View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8186_low_11 (Length: 436)

Name: NF8186_low_11
Description: NF8186
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8186_low_11
NF8186_low_11
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (10-421)||(11544589-11544997)
chr8 (240-421)||(11563554-11563732)
chr8 (124-255)||(11563776-11563908)
chr8 (37-283)||(22688996-22689245)
chr8 (10-210)||(22655715-22655915)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (33-418)||(39191158-39191552)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (212-340)||(16793979-16794107)
chr5 (34-191)||(9815577-9815734)
chr5 (34-191)||(26354345-26354502)
chr5 (336-421)||(16799068-16799153)
chr5 (51-200)||(38434998-38435147)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (34-280)||(24839303-24839549)
chr3 (10-279)||(19956603-19956872)
chr3 (10-200)||(26653667-26653857)
chr3 (34-279)||(19858615-19858860)
chr3 (35-204)||(19838937-19839106)
chr3 (10-281)||(19819079-19819350)
chr3 (34-194)||(20015616-20015776)
chr3 (34-281)||(26647547-26647794)
chr3 (32-282)||(19832411-19832661)
chr3 (51-279)||(19854060-19854288)
chr3 (37-210)||(19951670-19951843)
chr3 (35-143)||(20036069-20036177)
chr3 (16-165)||(19812808-19812957)
chr3 (34-143)||(19944260-19944369)
chr3 (37-169)||(20033774-20033906)
chr3 (10-143)||(20046639-20046772)
chr3 (52-204)||(19849557-19849709)
chr3 (53-283)||(19990087-19990317)
chr3 (176-280)||(19948509-19948613)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (37-210)||(1717766-1717939)
chr1 (34-141)||(38483516-38483621)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (52-141)||(12581822-12581911)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (64-104)||(6397284-6397324)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 421
Target Start/End: Original strand, 11544589 - 11544997
Alignment:
Q  10 aagaaggatttggataacaatgttctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagag 109  Q
    ||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11544589 aagaaggatttggataaaaaaaatctctcatttgttatgtcattgagagtttccgagctagttggttttgagtctattgagcaatatcttccacatagag 11544688  T
Q  110 ttgctatgcaatttagaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatc 209  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11544689 ttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatc 11544788  T
Q  210 taatgcaagtttattcattccatctagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtggaagagaagtgcaggttcatcaacatgtaca 309  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11544789 tgatgcaagtttattcattccatctagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtggaagagaagtgcaggttcatcaacatgtaca 11544888  T
Q  310 gctcatgctgagattccacttgagtttcttcctcctaaacttgttacttttggaaagtcttgtgactatagttcaaaatctaagaagggagatgatattg 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||    
T  11544889 gctcatgctgagattccacttgagtttcttcatcctaaacttgttacttttggaaagccttgtgactatagttcaaaagct---aagggagatgatattg 11544985  T
Q  410 ttgatggtgatg 421  Q
    ||||||||||||    
T  11544986 ttgatggtgatg 11544997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 240 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 11563732 - 11563554
Alignment:
Q  240 ttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtggaagagaagtgcaggttcatcaacatgtacagctcatgctgagattccacttgagtttctt 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11563732 ttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacatggtggaagagaagtgcaggttcatcaacatgtacagctcatgctgagattccacttgagtttctt 11563633  T
Q  340 cctcctaaacttgttacttttggaaagtcttgtgactatagttcaaaatctaagaagggagatgatattgttgatggtgatg 421  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11563632 catcctaaacttgttacttttggaaagccttgtgactatagttcaaaagct---aagggagatgatattgttgatggtgatg 11563554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 124 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 11563908 - 11563776
Alignment:
Q  124 agaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctaatgcaagtttat 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11563908 agaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctgatgcaagtttat 11563809  T
Q  224 tcattccatctagat-tttttgatgccggtgtt 255  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  11563808 tcattccatctagatgatattgatgccggtgtt 11563776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 37 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 22689245 - 22688996
Alignment:
Q  37 tcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatcaag 136  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  22689245 tcatttgttatatgcttgagagtttctgagctagttggatttgagtctatagagcaatatctaccacatagagttgctaggcagtttggaatggatcaag 22689146  T
Q  137 atgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctaatgcaagtttat-tca--ttccatc 233  Q
    ||||||| | || |||  |||||||||   ||| | |  ||||||||||| ||||||| |||||||| || ||| || ||||||||| | |  |||||||    
T  22689145 atgttcctggttatgtctctagattcagaaagactaatgccattgcttgggaaaattattgcagacctttttctgatacaagtttatattattttccatc 22689046  T
Q  234 tagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtggaaga 283  Q
     ||||||||  | || |||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  22689045 cagatttttcaaggctggtgttaccacttgttatgcaaagtggtggaaga 22688996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 10 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 22655915 - 22655715
Alignment:
Q  10 aagaaggatttggataacaatgttctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagag 109  Q
    ||||||||||||||||  ||  |||||||||||||| | |  ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||  |||||||||||| |||||    
T  22655915 aagaaggatttggatacaaaaattctctcatttgttgtatgtttgagggtttctgagcttgttggatttgagtctatagaaaaatatcttccacgtagag 22655816  T
Q  110 ttgctatgcaatttagaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatc 209  Q
    || ||||||||||| |||| |||||||||||||| | || |||  |||| |||||||||| | ||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  22655815 tttctatgcaatttggaattgatcaagatgttccgggttatgtagctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcagacccatatc 22655716  T
Q  210 t 210  Q
    |    
T  22655715 t 22655715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 33 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 39191552 - 39191158
Alignment:
Q  33 tctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggat 132  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39191552 tctctcatttgttatgtcattgagagtttcggagctagttggttttgagtctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggat 39191453  T
Q  133 caagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctaatgcaagtttattcattccat 232  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||    
T  39191452 caagatgttccagattgtgtgcctagattcaatgagactgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctgaaacaagtttatacattccat 39191353  T
Q  233 ctagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtggaagagaagtgcaggttcatcaacatgtacagctcatgctgagattccacttga 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39191352 ctagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggttgaagagaagtgcatgttcatcaacatgtacagatcatgctgagattccacttga 39191253  T
Q  333 gtttcttcctcctaaact---------tgttacttttggaaagtcttgtgactatagttcaaaatctaagaagggagatgatattgttgatggtg 418  Q
    ||||| ||||||||| ||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39191252 gtttcctcctcctaatcttgttggcactgttacttttggaaagtcttgtgactatagttcaaaagctaagaagggagatgatattgctgatggtg 39191158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 8e-62; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 212 - 340
Target Start/End: Original strand, 16793979 - 16794107
Alignment:
Q  212 atgcaagtttattcattccatctagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtggaagagaagtgcaggttcatcaacatgtacagc 311  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16793979 atgcaagtttattcattccatctacatttttttatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtggaagagaagtgcaggttcatcaacatgtacagc 16794078  T
Q  312 tcatgctgagattccacttgagtttcttc 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794079 tcatgctgagattccacttgagtttcttc 16794107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 34 - 191
Target Start/End: Original strand, 9815577 - 9815734
Alignment:
Q  34 ctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatc 133  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  9815577 ctctcatttgttatatgcttgagagtttccgagcttgttggattcgactctatagagcagtatttgccacatagagttgctatgcaatttgaaatggatc 9815676  T
Q  134 aagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaa 191  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||  ||| |||||||||||    
T  9815677 aagatgttccaacttatgtgcctagattcaatgagactaaactcatggcttggaaaaa 9815734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 34 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 26354502 - 26354345
Alignment:
