View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8173_low_1 (Length: 561)

Name: NF8173_low_1
Description: NF8173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8173_low_1
NF8173_low_1
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (17-521)||(36526186-36526671)
chr1 (47-488)||(37923557-37923996)
chr1 (63-518)||(37871803-37872260)
chr1 (247-478)||(35051609-35051840)
chr1 (341-459)||(8237318-8237434)
chr1 (364-400)||(19023346-19023382)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (29-521)||(23269746-23270237)
chr5 (19-366)||(4430469-4430817)
chr5 (249-521)||(26917294-26917566)
chr5 (368-521)||(4431011-4431164)
chr5 (278-448)||(14964904-14965074)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (29-512)||(29468266-29468749)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (164-506)||(9252262-9252603)
chr2 (47-308)||(40728311-40728566)
chr2 (46-218)||(10785850-10786022)
chr2 (75-443)||(37490630-37490999)
chr2 (98-403)||(13018965-13019258)
chr2 (337-478)||(19920791-19920932)
chr2 (203-516)||(8294968-8295281)
chr2 (247-445)||(24588542-24588736)
chr2 (362-400)||(13923026-13923064)
chr2 (364-477)||(36359621-36359734)
[»] scaffold0305 (1 HSPs)
scaffold0305 (62-465)||(18603-18998)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (304-479)||(5460873-5461048)
chr7 (191-440)||(28283782-28284031)
chr7 (354-516)||(29443757-29443918)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (338-479)||(43000413-43000554)
chr4 (385-476)||(43381919-43382010)
chr4 (248-285)||(43381799-43381836)
chr4 (368-407)||(29135150-29135189)
chr4 (346-406)||(35762788-35762849)
chr4 (366-478)||(39079649-39079761)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (362-447)||(9738634-9738720)
chr3 (370-506)||(46107349-46107485)
chr3 (363-418)||(21330778-21330833)
chr3 (361-405)||(43059104-43059148)
chr3 (363-446)||(35529008-35529090)
chr3 (362-404)||(47798396-47798438)
chr3 (205-318)||(17571196-17571309)
chr3 (360-449)||(46016235-46016324)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 36526671 - 36526186
Alignment:
Q  17 agacaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtc 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526671 agacaagagaagtggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgacgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtc 36526572  T
Q  117 taagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |     
T  36526571 taagaggtgatcgatgggagttcattaaagcgaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagctagaggtctaaaagaagcta- 36526473  T
Q  217 aatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatg 316  Q
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526472 ------------------gaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatg 36526391  T
Q  317 tttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526390 tttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgt 36526291  T
Q  417 tatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgttt 516  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36526290 tagctcgggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgtcatcttgtattacaactaccattagaaatgaaatgagttaaatttgttt 36526191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 47 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 37923996 - 37923557
Alignment:
Q  47 ggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaag 146  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  |||| |||||  | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  37923996 ggggaagtgaagtgcaatgttgatgcaacaatttttaaggaacaaggttgtta--gagtcggtatgtgtctaagaggggatcgaggggagttcattaaag 37923899  T
Q  147 caaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccag 246  Q
    |||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||| |       
T  37923898 caaagacaacatagtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataaaatggcttggtaccttgaggtttccttc 37923799  T
Q  247 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaact 346  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||  |    
T  37923798 ggtgtctatagaacttgattgcaagcaagtggttgatggcatctcaagcaatctcagcaccaattccatgttcggcgcaattctgaatacttgcaaagtt 37923699  T
Q  347 tcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagtt 446  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  37923698 tcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttagttagggcgtcattatcttatgctagtt 37923599  T
Q  447 cccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactacta 488  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37923598 cccaagatcatgattatatgccatcttgtattaaaactacta 37923557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 63 - 518
Target Start/End: Original strand, 37871803 - 37872260
Alignment:
Q  63 atgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggta 162  Q
