View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8175_low_3 (Length: 636)
Name: NF8175_low_3
Description: NF8175
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8175_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 526; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 39211524 - 39210917
Alignment:
| Q |
12 |
ataatactataaagcatagtcataagaaagtataatgcacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaact |
111 |
Q |
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| T |
39211524 |
ataatacaataaagcatagtcataagaaagtataatgtacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaact |
39211425 |
T |
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| Q |
112 |
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211 |
Q |
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| T |
39211424 |
atatagctgatagcataaatttgtttcatttttttctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaattgacacatgttcttaattgtaacagatgcag |
39211325 |
T |
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| Q |
212 |
gatgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactgtttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataagggagaataatat--tccaaat |
309 |
Q |
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| T |
39211324 |
gatgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactgtttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataagggagaataatatattccaaat |
39211225 |
T |
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| Q |
310 |
ctcataattatgagaattgatctcagatgcaggaactcaaaa-ttgatagcatatgaagtaacaaatagatagcatatcaaagactatactcataccgaa |
408 |
Q |
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| T |
39211224 |
ctcataattataagaattgatctcagatgcaggaactcaaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagatagcatatcaaagactatactcataccaaa |
39211125 |
T |
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| Q |
409 |
gataatgataatatttcctcaatacccaacttggtagcagaaagtacacaaggcaaataataagagtacatctcacaatttgttgattactttatcatca |
508 |
Q |
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| T |
39211124 |
gataatgataatatttcctcaatacccaacttggtagcagaaagtacacaaggcaaataataagagtacatctcacaatttgttaattactttatcatca |
39211025 |
T |
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| Q |
509 |
aatcactaaagtggtaaaaagtacacacaaccaaaagagtacatttctcaactcagaatagaaccaactctataatgctttgaaaacaaaaaatatgaag |
608 |
Q |
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| T |
39211024 |
aatcactaaagtggtaaaaagtacacacaaccaaaagagtacatttctcaactcagaatagaacc-actctataatgctttgaaaac-aaaaatatgaag |
39210927 |
T |
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| Q |
609 |
cggcataatt |
618 |
Q |
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| T |
39210926 |
tggcataatt |
39210917 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 476; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 618
Target Start/End: Original strand, 27509416 - 27510019
Alignment:
| Q |
12 |
ataatactataaagcatagtcataagaaagtataatgcacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaact |
111 |
Q |
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| T |
27509416 |
ataatacaataaagcatagtcataagaaagtataatgtactagagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcaggggaaaaact |
27509515 |
T |
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| Q |
112 |
atatagctgatatcataaatttgtttcannnnnnnctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaattgacacatgttcttaattgtaacagatgcag |
211 |
Q |
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| T |
27509516 |
atataactgatagtataaatttgtttcatttttttctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaattgacacatgttcttaattgtaacagatgcag |
27509615 |
T |
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| Q |
212 |
gatgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactgtttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataaggga-gaataatattccaaatc |
310 |
Q |
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| T |
27509616 |
gatgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactatttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataagggaagaataatattccaaatc |
27509715 |
T |
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| Q |
311 |
tcataattatgagaattgatctcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagatagcatatcaaagactatactcataccgaaga |
410 |
Q |
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| T |
27509716 |
tcataattatgagaatttaactcatatgcatgaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagaaagcatatcaaagacta--ctcataccaaaga |
27509813 |
T |
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| Q |
411 |
taatgataatatttcctcaatacccaacttggtagcagaaagtacacaaggcaaataataagagtacatctcacaatttgttgattactttatcatcaaa |
510 |
Q |
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| T |
27509814 |
taatgatagtatttccttaatacccaacttcgtagcagaaagtacacaaggcaaataataagagtacatctcacaatttgttgattactttatcatcaaa |
27509913 |
T |
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| Q |
511 |
tcactaaagtggtaaaaagtacacacaaccaaaagagtacatttctcaactcagaatagaaccaactctataatgctttgaaaacaaaaaatatgaagcg |
610 |
Q |
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| T |
27509914 |
tcactaaagtggtaaaaagtacacacaaccaaaagagtacatttctcaactcagaatagaacc-actctataatgctttgaaaac-aaaaatatgaagcc |
27510011 |
T |
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| Q |
611 |
gcataatt |
618 |
Q |
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| T |
27510012 |
gcataatt |
27510019 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 27271994 - 27271404
Alignment:
| Q |
13 |
taatactataaagcatagtcataagaaagtataatgcacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaacta |
112 |
Q |
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| T |
27271994 |
taatacaataaagcatagtcataagaaagtataatgtatttaagtctatttcactgtgtctaattgaatcttcacaacagatgttgcagtggaaaaacta |
27271895 |
T |
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| Q |
113 |