Q  34 ctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatc 133  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26354502 ctctcatttgttatatgcctgagagtttctgagcttgttggatttgactctatagagcagtatttgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatc 26354403  T
Q  134 aagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaa 191  Q
    |||||||||||  || |||||||||||| ||||||| | ||  |||||||||||||||    
T  26354402 aagatgttccaagttatgtgcctagatttaatgagactaaattcattgcttggaaaaa 26354345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 336 - 421
Target Start/End: Original strand, 16799068 - 16799153
Alignment:
Q  336 tcttcctcctaaacttgttacttttggaaagtcttgtgactatagttcaaaatctaagaagggagatgatattgttgatggtgatg 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16799068 tcttcctcctaaacttgttacttttggaaagtcttgtgactatagttcaaaagctaagtagggagatgatattgttgatggtgatg 16799153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 51 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 38435147 - 38434998
Alignment:
Q  51 cttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatcaagatgttccagcttgt 150  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||  || |    
T  38435147 cttgagagtttcctagctaattggatttgactctattgaacaatatctaccacatagagatgctatgtaatttagaattgatcaagatgttccaagttat 38435048  T
Q  151 gtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcag 200  Q
    |||| ||| || ||||||| | || | ||||||| |||||| ||| ||||    
T  38435047 gtgcttaggttaaatgagactaaatcaattgcttagaaaaactaccgcag 38434998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 34 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 24839549 - 24839303
Alignment:
Q  34 ctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatc 133  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||  || | ||||    
T  24839549 ctctcatttgttatattcttgagagtttctgagctagttggatttgagtctatagaacaatatctaccacatagagttgctatgcaattcggatttgatc 24839450  T
Q  134 aagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctaatgcaagtttattcattccatc 233  Q
    |||||||||| | || |||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||   |||||||    
T  24839449 aagatgttcctggttatgtgtctagactcaatgagactaaagccattgcttggaaaaattactccagacccttatctgatacaagtttatattttccatc 24839350  T
Q  234 tagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtgga 280  Q
    ||||| |||||| || ||| ||||| ||||||| |||| ||||||||    
T  24839349 tagatattttgaggctggtattacctcacgttacgcaaagtggtgga 24839303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 19956603 - 19956872
Alignment:
Q  10 aagaaggatttggataacaatgttctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagag 109  Q
    ||||||||||||||||  ||  || ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19956603 aagaaggatttggatacaaaaattatctcatttgttatatgcttgagagtttccgagctggttggatttgagtctatagagcaatatcttccacatagag 19956702  T
Q  110 ttgctatgcaatttagaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatc 209  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||| | || |||  |||| |||||||||| | ||  ||||||||||||||| |||||||||||| |||     
T  19956703 ttgctatgcaatttggaattgatcaagatgttccgggttatgtagctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcagacccatata 19956802  T
Q  210 taatgcaagtttattcattccatctagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtgg 279  Q
    | ||  ||  || |   ||||| | ||||| ||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||    
T  19956803 tgataaaaacttgtattttccaccaagattatttgaggcagatgttaccacacgttatgcaaggtggtgg 19956872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 200
Target Start/End: Original strand, 26653667 - 26653857
Alignment:
Q  10 aagaaggatttggataacaatgttctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagag 109  Q
    ||||||||||||||||  ||  | |||||||||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26653667 aagaaggatttggatacaaacatgctctcatttgttatatgcttgagagttgctgagctagttggatttgagtctattgagcaatatcttccacatagag 26653766  T
Q  110 ttgctatgcaatttagaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcag 200  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  || |||| |||| |||||||||| | ||  |||||||||| |||| ||||||||    
T  26653767 ttgctatgcaatttggaattgaccaagatgttccaagttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttgggaaaactactgcag 26653857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 34 - 279
Target Start/End: Original strand, 19858615 - 19858860
Alignment:
Q  34 ctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatc 133  Q
    ||||||||| |||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | | ||||    
