagaaggatcccaatttgatagggattnnnnnnntattaggtttcagctatgatgatttgcctcttcatctta 392  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||   || |        | |||||||| |||||  ||||| ||||| || ||||||    
T  22628340 tttagtgaaaatatgactttagagctaaacaaggattcccatttgactcgggtaagaaaagttttaggttttagctacaatgatatgcctttttatctta 22628241  T
Q  393 aatcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaaga 492  Q
    |||||||| | | |||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  22628240 aatcatgtgtgtcgtattttggactatatccagaatattatgaggttgaatcaaagagattgattcgacaattgatagctgaaggatttgtgaaagaaga 22628141  T
Q  493 aagggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagt 539  Q
    |||||| || ||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  22628140 aaggggaaaaactttcgaagaagtcacagaaggatatttaacagagt 22628094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 395 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 30989008 - 30988862
Alignment:
Q  395 tcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaa 494  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || || || ||||    
T  30989008 tcatgcttgttgtattttggaatatatccagaagattatgaagttaaatcaaagagattgattcgacaatgggtagctgaagggttcgtgaaggaggaaa 30988909  T
Q  495 gggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  30988908 gagggaagactttggaagacgttgcagaaggatatttaacagagttg 30988862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Original strand, 21946360 - 21946533
Alignment:
Q  368 tatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatgga 467  Q
    |||||||||||||||    |||| || ||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||||| |||||||    
T  21946360 tatgatgatttgccttgctatctcaagtcatgcttgttttattttggagtatatccagaagattatgaagttaaatcgaagagagtgattcgacaatgga 21946459  T
Q  468 tagctgaagggtttgtaaaagaagaaagggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    |||||||||||||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  21946460 tagctgaagggtttgtgaaggaggaaagagggaagactttggaagaagtggcagaaggatatttaacagagttg 21946533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 395 - 541
Target Start/End: Original strand, 22053469 - 22053615
Alignment:
Q  395 tcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaa 494  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || ||||    
T  22053469 tcatgcttgttgtattttggagtatatccagaagattatgaagttaattcaaagcgagtgattcgacaatggatagcagaagggtttgtgaaggaggaaa 22053568  T
Q  495 gggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
     |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||    
T  22053569 aggggaagactttggaagaagtggcagaaggatatttatcagagttg 22053615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 404 - 541
Target Start/End: Original strand, 21931193 - 21931330
Alignment:
Q  404 ttgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaagggggaata 503  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| || || |||| |||||  |    
T  21931193 ttgtattttggagtatatccagaagattatgaagttaaatcaaagagagtgactcgacaatggatagctgaagggtttgtcaaggaggaaaaggggatga 21931292  T
Q  504 ctttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  21931293 ctttggaagaagtggcagaaggatatttaacagagttg 21931330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22358081 - 22357847
Alignment:
Q  1 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 100  Q
    |||||| || || |||||||  ||||||||||| | |  |||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||| ||  ||| ||||  |||||||||    
T  22358081 gatattaatcactacaagaaacatggatgttgcgaatacttgtaagaaatcttcttttgttgaagtgtatgaactaaaaggtttgactgtagaacaatct 22357982  T
Q  101 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagg 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |    ||||||  ||||| | |||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |    
T  22357981 tttgagttgttcaataagaaggcattcca---tgacttaaatggacgttgtccagaaaatcttattgatatatcttccaaaattgttaaaaaatgcaaag 22357885  T
Q  201 gtttaccactagcaattgtagccgttggtggtctttta 238  Q
    | ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  22357884 gattaccactagcaattgtagtcattggtggtatttta 22357847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Original strand, 22105444 - 22105617
Alignment:
Q  368 tatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatgga 467  Q
    |||||||||||||||    |||| || ||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | || |||||| ||| ||| |||||||    
T  22105444 tatgatgatttgccttactatctcaagtcatgcttgttgtactttggagtatatccagaagattatgaagttaaatcgaagagagtgactcgacaatgga 22105543  T
Q  468 tagctgaagggtttgtaaaagaagaaagggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    |||||||||||||||| || || |||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  22105544 tagctgaagggtttgtgaaggaggaaaaggggaagactttggacgaagtggcagaaggatatttaacagagttg 22105617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 356 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 22647926 - 22647741
Alignment:
Q  356 ttaggtttcagctatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattga 455  Q
    ||||| ||||||||  ||||||||||| |  |||||||| ||||||| || ||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||  || | |||| ||     
T  22647926 ttaggattcagctacaatgatttgcctttctatcttaaaccatgtttcttatattttggaatgtatcccgaagattatgaagttggatcgaggagactgt 22647827  T
Q  456 ttcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaagggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    |||| || ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  22647826 ttcgacagtgggtagctgaaggatttgtgaaagaagaaagggggtataccttggaagaagttgcagaacgatatttaactgagttg 22647741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 40 - 278
