View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8168_high_1 (Length: 542)

Name: NF8168_high_1
Description: NF8168
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8168_high_1
NF8168_high_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-533)||(34695862-34696378)
chr6 (206-296)||(6828151-6828241)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-533)||(26993500-26994020)
chr2 (17-515)||(27066116-27066595)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (19-296)||(5958255-5958533)
chr7 (17-353)||(28213143-28213480)
chr7 (17-300)||(46166999-46167283)
[»] scaffold0402 (1 HSPs)
scaffold0402 (17-296)||(12594-12874)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (19-296)||(17941069-17941347)
chr8 (17-353)||(30828414-30828751)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (17-353)||(8144537-8144874)
chr1 (17-334)||(25489669-25489987)
chr1 (17-300)||(48988583-48988867)
chr1 (17-334)||(19872078-19872396)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 484; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 533
Target Start/End: Original strand, 34695862 - 34696378
Alignment:
Q  17 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34695862 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 34695961  T
Q  117 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactcaaaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagatata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34695962 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactcaaaacttacagatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagatata 34696061  T
Q  217 ttggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaacaacgcggacaccgttgttg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  34696062 ttggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaacaacgcggacaccgttgtcg 34696161  T
Q  317 gggcaaaaggcataaagaagagataatgttcacgttctactnnnnnnncaagccaaatcttgggttgagaaagcatctaggaagagaaccaaaaactgac 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34696162 gggcaaaaggcataaagaagagataatgttcacgttctactaaaaaaacaagccaaatcttgggttgagaaagcatctaggaagagaaccaaaaactgac 34696261  T
Q  417 actccccaaaaaagagaaaatcgcaagaaaatgtagtacaatagttatcggtaagtgttgttctttattttcttatcaatgttttaaattttgtttaacc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34696262 actccccaaaaaagagaaaatcgcaagaaaatgtagtacaatagttatcggtaagtgttgttctttattttcttatcaatgttttaaattttgtttaacc 34696361  T
Q  517 atgtcattcatctcact 533  Q
    ||||||||||| |||||    
T  34696362 atgtcattcatttcact 34696378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 206 - 296
Target Start/End: Original strand, 6828151 - 6828241
Alignment:
Q  206 ttgaagatatattggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaa 296  Q
    |||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  6828151 ttgatgatatgttggccaaaaagtatgtggatggagaatcaggtggcatggttcatgtatccatatcaattgcaaatgatgaaattgacaa 6828241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 533
Target Start/End: Original strand, 26993500 - 26994020
Alignment:
Q  17 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26993500 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 26993599  T
Q  117 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactcaaaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagatata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26993600 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactcaaaacttacagatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagatata 26993699  T
Q  217 ttggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaacaacgcggacaccgttgttg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26993700 ttggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaacaacgcggacaccgttgtcg 26993799  T
Q  317 gggcaaaaggcataaagaagagataatgttcacgttctactnnnnnnncaagccaaatcttgggttgagaaagcatctaggaagagaaccaaaaactgac 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||    
T  26993800 gggcaaaaggcataaagaagagataatgttcacgttctactaaaaaaacaagccaaatcttgggttgagaaagcacctaggaagagaaacaaaaacttac 26993899  T
Q  417 actccccaaaaaagagaa----aatcgcaagaaaatgtagtacaatagttatcggtaagtgttgttctttattttcttatcaatgttttaaattttgttt 512  Q
    |||||| |||||||||||    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26993900 actcccaaaaaaagagaaaattaatcacaagaaaatgtagtacaatagttatcggtaagtgtttttctttattttcttatcattgttttaaattttgttt 26993999  T
Q  513 aaccatgtcattcatctcact 533  Q