T  19858615 ctctcatttattatatgtttgagagtttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacatagagttgctatgcaatttgaatttgatc 19858714  T
Q  134 aagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctaatgcaagtttattcattccatc 233  Q
    |||||||||| | || |||| |||||||||||||   | ||  |||||||||||||||||||| ||||||||| | | || ||||||||| | ||| |||    
T  19858715 aagatgttcctggttatgtgtctagattcaatgaatctcaagtcattgcttggaaaaattactccagacccttttatgatacaagtttatactttcaatc 19858814  T
Q  234 tagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtgg 279  Q
    |||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| |||||||    
T  19858815 tagattttttgaggccgatattatcacatgttatgcaaagtggtgg 19858860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 19838937 - 19839106
Alignment:
Q  35 tctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatca 134  Q
    ||||||||||||| | | | |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  19838937 tctcatttgttatatgccttagagtttccgagcttgttggatttgagtctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaattcggaatggatca 19839036  T
Q  135 agatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagaccc 204  Q
    ||||||||||| || |||| |||| ||||||| || | ||  ||||||||||||||| || |||||||||    
T  19839037 agatgttccaggttatgtggctaggttcaatgtgactaaatacattgcttggaaaaactattgcagaccc 19839106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 281
Target Start/End: Original strand, 19819079 - 19819350
Alignment:
Q  10 aagaaggatttggataacaatgttctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagag 109  Q
    |||| |||||||||||  ||  |||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  19819079 aagatggatttggatacaaaaattctctcatttgttatatgtttgagagtttctgagcttgttggttttgagtccatagagcaatatcttccacatagag 19819178  T
Q  110 ttgctatgcaatttagaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatc 209  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||||| | || |||| |||| |||||||||| | ||  ||||||||||||||| |||||||| ||  ||||    
T  19819179 ttgctatgcagtttggaattgatcaagatgttcctggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcaggccaatatc 19819278  T
Q  210 taatgcaagtttattcattccatctagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtggaa 281  Q
    | ||  ||  || |   ||||| | ||||| ||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19819279 tgataaaaacttgtattttccaccaagattatttgaggcagatgttaccacacgttatgcaaggtggtggaa 19819350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 34 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 20015776 - 20015616
Alignment:
Q  34 ctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatc 133  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  20015776 ctctcatttgttatatgcttaagagtttccgagcttgttggatttgactctatagagcagtatttgccacacagagttgctatgcaatttggaatggatc 20015677  T
Q  134 aagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaatta 194  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||| ||||    
T  20015676 aagatgttccaggtgatgtgcctagattcaatgagactaaaatcactgcttggaaatatta 20015616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 34 - 281
Target Start/End: Original strand, 26647547 - 26647794
Alignment:
Q  34 ctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatc 133  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26647547 ctctcatttgttatatgcttgagagtttctgagcttgttggattcgactctatagaacagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatc 26647646  T
Q  134 aagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctaatgcaagtttattcattccatc 233  Q
    ||||||||||   |  ||||||| |||||||||||| | ||  ||||||||||||||| ||||| |||| | ||||| ||   ||||| |   | |||||    
T  26647647 aagatgttccgagtgatgtgcctcgattcaatgagactaaagacattgcttggaaaaactactgtagacgcatatctgataggagtttgtatttcccatc 26647746  T
Q  234 tagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtggaa 281  Q
     ||||||||||| || | |||||| || |||||||||| |||||||||    
T  26647747 gagattttttgaggcagatgttactacccgttatgcaaggtggtggaa 26647794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 32 - 282
Target Start/End: Original strand, 19832411 - 19832661
Alignment:
Q  32 ttctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatgga 131  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||    
T  19832411 ttctctcatttgttatatgtttgagagtttctgagcttgttggttttgagtccatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcagattggaattga 19832510  T
Q  132 tcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctaatgcaagtttattcattcca 231  Q
    |||||||||||| | || |||| |||| |||||||||| | ||  ||||||||||||||| |||||||| ||  ||||| ||  ||  || |   |||||    