Target Start/End: Original strand, 22187414 - 22187652
Alignment:
Q  40 ttgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgacttt 139  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||   ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||   | |||| | |    
T  22187414 ttgtaaagagtcttcttttattgaggtgcatgaactgcaacctttatctctagaacaatctttggagttgttcaataagaaggcattcaaaattgattgt 22187513  T
Q  140 gatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttat 239  Q
    |||||  | |||||||| || || |||| |||| ||   ||||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||    
T  22187514 gatgggtgttgtccaaacgagctcattggtatagctgatgaaattgttaaaaaatgcagtggtttaccgctagcaattgttgccatcggtggccttttat 22187613  T
Q  240 ctacaaagttgaaaaatgcatttgattggcggagattta 278  Q
    ||||||    ||||||||  ||||| |||| ||||||||    
T  22187614 ctacaagagagaaaaatgtgtttgagtggcagagattta 22187652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 395 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 22467666 - 22467520
Alignment:
Q  395 tcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaa 494  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||||  |||| ||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| |    
T  22467666 tcatgtttcttgtattttggattatatcctgaagactatatagttcattcaaagacgttgactcgccaatggattgctgaagggtttgtgaaggaagaca 22467567  T
Q  495 gggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    ||||||  || |||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||    
T  22467566 gggggaggacattggaagaggttgctgaaggatatttaatagagttg 22467520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 40 - 245
Target Start/End: Original strand, 21930847 - 21931052
Alignment:
Q  40 ttgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgacttt 139  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||| |||  | |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||   |||||||| |    
T  21930847 ttgtaaaaaatcttctttcattgaaatgcttgagttgcaacctttaactcatgaacaatctttggagttgttcaataagaaggcattcaaatttgactat 21930946  T
Q  140 gatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttat 239  Q
    |||||  | ||||||| ||| || |||| || | ||   ||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||    
T  21930947 gatgggtgttgtccaacagagctcattggtacaactaatgaaattgttaaaaaatgcaatggtttaccgctagcaattgttgccatcggtggacttttat 21931046  T
Q  240 ctacaa 245  Q
    ||||||    
T  21931047 ctacaa 21931052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 40 - 245
Target Start/End: Original strand, 21937579 - 21937784
Alignment:
Q  40 ttgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgacttt 139  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || | |||  | |||  ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||   |||||||| |    
T  21937579 ttgtaaaaaatcttctttcattgaagttcttgagttgcaatgtttaactcatgaacaatctttggagttgttcaataagaaggcattcaaatttgactat 21937678  T
Q  140 gatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttat 239  Q
    |||||  | ||||||||||| |||| || |||||||   |||||||  | ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||    
T  21937679 gatgggtgttgtccaaaagagctaaatggtatatctaatgaaattgtaaaaaaatgcaatggtttaccgctagcaattgttgccatcggtggccttttat 21937778  T
Q  240 ctacaa 245  Q
    ||||||    
T  21937779 ctacaa 21937784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 356 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 18966729 - 18966545
Alignment:
Q  356 ttaggtttcagctatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattga 455  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    |||| || ||||| || | |||||||||| ||| |||| |||||||| || || ||| |||| || | |    
T  18966729 ttaggtttaagctatgatgatttgccttactatctcaagtcatgcttgtagtattttggagtatgtccataagattatgaaattaatttaaagcgagtaa 18966630  T
Q  456 ttcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaagggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagtt 540  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||    
T  18966629 ttcgacaatggatagctgaagggtttgtgaaggaggaaagcgggaagactttggaagaaattgcagaaggattcctaatagagtt 18966545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 404 - 528
Target Start/End: Original strand, 22028772 - 22028896
Alignment:
Q  404 ttgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaagggggaata 503  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||| || ||| |    
T  22028772 ttgtattttggagtatatccagaagattatgaagttaaatcaaagagagtgattcgacaatggatagctgaagggtttgtaagggaggaaaaggagaaga 22028871  T
Q  504 ctttggaagaagttgcagaaggata 528  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||    
T  22028872 ctttgcaagaagtggcagagggata 22028896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 404 - 528
Target Start/End: Original strand, 22187760 - 22187884
Alignment:
Q  404 ttgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaagggggaata 503  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||| || ||| |    
T  22187760 ttgtattttggagtatatccagaagattatgaagttaaatcaaagagagtgattcgacaatggatagctgaagggtttgtaagggaggaaaaggagaaga 22187859  T
Q  504 ctttggaagaagttgcagaaggata 528  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||    
T  22187860 ctttgcaagaagtggcagagggata 22187884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 278
Target Start/End: Original strand, 22115472 - 22115749
Alignment:
Q  1 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 100  Q
    |||||| || ||||||||||  ||||||||||   | | |||||||||||||||||| |||||||||| | | || |||||||||||| | ||||||||     
T  22115472 gatatttataacaacaagaaacatggatgttgtgttgtcttgtaaaaaatcttctttcattgaggtgctttagctgcaacctttaactcaagaacaatca 22115571  T