    |||||| |||||||| |||||    
T  26994000 aaccatatcattcatttcact 26994020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 27066595 - 27066116
Alignment:
Q  17 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  27066595 acaagagatgcaagattgggaagtaa-taaagattggaaaaggatgcatgttgaatgagacacgaaagcccgtttcatgaagcgatacggtgagttgtgt 27066497  T
Q  117 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactcaaaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagatata 216  Q
    ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||  ||  |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  27066496 cctcgaatgattaaatagaccaatgaagcttcaaaaactc--aacttacacatttttgtccaaagtttatgaagagtccagtaaaatatttgaagatatg 27066399  T
Q  217 ttggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaacaacgcggacaccgttgttg 316  Q
    ||||| |||||||| |||||||||              |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||| ||||| |    
T  27066398 ttggcaaaaaaatatgtggatgga--------------ggttcatgtaaccatatcaattgcaaatgatgaaattgacaacaatgcagacactgttgtcg 27066313  T
Q  317 gggcaaaaggcataaagaagagataatgttcacgttctactnnnnnnncaagccaaatcttgggttgagaaagcatctaggaagagaaccaaaaactgac 416  Q
     | ||||||||||||||||  || | ||||   ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||    
T  27066312 agacaaaaggcataaagaaacgagattgtttgtgttctact-aaaaaacaagccaaatcttgggttgagaaagcatctaggaagagaaacaaaaatttac 27066214  T
Q  417 actccccaaaaaagagaaaatcgcaagaaaatgtagtacaatagttatcggtaagtgttgttctttattttcttatcaatgttttaaattttgtttaac 515  Q
    | | || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27066213 a-ttcctaaaaaagcgaaaatcggaagaaaatgtagtacaatagttatcggtaagtgtttttctttattttcttatcaatgttttaaattttgtttaac 27066116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 5958533 - 5958255
Alignment:
Q  19 aagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgtcc 118  Q
    |||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||| || ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  5958533 aagaaatgcaaggttgggaagtga-tcaagattggaaagggaggcatgttgaattagacataaaagcccatttcatgaagcggtacaatgagttatgtcc 5958435  T
Q  119 ttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactca--aaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagatata 216  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||  |||| |||||||  ||  |||| || |||||||||||||| |||||| |||| |||||     
T  5958434 tcgaatggttaagttgaccaacaaagcttcagaaactcatgaaacatacacatttttgtccaaagtttatgaagagtccagcaaaataattgatgatatg 5958335  T
Q  217 ttggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaa 296  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  5958334 ttggccaaaaagtatgtggatggagaatcaggtggcatggttcatgtatccatatcaattgcaaatgatgaaattgacaa 5958255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 28213480 - 28213143
Alignment:
Q  17 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28213480 acaagagaggcaaggttgggaagtaa-tcaagattggaaagggatgcatgttgaactagacatgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttatgt 28213382  T
Q  117 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactca--aaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagata 214  Q
    |||  |  | |||||| | |||||  ||||||| || ||||  |||||||||| |  ||  |||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  28213381 cctccagcgattaaattggccaacagagcttcagaatctcatgaaacttacacttttttgtccaaagtttatgaagagtccagcaaaatagttgaagata 28213282  T
Q  215 tattggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaacaacgcggacaccgttgt 314  Q
    | ||||| || ||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||| || ||||  || | | ||||||| ||| || |||||    
T  28213281 tgttggcaaacaaatgtgtggatggagaatcaagtggaatggttcaggtaaccatatcacttggaaatgataaaactcagaacaacgtggaaactgttgt 28213182  T
Q  315 tggggcaaaaggcataaagaagagataatgttcacgttc 353  Q
       |||||||||||||||||||  | | |||||||||||    
T  28213181 caaggcaaaaggcataaagaagctagattgttcacgttc 28213143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 17 - 300
Target Start/End: Original strand, 46166999 - 46167283
Alignment:
Q  17 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||  | ||  |||||||||| ||||   |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||    
T  46166999 acaagagatgcaaggctgggaagtaa-tcaaggttggagtgggagacatgttgaattagaccaaaaagcccatttcatgaagcggtacaatgagttatgt 46167097  T
