View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8175_low_24 (Length: 416)

Name: NF8175_low_24
Description: NF8175
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8175_low_24
NF8175_low_24
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (16-400)||(16657309-16657693)
chr2 (19-399)||(16661787-16662167)
chr2 (16-398)||(43625406-43625788)
chr2 (16-400)||(12234681-12235065)
chr2 (18-400)||(7542218-7542600)
chr2 (16-398)||(14703402-14703784)
chr2 (118-394)||(12258475-12258751)
chr2 (16-338)||(12245198-12245520)
chr2 (16-308)||(11999478-11999770)
chr2 (16-157)||(17716485-17716626)
chr2 (194-224)||(17704013-17704043)
chr2 (187-224)||(273279-273316)
chr2 (194-230)||(17648005-17648041)
[»] chr7 (33 HSPs)
chr7 (16-400)||(13333248-13333632)
chr7 (15-400)||(8659355-8659740)
chr7 (16-400)||(10494166-10494550)
chr7 (16-400)||(8667411-8667795)
chr7 (19-397)||(1301455-1301837)
chr7 (25-400)||(8654442-8654817)
chr7 (19-335)||(8585501-8585817)
chr7 (19-313)||(8628611-8628905)
chr7 (16-398)||(8646871-8647253)
chr7 (19-400)||(17260233-17260614)
chr7 (18-335)||(17267996-17268313)
chr7 (34-398)||(27830685-27831049)
chr7 (16-394)||(3147262-3147648)
chr7 (16-200)||(8671422-8671606)
chr7 (16-335)||(8636135-8636454)
chr7 (19-400)||(6789504-6789885)
chr7 (16-329)||(8602037-8602350)
chr7 (184-400)||(8545625-8545841)
chr7 (32-400)||(8576318-8576686)
chr7 (31-338)||(8609971-8610278)
chr7 (16-328)||(29581633-29581945)
chr7 (16-398)||(8570305-8570687)
chr7 (25-338)||(8382677-8382990)
chr7 (16-400)||(7877525-7877909)
chr7 (16-329)||(8581763-8582076)
chr7 (40-308)||(8538120-8538388)
chr7 (34-329)||(29577479-29577777)
chr7 (16-102)||(8640339-8640425)
chr7 (16-329)||(39985709-39986022)
chr7 (16-313)||(8590717-8591014)
chr7 (15-143)||(8017204-8017332)
chr7 (17-339)||(8559386-8559708)
chr7 (16-158)||(8102901-8103043)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (15-400)||(4678349-4678734)
chr1 (16-400)||(34466585-34466969)
chr1 (19-400)||(15595026-15595414)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (16-400)||(9335683-9336067)
chr4 (31-400)||(30775244-30775613)
chr4 (16-386)||(35132454-35132824)
chr4 (16-160)||(23587525-23587669)
chr4 (15-150)||(54396665-54396800)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (16-399)||(12528497-12528880)
chr8 (16-244)||(43744997-43745223)
chr8 (274-398)||(43744810-43744934)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (265-398)||(28219912-28220045)
chr5 (16-244)||(28220099-28220327)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (16-324)||(28910650-28910958)
chr6 (75-157)||(11200123-11200205)
chr6 (75-149)||(11170813-11170887)
chr6 (75-149)||(11209635-11209709)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Original strand, 16657309 - 16657693
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  16657309 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccatcgctggccttaatgtcattcgaatta 16657408  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16657409 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtcttgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 16657508  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16657509 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 16657608  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  16657609 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaactcaagagccttgaggaggttgagaactg 16657693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 399
Target Start/End: Original strand, 16661787 - 16662167
Alignment:
Q  19 aatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatca 118  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |  | || ||||    
T  16661787 aatgcagttgtcactgttcctgcttattttaacgattctcagcgaaaagccaccatggatgctggtgccattgctggccttaacgttgtgaggataatca 16661886  T
Q  119 atgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttt 218  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  16661887 atgaacccactgcagcagctattgcatatggccttgacaaaagaagtaattgtgatggtgaaagaaatatttttgtctttgatcttggtggtgggacttt 16661986  T
Q  219 tgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtg 318  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  16661987 tgatgtgtctctcctcacaattaaaggtgatgtctttgaagttaaagccacttctggaaacactcacctcgggggagaggactttgataacagaatgttg 16662086  T
Q  319 aactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaact 399  Q
    |||||||||||  | || ||| | | |||||| || ||||| || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16662087 aactactttgtgaaagaatttaataggaagaacaaagtggatatcactaggaatccaagagccttgaggaggttgagaact 16662167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 43625788 - 43625406
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||| || ||| | |    
T  43625788 aagaatgcagttgttaccgtgcctgcttacttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgttggtgtcattgtcggccttaatgttttacgagtaa 43625689  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    |||||||||| || ||||| ||| | ||||| ||  || ||||||||| | |||||| |||  |||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  43625688 tcaatgaaccaacagctgctgctctagcatacggccttaacaagagaattaattgtgttggagaacgaaatattttcatctttgaccttggtggtggtac 43625589  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||   | || ||    || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |    
T  43625588 ttttgatgtgtctatacttacaattaaggacaaggtcttccgtgttaaagccactgctggaaacactcaccttggaggagaggactttgatgatagaatg 43625489  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaac 398  Q
    ||||||||||||| ||| || ||| | |||||||| || ||||| || | ||| ||  |||||||| | || |||||||||||    
T  43625488 gtgaactactttgcagaagaatttgagaagaagaacaatgtggatattattggaaactcaagagccataagaaggttgagaac 43625406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 12235065 - 12234681
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| |||||  |  |  | |    
T  12235065 aagaatgcagttgttaccgtgcctgcttatttcaatgattctcaacgaaaagcaactatagatgctggtgtcattgctggcctcaatgttatgagggtaa 12234966  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    | || ||||| |  || || ||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||  |||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||    
T  12234965 tgaacgaacccatggcagccgctgttgcatatggtcttgacaagagaactgattgtgttggagaacgaaatatttttgtttttgatctcggcggtggcac 12234866  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| || ||| |||| ||  | || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  12234865 ttttgatgtgtctctcctaacaatcaaaggtaatgtcttccaagttaaagccacagccggaaacactcacctcgggggagaggactttgataacagaatg 12234766  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaag-aagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    || |||||| |||   | ||| ||||| || ||||| || |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  12234765 gtaaactaccttgctcaagag-ttcaatagaaagaaaaaagtggacatgagtggaaatccaaaagccttgaggaggttaagaactg 12234681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 7542600 - 7542218
Alignment:
Q  18 gaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatc 117  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||  |  |    ||     
T  7542600 gaatgcagttgttactgtacctgcttattttaatgattctcaacgaaaagccactatagatgcgggtgccattgctggcctcaatgttatgagggcaatg 7542501  T
Q  118 aatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtactt 217  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||  | || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  7542500 aatgaacctactgccgcagctgttgcatatggccttgacaagagaactgattatgatggagagcgaaatatttttgtttttgatcttggcggtggcactt 7542401  T
Q  218 ttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggt 317  Q
    ||||||||||| | || || ||||||||  |    ||  | || || |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||     
T  7542400 ttgatgtgtctttactaacgattaagggcaacaacttccaagttaaggccactgctggcaacactcaccttggtggagaagactttgataatagaatggc 7542301  T
