View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8163_low_5 (Length: 544)

Name: NF8163_low_5
Description: NF8163
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8163_low_5
NF8163_low_5
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (37-399)||(37911470-37911841)
chr1 (2-405)||(37881495-37881902)
chr1 (78-399)||(37867531-37867856)
chr1 (138-399)||(37855398-37855668)
chr1 (443-534)||(37881940-37882032)
chr1 (444-512)||(37911890-37911958)
[»] scaffold0187 (6 HSPs)
scaffold0187 (37-399)||(27236-27607)
scaffold0187 (119-408)||(6571-6860)
scaffold0187 (119-399)||(16908-17188)
scaffold0187 (2-176)||(1-177)
scaffold0187 (444-528)||(6448-6533)
scaffold0187 (460-534)||(27094-27170)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (78-277)||(9239670-9239873)
chr7 (258-346)||(45759321-45759409)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 37 - 399
Target Start/End: Original strand, 37911470 - 37911841
Alignment:
Q  37 cttcaatactactttctagtcactaaggctaattaatattctcactctcaccaaccaaagagtctaccaccctctacctcagtagtaaaatgggaggaaa 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37911470 cttcaatactactttctagtcactaaggctaattaatattctcattctcaccaaccaaagagtctaccaccctctacctcagtagtaaaatgggaggaaa 37911569  T
Q  137 caacaatcagaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaa---------gagggtattat 227  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||    
T  37911570 caacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaagaggaggaggagggtattat 37911669  T
Q  228 tatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagctgatcctgttattgacataagagctacagcat 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37911670 tatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggtagttggggtgtagctgatcctgttattgacatgagagctacagcat 37911769  T
Q  328 tcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcactggcaagctcaacctgatcagtaggata 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  37911770 tcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcattgccaagctcaacctgatcagtaggata 37911841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 2 - 405
Target Start/End: Original strand, 37881495 - 37881902
Alignment:
Q  2 ttcagattgtaacacaagacaatcactgttcctttcttcaatactactttctagtcactaaggctaattaatattctcactctcaccaaccaaagagtct 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37881495 ttcagattgtaacacaagacaaacacacttcctttcttcaatactactttctagtcaccaaggataattaatattctcactctcaccaaccaaagagtc- 37881593  T
Q  102 accaccctctacctcagtagtaaaatgggaggaaacaacaatcagaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatcta 201  Q
    ||||| || ||| | | |||| |||||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37881594 accactctatac-taactagtgaaatgggaggaaacag---tcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatcta 37881689  T
Q  202 gcagtaacaagcaaagagg---------gtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgt 292  Q
    |||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37881690 gcagtaacaagcaaagaggaggaggagggtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggtagttggggtgt 37881789  T
Q  293 agctgatcctgttattgacataagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcactggcaagctcaacctgatcag 392  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  37881790 agctgatcctgttattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcattgccaagctcaacctgatcag 37881889  T
Q  393 taggatacgaaca 405  Q
    |||||||||||||    
T  37881890 taggatacgaaca 37881902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 78 - 399
Target Start/End: Original strand, 37867531 - 37867856
Alignment:
Q  78 tcactctcaccaaccaaagagtctaccaccctctacctcagtagtaaaatgggaggaaacaacaatcagaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggt 177  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37867531 tcactctcaccaaccaaagtgtc-accactctatac-tcagtagtaaaatgggaggaaacaa---tcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggt 37867625  T
Q  178 cagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaagagg---------gtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtga 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37867626 cagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaagaggaggaggagggtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtga 37867725  T
Q  269 tgaagacagaggcagttggggtgtagctgatcctgttattgacataagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaatt 368  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37867726 tgaagacagaggtagttggggtgtagctgatcctgttattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaatt 37867825  T
Q  369 cactggcaagctcaacctgatcagtaggata 399  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||    
T  37867826 cattgccaagctcaacctgatcagtaggata 37867856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 138 - 399
Target Start/End: Original strand, 37855398 - 37855668
Alignment:
Q  138 aacaatcagaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaagagg---------gtattatt 228  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||    
T  37855398 aacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaagaggaggaggagggtattatt 37855497  T
Q  229 atgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagctgatcctgttattgacataagagctacagcatt 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37855498 atgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggtagttggggtgtagctgatcctgttattgacatgagagctacagcatt 37855597  T
Q  329 cattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcactggcaagctcaacctgatcagtaggata 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  37855598 cattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcattgccaagctcaacctgatcagtaggata 37855668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 443 - 534
Target Start/End: Original strand, 37881940 - 37882032
Alignment:
Q  443 tctctgatgtaattagttattgattatcatttgtgaactatgccaattaatgtaaatatgaataatcttt-aagtttattctttcttgatgtc 534  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  37881940 tctctgttgtaattagttattgattatcatttgtgaaccatgccaagtaatgtaaatatgaataatctttcaagtttattctttcttcatgtc 37882032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 444 - 512
Target Start/End: Original strand, 37911890 - 37911958
Alignment:
Q  444 ctctgatgtaattagttattgattatcatttgtgaactatgccaattaatgtaaatatgaataatcttt 512  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37911890 ctctgttgtaattagttattgattatcatttgtgaaccatgccaagtaatgtaaatatgaataatcttt 37911958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187 (Bit Score: 312; Significance: 1e-175; HSPs: 6)