    |||| ||||| |||| ||| |||||  ||| ||||||||||||| | |||||||| ||||| |||| | |||||| |||||  |  |||| | | ||||     
T  37871803 atgttgatgcggcaaatttcaaggagcaagtatgttatggggtcagcatgtgtcttagaggggatcaaggggagtacattagggagaagaaatcttggtt 37871902  T
Q  163 caaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaactt 262  Q
     ||||| ||||||||||||||  | |  |||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||   | |||||| |    ||||| |||||| ||    
T  37871903 taaaggcctcccacaacccaacaaggtggaagcaagaggtttaaaagaagcgacaatctgacttggtaaattaaggtttccttctgtgtccatcgaaatt 37872002  T
Q  263 gattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatc 362  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||  ||| || |||||||||| | |  |  ||||| | |  ||||||| |||||||| ||||| |||    
T  37872003 gattgtaagcaagtggtttacgacatctctagcaatctcaacatcaattccatgctcgtggt-attctgattggttgcaaagcttcacttctgaataatc 37872101  T
Q  363 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttc---atga 459  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   || |   | |||||||||| |||||||  |||||   ||||    
T  37872102 aaaactttaagataagttttattaggagacaaacaaataatgtttcccacttattagtcagagttgcgttatcttatggtagttccaaagttcatgatga 37872201  T
Q  460 ttatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttct 518  Q
    ||||||||||||||||||||| ||   | |||  ||||||||||||| ||| |||||||    
T  37872202 ttatatgccatcttgtattacgaccgttgttattaatgaaatgagttgagtatgtttct 37872260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 247 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 35051840 - 35051609
Alignment:
Q  247 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaact 346  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||  |||| |   ||| |||||||| || ||||| ||| ||| |  ||| ||| ||||||    
T  35051840 ggtgtctatcaaacttgattacaagcaagtggttgacaacataactaggagactcaacaccaatttcaagtttgacgcaattattgatatttgaaaaact 35051741  T
Q  347 tcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagt 445  Q
    ||| ||| ||| | | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||| ||| ||| |||||| | | | ||||||||| ||||||||||    
T  35051740 tcagtta-gaacctaccaaaactttaagaaaagtttcattagaagacaagaaaataatattggccatttgttagcaatgacgtcattattttatgctagt 35051642  T
Q  446 tcccgagttcatgattatatgccatcttgtatt 478  Q
    ||||   ||| |||| |||| ||||||||||||    
T  35051641 tcccacattcttgataatattccatcttgtatt 35051609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 341 - 459
Target Start/End: Original strand, 8237318 - 8237434
Alignment:
Q  341 aaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatg 440  Q
    |||||||||||||  | | | ||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| || || |||||||||    
T  8237318 aaaacttcacttagaatttaccaaaattttaagataagtttcattag--gacaagcaaataatattgccgacttgttagctaggacgacaatatcttatg 8237415  T
Q  441 ctagttcccgagttcatga 459  Q
     | ||||||  ||||||||    
T  8237416 ttggttcccatgttcatga 8237434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 364 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 19023382 - 19023346
Alignment:
Q  364 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaat 400  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  19023382 aaactttaagataagttttgttaggagacaaacaaat 19023346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 29 - 521
Target Start/End: Original strand, 23269746 - 23270237
Alignment:
Q  29 tggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatc 128  Q
    ||||||||| |  |||||| |||||||||||| |||||||| ||  |||| ||||||||| |||| ||||||||| | | ||||||  | | ||| ||||    
T  23269746 tggattagatcgttagctgcggaagtgaagtgtaatgtcgacgcgacaatctttaaggatcaaggttgttatgggattgatatgtgcttgacaggggatc 23269845  T
Q  129 gatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttgg 228  Q
    || |||||||||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||| | |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  23269846 gaggggagttcatgagagcgaagacagcttggtacagaggtctctctcaacccaatgaggcggaagcaagaggtctaaaagaagcgagaaagtggcttgg 23269945  T
Q  229 tactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgatt 328  Q
    |||| | || | | |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||| |||| ||| | ||| |||    
T  23269946 tactttaagatatacatcggtgtctatcgaacttgattgcaagcaa-tggttgacgacatctctagcaatctcaacaccaaatccacgttcgacgctatt 23270044  T
Q  329 ctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgt 428  Q
    || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||    
T  23270045 ctgaacacttgcaaagcttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattagaagacaagcaaataatgttgctcacttgttagctagggagt 23270144  T
Q  429 cattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttctgtc 521  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  | |||||||| |||| ||||||||||||    
T  23270145 cattatcttatgctagttcccaagttcatgattatatgccatcttgtattacaaatgctattaatagtgaaatgaattaactttgtttctgtc 23270237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 366