Q  318 gaactactttgtagaggagtttcaaaagaa-gaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||| |||| ||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7542300 gaactactttgtacaagagtt-caagagaaagaacaaagtggacattagtgggaatccaaaagccttgaggaggttgagaactg 7542218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 14703784 - 14703402
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||| || | |||||| ||  |||||||||| || ||||||||||  ||||| ||||| |||||  |  |  | |    
T  14703784 aagaatgcagttgttacggtgcctgcttattttagtgattctcaaagaaaagccactatggatgctggtgttattgccggcctcaatgttatgagggtaa 14703685  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| || |||  |||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  14703684 tgaatgaacctacagctgcagctattgcatatggccttgacaagagaactgattatggtggagaacgtaatatatttgtctttgatcttggtggtggtac 14703585  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    |||||| |||||| |||| |||||||||||    || ||  |  | || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |    
T  14703584 ttttgacgtgtctctcctaacaattaagggcaccgtcttccaaattaaggctactgctggaaacactcacctcgggggagaggacttcgataacagaatg 14703485  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataag-gtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaac 398  Q
    ||||||||||||||  | ||| ||||| |||| ||  ||  ||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  14703484 gtgaactactttgttcaagag-ttcaagagaaaaaacagattggacattagtggaaatccaaaagccttaaggagcttgagaac 14703402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 118 - 394
Target Start/End: Original strand, 12258475 - 12258751
Alignment:
Q  118 aatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtactt 217  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||| | ||||||  |  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  12258475 aatgaacctactgctgcagcttttgcatatggccttgacaaaagaattaattgtgtcgaaaaacggaatatttttgtctttgatcttggtggtggcactt 12258574  T
Q  218 ttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggt 317  Q
    ||||||||||| | || || ||||||| | |||| ||| | || || || || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||    
T  12258575 ttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaggagaggactttgataatagaatggt 12258674  T
Q  318 gaactactttgtagaggagtttcaaaag-aagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttga 394  Q
    ||  ||||||||||| ||| ||||| || ||||| || || || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
T  12258675 gagttactttgtagaagag-ttcaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgaggagattga 12258751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 338
Target Start/End: Original strand, 12245198 - 12245520
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| || | |||||| ||||||||||| || |||||||||||  | |||||||| || |||||  |  |  | |    
T  12245198 aagaatgctgttgttactgtacctgcttattttagtgattctcagcgaaaagcaacgatagatgctggctcaattgctggtctcaatgttatgagggtaa 12245297  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    | |||||||| |||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||  |||||||| |||  || | || |||||||| ||||| ||||| ||||| ||    
T  12245298 tgaatgaacccactgctgcagctgttgcatatggccttgaaaagagagctgattgtgttggagaaagaaacatttttgtgtttgatcttggtggtggcac 12245397  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    |||||| || |||||||| || ||||||| | |  | ||  | || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |    
T  12245398 ttttgacgtttctatcctaactattaaggataacatcttccaagttaaggccactgctggaaacactcaccttggaggagaggattttgataatagaatg 12245497  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtt 338  Q
    || |||||||||| | |||||||    
T  12245498 gtaaactactttgcacaggagtt 12245520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 11999770 - 11999478
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| || | |||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| | |||||  |  |  | |    
T  11999770 aagaatgttgttgttactgtaccagcttattttagtgattctcaacgaaaagccactatagatgccggtgcaattgctggcatcaatgttataagggtaa 11999671  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    | |||||||| ||||||||| || ||||||||||  |||||||||||  |||||||| |||  || | || ||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  11999670 tgaatgaacccactgctgcaactgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttggagaaagaaacattttagtctttgatcttggcggtggcac 11999571  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataa 308  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||||||   |||| ||  | || || ||||| || |||||||||||| | || |||||||| ||||||||    
T  11999570 ttttgatttgtctatactaacaattaaggacaatgtcttccaagttaaggccacagctggaaacactcacttcggaggagaggattttgataa 11999478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 157
Target Start/End: Original strand, 17716485 - 17716626
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||||| |||  ||| ||| || |||| || |   |||||||||| |||||||| |||||| || |  ||||||    
T  17716485 aagaatgccgttgttactgtccctgcttactttaatttttctcagagacaagctactaagcatgctggtgctattgctggtcttaatttcatgagaatta 17716584  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgaca 157  Q
    | ||||| || ||||||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  17716585 ttaatgagcccactgctgcagccattgcttatggttttgaca 17716626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 194 - 224
Target Start/End: Original strand, 17704013 - 17704043
Alignment:
Q  194 tctttgaccttggcggtggtacttttgatgt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17704013 tctttgaccttggcggtggtacttttgatgt 17704043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 224
Target Start/End: Original strand, 273279 - 273316
Alignment:
Q  187 atttttgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgt 224  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  273279 attttggtctttgaccttggaggtggtacttttgatgt 273316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 194 - 230
Target Start/End: Original strand, 17648005 - 17648041
Alignment:
Q  194 tctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtctat 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  17648005 tctttgaccttggcggtggtacttttgacgtctctat 17648041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 33)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Original strand, 13333248 - 13333632
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |    
T  13333248 aagaatgccgttgttactgtgccggcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtgctattgctggccttaatatcattcgaataa 13333347  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  13333348 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgacaagagacgtgattgtgatggtaagcgaaatatttttgtctttgatctgggtggtggtac 13333447  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |    
T  13333448 ttttgatgtgtctatccttacaattatgggtgatgtctttgaagtaaaagccaccgcaggaaacactcaccttgggggagaagacttcgataacagaatg 13333547  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||| || || || |||||||| |||| | |||| ||||||||||||||||    
T  13333548 gtgaactattttgttgaggagttcaaaaagaagaataacgtcgatatcagtgggaacccaaaatccttaaggaggttgagaactg 13333632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 15 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 8659740 - 8659355
Alignment:
Q  15 gaagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatt 114  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||  ||     
T  8659740 gaagaatgctgttgttacagtgcctgcatagttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagattccggtgccattgctggccttaatgtcattcagata 8659641  T
Q  115 atcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggta 214  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  8659640 attaatgaacctactgctgcagctattgcatatggttttgacaagagaggtgactgtgatggtaaacaaaatattttggtctttgatcttggtggtggta 8659541  T
Q  215 cttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||     