Q  101 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagg 200  Q
    ||  |||||||||||||||||| |||   ||||||||  |  ||    ||||| ||||| || |||| |||| ||   ||||||| || |||||||||||    
T  22115572 ttgaagttgttcaataagaaggcattcaaatttgactacggagggtcttgtcccaaagagctcattggtatagctaatgaaattgttaaaaaatgcaagg 22115671  T
Q  201 gtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatctacaaagttgaaaaatgcatttgattggcggagattta 278  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||    ||||||||  ||||| |||| ||||||||    
T  22115672 gtttaccgctagcaattgttgccatcggtggacttttatctacaagagagaaaaatgtgtttgagtggcagagattta 22115749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Original strand, 22115821 - 22115994
Alignment:
Q  368 tatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatgga 467  Q
    |||||||||||||||    |||| || |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| | ||||| | ||||||||| | | ||| |||||||    
T  22115821 tatgatgatttgccttactatctcaagtcatgtttgttgtattttggagtatacccagaagattttgaagttaaatcaaagagaatcactcgacaatgga 22115920  T
Q  468 tagctgaagggtttgtaaaagaagaaagggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    |||||||||||||||| || || |||||||| || ||| |||| ||||| ||||| |||||  |||||||||||    
T  22115921 tagctgaagggtttgtgaaggaggaaaggggaaagactatggatgaagtggcagagggatatataacagagttg 22115994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 311 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 22615058 - 22614850
Alignment:
Q  311 ttagagctaaagaaggatcccaatttgatagggattnnnnnnntattaggtttcagctatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgtttattgtatt 410  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||       | ||| |||| || ||| |||||||||||    |||||| ||||||||| |||||||    
T  22615058 ttagagctaaacaaggattccaatttaattgggattaaagagattttaagtttgagttataatgatttgccttactatcttagatcatgtttgttgtatt 22614959  T
Q  411 ttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaagggggaatactttgga 510  Q
    |||||||||| |||||||| ||| || |||| || |||| | |  |||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||    
T  22614958 ttggattatacccagaagactatgaaattgaatctaagatactacttcgtcagtggatagctgaagggtttgtgaaagaggaaagggggaagacattaga 22614859  T
Q  511 agaagttgc 519  Q
    |||||||||    
T  22614858 agaagttgc 22614850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 40 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 30989345 - 30989139
Alignment:
Q  40 ttgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgacttt 139  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||| |||  | |||||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||||  |    
T  30989345 ttgtaaaaaatcttcttatattgaagtgcttgagttgcaacctttaaatgaacaacaatctttggagttgttcaataagaaggcattcagatttgaccat 30989246  T
Q  140 gatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttat 239  Q
    | |||  | |||||||| || || |||| |||| |||  ||||||| || |||||| || |||||||| ||||||||||| ||| |||| || ||||| |    
T  30989245 ggtggttgttgtccaaaggagctcattggtatagcttatgaaattgttaaaaaatgtaacggtttaccgctagcaattgttgccattggaggacttttgt 30989146  T
Q  240 ctacaaa 246  Q
    || ||||    
T  30989145 ctgcaaa 30989139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 40 - 245
Target Start/End: Original strand, 22028426 - 22028631
Alignment:
Q  40 ttgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgacttt 139  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||   ||||||||||| |||||||||||||||||   |||   | |||| | |    
T  22028426 ttgtaaagagtcttcttttattgaggtgcatgaactgcaacctttatctctagaacaatctttggagttgttcaataagaattcattcaaaattgattgt 22028525  T
Q  140 gatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttat 239  Q
    |||||  | |||||||| || || |||| |||| ||   ||||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||    
T  22028526 gatgggtgttgtccaaacgagctcattggtatagctgatgaaattgttaaaaaatgcagtggtttaccgctagcaattgttgccatcggtggccttttat 22028625  T
Q  240 ctacaa 245  Q
    ||||||    
T  22028626 ctacaa 22028631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 278
Target Start/End: Original strand, 22034904 - 22035181
Alignment:
Q  1 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 100  Q
    |||||| || ||||||||||  ||||||||||   | | |||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||| | ||||||||     
T  22034904 gatatttataacaacaagaaacatggatgttgtgttgtcttgtaaaaaatcttctttcattgaggtgcttgagctgcaacctttaactcaagaacaatca 22035003  T
Q  101 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagg 200  Q
    ||  |||||||||||||||||| |||   ||||||||  |  ||    ||||| ||||| || |||| |||| ||   ||||||| || ||| || ||||    
T  22035004 ttgaagttgttcaataagaaggcattcaaatttgactacggagggtcttgtcccaaagagctcattggtatagctaatgaaattgttaaaaagtgaaagg 22035103  T
Q  201 gtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatctacaaagttgaaaaatgcatttgattggcggagattta 278  Q
    |||| |||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||    ||||||||  ||||| |||| ||||||||    
T  22035104 gtttgccactagcaattgttgctattggtggacttttatctacaagagagaaaaatgtgtttgagtggcagagattta 22035181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 395 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 22357717 - 22357572
Alignment:
Q  395 tcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaa 494  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||| || |      
T  22357717 tcatgtttcttgtattttggattatatcctgaagactataaagttcattcaaagacattgactcgacaatggattgctgaagggtttgtgaaacaatatg 22357618  T
Q  495 gggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagtt 540  Q
    |||  |  ||  ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||    