Target Start/End: Original strand, 4430469 - 4430817
Alignment:
Q  19 acaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtcta 118  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4430469 acaagagaggtggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgttgatgcgacaatttttaaggatcaaggatgttatggggtcggtatgtgtcta 4430568  T
Q  119 agaggtg-atcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgata 217  Q
    ||||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||    
T  4430569 agaggtgtatcgagaggagttcatttaagcaaatacatcatggtacaaaagtctcccacaacccaaagaagcataagcagaaggtctaaaataagcgata 4430668  T
Q  218 atgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgt 317  Q
    || ||||||| |||||||||| ||| ||  ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4430669 atatggcttgatactatgaggattttcaaagtgtctatcgaactgaattgcaagtaagtggttgacggcatttctagcaacttcagcaccaatttcatgt 4430768  T
Q  318 ttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaa 366  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4430769 ttggcgcgattatgaatacttgcaaaacttcacttgtgaatcatcaaaa 4430817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 249 - 521
Target Start/End: Original strand, 26917294 - 26917566
Alignment:
Q  249 tgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttc 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||     ||| || |||||| ||||||| ||| |||||  ||| ||||||| ||||    
T  26917294 tgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatagctaggggactcaacaacaattcaatgtttgacgctattcttgatatttgcaaagcttc 26917393  T
Q  349 acttatgaatcatcaaaa-ctttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttc 447  Q
    ||||| |||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||  |  || | ||||||||||||||||||||| || |    
T  26917394 actta-gaatctacaaaaactttaagataagttttattaggagacaagcaaatagtgttgcccatctactagcaagggcgtcattatcttatgcttgtcc 26917492  T
Q  448 ccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttctgtc 521  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||| |||   |||  |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26917493 ccatgttcatgatcatatgccatcttgcattgagactgttattattaatgaaatgagttaagtttgtttttgtc 26917566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 368 - 521
Target Start/End: Original strand, 4431011 - 4431164
Alignment:
Q  368 tttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgc 467  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||| | | |||||| ||  ||||    
T  4431011 tttaagataagttttattaggagagaagcaaataatgtttcccacttgttagctagggcggaattatcttatgctaattctcaaattcatggttgcatgc 4431110  T
Q  468 catcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttctgtc 521  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4431111 catcttgtattacaattattattagaattgaaatgagttaagtttgtttctgtc 4431164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 278 - 448
Target Start/End: Original strand, 14964904 - 14965074
Alignment:
Q  278 gttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataa 377  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||  || ||   || |||| | || |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  14964904 gttgacgacatctctaacaatttcagcaccaattttatattcaacgagattttaaacacttgcaaaatttaatttatgaatcatcaaaactttaagataa 14965003  T
Q  378 gtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcc 448  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  14965004 gtttcatcaagagacaatcaaataatgttgcccacttattagttagggcgccattatcttatactagttcc 14965074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 29 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 29468749 - 29468266
Alignment:
Q  29 tggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaattttt-aaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgat 127  Q
    ||||||||||| |||||  | || ||| | ||||||||||| |||| ||||||| |||||| || ||||||||||| || | ||||| |||||||| |      
T  29468749 tggattagaccggtagccagtgaggtggattgcaatgtcgacgcagtaattttttaaggatcaatgatgttatggg-tcagaatgtgcctaagaggggtg 29468651  T
Q  128 cgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttg 227  Q
    ||| |||||||||||  ||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||| |||  |||| ||||||||    
T  29468650 cgaggggagttcattggagcgaagacaacttggtataaaggtctcccacaacctaaagaagcgaaagcacgaggtctaaaaaaagaaataaagtggcttg 29468551  T
Q  228 gtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgat 327  Q
    ||||| |||||||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||| ||    
T  29468550 gtactttgaggtttccttcggtatctatcgaacttgattgcaagcaagtagttgattgcatctctagcaactttagcaccaggtccatgttcggcgcaat 29468451  T
Q  328 tctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcg 427  Q
     || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||  |    
T  29468450 cctgaatatttgcaaagcttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattatgagacaaacaaataatgttgcatacttgttagctaggatg 29468351  T