T  8659540 cttttgatgtgtctatccttacaatgaagggtgatgtctttgaagtaaaagccacttctggaaacactcaccttggaggagaggactttgatagcagaat 8659441  T
Q  315 ggtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||| || |||| | |||| ||||||||||||||||    
T  8659440 ggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaataaagtggacattagtggtaacccaaaatccttaaggaggttgagaactg 8659355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Original strand, 10494166 - 10494550
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || || || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || |    
T  10494166 aagaatgctgttgttactgtgccggcttacttcaacgattctcaacgaaaggctactattgatgctggtgctattgctggccttaatgtcattcggataa 10494265  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  10494266 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgacaagagaagtgattgtgagggtaaccgaaatatttttgtctttgatctgggtggtggtac 10494365  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  10494366 ttttgatgtgtctatcctcacaattaagggtgatgtctttgaagtaaaagccactgcaggtaacactcaccttgggggagaggacttcgataacagaatg 10494465  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    ||||| || ||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||    
T  10494466 gtgaattattttgttgaggagttcaaaaagaagaataacgtggacatcagtgggaatccaaaatccttaaggaggttgagaactg 10494550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 8667795 - 8667411
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||| || |    
T  8667795 aagaatgccgttgttactgtgccagcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtactattgctggacttaatgtcattcggataa 8667696  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||  || ||||||||||||||||| || || || || ||    
T  8667695 tcaatgaacctactgcggcagctattgcatatggccttgacaagagaaatgactgtgatggtagccgaaatatttttgtctttgatctgggtggcgggac 8667596  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |    
T  8667595 ttttgatgtgtctatcctcacaattaagggtgatgtctttgaagtgaaagccactgcaggaaacactcaccttgggggcgaggacttcgataacagaatg 8667496  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||  ||| |||| | |||| ||||||||||||||||    
T  8667495 gtgaactattttgttgaggagttaaaaaagaagaataaagtggacatcagtcagaacccaaaatccttaaggaggttgagaactg 8667411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 1301837 - 1301455
Alignment:
Q  19 aatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatca 118  Q
    |||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||  || || |    
T  1301837 aatgctgttgttactgtgcctgcacatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgccggtgcaattgctggccttaatgtcattcagataatta 1301738  T
Q  119 atgaaccta----ctgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggta 214  Q
    |||||||||    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1301737 atgaacctagctactgctgcagctattgcgtatggttttgacaagagaagtgactgtgatggtaaacggaatattttggtctttgaccttggcggtggta 1301638  T
Q  215 cttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaac 314  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||     
T  1301637 cttttgatgtgtctatccttaccatcaagggcgatgtctttgaagtaaaagccactggtggaaatactcaccttggaggagaggactttgataatagaat 1301538  T
Q  315 ggtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaa 397  Q
    ||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| ||||| || |  | | |||| |||||||||||||    
T  1301537 ggtgagctactttgtagaggagttcagaaagaagaataaagtggacattagtggtaaccagaaatccttaaggaggttgagaa 1301455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 25 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 8654817 - 8654442
Alignment:
Q  25 gttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatcaatgaac 124  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||  |||||||||    
T  8654817 gttgttactgtgccggcatacttcaatgactctcagcgaaaagcaaccatagatgctggtgccattgctggacttaacgtcattcggatactcaatgaac 8654718  T
Q  125 ctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgt 224  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  8654717 ctactgccgcagctattgcatatggccttgacaagcgaagtaactatgatggtaaacggaatattttggtatttgatcttggtggtggtacttttgatgt 8654618  T
Q  225 gtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtgaactac 324  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  8654617 gtctatactcacaattaagggtgatgtctttgacgtaaaagccactgctggaaacacgcacctagggggagaagactttgataacagaatggtgtactac 8654518  T
Q  325 tttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| || || || || |||| | |||| ||||||||||||||||    
T  8654517 tttgtagaggagttcaaaaagaagaataaagtggaaattagcggtaacccaaaatccttaaggaggttgagaactg 8654442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 19 - 335
Target Start/End: Original strand, 8585501 - 8585817
Alignment:
Q  19 aatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatca 118  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |  | || ||||    
T  8585501 aatgcagttgtgactgtgcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatggatgctggtgccattgctggccttaatgttatgaggataatca 8585600  T
Q  119 atgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttt 218  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| | | || | ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||    
T  8585601 atgaacccactgctgcagctattgcatatggccttgacaacaaaggtaactgtgatggtgaacgaaatatttttgtgtttgatcttggtggtgggacttt 8585700  T
Q  219 tgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtg 318  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||    
T  8585701 tgatgtgtctctcctcacaattaaaggtgatgtctttgaagttaaagcaaccgctggaaatactcaccttgggggaggggactttgataacagaatgttg 8585800  T
Q  319 aactactttgtagagga 335  Q
    ||||||||||| |||||    
T  8585801 aactactttgttgagga 8585817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 8628905 - 8628611
Alignment:
Q  19 aatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatca 118  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |  | || ||||    
T  8628905 aatgcagttgtcaccgtgcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatgaatgctggtgccattgctggccttaatgttatgaggataatca 8628806  T
Q  119 atgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttt 218  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||| | | ||   ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||    
T  8628805 atgaccccactgctgcagctattgcatatggccttgacaacaaaggtaggtgtgatggtgaacgaaatatttttgtgtttgatcttggtggtgggacttt 8628706  T
Q  219 tgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaa 313  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8628705 tgatgtgtctctcctcacaattaaaggtgatgtctttgaagttaaagccactgctggaaatactcaccttggtggagaggactttgataacagaa 8628611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 8647253 - 8646871
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| || | || || |    
T  8647253 aagaatgcagttgttactgtgcctgcatacttcaatgattatcagcgaaaagccactatagatgccggggccattgctggccttaatatcatccggataa 8647154  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    |||||||||| || ||||| ||| | ||||||||  ||||||||||||   |||||| ||   |||| ||||| ||  |||| |||||||| ||||| ||    
T  8647153 tcaatgaaccaacagctgctgctctcgcatatggccttgacaagagaacaaattgtgctgaagaacgaaatatattcatcttcgaccttggtggtggaac 8647054  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | | || ||| | || |||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||| |    
T  8647053 ttttgatgtgtctctccttacaattaaggataaggtctttcatgttaaagccaccgctggaaacactcacctcggaggagaggactttgatagtagaatg 8646954  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaac 398  Q
    ||| || |||||| | | || ||| | |||||||| ||||||||||| | ||| ||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  8646953 gtggaccactttgcacaagaatttaacaagaagaacaaggtggacattactggaaactcaagagccttaaggaggttgagaac 8646871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 17260614 - 17260233
Alignment:
Q  19 aatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta-tc 117  Q
    |||| |||| ||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| |||  | ||| |     
