View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8186_high_10 (Length: 429)

Name: NF8186_high_10
Description: NF8186
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8186_high_10
NF8186_high_10
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-410)||(3762512-3762921)
chr4 (2-410)||(3776593-3776995)
chr4 (3-410)||(3780906-3781307)
chr4 (3-410)||(3751533-3751934)
chr4 (2-405)||(3745721-3746118)
chr4 (8-410)||(3755400-3755793)
chr4 (8-264)||(3771304-3771551)
chr4 (12-410)||(3766928-3767314)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (68-264)||(25985274-25985461)
chr7 (302-394)||(25985499-25985591)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 3762921 - 3762512
Alignment:
Q  1 tgaagaaacttttgattttgttcgtccaatagaccgcaagttgttaggcctaaacaagaaggaaaaactaagccattttagattctactggcacgacata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3762921 tgaagaaacttttgattttgttcgtccaatagaccgcaagttgttaggcctaaacaagaaggaaaaactaagccattttagattctactggcatgacata 3762822  T
Q  101 ctaagtggaaataaccctacaacaattacaattgttcaaccaccattgaaactacactcaaccggccttaatgcttttggtttagtccgcatgattgaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3762821 ctaagtggaaataaccctacaacaattacaattgttcaaccaccattgaaactacactcaaccggccttaatgcttttggtttagtccgcatgattgaca 3762722  T
Q  201 accctttgactttaggaccagaactgagttctaaacttgttggaaaagctcaaggattctatgcatctgcatcacaggaagaaatagtttttcttgtgac 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  3762721 accctttgactttaggacccgaactgagttctaaacttgttggaagagctcaaggattctatgcatctgcatcacaggaagaaataggttttcttatgac 3762622  T
Q  301 aatgaattttgctttgattgaagtaaagtataatggaaggactatgactatcttggggaggaatccagctcttaataaggttagggagatgcctgttgtt 400  Q
    | ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3762621 agtgaattttgctttcattgaaggaaagtataatggtagtactattactatcttggggaggaatccagctcttaataaggttagggagatgcctgttgtt 3762522  T
Q  401 ggtggcagtg 410  Q
    ||||||||||    
T  3762521 ggtggcagtg 3762512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 2 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 3776995 - 3776593
Alignment:
Q  2 gaagaaacttttgattttgttcgtccaatagaccgcaagttgttaggcctaaacaagaaggaaaaactaagccattttagattctactggcacgacatac 101  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| || ||||| ||||||     
T  3776995 gaagatacctttgattttgttcgtccaatagatcgcaagttgttaggcctaaacaagaaggaaaagctaagtcatttcaaattatattggcatgacatag 3776896  T
Q  102 taagtggaaataaccctacaacaattacaattgttcaaccaccattgaaactacactcaaccggccttaatgcttttggtttagtccgcatgattgacaa 201  Q
    | |||||||| || || ||  |  || ||||||||| |||| |||  ||| || ||||||||      | |  ||||||||||||  |||||||||||||    
T  3776895 ttagtggaaaaaatccaacttcggttgcaattgttccaccatcatcaaaagtaaactcaacc------actttttttggtttagttagcatgattgacaa 3776802  T
Q  202 ccctttgactttaggaccagaactgagttctaaacttgttggaaaagctcaaggattctatgcatctgcatcacaggaagaaatagtttttcttgtgaca 301  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  3776801 ccctttaactttaggacccgaattgagttctaaacttgttggtagagctcaaggattctatgcatctgcttcacaggaagaaataggttttcttatgaca 3776702  T
Q  302 atgaattttgctttgattgaagtaaagtataatggaaggactatgactatcttggggaggaatccagctcttaataaggttagggagatgcctgttgttg 401  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || || || |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3776701 atgaattttgctttcattgaaggaaagtataatggtagtaccattactatcttggggaggaatcatgctcgtaataaggttagggaaatgcctgttgttg 3776602  T
