View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8160_high_6 (Length: 345)

Name: NF8160_high_6
Description: NF8160
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8160_high_6
NF8160_high_6
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-332)||(5315219-5315550)
chr7 (1-332)||(5284416-5284747)
chr7 (1-332)||(5289380-5289711)
chr7 (1-332)||(5302604-5302935)
chr7 (1-332)||(5310505-5310836)
chr7 (2-331)||(46706672-46707001)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-332)||(44141309-44141640)
chr1 (1-332)||(44128682-44129013)
chr1 (1-332)||(44132887-44133218)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (5-330)||(1492280-1492605)
chr5 (1-332)||(1482301-1482632)
chr5 (1-332)||(1478107-1478438)
chr5 (1-332)||(1505085-1505416)
chr5 (1-332)||(1509232-1509563)
chr5 (2-332)||(1499349-1499679)
chr5 (13-332)||(1486790-1487109)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-330)||(24163475-24163804)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-332)||(37863073-37863404)
chr3 (53-174)||(37859205-37859326)
chr3 (1-166)||(39030179-39030344)
chr3 (4-45)||(40421888-40421929)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (2-162)||(35250920-35251080)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 5315219 - 5315550
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315219 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 5315318  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5315319 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttc 5315418  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315419 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 5315518  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315519 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 5315550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 5284416 - 5284747
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  5284416 aagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgtttt 5284515  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5284516 gcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttc 5284615  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5284616 gtggccctagcgatactcacttagacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgctcttattgttggctctgacccaataccagaaat 5284715  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5284716 tgagagacctatatttgagatggtttggactg 5284747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 5289711 - 5289380
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||    
T  5289711 aagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgtttt 5289612  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  5289611 gcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacattcc 5289512  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    |||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5289511 gtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctcttattgttggttctgacccagtaccagaaat 5289412  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289411 tgagaaacctatatttgagatggtttggactg 5289380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 5302604 - 5302935
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  5302604 aagtggtgtagacatgcccgaagctgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgtttt 5302703  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||    
T  5302704 gcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatctagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtatgttcagaggtcaccgctgtcacatttc 5302803  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5302804 gtggccctagtgatactcacttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgctcttattgttggctctgaccccgtaccagaaat 5302903  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302904 tgagaaacctatatttgagatggtttggactg 5302935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 5310505 - 5310836
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||    
T  5310505 aagtggtgtagacatgcctggagctgattatcaactcacaaaactcttgggccttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgtttt 5310604  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5310605 gcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttc 5310704  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    |||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5310705 gtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcattgtttggagatggagctgctgctcttattgttggttctgacccagtaccagaaat 5310804  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310805 tgagaaacctatatttgagatggtttggactg 5310836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 2 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 46707001 - 46706672
Alignment:
Q  2 agtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttg 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  46707001 agtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttcggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttg 46706902  T
Q  102 caggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttcg 201  Q
    |||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||    
T  46706901 caggaggcacggggcttcgtttggctaacgatttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagtcacattccg 46706802  T
Q  202 tggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaata 301  Q
     || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||   |||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||     
T  46706801 cggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagtcagagctgctgcacttattgttggttctgatccagtaccagaaatt 46706702  T
Q  302 gagaaacctatatttgagatggtttggact 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46706701 gagaaacctatatttgagatggtttggact 46706672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 44141309 - 44141640
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  44141309 aagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgcttt 44141408  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||    
T  44141409 gcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttc 44141508  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || || ||||||||||||||    