T  17260614 aatgttgttattactgttcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgctggtgttattgctggcctttatgt-tttgaagttaatt 17260516  T
Q  118 aatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtactt 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||| | |||||| |     ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||    
T  17260515 aatgaacctattgctgcagctattgcatatggccttgtcaagagaactaattgtgtttaagtacggaatatttttgtctttgaccttggtggggggactt 17260416  T
Q  218 ttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggt 317  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| | | || || || || || ||||| |  ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||    
T  17260415 ttgatgtgtctctcgttacaattaaggataaggtcttcgaagttaaggccaccggtggagacactcatcttgggggtgaggactttgataatagaatggt 17260316  T
Q  318 gaactactttgtagaggagtttcaaaagaa-gaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    | |||| ||||||||||||  ||||||||| ||| ||  ||||||| | |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  17260315 gtactattttgtagaggag-atcaaaagaacgaaaaaattggacattattgggaacccaaaagccttaaggaggttgagaactg 17260233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 17268313 - 17267996
Alignment:
Q  18 gaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatc 117  Q
    |||||||||  ||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||     | |||    
T  17268313 gaatgctgtcattactgtcccggcttacttcaacgattctcagcgaaaagccaccatagatgctggtgtcattgctggccttaatgtattgaaggtaatc 17268214  T
Q  118 aatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtactt 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| | | |||| ||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  17268213 aatgaaccaactgctgcagctattgcatatggccttggcaagagaactaactgtgttgaagaacggaatatttttgtctttgaccttggtggtgggactt 17268114  T
Q  218 ttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggt 317  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| | | || || || || || ||||| |  ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||    
T  17268113 ttgatgtgtctctcgttacaattaaggataaggtcttcgaagttaaggccaccggtggagacactcatcttgggggtgaggactttgataatagaatggt 17268014  T
Q  318 gaactactttgtagagga 335  Q
      |||| ||||| |||||    
T  17268013 atactattttgttgagga 17267996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 34 - 398
Target Start/End: Original strand, 27830685 - 27831049
Alignment:
Q  34 gtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatcaatgaacctactgctg 133  Q
    ||||||||||| |||||||| || || |||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||  | || || || |  || ||||||||||    
T  27830685 gtgccagcttatttcaatgactctcaacgaaaagccactgtagattccggtgccattgctggccttaatgttatgcggataataagcgagcctactgctg 27830784  T
Q  134 cagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtctatcct 233  Q
    ||||||||||||||||  |||||| | |||   | | |  |||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |  |    
T  27830785 cagctattgcatatggccttgacacgggaacaaaatatactggagaacggaatatttttgtgtttgaccttggtggtgggacttttgatgtgtctcttgt 27830884  T
Q  234 tacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtgaactactttgtagag 333  Q
    ||||||||||| | | || ||  | || || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||| |||    
T  27830885 tacaattaaggataaggtcttccaagttaaggcaactgctggaaacactcaccttggtggagaggactttgataataggatggtgaactattttgtggag 27830984  T
Q  334 gagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaac 398  Q
    | |||  | |||||||| |  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  27830985 gtgttcaagaagaagaaaagagtggacattagtgggaacccaagagccttgaggaggctgagaac 27831049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 3147648 - 3147262
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||| || || ||||| ||||||||| | ||||| ||||| || |||||||||||||  ||||||||||||||| |  | || || |    
T  3147648 aagaatgcagttgttaccgtacctgcttatttcaatgatgctcagcggaaagcgacaatagatgctggtgttattgctggccttaatattatgcggataa 3147549  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtg--atggtaaa------cggaatatttttgtctttgaccttggc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||| | ||||||  || ||  |      || ||||||||| |||||||| | ||     
T  3147548 tcaatgaacctactgctgcagctattgcgtatggactggacaagagaactaattgtgtaattgtgtagaggagcgtaatatttttatctttgacttgggt 3147449  T
Q  208 ggtggtacttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgata 307  Q
    ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| | | || ||| | || || ||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3147448 ggtgggacttttgatgtgtctcttcttacaattaaggataaggtctttcaagttaaggccatcgcaggaaacacccaccttgggggagaggactttgata 3147349  T
Q  308 acagaacggtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttga 394  Q
    | || | |||||||||||||| |  ||||||| | |||||||| ||||| ||||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||    
T  3147348 ataggatggtgaactactttgcacgggagtttaagaagaagaacaaggtagacattagtgagaactcaagagccttaaggaggttga 3147262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 200
Target Start/End: Original strand, 8671422 - 8671606
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||| |||| || |    
T  8671422 aagaatgccgttgttaccgtgccagcttacttcaatgattctcagcgaacggccaccattgatgctggtactattgctggacttaatgtcattcggataa 8671521  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||  |||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  8671522 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgacaagagaaatgaccgtgaaggtaaccgaaatatttttgtctttga 8671606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Original strand, 8636135 - 8636454
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |||| || |    
T  8636135 aagaatgcagtcattactgtgcccgcttatttcaatgattctcagcgtaaatccaccaaagatgctggtgccattgccggccttaatgtaattcggataa 8636234  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||| |||||  || | |||||| || | |||| |    |  | || ||||| || ||||| ||||| ||||||||    
T  8636235 tcaatgaaccaactgctgcagcttttgcgtatggacttcaaaagagaggtaactgtgttaaagagagaaacattttcgtatttgatcttggtggtggtac 8636334  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
     || || |||||||| || | |||||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  8636335 attcgacgtgtctatactcaaaattaaaggtgaagtctttgaagttaaagccactgccggagacacacaccttggaggagaggactttgataacagaatg 8636434  T
Q  316 gtgaactactttgtagagga 335  Q
    ||| | || |||||||||||    
T  8636435 gtggaatattttgtagagga 8636454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 6789885 - 6789504
Alignment:
Q  19 aatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatca 118  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||| ||||    
T  6789885 aatgcagttattactgtgcctgcttatttcaatgattctcaacggaaagccactttagatgctggtgccattgctggtcttaatgttatacgaataatca 6789786  T
Q  119 atgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttt 218  Q
    ||||||| || ||||| ||| ||||||||||  |||| ||||||| | |||  | |||  ||   |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||    
T  6789785 atgaaccaacagctgctgctcttgcatatggccttgataagagaactaattacggtggagaaaaaaatattttcgtcttcgaccttggtggtggcacttt 6789686  T
Q  219 tgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtg 318  Q
     |||||||||||| | ||||| || | | | || ||  | || || ||||| |  |||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  |||     
T  6789685 cgatgtgtctatcttaacaatcaaagataaggtcttccaagttaaggccaccggtggaaacactcacctcggaggagaggactttgataaccgattggta 6789586  T
Q  319 aactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    |||||||||| |||||||||| | | |||||| || ||||| || | ||| ||  |||| ||||| || |||||||||||||    
T  6789585 aactactttgcagaggagtttaagaggaagaacaaagtggatattactggaaactcaagggccttaagaaggttgagaactg 6789504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 16 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 8602350 - 8602037
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||  | || || |    