T  22357617 gggaaagaacgatggaagaggttgcagaaggatatttaaaagagtt 22357572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 395 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 22367639 - 22367493
Alignment:
Q  395 tcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaa 494  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |  || |||  |||||| | ||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  22367639 tcatgtttcttgtactttggattatatcctgaagactcaaatgttcgttcaaatatattgactcgtcaatggattgctgaagggtttgtgaaagaagaaa 22367540  T
Q  495 gggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    |||| |  || |||||||| |||||||||||| | |||| |||||||    
T  22367539 ggggaatgacattggaagaggttgcagaaggacatttaatagagttg 22367493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 395 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 22430885 - 22430739
Alignment:
Q  395 tcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaa 494  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||| |||| ||||||||| ||| | | | |||||||| |||||||||||||| |||||| |||    
T  22430885 tcatgtttcttgtattttggattatatcctaaagactatatagtttattcaaagacattaacttgtcaatggattgctgaagggtttgtgaaagaaaaaa 22430786  T
Q  495 gggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
     ||| |  || ||| |||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  22430785 cgggaaggacattgaaagaggttgcagaaggatatttaatagagttg 22430739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 49 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 22436665 - 22436476
Alignment:
Q  49 atcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagc 148  Q
    |||||||||| |||| || |||||||| |||  ||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||| ||| |    | ||||   |||| |     
T  22436665 atcttcttttgttgaagtacatgaacttcaaggtttaactgaagaaaaatctttagaattgttcaataagaaggcattcca---taacttgagtggatgt 22436569  T
Q  149 tgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatct 241  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||| || ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  22436568 tgtccacaaaatcttattgatatatcttccaaaattgttaaaaaatgcaaaggattacctctagcaattgtagtcactggtggtcttttatct 22436476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 77 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 22615271 - 22615110
Alignment:
Q  77 caacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatctt 176  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||| |||||||    |  |  | ||||||||||| || |||||||||||||    
T  22615271 caacctttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgaca---aatgttgttgtccaaaagagctcattgatatatctt 22615175  T
Q  177 ccgaaattgctagaaaatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatct 241  Q
      || |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||    
T  22615174 atgatattgttaaaaaatgcaaaggtttaccactagcaattgttgccatcggaggtcttttatct 22615110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 395 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 22635221 - 22635075
Alignment:
Q  395 tcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaa 494  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||  |||||| | ||||| ||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| |    
T  22635221 tcatgtttcttgtattttggattatatcctgaagactatatagttcgttcaaaaacattgactcgccaatggattgctgaagggttcgtgaaagaagaca 22635122  T
Q  495 gggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    |||| |  || || ||||| |||||||||||||| |||  |||||||    
T  22635121 ggggaaggacatttgaagaggttgcagaaggatatttagtagagttg 22635075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Original strand, 22180153 - 22180326
Alignment:
Q  368 tatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatgga 467  Q
    |||||||||||||||    |||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| | || |||||| | | |||  ||||||    
T  22180153 tatgatgatttgccttactatctcaagtcatgtttgttgtattttggagtatatccagaggattatgaagttaaatcgaagagagtaactcgaaaatgga 22180252  T
Q  468 tagctgaagggtttgtaaaagaagaaagggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    |||||||||||||||| || || |||| ||| || ||  |||||||||| ||||| |||||  |||||||||||    
T  22180253 tagctgaagggtttgtgaaggaggaaaagggaaaaacaatggaagaagtggcagagggatatctaacagagttg 22180326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 92 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22442733 - 22442590
Alignment:
Q  92 gaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaa 191  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    ||||||  | ||| | ||||||||| |||| |||| |||||||||| |||||| |  ||    
T  22442733 gaacaatctttggagttgttcaataagaaggcatttca---tgacttaaacggacgttgtccaaaaaatcttattggtatatcttccaaaattgttgaaa 22442637  T
Q  192 aatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtctttta 238  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  22442636 aatgcaatggattaccactagcaattgtagtcattggtggtatttta 22442590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 398 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 22436343 - 22436200
Alignment:
Q  398 tgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaaggg 497  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||  |||||| | ||||| ||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||    
T  22436343 tgtttcttgtattttggattatatcctgaagactatatagttcgttcaaaaacattgactcgccaatggattgctgaagggttcgtgaaagaagagaggg 22436244  T
Q  498 ggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    | |  || ||||||||  ||||| ||||||| |||| |||||||    
T  22436243 gaaggacattggaagatattgcaaaaggatatttaatagagttg 22436200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 395 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 22442457 - 22442362
