View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8157_high_2 (Length: 710)

Name: NF8157_high_2
Description: NF8157
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8157_high_2
NF8157_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-693)||(35577045-35577732)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 601; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 601; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 35577732 - 35577045
Alignment:
Q  11 tgagatgaagggtgccttattgaatgnnnnnnngtggggatagagg-catctttatgtttcctgcttttaatgatgaattaagggaagtggttgatgtgg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35577732 tgagatgaagggtgccttattgaatgaaaaaaagtggggatagggggcatctttatgtttcctgcttttaatgatgaattaagggaagtggttgatgtgg 35577633  T
Q  110 catagggatggtgcccatgaatatgttggttggagcccctcatgctgcatggtttgggagaaagatttagtggttaagggtgtggtaggtgcgtgcttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35577632 catagggatggtgcccatgaatatgttggttggagcccctcatgctgcatggtttgggagaaagatttagtggttaagggtgtggtaggtgcgtgcttgt 35577533  T
Q  210 gcttgtatcttactgagacaaccaatgggacacacactattgaattgaaactaaattggtcatttcaattagttatttttcctttttgtttctataatta 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35577532 gcttgtatcttactgagacaaccaatgggacacacactattgaattgaaactaaattggtcatttcaattagttatttttcctttttgtttctataatta 35577433  T
Q  310 ctttgaatgtaatgaatttgatctatagggctaatggagtgtctttatgaaaattgtgaatggaagggtaaggtggatctttcaactaatcatgtttttt 409  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35577432 ctttgaatgtaatgaatgtgttctatagggctaatggagtgtctttatgaaaattgtgaatggaagggtaaggcggatctttcaactaatcatgtttttt 35577333  T
Q  410 atattatgtagatacaatgaactatgttctaaattatggccaaaattatttatnnnnnnngttata----gtcaaattaactttctattaattgcataat 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||    ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35577332 atattatgtagatacaatgaactatgttctaaattatggccaaaattatttataaaaaaagttatagtacgtcaaattaactttcgattaattgcataat 35577233  T
Q  506 atattaacaactactactttaattaatacagttatactagtataatagatgaatatttagacaaagttgagaagacccgataaagcaaggatagttttcc 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35577232 atattaacaactactactttaattaatacagttatactagtataatagatgaatatttagacaaagttgagaagacccgataaagcaaggatagttttcc 35577133  T
Q  606 ttacattcatcttaaaggaattaattgtgaatcacctatagctgtcacaagatgcattggctgcaagtgattcaagttcctttgtatc 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35577132 ttacattcatcttaaaggaattaattgtgaatcacctatagctgtcacaagatgcattggctgcaagtgattcaagttcctttgtatc 35577045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University