View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8180A_low_32 (Length: 407)

Name: NF8180A_low_32
Description: NF8180A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8180A_low_32
NF8180A_low_32
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (14-407)||(2905999-2906392)
chr8 (14-407)||(2853971-2854364)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 2906392 - 2905999
Alignment:
Q  14 gatggacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2906392 gatgaacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 2906293  T
Q  114 aatccccttctcattcccctattggtggtggcggtggagagcggcgcgttcaattcggcacagttgtggaggtgggagatgaatttggtggcggcagcga 213  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2906292 aatccccttctcattcccctgttggtggcggcggtggagagcgtcgtgttcaattcggcacagttgtggaggtgggagatgaatttggtggcggcagcga 2906193  T
Q  214 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacattagtctaga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2906192 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacactagtctaga 2906093  T
Q  314 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtgatgatga 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2906092 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtgatgatga 2905999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 2854364 - 2853971
Alignment:
Q  14 gatggacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854364 gatgaacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 2854265  T
Q  114 aatccccttctcattcccctattggtggtggcggtggagagcggcgcgttcaattcggcacagttgtggaggtgggagatgaatttggtggcggcagcga 213  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| | || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854264 aatccccttctcattcccctgttggtggtggcggtgaggagtgtcgggttcaatttggcacagttgtggagatgggagatgaatttggtggcggcagcga 2854165  T
Q  214 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacattagtctaga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2854164 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacactagtctaga 2854065  T
Q  314 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtgatgatga 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854064 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtgatgatga 2853971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University