Alignment:
Q  395 tcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaa 490  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |  |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22442457 tcatgtttcttgtattttggattatatcccgaagactatgaagcttgttcaaagacattgactcgtcaatggatagctgaagggtttgtgaaagaa 22442362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Original strand, 21937889 - 21938062
Alignment:
Q  368 tatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatgga 467  Q
    |||||||||||||||    |||| || ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| | || ||    |||||||| | ||||| |||||||    
T  21937889 tatgatgatttgccttactatctcaagtcatgcttgttgtattttggagtatatccagaagattttgaaattagaccaaagagagtcattcgacaatgga 21937988  T
Q  468 tagctgaagggtttgtaaaagaagaaagggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    |||||||||| ||||| || || |||| ||| || ||| |||||||||| ||||| |||||  |||||||||||    
T  21937989 tagctgaaggatttgtgaaggaggaaaagggaaagactatggaagaagtggcagagggatatctaacagagttg 21938062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 41 - 245
Target Start/End: Original strand, 22179844 - 22180048
Alignment:
Q  41 tgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttg 140  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||  | ||| ||||||||   ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||   |||||||  ||    
T  22179844 tgtaaaaaatcttctttcattgaggtgcttgagttgcaaactttaactcctgaacagtctttggagttgttcaataagaaggcattcaaatttgacaatg 22179943  T
Q  141 atggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatc 240  Q
    | ||  | | || ||||||  | |||| |||| ||   ||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| ||||||||    
T  22179944 acgggtgttttcaaaaagaggtcattggtatagctaatgaaattgttaaaaaatgcaatggtttaccgctagcaattgttgccatcggtggacttttatc 22180043  T
Q  241 tacaa 245  Q
    |||||    
T  22180044 tacaa 22180048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 395 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 22458204 - 22458062
Alignment:
Q  395 tcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaa 494  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||| || || ||||  | |||| | | |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |    
T  22458204 tcatgtttgttgtattttggattatatcctgaaggttgtatagttcctacaaatatactgattcggcaatggatggctgaaggatttgtgaaagatgata 22458105  T
Q  495 gggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacaga 537  Q
     ||  || || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  22458104 tggtaaaaacattggaagatgttgcagatggatatttaacaga 22458062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 395 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 22481185 - 22481043
Alignment:
Q  395 tcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaa 494  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||| || || ||||  | |||| | | |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |    
T  22481185 tcatgtttgttgtattttggattatatcctgaaggttgtatagttcctacaaatatactgattcggcaatggatggctgaaggatttgtgaaagatgata 22481086  T
Q  495 gggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacaga 537  Q
     ||  || || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  22481085 tggtaaaaacattggaagatgttgcagatggatatttaacaga 22481043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 395 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 22630156 - 22630010
Alignment:
Q  395 tcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaa 494  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||  |||||||   |||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||  |    
T  22630156 tcatgtttcttgtattttggattctatcctgaagactatatagttcgttcaaaggtgttgactcgccaatggatcgctgaagggtttgtgaaagaagtca 22630057  T
Q  495 gggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
     ||| |  || |||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||    
T  22630056 agggaagaacattggaagaggttggagaaggatatttaatagagttg 22630010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 404 - 481
Target Start/End: Original strand, 22035289 - 22035366
Alignment:
Q  404 ttgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggttt 481  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| | ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  22035289 ttgtattttggagtatatccagaagattttgaagttaaatcaaagagagtgactcgacaatggatagctgaagggttt 22035366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 98 - 245
Target Start/End: Original strand, 22105192 - 22105339
Alignment:
Q  98 tcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgca 197  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||   |||||| | ||||||  | ||||||||||| || |||| |||| ||   || |||| || ||||||||    
T  22105192 tctttggagttgctcaataagaaggtattcaaatttgattgtgatgggtgttgtccaaaagagctcattggtatagctaatgacattgttaaaaaatgca 22105291  T
Q  198 agggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatctacaa 245  Q
    | |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||    
T  22105292 atggtttaccgctagcaattgttgccataggtggccttttatctacaa 22105339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 395 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 22353527 - 22353382
Alignment:
Q  395 tcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaa 494  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||  ||||| ||||| | | ||||| ||| |||||||| ||||| |||||||| |||||| |      
T  22353527 tcatgtttcttgtattttggattatatctcgaagactacgaagtttattcagatacattgactcgtcaatggattgctgaggggtttgtgaaagaatacg 22353428  T