Q  117 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactca--aaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagata 214  Q
    |||    || |||||| ||||||   ||||||| || ||||  ||||||||||||  ||  |||| || |||||||||||||| |||||| || | ||||    
T  46167098 cctcagttgcttaaattgaccaatagagcttcagaatctcatgaaacttacacatttttgtccaaagtttatgaagagtccagcaaaatagttaatgata 46167197  T
Q  215 tattggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaacaac 300  Q
    | ||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||| | | |||||||||    
T  46167198 tgttgtccaaaaaatatctggatggagaatcaagtggaatggttcatgtatccatatcaattgcgaatgatgaagtcgacaacaac 46167283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0402 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: scaffold0402
Description:

Target: scaffold0402; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 17 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 12874 - 12594
Alignment:
Q  17 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 116  Q
    |||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||| || ||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||    
T  12874 acaagaaatgcaaggttgggaagtga-tcaagattggaaagggaggcatgttgaattagacataaaagcccatttcataaagcggtacaatgagttatgt 12776  T
Q  117 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactca--aaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagata 214  Q
    ||| |||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||  |||| |||||||  ||  |||| || |||||||||||||| |||||| |||| ||||    
T  12775 cctcgaatggttaagttgaccaacaaagcttcagaaactcatgaaacatacacatttttgtccaaagtttatgaagagtccagcaaaataattgatgata 12676  T
Q  215 tattggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaa 296  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  12675 tgttggccaaaaagtatgtggatggagaatcaagtggcatggttcatgtatccatatcaattgcaaatgacgaaattgacaa 12594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 17941069 - 17941347
Alignment:
Q  19 aagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgtcc 118  Q
    |||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||| || ||||||||||| |||||  ||||||||||| || ||||| |||| |||||| |||||    
T  17941069 aagaaatgcaaggttgggaagtga-tcaagattggaaagggaggcatgttgaattagacataaaagcccattttattaagcggtacaatgagttatgtcc 17941167  T
Q  119 ttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactca--aaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagatata 216  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||  |||| |||||||  ||  |||| || |||||||||||||| |||||| |||| |||||     
T  17941168 tcgaatggttaagttgaccaacaaagcttcagaaactcatgaaacatacacatttttgtccaaagtttatgaagagtccagcaaaataattgatgatatg 17941267  T
Q  217 ttggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaa 296  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  17941268 ttggccaaaaagtatgtggatggagaatcaggtggcatggttcatgtatccatatcaattgcaaatgatgaaattgacaa 17941347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 353
Target Start/End: Original strand, 30828414 - 30828751
Alignment:
Q  17 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30828414 acaagagaggcaaggttgggaagtaa-tcaagattggaaagggatgcatgttgaactagacatgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttatgt 30828512  T
Q  117 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactca--aaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagata 214  Q
    |||  |  | |||||| | |||||  ||||||| || ||||  |||||||||| |  ||  |||| || ||||||||||| || |||||| |||||||||    
T  30828513 cctccagcgattaaattggccaacagagcttcagaatctcatgaaacttacacttttttgtccaaagtttatgaagagtctagcaaaatagttgaagata 30828612  T
Q  215 tattggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaacaacgcggacaccgttgt 314  Q
    | |||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||| || ||||  || | | |||| || ||| || |||||    
T  30828613 tgttggccaaaaaatgtgtggatggagaatcaagtggaatggttcaggtaaccatatcacttggaaatgataaaactcagaacagcgtggaaactgttgt 30828712  T
Q  315 tggggcaaaaggcataaagaagagataatgttcacgttc 353  Q
       |||||||||||||||||||  | | |||||||||||    
T  30828713 caaggcaaaaggcataaagaagctagattgttcacgttc 30828751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 8144874 - 8144537
Alignment:
Q  17 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8144874 acaagagaggcaaggttgggaagtaa-tcaagattggaaagggatgcatgttgaactagacatgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttatgt 8144776  T