T  44141509 gcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaat 44141608  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44141609 tgagaaaccaatatttgagatggtttggactg 44141640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 44128682 - 44129013
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  44128682 aagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgcttt 44128781  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||    
T  44128782 gcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttc 44128881  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || || ||||||||||||||    
T  44128882 gcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaggccctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaat 44128981  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44128982 tgagaaaccaatatttgagatggtttggactg 44129013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 44132887 - 44133218
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  44132887 aagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgcttt 44132986  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||    
T  44132987 gcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttc 44133086  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || || ||||||||||||||    
T  44133087 gcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaggccctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaat 44133186  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44133187 tgagaaaccaatatttgagatggtttggactg 44133218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 5 - 330
Target Start/End: Original strand, 1492280 - 1492605
Alignment:
Q  5 ggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcag 104  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||    
T  1492280 ggtgtagacatgcctggggccgattatcaactcactaaactcttaggtcttcgtccatatgtaaaaagatacatgatgtaccagcaaggttgttttgcag 1492379  T
Q  105 gtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttcgtgg 204  Q
    |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  1492380 gtggcacggtacttcgtttggctaaggatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttagttgtttgttctgaagtcactgcagtcacatttcgtgg 1492479  T
Q  205 tcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaatagag 304  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||     
T  1492480 tcccagtgatacacacttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagcagctgcacttattgttgggtctgatccggtaccagaaattgaa 1492579  T
Q  305 aaacctatatttgagatggtttggac 330  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  1492580 aaacctatatttgagatgatttggac 1492605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 1482301 - 1482632
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1482301 aagtggtgtagacatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagagatacatgatgtaccaacaaggatgcttt 1482400  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||| |    
T  1482401 gcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaataataaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgcagtgacattcc 1482500  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  1482501 gtggtcctagtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcactctttggagatggagctgctgcactcattgttggttctgacccaataccagaaat 1482600  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1482601 tgagaaacctatatttgagatggtttggactg 1482632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 1478107 - 1478438
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||    
T  1478107 aagtggtgtagacatgcctggcgctgattaccaactcaccaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagaggtatatgatgtaccaacaaggatgtttt 1478206  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||| |    
T  1478207 gcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaataaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgcagtgacattcc 1478306  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  1478307 gtggtcctagtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggtgctgctgcactcattgttggttctgacccaataccagaaat 1478406  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1478407 tgagaaacctatatttgagatggtttggactg 1478438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 1505085 - 1505416
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||    
T  1505085 aagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcaccaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaagaggtacatgatgtaccagcaaggatgtttt 1505184  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||    
T  1505185 gcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtgttggttgtctgttccgaagtcactgcagtcacatttc 1505284  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || || ||| ||||||||||    
T  1505285 gcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagctctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccaataccagaaat 1505384  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1505385 tgagaaacctatatttgaaatggtttggactg 1505416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 1509232 - 1509563
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    |||||||||||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||    
T  1509232 aagtggtgttgatatgtctggagctcattatcaacttaccaaacttttaggtcttcacccatatgtaaaaaggtacatgatgtaccaacaaaggtgtttt 1509331  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||| || ||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||  || |||||||||     
T  1509332 gcaggtggcactgtgcttcatttggcaaaggatttggctgaaaataaccaagatgctcgtgtgttggttgtttgttctaaagtcattgcagtcacatttt 1509431  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    |||| ||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  1509432 gtggccctggtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatggagctgctgcactcattgttggtactgaccctgtaccagaaat 1509531  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1509532 tgagaaatctatatttgagatggtttggactg 1509563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 332
Target Start/End: Original strand, 1499349 - 1499679
Alignment:
Q  2 agtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttg 101  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | ||    
T  1499349 agtggtgtagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaactagggtgttatg 1499448  T
Q  102 caggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttcg 201  Q