Q  428 tcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagttt 512  Q
    ||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  29468350 tcattatgttatgctagttctcaagttcatgattacatgtcatcttgtattacaactactattattaatgaaatgagttgagttt 29468266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 111; Significance: 9e-56; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 164 - 506
Target Start/End: Original strand, 9252262 - 9252603
Alignment:
Q  164 aaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttg 263  Q
    |||||| |||||||| |||| || |  |||||||||| | |||||||||||||||  ||| ||| || | ||||||||||   | |||||||| ||||||    
T  9252262 aaaggtatcccacaatccaacgaggtggaagcaagagatttaaaagaagcgataaattggtttgataatttgaggttttcttcg-tgtctatcaaacttg 9252360  T
Q  264 attgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatca 363  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||  |||| ||||| |||  | ||||| |||||||| ||||||||||    
T  9252361 attgtaagcaagtggttgacggcatctctagcaatctaagcaccaatttcatgttcagcgctattctgaatggtggcaaagcttcacttttgaatcatca 9252460  T
Q  364 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattat 463  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| |||||| |  || ||| |||||||||| ||||||| |  ||| ||||||||    
T  9252461 aaactttaacataagtttcattaaaagacaaacgaataatgttacccatttgttagcctggacgttattatcttatcctagttctcatgttaatgattat 9252560  T
Q  464 atgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagtt 506  Q
    ||| |||||| |||||| |||  | ||| | ||||||||||||    
T  9252561 atgtcatcttatattacgactgttgttatatatgaaatgagtt 9252603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 47 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 40728566 - 40728311
Alignment:
Q  47 ggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatg---ttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcatta 143  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||||||||| ||||| ||||||||      ||   |||||||||    
T  40728566 ggggaggtgaagtacaatgtagatgcaacaatttttaaggatcaaggaggcggttatggggtcggaatgtgcctaagagg------at---agttcatta 40728476  T
Q  144 aagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttc 243  Q
     ||| |||||| | ||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||| |||||||| |||||||| |    
T  40728475 gagccaagacatcttggtatacaggtctccaataacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaggaagcgacaaaatggtttggtactttgaggtttac 40728376  T
Q  244 cagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcacca 308  Q
       | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40728375 ttcgttgtctatcgaacttgattgcaagcaagtatttgacgacatctctagcaacttcagcacca 40728311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 46 - 218
Target Start/End: Original strand, 10785850 - 10786022
Alignment:
Q  46 tggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaa 145  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||| |    
T  10785850 tggggaagtgaagtgtaatgttgatacaacaatttttaaggaacaaggttgttatgggatcggtatgtgtttgagaggggatcgaggggagttcattaga 10785949  T
Q  146 gcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataa 218  Q
    || |||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  10785950 gcgaagacaacttggtacaaaggcatcccacaacccaaagaagtaaaagcaagaggtctaaaagaaacgataa 10786022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 75 - 443
Target Start/End: Original strand, 37490630 - 37490999
Alignment:
Q  75 caatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctccc 174  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| ||   ||| |||| || | ||||||| |||||| ||||  ||| |||||| | | ||  ||||| || ||    
T  37490630 caatttttaaagagtaaggatgttatgggatcaacatgggtcttagcgatgatcgaggggagtacattggagcgaagacaacttcgtttaaaggccttcc 37490729  T
Q  175 acaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaa 274  Q
    |||| |||| |  |  ||||||| |||| |||||||||||||||  || ||||||| | |||||||| |   | |||||||| |||||||||| ||||||    
T  37490730 acaatccaacgtggaggaagcaaaaggtttaaaagaagcgataaattgtcttggtaatttgaggtttccttcgttgtctatcaaacttgattgtaagcaa 37490829  T
Q  275 gtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgt-ttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaag 373  Q
     | ||||||| ||||||||||||  |||  ||||||| ||||| ||| |   ||| | |||  ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  37490830 atcgttgacgacatctctagcaatctcaataccaatttcatgtgttgacattattttgaatgattgcaaagcttcactactgaatcatcaaaactttcag 37490929  T
Q  374 ataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgcta 443  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  37490930 ataagtttcattagaagacaagtaaataatgttgtccacttgttagctaggacgtcattatctcatgcta 37490999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 98 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 13019258 - 13018965
Alignment:
Q  98 tatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaa 197  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||| ||| || ||||||||||||  || |||||| | ||||  ||||| ||||||||| |||| || ||||||||||    
T  13019258 tatggggtcggcatgcgtcttagaggggattgaggggagttcattagggcgaagacaacttggtttaaaggcctcccacaatccaacgaggcagaagcaa 13019159  T
Q  198 gaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaa 297  Q
    | ||| |||||||||||||||  | | |||| | |  ||| |||||   |||||||||||||||| |||| |||    ||||||| | ||||||||||||    
T  13019158 gtggtttaaaagaagcgataaattcgtttggcaattcgagattttcttcggtgtctatcgaacttaattgtaag----tggttgatgccatctctagcaa 13019063  T
Q  298 cttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaaca 397  Q
    |        | |||||||||||||||| ||||| |||  ||  ||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13019062 c--------ccattccatgtttggcgctattcttaatggttataaagcttcacatctgaatcatcaaaattttaagataagtttcattaggagacaatca 13018971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 337 - 478
Target Start/End: Original strand, 19920791 - 19920932
Alignment:
Q  337 ttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatc 435  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||| ||||  ||| |||||| | ||| ||||||||||    
T  19920791 ttgcaaaacatcactta-gaatctatcaaaactttaagctaggtttcattaggaaacaagcaaatagtgtttgccatttgttagcaaggacgtcattatc 19920889  T
Q  436 ttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtatt 478  Q
    |||| | |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  19920890 ttataccagttcccacattcatgattatatgccatcttgtatt 19920932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 203 - 516
Target Start/End: Original strand, 8294968 - 8295281
Alignment:
Q  203 ctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttca 302  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| | ||||||  | || | ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  || |     |||    
T  8294968 ctaaaagaggcgataaaatggcttggaagtatgagtctatctaaggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtgatttacggcatagcttggggactca 8295067  T
Q  303 gcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaata 401  Q
     || ||||| |||||||||||   ||||  ||| ||||||| ||||||||| |||||   |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||    
T  8295068 acatcaatttcatgtttggcgttgttcttgatatttgcaaagcttcactta-gaatctgccaaaactttaagataagttttattaagagacaaataaata 8295166  T
Q  402 atgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaat 501  Q
     |||||| || ||| || | |    |||||||||||||| || |  |   ||||||||  |||| ||||||||||||   | | ||||||  ||||||||    
T  8295167 gtgttgctcatttgctaacaaatttgtcattatcttatgttaatctctacgttcatgaacatataccatcttgtattgagattgctattaataatgaaat 8295266  T
Q  502 gagttaagtttgttt 516  Q
    |||||||||||||||    
T  8295267 gagttaagtttgttt 8295281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 247 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 24588736 - 24588542
Alignment:
Q  247 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaact 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||     ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||| ||| ||    
T  24588736 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgacataactaggggactcaacaccaattccatgtttggcgctattcttgatatttgtaaagct 24588637  T
Q  347 tcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagt 445  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||     ||||||| ||||| | |||| |||||| ||||||||| |   ||   ||||||||||||||||||||||||    
T  24588636 tcactta-gaatctaacaaaactt----gtaagttttattagaacacaatcaaatagtgttgcccattcactagaaagggcgtcattatcttatgctagt 24588542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 362 - 400
Target Start/End: Original strand, 13923026 - 13923064
Alignment:
Q  362 caaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  13923026 caaaactttaagataagtttcattaggaaacaagcaaat 13923064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 364 - 477
Target Start/End: Original strand, 36359621 - 36359734
Alignment:
Q  364 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattat 463  Q
    |||||||||||||||||| || ||  ||||| |||| ||||| ||  | |||||| | ||||| ||||| || |||||||| || | |  ||||||| ||    
T  36359621 aaactttaagataagttttatcagacgacaagcaaacaatgtggctaatttgttagcaagggcttcattgtcatatgctaggtctcaatgtcatgatcat 36359720  T
Q  464 atgccatcttgtat 477  Q
    ||||||||||||||    
T  36359721 atgccatcttgtat 36359734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0305 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0305
Description:

Target: scaffold0305; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 62 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 18998 - 18603
Alignment:
Q  62 aatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaa-agcaaagacagcgtgg 160  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||| | ||||||  |||||||| ||||| |||| | |||||| ||||   ||| |||||| | |||    