Q  117 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactca--aaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagata 214  Q
    |||  |  | |||||| | |||||  ||||||| || ||||  |||||||||| |  ||  |||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  8144775 cctccagcgattaaattggccaacagagcttcagaatctcatgaaacttacacttttttgtccaaagtttatgaagagtccagcaaaatagttgaagata 8144676  T
Q  215 tattggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaacaacgcggacaccgttgt 314  Q
    | |||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||| || ||||  || | | |||| || ||| || |||||    
T  8144675 tgttggccaaaaaatgtgtggatggagaatcaagtggaatggttcaggtaaccatatcacttggaaatgataaaactcagaacagcgtggaaactgttgt 8144576  T
Q  315 tggggcaaaaggcataaagaagagataatgttcacgttc 353  Q
       |||||||||||||||||||  | | |||||||||||    
T  8144575 caaggcaaaaggcataaagaagctagattgttcacgttc 8144537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 334
Target Start/End: Original strand, 25489669 - 25489987
Alignment:
Q  17 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||  | || ||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||    
T  25489669 acaagagatgcaaggctgggaagtaa-tcaaggttggagtgggaggcatgttgaattagaccaaaaagcccatttcatgaagcggtacaatgagttatgt 25489767  T
Q  117 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactca--aaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagata 214  Q
    |||    || |||||| ||||||   ||||||| || ||||  ||||||||||||  ||  |||| || |||||||||||||| |||||| || | ||||    
T  25489768 cctcagttgcttaaattgaccaatagagcttcagaatctcatgaaacttacacatttttgtccaaagtttatgaagagtccagcaaaatagttaatgata 25489867  T
Q  215 tattggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaacaacgcggacaccgttgt 314  Q
    | ||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||| | | |||||||||   ||||||||||     
T  25489868 tgttgtccaaaaaatatctggatggagaatcaagtggaatggttcatgtatccatatcaattgcgaatgatgaagtcgacaacaacatagacaccgttgg 25489967  T
Q  315 tggggcaaaaggcataaaga 334  Q
       |||||||||||||||||    
T  25489968 caaggcaaaaggcataaaga 25489987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 300
Target Start/End: Original strand, 48988583 - 48988867
Alignment:
Q  17 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||  | || ||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||    
T  48988583 acaagagatgcaaggctgggaagtaa-tcaaggttggagtgggaggcatgttgaattagaccaaaaagcccatttcatgaagcggtacaatgagttatgt 48988681  T
Q  117 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactca--aaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagata 214  Q
    |||    || |||||| ||||||   ||||||| || ||||  ||||||||||||  ||  |||| || |||||||||||||| |||||| || | ||||    
T  48988682 cctcagttgcttaaattgaccaatagagcttcagaatctcatgaaacttacacatttttgtccaaagtttatgaagagtccagcaaaatagttaatgata 48988781  T
Q  215 tattggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaacaac 300  Q
    | ||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||| | | |||||||||    
T  48988782 tgttgtccaaaaaatatctggatggagaatcaagtggaatggttcatgtatccatatcaattgcgaatgatgaagtcgacaacaac 48988867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 334
Target Start/End: Original strand, 19872078 - 19872396
Alignment:
Q  17 acaagagatgcaaggttgggaagtaaataaagattggaaagtgatgcatgttgaatcagacacgaaagcccatttcatgaagcgatacagtgagttgtgt 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||  | || ||||||||||| ||||   || ||||||||||||||||| |||| |||||| |||    
T  19872078 acaagagatgcaaggctgggaagtaa-tcaaggttggagtgggaggcatgttgaattagaccaaaacgcccatttcatgaagcggtacaatgagttatgt 19872176  T
Q  117 ccttgaatggttaaatagaccaacgaagcttcaaaaactca--aaacttacacatagttacccaaggtctatgaagagtccagaaaaatatttgaagata 214  Q
    |||    || |||||| || |||   ||||||| || ||||  ||||||||||||  ||  |||| || |||||||||||||  |||| | || | ||||    
T  19872177 cctcagctgcttaaattgatcaatagagcttcagaatctcatgaaacttacacatttttgtccaaagtttatgaagagtccaacaaaacagttaatgata 19872276  T
Q  215 tattggccaaaaaatacgtggatggagaatccagtgggatggttcatgtaaccatatcaattgcaattgatgcaattgacaacaacgcggacaccgttgt 314  Q
    | ||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||||| | | |||||||||   ||||||||||     
T  19872277 tgttgtccaaaaaatatctggatggagaatcaagtggaatggttcatgtgtccatatcaattgcgaatgatgaagtcgacaacaacatagacaccgttgg 19872376  T
Q  315 tggggcaaaaggcataaaga 334  Q
       |||||||||||||||||    
T  19872377 caaggcaaaaggcataaaga 19872396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University