View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8185_low_1 (Length: 1121)

Name: NF8185_low_1
Description: NF8185
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8185_low_1
NF8185_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-1105)||(1091638-1092733)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (768-825)||(48836045-48836102)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1065; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1065; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1105
Target Start/End: Complemental strand, 1092733 - 1091638
Alignment:
Q  10 gagtttggtgttctaaaatatttatagttgatgtcttgagattttgcattttgcaagtgtttgtgatatagttctctttctatcacaggagatatggaat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092733 gagtttggtgttctaaaatatttatagttgatgtcttgagattttgcattttgcaagtgtttgtgatatagttctctttctatcacaggagatatggaat 1092634  T
Q  110 tcaagcagaacaagtatttgcctgctgaaaagcaggttgtgactgctgatcctgacgtaacttcggtaagtattgctttgtgtattatgcactacaaaga 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092633 tcaagcagaacaagtatttgcctgctgaaaagcaggttgtgactgctgatcctgacgtaacttcggtaagtattgctttgtgtattatgcactacaaaga 1092534  T
Q  210 agataagacttgtagctgtttattctctgttttatttgctatattgatnnnnnnnnntatttctgttggaaatatataacttgatttatactatttgggc 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092533 agataagacttgtagctgtttattctctgttttatttgctatattgataaaaaaatatatttctgttggaaatatataacttgatttatactatttgggc 1092434  T
Q  310 atcgttcatatgctccatgatagttttgttctctattttcctcgctttaatttgaatttgtttacttattttatttatgtgcgataggttgagctttgca 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092433 atcgttcatatgctccatgatagttttgttctctattttcctcgctttaatttgaatttgtttacttattttatttatgtgcgataggttgagctttgca 1092334  T
Q  410 aagatgatgagtttcttgtgatagcttgtgatgggatatggtatgttatatagatgacaaatgttccctttttattatgtattctcagttctcactttaa 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092333 aagatgatgagtttcttgtgatagcttgtgatgggatatggtatgttatatagatgacaaatgttccctttttattatgtattctcagttctcactttaa 1092234  T
Q  510 tttacttctgtataacttctttatgtgtctagggattgcatgtccagccagcagcttgtggacttcatacatggccagttaaagacggtaagttttcgat 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092233 tttacttctgtataacttctttatgtgtctagggattgcatgtccagccagcagcttgtggacttcatacatggccagttaaagacggtaagttttcgat 1092134  T
Q  610 tatcaccttgtttactgtacagatagacatatcttgaatgtagcattcacatggctccaattatagaatctggttgttacatttacatcaaatcatgatt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092133 tatcaccttgtttactgtacagatagacatatcttgaatgtagcattcacatggctccaattatagaatctggttgttacatttacatcaaatcatgatt 1092034  T
Q  710 atgcaggagaataaactttctgtggtttgtgagaaagtattcgataggtgcttgggaccaacagctggtggtgagggatgtgataacatgaccatgatct 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092033 atgcaggagaataaactttctgtggtttgtgagaaagtattcgataggtgcttggcaccaacagctggtggtgagggatgtgataacatgaccatgatct 1091934  T
Q  810 tgattcagttcaaaaatcctctgacttcagatgcttctgtcacagaccagcctgagtcatctgttcaacccactccattacctccggcacaacagtctga 909  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1091933 tgattcagttcaaaaatcctctgacttcagatgcttctgtcacagaccagcctgagtcatctgttcaacccactccattacctccggcacaacagtctga 1091834  T
Q  910 atctgacagaaagttagattaagtagaattgaagtgagagaatttcagactcaggcagatggtcgtcaatttctgactgcatgttgaagcattagtgagg 1009  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1091833 atctgacagaaagttagattaagtagaattgaagtgagagaatttcagactcaggcagatggtcgtcaatttctgactgcatgttgaagcattagtgagg 1091734  T
Q  1010 ggaggtggttcatggctactatatttccagatttcagattcctgtcgttaatcctcgattgaggattgtaaatttgtgacaaactgctagttcatg 1105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1091733 ggaggtggttcatggctactatatttccagatttcagattcctgtcgttaatcctcgattgaggattgtaaatttgtgacaaactgctagttcatg 1091638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 768 - 825
Target Start/End: Original strand, 48836045 - 48836102
Alignment:
Q  768 caacagctggtggtgagggatgtgataacatgaccatgatcttgattcagttcaaaaa 825  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  48836045 caactgctggtggcgaaggatgtgataacatgaccatgatcttggtgcagttcaaaaa 48836102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University