Q  402 gtggcagtg 410  Q
    |||| ||||    
T  3776601 gtggtagtg 3776593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 3 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 3781307 - 3780906
Alignment:
Q  3 aagaaacttttgattttgttcgtccaatagaccgcaagttgttaggcctaaacaagaaggaaaaactaagccattttagattctactggcacgacatact 102  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |  |    
T  3781307 aagacactttcgattttgttcgtccgatagatcgcaaattgttaggcctaaacaagaaagaaaagctaagtcatttcagattctattggcatgacgtctt 3781208  T
Q  103 aagtggaaataaccctacaacaattacaattgttcaaccaccattgaaactacactcaaccggccttaatgcttttggtttagtccgcatgattgacaac 202  Q
     |||||||| || || ||  |  || ||||| ||| |||| |||  ||| || ||||||||  |      ||||||||||| ||   |||||||||||||    
T  3781207 gagtggaaaaaatccaacttcggttgcaattattccaccatcatcaaaagtaaactcaaccacc------gcttttggtttggttaacatgattgacaac 3781114  T
Q  203 cctttgactttaggaccagaactgagttctaaacttgttggaaaagctcaaggattctatgcatctgcatcacaggaagaaatagtttttcttgtgacaa 302  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||||||| ||||||    
T  3781113 cctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaagagctcaaggattctatgcatctgcttcacaagaagaactaggttttcttatgacaa 3781014  T
Q  303 tgaattttgctttgattgaagtaaagtataatggaaggactatgactatcttggggaggaatccagctcttaataaggttagggagatgcctgttgttgg 402  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||| | |||||| | ||||||||||| ||  |||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  3781013 tgaattttgctttcattgaaggaaagtataatggtagtactcttactatcgtagggaggaatcctgccattaatttggttagggagatgcctgttgttgg 3780914  T
Q  403 tggcagtg 410  Q
    ||| ||||    
T  3780913 tggtagtg 3780906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 3 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 3751934 - 3751533
Alignment:
Q  3 aagaaacttttgattttgttcgtccaatagaccgcaagttgttaggcctaaacaagaaggaaaaactaagccattttagattctactggcacgacatact 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||  |    
T  3751934 aagaaacttttgattttgttcgtccaatagaccgcaaattgttaagcctaaacaagaaagaaaaactaagtcatttcagattctattggcatgatatctt 3751835  T
Q  103 aagtggaaataaccctacaacaattacaattgttcaaccaccattgaaactacactcaaccggccttaatgcttttggtttagtccgcatgattgacaac 202  Q
     ||||| || || || ||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||   ||||    |||||||| ||||  |||| ||||  ||    
T  3751834 gagtgggaaaaatcccactgcaattacaattgttccaccaccattgaagctaaacacaacca--ctta----ttttggttcagtcaacatgtttgatgac 3751741  T
Q  203 cctttgactttaggaccagaactgagttctaaacttgttggaaaagctcaaggattctatgcatctgcatcacaggaagaaatagtttttcttgtgacaa 302  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  | | ||||||  || | |    
T  3751740 cctttgactataggaccacaattgagttctaagcttgttggaaaagctcaaggtttctatgcatctgcatcacaagatgattttggttttctcatggcta 3751641  T
Q  303 tgaattttgctttgattgaagtaaagtataatggaaggactatgactatcttggggaggaatccagctcttaataaggttagggagatgcctgttgttgg 402  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||||||||| || || || |||||||||||||||||| | | | ||||||||| ||| ||||||||| || ||||    
T  3751640 tgaactttgctttcattgaaggaaagtataatggtagtacaattactatcttggggaggaattctggtattaataaggctagagagatgcctattattgg 3751541  T
Q  403 tggcagtg 410  Q
    ||| ||||    
T  3751540 tggtagtg 3751533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 3746118 - 3745721
Alignment:
Q  2 gaagaaacttttgattttgttcgtccaatagaccgcaagttgttaggcctaaacaagaaggaaaaactaagccattttagattctactggcacgacatac 101  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||  |||||||||  | ||||| ||||| ||||| |||||||  ||||| |||||      
T  3746118 gaagaaacttatgattttgttcgttcaatagaccccaaattgttacacctaaacaaccaagaaaagctaagtcatttcagattcttttggcatgacatca 3746019  T
Q  102 taagtggaaataaccctacaacaattacaattgttcaaccaccattgaaactacactcaaccggccttaatgcttttggtttagtccgcatgattgacaa 201  Q
    | |||||||| ||||||||  |||||||| |||| | || ||||||||| ||| || ||||      || | ||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  3746018 tgagtggaaaaaaccctacttcaattacagttgtaccactaccattgaagctaaacacaac------tacttcttttggtttagtcaacattattgacaa 3745925  T
Q  202 ccctttgactttaggaccagaactgagttctaaacttgttggaaaagctcaaggattctatgcatctgcatcacaggaaga-aatagtttttcttgtgac 300  Q
    |||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||   |||||| | |  || |    
T  3745924 ccctttaactttaggaccaaaaatgagttctaagcttgttggaaaagctcaagggttgtatgcatctgcatcaaaggatgagtttagtttgt-tcatggc 3745826  T
Q  301 aatgaattttgctttgattgaagtaaagtataatggaaggactatgactatcttggggaggaatccagctcttaataaggttagggagatgcctgttgtt 400  Q
     |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  3745825 tatgacttttgctttcattgaaggaaagtataatgggagtactattactatcttggggagaaattctgctcttaataaggttagggaaatgcctattgtt 3745726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 3755793 - 3755400
Alignment:
Q  8 acttttgattttgttcgtccaatagaccgcaagttgttaggcctaaacaagaaggaaaaactaagccattttagattctactggcacgacatactaagtg 107  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||    
T  3755793 acttttgaatttgttcgtcctatagaccgcaaattattaagcctaaa---gaaggaaaaactaagtcatttcagattctactggcacgacatagtgagtg 3755697  T
Q  108 gaaataaccctacaacaattacaattgttcaaccaccattgaaactacactcaaccggccttaatgcttttggtttagtccgcatgattgacaacccttt 207  Q
    |||| ||||||||  || || || |||| | ||||||| |||||||| ||||||||      | ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  3755696 gaaaaaaccctacttcagttgcagttgtcccaccaccaatgaaactaaactcaacc------actgcctttggttcagtccgcatgatcgacaacccttt 3755603  T
Q  208 gactttaggaccagaactgagttctaaacttgttggaaaagctcaaggattctatgcatctgcatcacaggaagaaatagtttttcttgtgacaatgaat 307  Q
     |||||||||||| |  ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | || ||| | | ||| ||| || | ||||||    
T  3755602 aactttaggaccacagttgaattctaagattgttggaaaagctcaaggattctatgcatctgcatgcaaagatgaagttgatttgcttatggctatgaat 3755503  T
Q  308 tttgctttgattgaagtaaagtataatggaaggactatgactatcttggggaggaatccagctcttaataaggttagggagatgcctgttgttggtggca 407  Q
    |||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||  | ||||| ||||| |||||| | | | || |||| ||||| |||||||||||  ||||||| |    
T  3755502 tttgcttttactgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctgtgattggtggta 3755403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 8 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 3771551 - 3771304
Alignment:
Q  8 acttttgattttgttcgtccaatagaccgcaagttgttaggcctaaacaagaaggaaaaactaagccattttagattctactggcacgacatactaagtg 107  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||   ||||    
T  3771551 acttttgaatttgttcgtcctatagaccgcaaattattaagcctaaa---gaaggaaaaactaagtcatttcagattctactggcacgagatagcgagtg 3771455  T
Q  108 gaaataaccctacaacaattacaattgttcaaccaccattgaaactacactcaaccggccttaatgcttttggtttagtccgcatgattgacaacccttt 207  Q