T  19832511 tcaagatgttcctggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcaggccaatatctgataaaaacttgtattttcca 19832610  T
Q  232 tctagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtggtggaag 282  Q
     | ||||| ||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19832611 ccaagattatttgaggcagatgttaccacacgttatgcaaggtggtggaag 19832661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 51 - 279
Target Start/End: Original strand, 19854060 - 19854288
Alignment:
Q  51 cttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatcaagatgttccagcttgt 150  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||||||| | || |    
T  19854060 cttgagagtttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacatagagttgctaggcaatttggatttgatcaagatgttcctggttat 19854159  T
Q  151 gtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctaatgcaagtttattcattccatctagattttttgatgccg 250  Q
    ||| | ||| ||||||||| | ||  |||||| ||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||   |||||||||| | |||| | || |    
T  19854160 gtgtccagactcaatgagactcaagtcattgcatggaaaaattacaccagacccttatctgatacaagtttatattttccatctaggtcttttaaagctg 19854259  T
Q  251 gtgttaccacacgttatgcaacgtggtgg 279  Q
    ||||||||||  |||||| || |||||||    
T  19854260 gtgttaccacttgttatgaaaagtggtgg 19854288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 37 - 210
Target Start/End: Original strand, 19951670 - 19951843
Alignment:
Q  37 tcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatcaag 136  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  19951670 tcatttgttatatgcttgagagtttctgagctagttggtatcgactctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttgcaatggatcaag 19951769  T
Q  137 atgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatct 210  Q
    |||||||   || ||||||||| |||||| | | | ||   |||||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  19951770 atgttccgagttatgtgcctaggttcaataaaactaaagtgattgcttggaaaaactactgcaggcccatatct 19951843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 35 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 20036177 - 20036069
Alignment:
Q  35 tctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatca 134  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  20036177 tctcatttgttatatgcttgagggtttctgagctggttggatttgagtctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgatca 20036078  T
Q  135 agatgttcc 143  Q
    |||||||||    
T  20036077 agatgttcc 20036069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 165
Target Start/End: Original strand, 19812808 - 19812957
Alignment:
Q  16 gatttggataacaatgttctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgcta 115  Q
    ||||| ||||||||  | |||||||||||||| | |||||||  ||| |||||||||||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19812808 gatttagataacaaaatgctctcatttgttatatgcttgagatgttctgagctagttggtatcgactctatagagcaatatcttccacatagagttgcta 19812907  T
Q  116 tgcaatttagaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaat 165  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||  || ||||||||| ||||||    
T  19812908 tgcaatttggaattgatcaagatgttccaagttatgtgcctaggttcaat 19812957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 143
Target Start/End: Original strand, 19944260 - 19944369
Alignment:
Q  34 ctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatc 133  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||  || | ||||    
T  19944260 ctctcatttgttatattcttgagagtttccgagctagttggatttgagtctatagaacaatatctaccatatagagttgctatgcaattcggatttgatc 19944359  T
Q  134 aagatgttcc 143  Q
    ||||||||||    
T  19944360 aagatgttcc 19944369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 37 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 20033906 - 20033774
Alignment:
Q  37 tcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatcaag 136  Q
    ||||||||||| | | ||||||| || |||| ||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20033906 tcatttgttatatgcatgagagtgtctgagcaagttggtatcgactctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaag 20033807  T
Q  137 atgttccagcttgtgtgcctagattcaatgaga 169  Q
    ||||||||  || ||||||||| ||||| ||||    
T  20033806 atgttccaagttatgtgcctaggttcaacgaga 20033774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 143
Target Start/End: Original strand, 20046639 - 20046772
Alignment:
Q  10 aagaaggatttggataacaatgttctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagag 109  Q