T  8602350 aagaatgcagttgttactgtgccggcttattttaatgattctcagcgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggtctcaatgtaatgcggataa 8602251  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    ||||||| || ||||| || ||| ||||||||||  || | ||||||  | |||||| ||   |  | ||||||||  | ||||| ||||| ||||| ||    
T  8602250 tcaatgagccaactgcagctgctcttgcatatggccttcaaaagagagctaattgtgttgaagagagaaatattttcatatttgatcttggtggtggaac 8602151  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    ||||||||| ||| | || |||||||||  | || | ||||| || || |||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| |    
T  8602150 ttttgatgtttctcttctcacaattaagaataatctctttgaagtcaaggccacttccggagacacacaccttggaggagaggactttgataaccgaatg 8602051  T
Q  316 gtgaactactttgt 329  Q
    |||||| |||||||    
T  8602050 gtgaaccactttgt 8602037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 184 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 8545841 - 8545625
Alignment:
Q  184 aatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactc 283  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||   | | || ||||| || || |||||||| ||| |||||     
T  8545841 aatatttttatctttgaccttggcggtggaacttttgatgtgtctattcttacaattaaaaataaggtctttgatgtcaaggccactgctggagacactt 8545742  T
Q  284 accttgggggagaggactttgataacagaacggtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagcctt 383  Q
    |||| || || || |||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||  | | |||||| || | ||| || ||| |||| |||  ||||||    
T  8545741 acctaggcggtgaagactttgataacagaatggtgaattactttgtgaaggagttcaagaggaagaacaatgaggatattagtcggaacccagaagcctt 8545642  T
Q  384 gaggaggttgagaactg 400  Q
    |||||||||||||||||    
T  8545641 gaggaggttgagaactg 8545625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 32 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 8576686 - 8576318
Alignment:
Q  32 ctgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatcaatgaacctactgc 131  Q
    ||||||| ||||| || |||||||| || |||| |||||| | |||||| ||||| |||||||| || |||||| | |  || ||||||||||| |||||    
T  8576686 ctgtgcctgcttattttaatgattcccaacgaagagccactaaagatgcaggtgcaattgctggtctcaatgtcatgcagataatcaatgaaccgactgc 8576587  T
Q  132 tgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtctatc 231  Q
     |||||| |||| |||||  || | ||||||  | |||||| || |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  8576586 ggcagctcttgcgtatggccttcaaaagagagctaattgtgttgataaaagaaatatttttatctttgaccttggcggtggaacttttgatgtgtctatt 8576487  T
Q  232 cttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtgaactactttgtag 331  Q
    || ||| |||||    |||| || || || || |||||||||||| |||||||||| || ||  | ||||||||||||| || |||| |  |||||||      
T  8576486 ctcacagttaagaacaatgtcttcgaagtcaaggccactgccggagacactcacctaggaggccaagactttgataacataatggtggatcactttgtta 8576387  T
Q  332 aggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    |||||||    || ||| | || | ||| || |||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||||    
T  8576386 aggagttcaggaacaagtacaaagaggatattagtgagaattcaaaagccttaaggaggttgagaactg 8576318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 31 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 8610278 - 8609971
Alignment:
Q  31 actgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatcaatgaacctactg 130  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||||  | || |||||||||||||| || |    
T  8610278 actgtgcctgcttattttaatgattctcagcggaaagccacaaaagatgctggtgtcatttctggccttaatgtaatccggattatcaatgaaccaacgg 8610179  T
Q  131 ctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaa-cggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtcta 229  Q
    |||| ||| ||||||||||| || | ||||||  | |||||| ||| |||  | ||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||     
T  8610178 ctgcggctcttgcatatggtcttcagaagagagctaattgtg-tggaaaatagaaatatttttatctttgatcttggtggtgggactttcgatgtgtctg 8610080  T
Q  230 tccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtgaactactttgt 329  Q
    | || ||||||||     ||| ||| || || || || ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||    
T  8610079 ttctcacaattaaaaacaatgctttcgatgtcaaggctactgctggagatactcaccttggaggagaggactttgatcacagaatggttaatcactttgt 8609980  T
Q  330 agaggagtt 338  Q
      |||||||    
T  8609979 gaaggagtt 8609971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 328
Target Start/End: Original strand, 29581633 - 29581945
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| ||  |||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    || |||||||| |||||  |  | || |    
T  29581633 aagaatgcagtgattaccgtgcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccaaagatgctggcattatagctggcctcaatgtaatgaggataa 29581732  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    |||| ||||| |||||||| ||  |||||||||||||| | ||| || || ||| || ||| ||||| ||||| ||  ||||||| ||||| ||||| ||    
T  29581733 tcaacgaaccaactgctgctgcacttgcatatggtattcaaaagggaggtaattttgttggaaaacgaaatatattcatctttgatcttggtggtggcac 29581832  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    ||||||||||||| | || ||| | |||| ||||   ||||| || || |||||||| ||  | |||||||| || |||||||||||||||||| ||| |    
T  29581833 ttttgatgtgtctcttctcacactcaaggatgataagtttgaagtgaaggccactgctggcgatactcacctaggaggagaggactttgataaccgaatg 29581932  T
Q  316 gtgaactactttg 328  Q
    ||||| |||||||    
T  29581933 gtgaattactttg 29581945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 8570687 - 8570305
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| ||  ||||||| || ||||| || |||||||| || |||| |||||| | |||||| ||||  |||||||| || |||||  | || || |    
T  8570687 aagaatgcagtgattactgtacctgcttattttaatgattcacaacgaagagccactaaagatgcaggtgaaattgctggtctcaatgtaatgcggataa 8570588  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||  || | ||||||  | ||| || || |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  8570587 tcaatgaaccgactgcggcagctcttgcatatggccttcaaaagagagctaattttgttgataagagaaatatttttatctttgaccttggcggtggaac 8570488  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||| | |    | ||| || || |||||||| ||| |||||||||| || || || || ||||||||||||| |    
T  8570487 ttttgatgtgtctattctcacagttaaggataacaactatgaagtcaaggccactgctggagacactcacctgggaggtgaagattttgataacagaatg 8570388  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaac 398  Q
     |||   |||||||  || ||||  | |||||||| || | ||| || ||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  8570387 ttgactcactttgtgaagaagttcaagaagaagaacaacgaggatattagtaggaacccaaaagccttgaggaggttaagaac 8570305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 25 - 338
Target Start/End: Original strand, 8382677 - 8382990
Alignment:
Q  25 gttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatcaatgaac 124  Q
    |||||||| ||||| || || ||||||||||| || || |||||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||  | || || |||||||| |    
T  8382677 gttgttaccgtgcctgcatatttcaatgattctcaacggaaagccacaaaagatgctggtgcgattgctggcctcaatgtaatgcggataatcaatgagc 8382776  T
Q  125 ctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgt 224  Q
    | ||||| || ||| ||||||||||  || | ||||||  | |||||  ||   |  | ||||||||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  8382777 caactgccgctgctcttgcatatggccttcagaagagagctaattgtcttgaagagagaaatattttcatctttgatcttggtggtggaacttttgatgt 8382876  T
Q  225 gtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtgaactac 324  Q
    |||| |||| |||||||||  | |||| ||||  || || |||||||||||| ||||||| || || || || ||||| ||||||||||  ||||| |||    
T  8382877 gtctctcctcacaattaagaataatgtctttgttgtgaaggccactgccggagacactcatctaggaggtgaagacttagataacagaatcgtgaagtac 8382976  T
Q  325 tttgtagaggagtt 338  Q
    ||||| || |||||    
T  8382977 tttgttgacgagtt 8382990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Original strand, 7877525 - 7877909
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||| |||||  | || || |    