Q  495 gggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagtt 540  Q
    |||| |  ||  ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||    
T  22353427 ggggaaggacaatggaagaggttgcagaaggatatttaaaagagtt 22353382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22367861 - 22367772
Alignment:
Q  149 tgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtctttta 238  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| |  ||||||||| || |||||||| |||||||||| | |||||||| |||||    
T  22367861 tgtccagaaaatcttattgatatatcttccaaaattgttgaaaaatgcaatggattaccactcgcaattgtagtcattggtggtatttta 22367772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22431213 - 22431018
Alignment:
Q  40 ttgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgacttt 139  Q
    |||||| |||||||||||| |||| |||||||||||  ||  |||||| || ||| ||||||| || |||||||||||||| || || |    ||||||     
T  22431213 ttgtaagaaatcttcttttgttgaagtgcatgaacttaaaggtttaaccgaagaaaaatctttagaattgttcaataagaaagtgttcca---tgacttg 22431117  T
Q  140 gatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtctttta 238  Q
       |||   |||||| || |||| || |||||||||||| |||||| |  ||||||||| || |||||||| |||||||||| | |||||||| |||||    
T  22431116 agcggatattgtccagaaaatcttatagatatatcttccaaaattgttgaaaaatgcaatggattaccactcgcaattgtagtcattggtggtatttta 22431018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #45
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 40 - 243
Target Start/End: Original strand, 21946050 - 21946253
Alignment:
Q  40 ttgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgacttt 139  Q
    |||||||||||||||||| | |||| ||  ||| || |||  ||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||  |||||||| |    
T  21946050 ttgtaaaaaatcttctttcactgagatgtttgagctgcaatgtttaactcaagaacaatctttggagttgtttaataagaaggcatttaaatttgactat 21946149  T
Q  140 gatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttat 239  Q
    | |||  | | |||||| || ||||||| |||| ||   |||||||  | |||||| || ||||||||  |||||||||  ||  | ||||| |||||||    
T  21946150 ggtgggtgttatccaaatgagctaattggtatagctaatgaaattgtaaaaaaatggaatggtttaccgttagcaattgctgctatcggtggccttttat 21946249  T
Q  240 ctac 243  Q
    ||||    
T  21946250 ctac 21946253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #46
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 82 - 245
Target Start/End: Original strand, 22053201 - 22053361
Alignment:
Q  82 tttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaa 181  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||   |||||||    ||||  | || |||||||| ||  ||| |||||||   |||    
T  22053201 tttaactcatgaacaatctttggagttgttcaacaagaaggcattcaaatttgacc---atgggtgttgcccaaaagagctcgttggtatatctaatgaa 22053297  T
Q  182 attgctagaaaatgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatctacaa 245  Q
    |||| || ||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||| | ||||| |||||||||||||    
T  22053298 attgttaaaaaatgcaatggtttaccgctagcaaatgttgccatcggtggacttttatctacaa 22053361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #47
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 22367967 - 22367885
Alignment:
Q  40 ttgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaagg 122  Q
    |||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||  ||  ||||| ||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  22367967 ttgtaagaaatcttcttttgttgaagtgcataaacttgaaggtttaagtgaagaaaaatctttagaattgttcaataagaagg 22367885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #48
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 22458568 - 22458331
Alignment:
Q  1 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 100  Q
    |||||| || ||||||||||  ||||||||||| | |   ||||| |||||||||||| |||| ||| ||||| |  ||  |||  ||||  ||||||||    
T  22458568 gatattaatcacaacaagaaacatggatgttgcaaatgcatgtaagaaatcttcttttgttgaagtgtatgaaatgaaaggtttggctgaacaacaatct 22458469  T
Q  101 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagg 200  Q
    || ||||||||||||||||||  ||| |     |||||  | ||| | |||||| || |||| |||||||||||||   |||||| |  ||||||||| |    
T  22458468 ttggagttgttcaataagaagacattccac---gacttaaacggacgttgtccagaaaatcttattgatatatcttttaaaattgttgaaaaatgcaatg 22458372  T
Q  201 gtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatct 241  Q
    | || |||||||||||||||  | |||||||| ||||||||    
T  22458371 gattgccactagcaattgtactcattggtggtattttatct 22458331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #49
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 22481549 - 22481312
Alignment:
Q  1 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 100  Q
    |||||| || ||||||||||  ||||||||||| | |   ||||| |||||||||||| |||| ||| ||||| |  ||  |||  ||||  ||||||||    
T  22481549 gatattaatcacaacaagaaacatggatgttgcaaatgcatgtaagaaatcttcttttgttgaagtgtatgaaatgaaaggtttggctgaacaacaatct 22481450  T
Q  101 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagg 200  Q
    || ||||||||||||||||||  ||| |     |||||  | ||| | |||||| || |||| |||||||||||||   |||||| |  ||||||||| |    
T  22481449 ttggagttgttcaataagaagacattccac---gacttaaacggacgttgtccagaaaatcttattgatatatcttttaaaattgttgaaaaatgcaatg 22481353  T
Q  201 gtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatct 241  Q
    | || |||||||||||||||  | |||||||| ||||||||    
T  22481352 gattgccactagcaattgtactcattggtggtattttatct 22481312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #50
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 77 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 18966990 - 18966946
Alignment:
Q  77 caacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaag 121  Q