    ||||||| || || || |||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||  || ||||| |    
T  1499449 caggtggaacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaaatcactgcaatctcattttg 1499548  T
Q  202 tggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaata 301  Q
    ||| |||||| |||||||| || |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||  | |||||||||||||||| |||||| |||||     
T  1499549 tggacctagtaatactcacctacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagtcattgttggctctgacctagtacctgaaatt 1499648  T
Q  302 gagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
    ||||||||| |||||||| | ||||||||||    
T  1499649 gagaaacctttatttgagttagtttggactg 1499679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 332
Target Start/End: Original strand, 1486790 - 1487109
Alignment:
Q  13 catgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcaggtggcacg 112  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||  |||||||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||     
T  1486790 catgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtctttgcccggatgtgaaacggtatatgatataccaacaaggatgctttgcagggggcact 1486889  T
Q  113 gtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcac-atttcgtggtcctagt 211  Q
    || || |||| ||| || || |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||  | || |||||||||||  |  |||| |||| |||| |||| |    
T  1486890 gttctacgttaggccaaggacttggctgagaacaataaagatgctcttgtgttggtaatatgttctgaagtcactac-atcactattttgtggccctaat 1486988  T
Q  212 gatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaatagagaaaccta 311  Q
    || ||| || |   || |||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||   | ||||||||||| || ||  || || |||| |||||||||     
T  1486989 gaaactgacatgagcaaccttgttggacaagcattatttggtgatggagctgttgtagtcattgttggctccgatccgatatcaaaaattgagaaacctc 1487088  T
Q  312 tatttgagatggtttggactg 332  Q
    | |||||| | ||||||||||    
T  1487089 tctttgagcttgtttggactg 1487109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 170; Significance: 3e-91; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 24163804 - 24163475
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||    
T  24163804 aagtggtgtagatatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatgtgtaaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgtttt 24163705  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    |||||||||||||| || || ||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||     
T  24163704 gcaggtggcacggtacttcgcttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggttctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttaccgcaatcacatttt 24163605  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    |||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||| |||  |||||    
T  24163604 gtggaccaagcgatactcacttagacaaccttgttggacaagctctatttggagatggagctgctgcagtcattgttggctctgacccaatacaggaaat 24163505  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggac 330  Q
     ||||||||| |||||||| | ||||||||    
T  24163504 tgagaaacctctatttgagttagtttggac 24163475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 37863404 - 37863073
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||| || || || ||||||||||| ||||||||  | || |||||||| |||||||| || |||    
T  37863404 aagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgtttt 37863305  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgctctgaagtcaccgctgtcacatttc 200  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||  |||| || || || || |    
T  37863304 gctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaaggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttcc 37863205  T
Q  201 gtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaat 300  Q
    |||| ||||||||||||||  | || || ||||| || || ||| | ||||||||||| || || ||| | |||||||| || || ||  | |||||| |    
T  37863204 gtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttggagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagt 37863105  T
Q  301 agagaaacctatatttgagatggtttggactg 332  Q
     ||||| ||| | |||||  ||||||||||||    
T  37863104 tgagaagcctttgtttgaattggtttggactg 37863073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 53 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 37859326 - 37859205
Alignment:
Q  53 cttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaag 152  Q
    ||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  37859326 cttcgtccatatgtgaagcgttacatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtggcacggtgcttcgtttggctaaagacttggctgaaaacaacaaag 37859227  T
Q  153 gtgctcgtgtgttggttgtttg 174  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  37859226 gtgctcgtgtgttggtagtttg 37859205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Original strand, 39030179 - 39030344
Alignment:
Q  1 aagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgcttt 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| || || ||||| ||| | |||||||| ||  | || ||||||||||||||||| || |||    
T  39030179 aagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgtttt 39030278  T
Q  101 gcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttg 166  Q
    || ||||  | ||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39030279 gctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtgttg 39030344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 40421929 - 40421888
Alignment:
Q  4 tggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaact 45  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||    
T  40421929 tggtgttgacatgcctggtgctgattatcaactcatcaaact 40421888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 162
Target Start/End: Original strand, 35250920 - 35251080
Alignment:
Q  2 agtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttg 101  Q
    |||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||| |  |||| ||||| || |  |||||| | || |||||||||||||||||||| || |    
T  35250920 agtggtgtggatatgcctggtgctgattatcagctcacaaaattgctaggacttcgtccgtcggtgaaacgttatatgatgtaccaacaagggtgtttcg 35251019  T
Q  102 caggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgt 162  Q
    | ||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35251020 ctggtggtatggttcttcgtttggctaaagatttggctgagaacaataaaggtgctcgtgt 35251080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University