T  7877525 aagaatgcagttgttactgtgccggcttatttcaatgattctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgcagttgccggcctcaatgttatgcggataa 7877624  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgat-ggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggta 214  Q
    | |||||||| |||||||| ||  ||||||||||  || | ||||||| | | |   || || ||||| ||| | ||  || |||| ||||| ||||| |    
T  7877625 ttaatgaaccaactgctgctgcccttgcatatggccttcaaaagagaa-taaataacatcggaaaacgaaatgtgttcatcattgatcttggtggtggca 7877723  T
Q  215 cttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaac 314  Q
    |||| ||||||||| | || ||| | || | ||||   ||||| |||| ||| ||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||     
T  7877724 ctttcgatgtgtctcttctcacactaaaagatgatagctttgatgtaatagctactgccggagatactcacctaggtggagaggactttgataacagaat 7877823  T
Q  315 ggtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    | ||||| | || ||   ||||||| | | ||||||||| ||||||||  |||| || || || ||| | ||||||||||||||||    
T  7877824 gttgaaccatttagtgatggagtttaagaggaagaataaagtggacattggtggaaacccgagggcccttaggaggttgagaactg 7877909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 8582076 - 8581763
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| ||  ||||||| || ||||| || |||||||| || |||| |||||| | |||||| ||||  ||||| || || |||||  | || || |    
T  8582076 aagaatgcagtgattactgtacctgcttattttaatgattcacaacgaagagccactaaagatgcaggtgaaattgcaggtctcaatgtaatgcggataa 8581977  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||  || | ||||||  | |||||| || |||  | ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||    
T  8581976 tcaatgaaccgactgcggcagctcttgcatatggccttcaaaagagagctaattgtgttgataagagaaatatttttatctttgaccttggaggtggaac 8581877  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||  | | |  | ||| || || |||||||| ||| |||||||||| || || || || ||||||||||||| |    
T  8581876 ttttgatgtgtctattctcacagttaagaataacgactatgaagtcaaggccactgctggagacactcacctgggaggggaagattttgataacagaatg 8581777  T
Q  316 gtgaactactttgt 329  Q
    |||||  |||||||    
T  8581776 gtgaatcactttgt 8581763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 40 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 8538388 - 8538120
Alignment:
Q  40 gcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatcaatgaacctactgctgcagcta 139  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||  | || || |||||||||||||| ||||| |||     
T  8538388 gcttatttcaatgattcacagcgaagagccaccaaagatgctggtgtcattgctggcctcaatgtaatgcggataatcaatgaacctacagctgctgctc 8538289  T
Q  140 ttgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtctatccttacaat 239  Q
    ||||||| ||  || | ||||||  | |||||| ||   |  | ||  ||||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||| |    
T  8538288 ttgcatacggccttcaaaagagagctaattgtgttgaagagagaaaagttttcatctttgatcttggtggtggaacttttgatgtatctctccttacatt 8538189  T
Q  240 taagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataa 308  Q
     |||  | |||  |||   || || |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8538188 gaagaataatgcctttacagtcaaggccactgccggagatactcaccttggaggagaggactttgataa 8538120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 34 - 329
Target Start/End: Original strand, 29577479 - 29577777
Alignment:
Q  34 gtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatcaatgaacctactgctg 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||    ||||||||||| |||||  | || || ||||||||||| |||||||    
T  29577479 gtgccagcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccaaagatgccggcattattgctggcctcaatgtaatgcggataatcaatgaaccaactgctg 29577578  T
Q  134 cagctattgcatatggtattgacaagagaagtgatt---gtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtctat 230  Q
    | ||  |||||||||| ||| | |||||| || |||    || ||| || || ||| | ||  ||||||| ||||| ||||| || |||||||||||| |    
T  29577579 ctgcacttgcatatggaattcaaaagagaggtaattttgttgttggaaagcgaaatgtattcatctttgatcttggtggtggcacctttgatgtgtctct 29577678  T
Q  231 ccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtgaactactttgt 329  Q
     || ||| |||||| ||||  |||||| ||||| |||||||| ||  | |||||||| || ||||||||||| ||||| | || ||||| | |||||||    
T  29577679 tctcacacttaaggatgatagttttgaagtaaaggccactgctggtgatactcacctaggaggagaggacttcgataataaaatggtgagccactttgt 29577777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 102
Target Start/End: Original strand, 8640339 - 8640425
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaat 102  Q
    |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  8640339 aagaatgcagttgttactatgcctgcttacttcaatgattatcagcaaaaagccaccatagatgccggggccattgctggccttaat 8640425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 39986022 - 39985709
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||  |||| ||||  |||||||| |  ||||| || ||||||||| | |||||||    
T  39986022 aagaatgctgttgttactgtccctgcttactttaatgactcccagcgtcaagctaccaaggatgctggagttattgccggtcttaatgtcatgcgaatta 39985923  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtga-ttgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggta 214  Q
    ||||||| || |||||||| || ||||| |||||| ||||||||| |||  |   ||| |||  |   |||| | ||  ||||||||||||| |||||||    
T  39985922 tcaatgagcccactgctgctgccattgcttatggtcttgacaaga-aagcaaccagtgttggagagaagaatgtcttgatctttgaccttggtggtggta 39985824  T
Q  215 cttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaac 314  Q
    |||||||||| ||| | || || ||| | |  | | | |||||||| |||||||| |||||| |||| || ||||| || ||||| ||||| |||||||     
T  39985823 cttttgatgtctctttgctaactattgaagagggtatctttgaggtgaaagccacagccggagacacccatcttggaggtgaggattttgacaacagaat 39985724  T
Q  315 ggtgaactactttgt 329  Q
    ||||||| |||||||    
T  39985723 ggtgaaccactttgt 39985709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 8591014 - 8590717
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||| | ||||| |||| ||||||||||| |||||||||| | |||||  | || || |    
T  8591014 aagaatgcagttgttactgtgccagcttattttaatgattctcagaggaaagctaccaaagatgctggtgtcattgctggcttgaatgtaatgcggataa 8590915  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgat-ggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggta 214  Q
    | |||||||| ||||| || |   ||||||||||  || | ||||| ||  | |   || || ||||| ||| | ||  ||||||| ||||| ||||| |    
T  8590914 ttaatgaaccaactgccgctggccttgcatatggccttcaaaagag-agaaagtaacatcggaaaacgaaatgtgttcatctttgatcttggtggtggca 8590816  T
Q  215 cttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaa 313  Q
    |||||||||||||| | || ||| | || ||||||   ||||| |||||||||||| ||||| | || ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  8590815 cttttgatgtgtctcttctcacactcaaaggtgatagctttgatgtaaaagccacttccggagatacccacctaggaggagaggactttgataacagaa 8590717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 15 - 143
Target Start/End: Original strand, 8017204 - 8017332
Alignment:
Q  15 gaagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatt 114  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||||| |||| |||||| || || ||||| ||  |||||    
T  8017204 gaagaatgccgttgttacagttccagcttacttcaatgattcgcagcgtcaagccacaaaggatgccggtgtcattgcaggactcaatgttttgagaatt 8017303  T
Q  115 atcaatgaacctactgctgcagctattgc 143  Q
    ||||| || || || ||||||||||||||    
T  8017304 atcaacgagccaacagctgcagctattgc 8017332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 8559708 - 8559386
Alignment:
Q  17 agaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattat 116  Q
    ||||||||||  |||| || || ||||| || |||||||| ||  ||| |||||||| |||||| ||||  |||||||| ||||||||  | |  || ||    
T  8559708 agaatgctgtgattaccgtacctgcttattttaatgattctcaaagaagagccaccaaagatgcaggtgaaattgctggtcttaatgtaatgcagataat 8559609  T
Q  117 caatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtact 216  Q
    ||||||||| ||||| || ||| ||||||||||  || | ||||||  | |||||| |    |  | ||||||||  ||||||| || || ||||| |||    
T  8559608 caatgaaccaactgcagctgctcttgcatatggacttcaaaagagatctaattgtgttaaagagagaaatattttcatctttgatctcggtggtggaact 8559509  T