    ||||||||||||||||| ||  | || ||||||  ||| | | |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  20046639 aagaaggatttggataaaaaaatactttcattttctatatgcctgagagtttctgagcttgttggatttgagtctatagagcagtatcttccacatagag 20046738  T
Q  110 ttgctatgcaatttagaatggatcaagatgttcc 143  Q
    || ||||||||||| || | || |||||||||||    
T  20046739 tttctatgcaatttggacttgaccaagatgttcc 20046772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 52 - 204
Target Start/End: Original strand, 19849557 - 19849709
Alignment:
Q  52 ttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatcaagatgttccagcttgtg 151  Q
    ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||  || |||||||  ||||||||||||||||||||  || ||    
T  19849557 ttgagagtttctgagctcattggatttgagtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcggaatggatcaagatgttccaagttatg 19849656  T
Q  152 tgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagaccc 204  Q
    |||| || || ||||| | | ||  |||||||||| |||| || |||||||||    
T  19849657 tgccgaggttaaatgatactaaagacattgcttggcaaaactattgcagaccc 19849709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 53 - 283
Target Start/End: Original strand, 19990087 - 19990317
Alignment:
Q  53 tgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatcaagatgttccagcttgtgt 152  Q
    |||||||||| ||||| |||||| |||| | | | |  |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||  ||  ||    
T  19990087 tgagagtttctgagcttgttggaattgactttgtagttcaatatctcccacatagagttgctttgcaatttggaatggatcaagatattccaagttacgt 19990186  T
Q  153 gcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctaatg--caagtttattcattccatctagattttttgatgccg 250  Q
    |||||| |||||||||| |||| |  |||||||| |||| |||  ||| ||| ||||| |||  || || ||||  ||||||| || || ||||| || |    
T  19990187 gcctaggttcaatgagactgaatctgttgcttgggaaaactacaacaggcccatatctgatgaacatgtgtatt--ttccatcgaggttgtttgaggcag 19990284  T
Q  251 gtgttaccacacgttatgcaacgtggtggaaga 283  Q
     ||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  19990285 atgttaccactcgttatgcagagtggtggaaga 19990317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 176 - 280
Target Start/End: Original strand, 19948509 - 19948613
Alignment:
Q  176 ccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctaatgcaagtttattcattccatctagattttttgatgccggtgttaccacacgttatgcaacgtg 275  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||   ||||||||| ||||||||| || ||| ||||| | |||||||||| |||    
T  19948509 ccattgcttggaaaaattactccagacccttatctgatagaagtttatattttccatctaaattttttgaggctggtattaccgcgcgttatgcaaagtg 19948608  T
Q  276 gtgga 280  Q
    |||||    
T  19948609 gtgga 19948613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 37 - 210
Target Start/End: Original strand, 1717766 - 1717939
Alignment:
Q  37 tcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatcaag 136  Q
    ||||||||||| | ||||||||| || || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1717766 tcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaag 1717865  T
Q  137 atgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatct 210  Q
    ||||||||  |  |||||||||||||||||||  | || |||||||||||||| | |||||||| ||| |||||    
T  1717866 atgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatct 1717939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 141
Target Start/End: Original strand, 38483516 - 38483621
Alignment:
Q  34 ctctcatttgttatgtccttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatc 133  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||  ||||| ||| |||||||  |||| ||||| ||  ||   ||||||||||||||||||||| | ||||||     
T  38483516 ctctcatttgttatatgcttgagagtttttgagcttgttagatttgagactatagagcagta--tttgtcatagagttgctatgcaatttggtatggatt 38483613  T
Q  134 aagatgtt 141  Q
    ||||||||    
T  38483614 aagatgtt 38483621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 141
Target Start/End: Original strand, 12581822 - 12581911
Alignment:
Q  52 ttgagagtttccgagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttagaatggatcaagatgtt 141  Q
    |||||||||||  ||||  |||||||||| | ||| |||| || ||||| ||||| ||||  |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  12581822 ttgagagtttctaagcttattggatttgagtatatagagctatgtcttcgacatacagtttttatgcaatttggaattgatcaagatgtt 12581911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 64 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 6397324 - 6397284
Alignment:
Q  64 gagctagttggatttgattctattgagcaatatcttccaca 104  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  6397324 gagcttgttggatttgagtctatagagcaatatcttccaca 6397284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University