    |||| |||||| |  |  | | |||||||| ||||||| |||||||| || |||||      | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  3771454 gaaaaaaccctccttcggtaataattgttccaccaccaatgaaactaaacacaacc------actgcttttggttcagtccgcatgatcgacaacccttt 3771361  T
Q  208 gactttaggaccagaactgagttctaaacttgttggaaaagctcaaggattctatgc 264  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  3771360 aactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaatctcaagggttcgatgc 3771304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 3767314 - 3766928
Alignment:
Q  12 ttgattttgttcgtccaatagaccgcaagttgttaggcctaaacaagaaggaaaaactaagccattttagattctactggcacgacatactaagtggaaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| || ||||| |||||| | ||||||||    
T  3767314 ttgattttgttcgtccaatagatcgcaagttgttaggcctaaacaagaaggaaaagctaagtcatttcaaattttattggcatgacatagtgagtggaaa 3767215  T
Q  112 taaccctacaacaattacaattgttcaaccaccattgaaactacactcaaccggccttaatgcttttggtttagtccgcatgattgacaaccctttgact 211  Q
     ||||||||  | ||   | || ||| |||| |||| |||||     ||||       | ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||    
T  3767214 aaaccctacttctatcgtagttattccaccatcatt-aaact----ccaac-------actgcctttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaact 3767127  T
Q  212 ttaggaccagaactgagttctaaacttgttggaaaagctcaaggattctatgcatctgcatcacaggaagaaatagtttttcttgtgacaatgaattttg 311  Q
    ||||||||| |  ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | || ||| | | ||| ||| || | ||||||||||    
T  3767126 ttaggaccacagttgaattctaagattgttggaaaagctcaaggattctatgcatctgcatgcaaagatgaagttgatttgcttatggctatgaattttg 3767027  T
Q  312 ctttgattgaagtaaagtataatggaaggactatgactatcttggggaggaatccagctcttaataaggttagggagatgcctgttgttggtggcagtg 410  Q
    |||| | ||||| ||||||||||||||| ||  | ||||| ||||| |||||| | | | || |||| ||||| |||||||||||  ||||||| ||||    
T  3767026 cttttactgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgtttttcataaagttagagagatgcctgtgattggtggtagtg 3766928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 68 - 264
Target Start/End: Original strand, 25985274 - 25985461
Alignment:
Q  68 ctaagccattttagattctactggcacgacatactaagtggaaataaccctacaacaattacaattgttcaaccaccattgaaactacactcaaccggcc 167  Q
    ||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||||||| |||||| |  ||||  ||||||||| |||||| ||||||    ||||||||        
T  25985274 ctaagccatttaaaattctattggcatgacatagttagtggaaacaacccttcttcaataccaattgttccaccacctttgaaaa---actcaacc---- 25985366  T
Q  168 ttaatgcttttggtttagtccgcatgattgacaaccctttgactttaggaccagaactgagttctaaacttgttggaaaagctcaaggattctatgc 264  Q
      | |||||||||||||||   ||||||||| |||||||| || ||||||||  || ||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  25985367 --actgcttttggtttagttaacatgattgagaaccctttaaccttaggacctcaattgagttccaaattggttggaaaagcacaaggattctatgc 25985461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 302 - 394
Target Start/End: Original strand, 25985499 - 25985591
Alignment:
Q  302 atgaattttgctttgattgaagtaaagtataatggaaggactatgactatcttggggaggaatccagctcttaataaggttagggagatgcct 394  Q
    |||||||||||| | |||||||  ||||| ||||| || || || ||||| |||||||||||||| | |  | ||||||||||||| ||||||    
T  25985499 atgaattttgctataattgaagggaagtacaatggtagcaccatcactattttggggaggaatcctgtttctgataaggttagggaaatgcct 25985591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University