View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8185_high_1 (Length: 900)

Name: NF8185_high_1
Description: NF8185
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8185_high_1
NF8185_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-900)||(52761117-52761999)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 843; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 843; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 900
Target Start/End: Original strand, 52761117 - 52761999
Alignment:
Q  18 ccttcaacagatggttgttgaacttcaagctctctctggcgagttgctgcactaatttgtgccgaagagaaaaactccccaacctaaaatggtaaaaaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761117 ccttcaacagatggttgttgaacttcaagctctctctggcgagttgctgcactaatttgtgccgaagagaaaaactccccaacctaaaatggtaaaaaca 52761216  T
Q  118 aataaggaattataaacttgaatctaattgtcttctctaaacacaaacaattaaatatcaacagcttagtgatggtttaggtgaacattaaaaactatac 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  52761217 aataaggaattataaacttgaatctaattgtcttctctaaacacaaacaattaaatatcaacagcttggtgatggtttaggtgaactttaaaaactatac 52761316  T
Q  218 cttctctaaaacaagcttgtactctataagttcattataagtgtgctgcaacttctcattgtttgaattaatctcaattagctcagcttcaagttctgct 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52761317 cttctctaaaacaagcttgtactctataagttcattataagtgtgctgcaacttctcattgtttgaattaatctcaattagctcggcttcaagttctgct 52761416  T
Q  318 agtttaacctatatccatgaagaaaaattgtgttgcatggcaatgctatcttaaatgtacggtagaaaagatatgaaaattttaaaaacacctgacaacc 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761417 agtttaacctatatccatgaagaaaaattgtgttacatggcaatgctctcttaaatgtacggtagaaaagatatgaaaattttaaaaacacctgacaacc 52761516  T
Q  418 tccaatttttctagatcaatagaaccatctctcgttgaccatgttgacggagatatatttgcctttttcatttgctccttaaataaacgcaacttacggg 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  52761517 tccaatttttctagatcaatagaaccatctcttgttgaccatgttgacggagatatatttgcctttttcatttgctccttaaataaacgcaacttacgcg 52761616  T
Q  518 acatttccccacatcttttaacctatttgataaaaccgtaagctttccaatctggtctagtaaatcagttgtgtaaaatgtctcataataaaaatgttag 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761617 acatttccccacatcttttaacctatttgataaaaccgtaagctttccaatctggtctagtaaatcagttgtgtaaaatgtctcataataaaaatgttag 52761716  T
Q  618 cagaattagatttcatgataatgatagattttggtcaaatttccaaatgaaaatcaaaagaagcatttaattgctttggagttcaatacacaatcatttg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52761717 cagaattagatttcatgataatgatagatcttggtcaaatttccaaatgaaaatcaaaagaagcatttaattgttttggagttcaatacacaatcatttg 52761816  T
Q  718 aaattgaggagtctcaacctttttaaatgcatacatagatgttataggtacctgtgaagcgtaggtctgttggaatgggcttttatcttcattaagctga 817  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761817 aaattgaagagtctcaacctttttaaatgcatacatagatgttataggtacctgtgaagcgtaggtctgttggaatgggcttttatcttcattaagctga 52761916  T
Q  818 agaattgatttaaacaagatttatcaatgtagtatataaataatgctaattcagatagatgaagaacatctcaacattatgga 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761917 agaattgatttaaacaagatttatcaatgtagtatataaataatgctaattcagatagatgaagaacatctcaacattatgga 52761999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University