    ||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  18966990 caacctttaaccgaagaacaatctatagagttgttcaataagaag 18966946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 2305564 - 2305043
Alignment:
Q  1 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 100  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||      
T  2305564 gatatttattaccacaagaaatatggatgttgccatatattgtaagaaatcttcttttattcaagtgcatgaactacaacttttaactgaggaaaaataa 2305465  T
Q  101 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagg 200  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||| | ||||||||||| || |||||||||||||  ||||| ||||| || |||||||    
T  2305464 tttgatttgtttaataagaaggcatttcaatttgactttgaaggatgttgtccaaaagagctcattgatatatcttttgaaatcgctaggaagtgcaagg 2305365  T
Q  201 gtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatctacaaagttgaaaaatgcatttgattggcggagatttaatgaaaatatgacttttaatga 300  Q
    | ||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||                 
T  2305364 gcttacccctagcaattgtaactattggtggtcttttatctacaaaggagaaaaatgcatttgaatggcagagatttagtgaaaata------------- 2305278  T
Q  301 aaatatgactttagagctaaagaaggatcccaatttgatagggattnnnnnnntattaggtttcagctatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgt 400  Q
         ||||||||||| ||||||| ||| || ||||||  |||||        | |||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||| |||    
T  2305277 -----tgactttagagttaaagaatgattcccatttgaccgggataaaaaagattttaggttttagctatggtgatttgcctttttatcttaaatcgtgt 2305183  T
Q  401 ttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaaggggga 500  Q
    || |  ||||||||| | ||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || || ||||| ||||    
T  2305182 ttgta-tattttggaatgtatccagaagattatgaagttaaatcaaagagagtgattcgacagtggatagctgaagggtttgtgaaggaggaaagtggga 2305084  T
Q  501 atactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  2305083 agactttggaagaagttgcagaaggatatttatcagagttg 2305043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 541
Target Start/End: Original strand, 34989604 - 34990126
Alignment:
Q  1 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 100  Q
    |||||| ||||| ||||||| || ||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  34989604 gatatttattaccacaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcatttattgaagtgcatgaactacaaccattaactgaagaacaatca 34989703  T
Q  101 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagg 200  Q
     |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||| | ||||||||||| || ||||||||| |||  ||||||||||| || |||||||    
T  34989704 attgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattgctaggaagtgcaagg 34989803  T
Q  201 gtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatctacaaagttgaaaaatgcatttgattggcggagatttaatgaaaatatgacttttaatga 300  Q
    | |||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||  || |||||||||||| |||| |||||||                  | |||    
T  34989804 gcttaccactagcaattgtgactattggtggtcttttatctacaaaggggagaaatgcatttgaatggcagagattt------------------agtga 34989885  T
Q  301 aaatatgactttagagctaaagaaggatcccaatttgatagggattnnnnnnntattaggtttcagctatgatgatttgcctcttcatcttaaatcatgt 400  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| ||| || ||||||   | ||        | |||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  34989886 aaatatgactgtagagctaaggaatgattcccatttgaccagaataaaaaagattttaggtcttagctatgatgatttgcctttttatcttaaatcatgt 34989985  T
Q  401 ttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaaggggga 500  Q
    || || ||||||||| | ||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  34989986 ttgttatattttggaatgtatccagaagattatgaagttaaatcaaagagaatgatacaacaatggatagctgaagggtttgtgaaagaggaaagtggga 34990085  T
Q  501 atactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    | |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||    
T  34990086 agactttggaagaagttgaagaaagatatttaacagagttg 34990126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 293 - 541
Target Start/End: Original strand, 34976032 - 34976280
Alignment:
Q  293 tttaatgaaaatatgactttagagctaaagaaggatcccaatttgatagggattnnnnnnntattaggtttcagctatgatgatttgcctcttcatctta 392  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |  ||||||  |||||        | |||||||| |||||||||||| |||||  | ||||||    
T  34976032 tttagtgaaaatatgacttttgagctaaagaatgattctcatttgaccgggataaaaaagattttaggttttagctatgatgatctgccttgttatctta 34976131  T
Q  393 aatcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaaga 492  Q
    |||| ||||| || ||||||||| | |||||| ||| |||| ||||| | ||||||||| ||||||  || |||||||||||||||||||| || || ||    
T  34976132 aatcgtgtttgttatattttggaatgtatccaaaaggttatgaagttaaatcaaagagagtgattctacagtggatagctgaagggtttgtgaaggagga 34976231  T
Q  493 aagggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    ||| || || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  34976232 aagtggcaagactttggaagaagttgcaaaaggatatttaacagagttg 34976280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 293 - 541
Target Start/End: Original strand, 34983143 - 34983391
Alignment:
Q  293 tttaatgaaaatatgactttagagctaaagaaggatcccaatttgatagggattnnnnnnntattaggtttcagctatgatgatttgcctcttcatctta 392  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |  ||||||  |||||        | |||||||| |||||||||||| |||||  | ||||||    
T  34983143 tttagtgaaaatatgacttttgagctaaagaatgattctcatttgaccgggataaaaaagattttaggttttagctatgatgatctgccttgttatctta 34983242  T
Q  393 aatcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaaga 492  Q
    |||| ||||| || ||||||||| | |||||| ||| |||| ||||| | ||||||||| ||||||  || |||||||||||||||||||| || || ||    