T  18998 aatgtcgatacaacaatttt-aaggagtaaggatgttgttgggtcgacatgtgtcttagaggggatcaaggggagtacattgggagcgaagacaacttgg 18900  T
Q  161 tacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaac 260  Q
    |  |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| |||||||||||       ||||||||| | | |||||| |   ||||||||| ||||    
T  18899 tttaaaggtctcccacaacccaatgaggcgtaagcaagaggtttaaaagaagcg-------ggcttggtaatttaaggtttccgtcggtgtctattgaac 18807  T
Q  261 ttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatca 360  Q
    ||||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||  ||| ||||||||||| ||||   || ||| | |||  ||||||| |||||||| |||||||    
T  18806 ttgattgtaaacaagtggttgacgacatatctagaaatctcaacaccaattccacgtttat-gctattttgaatggttgcaaagcttcacttctgaatca 18708  T
Q  361 tcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 460  Q
    |||||| || |||| ||||||||||| || | ||| ||||||| |||||||||||||| | | |  ||||||| || ||||||| |||  ||||||||||    
T  18707 tcaaaatttgaagacaagtttcattaagaaaaaaagaaataattttgcccacttgttagccaagttgtcattacctcatgctagctccaaagttcatgat 18608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 304 - 479
Target Start/End: Original strand, 5460873 - 5461048
Alignment:
Q  304 caccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataa 402  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||| |||| |||  ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  5460873 caccaattccatgttcggcgctattctagagacttgcaaagcttc-cttgagaatttaccaaaactttaagataagtttcattaggagacaagcaaatat 5460971  T
Q  403 tgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtatta 479  Q
    ||||||  |||||||| ||||  | |||||||||||||||||| | | | |||||||| ||||||||||||||||||    
T  5460972 tgttgctgacttgttagctagaacatcattatcttatgctagtcctcaaattcatgatcatatgccatcttgtatta 5461048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 191 - 440
Target Start/End: Original strand, 28283782 - 28284031
Alignment:
Q  191 gaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatct 290  Q
    |||||||| | | |||||||||| ||||  |||||| ||| | |||||||| |    |||||||| ||||||||| | |||||||||  ||| | |||||    
T  28283782 gaagcaagggttttaaaagaagcaataaattggcttagtaatttgaggtttccttctgtgtctattgaacttgatcgtaagcaagtgcctgatgacatct 28283881  T
Q  291 ctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggag 390  Q
    |||||||  ||| |||  |||| |||||   | | ||||| |||   ||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28283882 ctagcaatctcaacactgattctatgttcaacactattctgaatggctgctaagcttcacttctgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggag 28283981  T
Q  391 acaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatg 440  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||   |||| ||||||||||||||    
T  28283982 acaaacaaataatgatgttcacttgttagtcagggtgtcattatcttatg 28284031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 354 - 516
Target Start/End: Original strand, 29443757 - 29443918
Alignment:
Q  354 tgaatcatcaaaactttaagataagttt-cattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgag 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||| |||||||  |||  ||||||||| | ||||| | ||||||||||| | |||| |  |    
T  29443757 tgaatcatcaaaactttaagataagttttcattt--agacaagcaaataaatttgttcacttgttagcaagggcattattatcttatgtttgttctcatg 29443854  T
Q  453 ttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgttt 516  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||| | |||| |||  ||||||||||||| |||||||||    
T  29443855 ttcatgattatatgtcatattgtattacgattactgttattaatgaaatgagttgagtttgttt 29443918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 338 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 43000554 - 43000413
Alignment:
Q  338 tgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatctt 437  Q
    |||||| |||||||||  ||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||| || | || |||||  ||| || |||||||||||    
T  43000554 tgcaaagcttcacttaaaaaaaatcaaaactttaatataagttttattaggagacaagcaaacaatattactcatttgtttgctaaggtgtcattatctt 43000455  T
Q  438 atgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtatta 479  Q
    |||||| || || |||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  43000454 atgctaatttccaagttcatgattatatgtcatcttgcatta 43000413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 385 - 476
Target Start/End: Original strand, 43381919 - 43382010
Alignment:
Q  385 taggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgta 476  Q
    ||||||||||||||||| |||||| || |||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||   |||||||| |||| | ||||||||    
T  43381919 taggagacaaacaaatagtgttgctcatttgttaacaaggacgtcattatcttatgctagtttccacattcatgatcatattctatcttgta 43382010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 248 - 285
Target Start/End: Original strand, 43381799 - 43381836
Alignment:
Q  248 gtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgg 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43381799 gtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgg 43381836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 368 - 407
Target Start/End: Original strand, 29135150 - 29135189
Alignment:
Q  368 tttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttg 407  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  29135150 tttaagataagtttcgttaggagacaaataaataatgttg 29135189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 406
Target Start/End: Original strand, 35762788 - 35762849
Alignment:
Q  346 ttcacttatgaatcatcaaaactttaaga-taagtttcattaggagacaaacaaataatgtt 406  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||| |||| | |||||||||||||||||    
T  35762788 ttcacttgtgaatcatcaaaactttaatattaaattttattatgggacaaacaaataatgtt 35762849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 366 - 478
Target Start/End: Original strand, 39079649 - 39079761
Alignment:
Q  366 actttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatat 465  Q
    |||||||||||||||| ||||   || ||| ||||||||| |  || |||||| ||||   ||||||||||||||||||||  | | |||||||| ||||    
T  39079649 actttaagataagttttattacacgaaaaataaataatgtcgttcatttgttagctagaaagtcattatcttatgctagttttcaaattcatgatcatat 39079748  T
Q  466 gccatcttgtatt 478  Q
     | ||||||||||    
T  39079749 actatcttgtatt 39079761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 362 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 9738720 - 9738634
Alignment:
Q  362 caaaactttaagataagttt-cattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttc 447  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  9738720 caaaactttaagatattttttcattaggtgacaaccaaataatgttgctcatttgttagctagagcgtcattatcttatgttagttc 9738634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 370 - 506
Target Start/End: Original strand, 46107349 - 46107485
Alignment:
Q  370 taagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgcca 469  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||| || |||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||  | ||||  || ||||||||    
T  46107349 taagatacgtttcattaggtgacaagtaaataatgttgctcatttgttagctagagcgtcattatattatgttagttcctaaattcacaatcatatgcca 46107448  T
Q  470 tcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagtt 506  Q
     ||||||| || ||   |||||  |||||||||||||    
T  46107449 acttgtatcacgacagttattactaatgaaatgagtt 46107485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 363 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 21330833 - 21330778
Alignment:
Q  363 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgtta 418  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  21330833 aaaactttaagataagttttattcggagacaaataaataatgttgctcatttgtta 21330778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 361 - 405
Target Start/End: Original strand, 43059104 - 43059148
Alignment:
Q  361 tcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgt 405  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  43059104 tcaaaattttaagataagtttcattataagacaaacaaataatgt 43059148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 363 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 35529090 - 35529008
Alignment:
Q  363 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagtt 446  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| || |||||| ||||   |||||||||||||| |||||    
T  35529090 aaaattttaaaataagtttcattaagcgacaaacaaatgatgttgctca-ttgttagctagaatgtcattatcttatgttagtt 35529008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 362 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 47798438 - 47798396
Alignment:
Q  362 caaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatg 404  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  47798438 caaaactttaagataagttttattaagagacaaataaataatg 47798396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 318
Target Start/End: Original strand, 17571196 - 17571309
Alignment:
Q  205 aaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagc 304  Q
    ||||||||||||||  |  ||| ||| | ||||||||||   ||| |||||||||||| | || ||| | |||||||||| ||||||||||||  ||| |    
T  17571196 aaaagaagcgataaactaacttagtaatttgaggttttcttcggtctctatcgaacttaactgtaagtatgtggttgacgacatctctagcaatctcaac 17571295  T
Q  305 accaattccatgtt 318  Q
    ||||||| ||||||    
T  17571296 accaattacatgtt 17571309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 360 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 46016324 - 46016235
Alignment:
Q  360 atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttccc 449  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |  ||||| |||| |||||||| || ||||||  ||| || ||||||||||||| | ||||||    
T  46016324 atcaaaactataatataagtttcatttgaggacaatcaaacaatgttgctcatttgttagttagagcatcattatcttatgtttgttccc 46016235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University