Q  217 tttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacgg 316  Q
    |||||||| ||| | || |||||||||  | || | ||||| || || |||||| ||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||    
T  8559508 tttgatgtttctcttctcacaattaagaataatctctttgaagtcaaggccacttccggagacacacacctcggaggagaggactttgataacagaatgg 8559409  T
Q  317 tgaactactttgtagaggagttt 339  Q
    ||||  |||||||| | ||||||    
T  8559408 tgaaacactttgtaaaagagttt 8559386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 8103043 - 8102901
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| || || ||||| || ||||||||||||||||| |||||  |||| || | |||||||||||  || |||||  | ||||| ||  ||||||    
T  8103043 aagaatgccgtcgtcactgtccctgcttacttcaatgattctcagcgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttaaatgttttgagaatta 8102944  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaa 158  Q
    | ||||| || |||||||| |||||||| || ||| |||||||    
T  8102943 ttaatgagccaactgctgctgctattgcctacggtcttgacaa 8102901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 15 - 400
Target Start/End: Original strand, 4678349 - 4678734
Alignment:
Q  15 gaagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatt 114  Q
    ||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||     
T  4678349 gaagaatgtcgttgttactgtgcctgcatacttcaatgattctcaacgaaaagctaccatagatgctggtgccattgctggacttaatgtcattcaaata 4678448  T
Q  115 atcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggta 214  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  4678449 atcaacgaacctactgttgcagctattgcatatggttttgacaagagaagtgaaagtgattgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggta 4678548  T
Q  215 cttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaac 314  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||     
T  4678549 cttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacactcacctaggtggagaggactttgataacagaat 4678648  T
Q  315 ggtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||  |||  ||| | |||| ||||||||||||||||    
T  4678649 ggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaataatgtggacattagtaagaacgcaaaacccttaaggaggttgagaactg 4678734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Original strand, 34466585 - 34466969
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| ||| | || ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||  | ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| |    
T  34466585 aagaatgcagttatcaccgtgcctgcttattttaatgattctcagcgaaaagctactgtggatgctggtactattgctggccttaatgttttgcaaataa 34466684  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaa-tatttttgtctttgaccttggcggtggta 214  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||| | || ||| | | |||| |||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  34466685 tcaatgaacccactgctgcagctattgcatatggacttgacaagagagctgactttg-tggaagaaggaaatattttcgtctttgaccttggtggtggga 34466783  T
Q  215 cttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaac 314  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||| || || |||||| | || ||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||     
T  34466784 cttttgatgtgtctctccttacaattaaggataatgtctttgaagttaaggccacttctggtaacactcacctcggacgagaggactttgataatagaat 34466883  T
Q  315 ggtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    || |||| |||||| | |||||||  | | |||| ||||   ||| || ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||    
T  34466884 ggcgaaccactttgcaaaggagttcaagaggaagcataataaggatattagtggaaaccctagagctttgaggaggttgagaactg 34466969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 15595414 - 15595026
Alignment:
Q  19 aatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatca 118  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||  |||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||  | ||||    
T  15595414 aatgcagttgttaccgtgcctgcttatctcaatgattctcaacgaaaagccactatagatgcaggtgccattgctggccttaatgttatacgggtaatca 15595315  T
Q  119 atgaacctactgctg-------cagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtg 211  Q
    ||||||| || ||||       ||||||||||||||||  |||||||||| | | | |||| |||  || | ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  15595314 atgaaccgacagctgacagctgcagctattgcatatggccttgacaagaggattaactgtgttggagaaagaaatatttttgtctttgatcttggtggtg 15595215  T
Q  212 gtacttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacag 311  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||   | || ||  | || || ||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15595214 gcacttttgatgtgtctatcctaacaattaaggacaaggtcttccaagttaaggccacaggcggaaacactcaccttggaggagaggactttgataacag 15595115  T
Q  312 aacggtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    || ||| ||||||||||   |||| ||  | | |||||| || ||||| || | |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  15595114 aatggtcaactactttgcgcaggaattcaagacgaagaacaaagtggatattactgggaacccaagggccttgaggagattgagaactg 15595026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Original strand, 9335683 - 9336067
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| || |    
T  9335683 aagaatgccgttgttaccgtgccagcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtactattgctggccttaatgtcattcggataa 9335782  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || || || |||||    
T  9335783 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgataagagaaatgactgtgatggtaaccgaaatatttttgtctttgatctgggtggcggtac 9335882  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |    
T  9335883 ttttgatgtgtctatcctcacaattaagggtgatctatttgaagtaaaagccaccgcaggaaacacgcaccttggaggcgaggactttgataacagaatg 9335982  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    || ||||| ||||| || |||||  ||||||||||||| |||||||| |    ||| |||| | |||| ||||||||||||||||    
T  9335983 gttaactattttgtggaagagttaaaaaagaagaataaagtggacatcaagcagaacccaaaatccttaaggaggttgagaactg 9336067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 31 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 30775613 - 30775244
Alignment:
Q  31 actgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatcaatgaacctactg 130  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  |  |||| || ||||| || ||||    
T  30775613 actgtgcctgcttatttcaatgatgcacagcgaaaagccactatggatgctggtgccattgctggtcttaatgttatgagaataattaatgagcccactg 30775514  T
Q  131 ctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtctat 230  Q
    | |||||||||||||||||  |||| |||||| ||   ||||||| | |  ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |    
T  30775513 cagcagctattgcatatggacttgagaagagaggtaggtgtgatgctgagaggaatatttttgtctttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctct 30775414  T
Q  231 ccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtgaactactttgta 330  Q
     || || ||||  | |||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  30775413 tctcaccattagagatgatgtgtttgaagttaaagcaactgctggaaacactcacatcgggggagaggactttgataacagaatgttgaattactttgta 30775314  T
Q  331 gaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactg 400  Q
    ||||| ||| | | |||||| || |||||||| |  |||||||||||||| |||||   |||||||||||    
T  30775313 gaggaatttaagacgaagaacaacgtggacattaccgggaatccaagagctttgagacagttgagaactg 30775244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 35132824 - 35132454
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| || | |||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |  |||||  |  || | |    
T  35132824 aagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttagtgattctcaacgaaaagccactatagatgctggtgctattgctggtcccaatgttatgagagtaa 35132725  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    | |||||||||||||| |||||  ||||||||||  |||||||||||  |||||||| |||  |||  |||||||||||||| || ||||| ||||| ||    