T  34983243 aatcgtgtttgttatattttggaatgtatccaaaaggttatgaagttaaatcaaagagagtgattctacagtggatagctgaagggtttgtgaaggagga 34983342  T
Q  493 aagggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    ||| || || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  34983343 aagtggcaagactttggaagaagttgcaaaaggatatttaacagagttg 34983391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 225 - 295
Target Start/End: Original strand, 34975982 - 34976052
Alignment:
Q  225 ttggtggtcttttatctacaaagttgaaaaatgcatttgattggcggagatttaatgaaaatatgactttt 295  Q
    |||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||||||||    
T  34975982 ttgggggtcttttatctacaaaggagaaaaatgtatttgaatgacagagatttagtgaaaatatgactttt 34976052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 225 - 295
Target Start/End: Original strand, 34983093 - 34983163
Alignment:
Q  225 ttggtggtcttttatctacaaagttgaaaaatgcatttgattggcggagatttaatgaaaatatgactttt 295  Q
    |||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||||||||    
T  34983093 ttgggggtcttttatctacaaaggagaaaaatgtatttgaatgacagagatttagtgaaaatatgactttt 34983163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1439 (Bit Score: 111; Significance: 9e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold1439
Description:

Target: scaffold1439; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 1672 - 1454
Alignment:
Q  1 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 100  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  1672 gatatttattaccacaagaaatatggatgttgctgtgtattgtaagaaatcttcttttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaaaaatca 1573  T
Q  101 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagctgtccaaaagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagg 200  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||||| || ||| | ||||||||||| || |||||||||||||  ||||| ||||| || |||||||    
T  1572 tttgatttgtttaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaaagagctcattgatatatcttttgaaatcgctaggaagtgcaagg 1473  T
Q  201 gtttaccactagcaattgt 219  Q
    | ||||| |||||||||||    
T  1472 gcttacccctagcaattgt 1454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 73; Significance: 4e-33; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 293 - 541
Target Start/End: Original strand, 40580594 - 40580843
Alignment:
Q  293 tttaatgaaaatatgactttagagctaaagaaggatcccaatttgatagggattnnnnnnntattaggtttcagctatgatgatttgcctcttc-atctt 391  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||| |||||        | ||||| || ||||| ||| |||||| | ||  |||||    
T  40580594 tttagtgaaaatatgactttagagctaaggaatgattccgatttgatcgggataaaaaagattttaggatttagctacgataatttgctttttttatctt 40580693  T
Q  392 aaatcatgtttattgtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaag 491  Q
    ||||| ||||| || ||||||||| | ||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||  || |||||||||||||||||||| || || |    
T  40580694 aaatcctgtttgttatattttggaatgtatccagaagattatgaagttaaatcaaagagagtgattctacagtggatagctgaagggtttgtgaaggagg 40580793  T
Q  492 aaagggggaatactttggaagaagttgcagaaggatacttaacagagttg 541  Q
    |||| || || ||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||    
T  40580794 aaagtggaaagactttggaagaagttgctgaagtatatttaactgagttg 40580843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 140
Target Start/End: Original strand, 40580375 - 40580514
Alignment:
Q  1 gatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatct 100  Q
    |||||| |||||  |||||||||||||||||||  | |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||     
T  40580375 gatatttattacctcaagaagtatggatgttgcagtgtattgtaagaaattttcttttattgaagtgcatgaactacaacctttaacagaagaaaaatca 40580474  T
Q  101 tttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttg 140  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  40580475 tttgatttgttcaacaagaaggcatttcaatttgactttg 40580514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 194 - 294
Target Start/End: Original strand, 40580513 - 40580613
Alignment:
Q  194 tgcaagggtttaccactagcaattgtagccgttggtggtcttttatctacaaagttgaaaaatgcatttgattggcggagatttaatgaaaatatgactt 293  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||  || |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  40580513 tgcaagggcttaccactagcaattgttactattggtggtcttttatctacaaaggagagaaatgcatttgaatggcagagatttagtgaaaatatgactt 40580612  T
Q  294 t 294  Q
    |    
T  40580613 t 40580613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 406 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 872417 - 872294
Alignment:
Q  406 gtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaagg-gggaatac 504  Q
    |||||||||| |||||||| ||| ||| |||||| | |||||| |  ||||||| |  |||||||||||||||||||| || || |||||| || || ||    
T  872417 gtattttggaatatatccataaggttagaaagttaaatcaaagtgggtgattcgacggtggatagctgaagggtttgtgaaggaggaaaggaggaaagac 872318  T
Q  505 tttggaagaagttgcagaaggata 528  Q
    || ||||||| |||||||||||||    
T  872317 ttgggaagaatttgcagaaggata 872294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 406 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 1233694 - 1233571
Alignment:
Q  406 gtattttggattatatccagaagattataaagttgattcaaagagattgattcggcaatggatagctgaagggtttgtaaaagaagaaagg-gggaatac 504  Q
    |||||||||| |||||||| ||| ||| |||||| | |||||| |  ||||||| |  |||||||||||||||||||| || || |||||| || || ||    
T  1233694 gtattttggaatatatccataaggttagaaagttaaatcaaagtgggtgattcgacggtggatagctgaagggtttgtgaaggaggaaaggaggaaagac 1233595  T
Q  505 tttggaagaagttgcagaaggata 528  Q
    || ||||||| |||||||||||||    
T  1233594 ttgggaagaatttgcagaaggata 1233571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University