Name: scaffold0187
Description:

Target: scaffold0187; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 37 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 27607 - 27236
Alignment:
Q  37 cttcaatactactttctagtcactaaggctaattaatattctcactctcaccaaccaaagagtctaccaccctctacctcagtagtaaaatgggaggaaa 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27607 cttcaatactactttctagtcactaaggctaattaatattctcattctcaccaaccaaagagtctaccaccctctacctcagtagtaaaatgggaggaaa 27508  T
Q  137 caacaatcagaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaa---------gagggtattat 227  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||    
T  27507 caacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaagaggaggaggagggtattat 27408  T
Q  228 tatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagctgatcctgttattgacataagagctacagcat 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27407 tatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggtagttggggtgtagctgatcctgttattgacatgagagctacagcat 27308  T
Q  328 tcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcactggcaagctcaacctgatcagtaggata 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  27307 tcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcattgccaaggtcaacctgatcagtaggata 27236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 119 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 6860 - 6571
Alignment:
Q  119 tagtaaaatgggaggaaacaacaatcagaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaaga 218  Q
    |||| ||||||||||||||||   ||| |||||||| |||||||||||||   ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  6860 tagtgaaatgggaggaaacaa---tcaaaggaagtcttctaaatcatcat---tcaggtctgttttcaacatttttaaatctagtagtaacaagcaaaga 6767  T
Q  219 gggt------attattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagctgatcctgttattgaca 312  Q
    ||        | ||||||||| ||| | | |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6766 ggtggaggagagtattatgatcatggtgcttatgctaacaaagtatggccaagtgatgaagatagaggaagttggggtgtagctgatcctgttattgaca 6667  T
Q  313 taagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcactggcaagctcaacctgatcagtaggatacgaacaatc 408  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6666 tgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgaatttctgaatctcaaattcattgccaagctcaacctgatcagtaggatacgaacaatc 6571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 119 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 17188 - 16908
Alignment:
Q  119 tagtaaaatgggaggaaacaacaatcagaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaaga 218  Q
    |||| ||||||||||||||||   ||| |||||||| |||||||||||||   ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  17188 tagtgaaatgggaggaaacaa---tcaaaggaagtcttctaaatcatcat---tcaggtctgttttcaacatttttaaatctagtagtaacaagcaaaga 17095  T
Q  219 gggt------attattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagctgatcctgttattgaca 312  Q
    ||        | ||||||||| ||| | | |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17094 ggtggaggagagtattatgatcatggtgcttatgctaacaaagtatggccaagtgatgaagatagaggaagttggggtgtagctgatcctgttattgaca 16995  T
Q  313 taagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcactggcaagctcaacctgatcagtaggata 399  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  16994 tgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcattgccaagctcaacctgatcagtaggata 16908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 2 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 177 - 1
Alignment:
Q  2 ttcagattgtaacacaagacaatc--actgttcctttcttcaatactactttctagtcactaaggctaattaatattctcactctcaccaaccaaagagt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  177 ttcagattgtaacacaagacaacacaacacttcctttcttcaatactactttctagtcactaaggctaattaatattctcactctcaccaaccaaagagt 78  T
Q  100 ctaccaccctctacctcagtagtaaaatgggaggaaacaacaatcagaggaagtcatctaaatcatcatcattcagg 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  77 ctaccaccctctacctcagtagtaaaatgggaggaaacaacaatcagaggaagtcatctaaatcatcatcattcagg 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 444 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 6533 - 6448
Alignment:
Q  444 ctctgatgtaattagttattgattatcatttgtgaactatgccaattaatgtaaatatgaataatcttt-aagtttattctttctt 528  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  6533 ctctgttgtaattagttattgattatcatttgtgaaccatgccaagtaatgtaaatatgaataacctttcaagtttattctctctt 6448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 460 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 27170 - 27094
Alignment:
Q  460 tattgattatcatttgtgaactatgccaattaatg-taaatatgaataatcttt-aagtttattctttcttgatgtc 534  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||| | |||||||||||| ||| | ||||||||| |||| |||||    
T  27170 tattgattatcatttgtaaactatgataattaatgtttaatatgaataatatttcatgtttattctctcttaatgtc 27094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 78 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 9239873 - 9239670
Alignment:
Q  78 tcactctcaccaaccaaagagtctaccaccctctacctcagtagtaaaatgggaggaaacaacaatcagaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggt 177  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||| || ||| || ||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9239873 tcactctcaccaaccaaagagtcg-ccactctatac-tcggtagtaaaatgggaggaaacaa---tcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggt 9239779  T
Q  178 cagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaa---------gagggtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtga 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9239778 cagttttcaacatattcaaatctagcaataacaagcaaagaggaggaggagggtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggcctagtga 9239679  T
Q  269 tgaagacag 277  Q
    |||||||||    
T  9239678 tgaagacag 9239670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 258 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 45759409 - 45759321
Alignment:
Q  258 tggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagctgatcctgttattgacataagagctacagcattcattgctcaatacaagaa 346  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  45759409 tggcctagtgatgaagacaaaggtacatggggggtagctgatcctgttattgacatgagagctacagcttttattgctcgatacaagaa 45759321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University