T  35132724 tgaatgaacctactgccgcagcggttgcatatggccttgacaagagatctgattgtgctggagaacaaaatatttttgtcttcgatcttggtggtggcac 35132625  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||||| | |||| ||  | || || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| |    
T  35132624 ttttgatgtttcaatacttactattaaggataatgtcttccaagttaaggccactgccggaaacactcatctcggtggagaggactttgataacagaatg 35132525  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaag-aagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgag 386  Q
    ||||||||||||||| | ||| ||||| || ||||| || || ||||| ||||||||| ||| |||||||||    
T  35132524 gtgaactactttgtacaagag-ttcaagagaaagaacaaagtagacattagtgggaattcaaaagccttgag 35132454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 160
Target Start/End: Original strand, 23587525 - 23587669
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||  |||| || | |||||| |||| |||| |||| || ||||| ||  ||||||    
T  23587525 aagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacaacgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaatta 23587624  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaaga 160  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||| ||||    
T  23587625 ttaatgaacctaccgctgctgctattgcttatggtcttgataaga 23587669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 54396800 - 54396665
Alignment:
Q  15 gaagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||  |||| || | |||||||||||| ||| | ||  | ||||| ||  | |||    
T  54396800 gaagaatgctgttgttactgttcctgcttatttcaatgattctcaacgtcaagctacgaaagatgctggtgctatttcgggtttgaatgtgttgaggatt 54396701  T
Q  115 atcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggt 150  Q
    || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||    
T  54396700 attaatgagcctactgctgctgcaattgcttatggt 54396665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 12528880 - 12528497
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| || ||||||||||||||||||  ||||||||  |||||||||| |||||||||||| |||||  | || || |    
T  12528880 aagaatgcagtgattacggtgccagcgtatttcaatgattcgcagcgacgagccaccaaggatgctggtgtcattgctggcctcaatgtaatacggataa 12528781  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    |||| ||||| ||||| || ||| |||||||||| ||| | ||||||  | |||||  ||   |  | |  |||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  12528780 tcaacgaaccaactgcagctgctcttgcatatggcattcaaaagagagctaattgtcttgaagagagaaggatttttatttttgaccttggcggtggaac 12528681  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    ||||||||||||| | |||||| | |||  | |||| || || || || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |    
T  12528680 ttttgatgtgtctcttcttacagtaaagaataatgtcttcgaagtcaaggccactgccggagacactcaccttggaggagaggactttgataatcgaatg 12528581  T
Q  316 gtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaact 399  Q
    |||||  |||||||  | |||||| | | |||||| || || ||||| | ||||||  ||| |||| | ||||| |||||||||    
T  12528580 gtgaatcactttgtgaaagagtttaagaggaagaacaaagttgacattattgggaactcaaaagccctaaggagattgagaact 12528497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 43745223 - 43744997
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||  |    || |    
T  43745223 aagaatgcagttgttactgtgccggcttatttcaatgattatcagcggaaagccac--tagatgctggtgccattgctgggcttgatgttatgaagataa 43745126  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||||||| | | | ||   |   | | ||||||||  |||||||||| || ||||| ||    
T  43745125 tcaatgaacccactgctgcagctattgcatatggtctggaaaagagaactaactctgtgcgaggaagaaatattttcatctttgacctgggtggtgggac 43745026  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagg 244  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43745025 ttttgatgtgtctctccttacaattaagg 43744997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 274 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 43744934 - 43744810
Alignment:
Q  274 ggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataagtgggaatc 373  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || | |||||||||||| | |||||||||| | |||||||| ||||||||||| | ||| || |    
T  43744934 ggaaacactcacctcggaggagaggattttgataataggatggtgaactacttcgcagaggagtttaagaagaagaacaaggtggacattactggaaacc 43744835  T
Q  374 caagagccttgaggaggttgagaac 398  Q
    ||||||| || ||||||||||||||    
T  43744834 caagagcattaaggaggttgagaac 43744810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 265 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 28220045 - 28219912
Alignment:
Q  265 gccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaataaggtggacataa 364  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||  || | |||||||||||| | |||||||||| | |||||||| ||||||||||| |    
T  28220045 gccaccgctggaaacactcacctcgggggagaggactttgatagtaggatggtgaactacttcgcagaggagtttaagaagaagaacaaggtggacatta 28219946  T
Q  365 gtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaac 398  Q
     ||| ||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  28219945 ctggaaactcaagagccttaaggaggttgagaac 28219912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 28220327 - 28220099
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||  |  | ||      
T  28220327 aagaatgcagttattactgtgcctgcttatttcaatgattatcagcggaaagccaccatagatgcaggtaccattgctggtctaaatgttctaaggatag 28220228  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggta-aacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggta 214  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||| | | ||  |||| | |||| ||||||||  |||||||||| || ||||| |    
T  28220227 tcaatgaacccactgctgctgctattgcatatggattggacaaaagaactaactg-catgggagaacgaaatattttcatctttgacctgggtggtggga 28220129  T
Q  215 cttttgatgtgtctatccttacaattaagg 244  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  28220128 cttttgatgtgtctctccttagaataaagg 28220099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 28910958 - 28910650
Alignment:
Q  16 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaatta 115  Q
    ||||||||  |||||||| || | | ||| |||||||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||  | || || |    
T  28910958 aagaatgcaattgttactttgactggttatttcaatgattcttagaggaaagccaccatagatgctggtgccattgtcaggcttaatgttatgcggataa 28910859  T
Q  116 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtac 215  Q
    ||||||| |  ||||||| ||||||| |||||||  | |||||||||  ||| |||| |||  |||| |||| |||  |||| ||||| ||  |||| ||    
T  28910858 tcaatgagctcactgctgtagctatttcatatggcctcgacaagagagctgagtgtgctggagaacgaaatactttcatcttcgacctgggtagtgggac 28910759  T
Q  216 ttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacg 315  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| ||| | | || ||  | || || ||||| || |||||||||||||| ||||  |||||| ||||||| || | |    
T  28910758 ttttgatgtttctctccttacaattcaggataaggtcttccaagttaaggccaccgctggaaacactcacctcggggtcgaggacattgataataggatg 28910659  T
Q  316 gtgaactac 324  Q
    |||||||||    
T  28910658 gtgaactac 28910650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 11200205 - 11200123
Alignment:
Q  75 agatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtattgaca 157  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||| |||| || || |||||||||||| ||||||    
T  11200205 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgaca 11200123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 11170887 - 11170813
Alignment:
Q  75 agatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatgg 149  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||  ||||||| |||||||| || || |||||||||||    
T  11170887 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatgg 11170813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 11209709 - 11209635
Alignment:
Q  75 agatgctggtgccattgctggccttaatgtctttcgaattatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatgg 149  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||  ||||||| |||||||| || || |||||||||||    
T  11209709 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatgg 11209635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University