tatagctgatatcataaatttgtttcannnnnnnctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaa--ttgaca-catgttcttaattgtaacagatgc |
209 |
Q |
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| T |
27271894 |
tatagctgatagtataaatatgtttcatttttt-ctacctaaattggatgtaacagctgcagtgaatgtttgtcatcatcatcttaattgtaacagatgc |
27271796 |
T |
|
| Q |
210 |
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306 |
Q |
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| T |
27271795 |
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27271696 |
T |
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| Q |
307 |
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405 |
Q |
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| T |
27271695 |
aatgtcataattatgagaattgaattcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaaatggataacatatcgaagactatacttatacc |
27271596 |
T |
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| Q |
406 |
gaagataatgataatatttcctcaatacccaacttggtagcagaaagtacacaaggcaaataataagagtacatctcacaatttgttgattactttatca |
505 |
Q |
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| T |
27271595 |
aaagataatgataatttttccttaatgccgaacttggcagcagaaagtacataaggcaactaataagagtacatctcacaatttgttgattacttaatca |
27271496 |
T |
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| Q |
506 |
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600 |
Q |
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| T |
27271495 |
tcaaatcactaaagtgctaaaaagtacacacaaccaatagagtacatttctcaactcagaatagaacca---ctctaatgctttgaaaacaaaaa |
27271404 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 600
Target Start/End: Original strand, 29706863 - 29707452
Alignment:
| Q |
13 |
taatactataaagcatagtcataagaaagtataatgcacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaacta |
112 |
Q |
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| T |
29706863 |
taatacaataaagcatagtcataagaaagtataatgtatttaagtctatttcactgtgtctaattgaatcttcacaacagatgttgcagtggaaaaacta |
29706962 |
T |
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| Q |
113 |
tatagctgatatcataaatttgtttcannnnnnnctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaa--ttgaca-catgttcttaattgtaacagatgc |
209 |
Q |
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| T |
29706963 |
tatagctgatagtataaatatgttt-aattttttctacctaaattagatgtaacaactgcagtgaatgtttttcatcatcttcttaattgtaacagatgc |
29707061 |
T |
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| Q |
210 |
agga--tgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactgtttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataaggga-gaataatattcca |
306 |
Q |
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| T |
29707062 |
aagaactgaaaattgatagcttaagaagtacataattgaggcgctaagtttcttgtatgcaaagaatttaaaaagttcataagggaagaatgatatttca |
29707161 |
T |
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| Q |
307 |
aatctcataattatgagaattgatctcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagatagcatatcaaagactatactcataccg |
406 |
Q |
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| T |
29707162 |
aatctcataattatgagaattgaattcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagataacatatcgaagactatacttatacca |
29707261 |
T |
|
| Q |
407 |
aagataatgataatatttcctcaatacccaacttggtagcagaaagtacacaaggcaaataataagagtacatctcacaatttgttgattactttatcat |
506 |
Q |
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| T |
29707262 |
aagataatgataatttttccttaatacccaacttggtagcagaaagtacataaggcaactaataagagtacatctcacaatttgttgattacttaatcat |
29707361 |
T |
|
| Q |
507 |
caaatcactaaagtggtaaaaagtacacacaaccaaaagagtacatttctcaactcagaatagaaccaactctataatgctttgaaaacaaaaa |
600 |
Q |
| |
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| T |
29707362 |
caaatcactaaagtgctaaaaagtacacacaaccaatagagtacatttctcaactcagaatagaacca---ctctaatgctttgaaaacaaaaa |
29707452 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 12 - 563
Target Start/End: Original strand, 42092950 - 42093510
Alignment:
| Q |
12 |
ataatactataaagcatagtcataagaaagtataatgcacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaact |
111 |
Q |
| |
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||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |
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|
| T |
42092950 |
ataatacagtaaagtatagtcataagaaggtataatatatttaagtctatttcactatgtttaattgaatcttgacaacatgtgctgcagtggaaaaact |
42093049 |
T |
|
| Q |
112 |
atatagctgatatcataaatttgtttcannnnnnnc-tacttaaattggatgtaacagctgcagggcaattgacac--atgttcttaattgtaacagatg |
208 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
42093050 |
ataaagctgatggtataaatttgtttcatttttttcctactgaaattggatgtaacagccacagggcaattgatactcatgtgcctaattgtaacatatg |
42093149 |
T |
|
| Q |
209 |
cagga--tgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactgtttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataagggagaa-taatattcc |
305 |
Q |
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| T |
42093150 |
catgaactcaaaattgatagcatttgaagtacataattgaagcactatttttcttatatgcaaagaattgagaaagttcataagggacaaatgatattcc |
42093249 |
T |
|
| Q |
306 |
aaatctcataattatgagaattgatctcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagatagcatatcaaagactatactcatacc |
405 |
Q |
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| T |
42093250 |
aaatctcataattatgagaaatgaactcagatgcaggaactcaaaattgatagcataagaagtaacaaatagatagcatatcaaagac--tacttctacc |
42093347 |
T |
|
| Q |
406 |
gaagataatgataatatttcctcaatac----ccaacttggtagcag-aaagtacacaaggcaaataataagagtacatctcacaatttgttgattactt |
500 |
Q |
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| T |
42093348 |
aaagataatgataatttttccttaatacccaaccaacttggtagcagaaaagtacataaggcaactaataaaaggacatctcacaatttgttgattactt |
42093447 |
T |
|
| Q |
501 |
tatcatcaaatcactaaagtggtaaaaagtacacacaaccaaaagagtacatttctcaactca |
563 |
Q |
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| T |
42093448 |
aatcatcaaatcacttaagtgcttaaaagtacaactaaccaaaacagtacatttctcaactca |
42093510 |
T |
|
Back To:
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