View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8186_low_22 (Length: 402)

Name: NF8186_low_22
Description: NF8186
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8186_low_22
NF8186_low_22
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-379)||(38299897-38300275)
chr8 (18-379)||(38320659-38321020)
chr8 (3-379)||(38305818-38306194)
chr8 (29-375)||(38325420-38325766)
chr8 (28-376)||(38313165-38313513)
chr8 (39-379)||(38316585-38316925)
chr8 (57-376)||(38308600-38308919)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (30-380)||(38850419-38850769)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 379
Target Start/End: Original strand, 38299897 - 38300275
Alignment:
Q  1 atttctgtcttgttttacccactgcatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcacttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299897 atttctgtcttgttttacccactgtatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcacttt 38299996  T
Q  101 agaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38299997 agaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgacggggagttctttcacgggcat 38300096  T
Q  201 tgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcatt 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300097 tgttttgcacgcattttaaaactgattgttgaagaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcatt 38300196  T
Q  301 caaagagtggaagggaaaaatttaatgagtgtattgcaaaggttggtggtgttgattgttccgttcgcttgcatctgga 379  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300197 caaagagtggaagggaaaaatttaaggagtgtattgcaaaggttggtggtgttgattgttccgttcgcttgcatctgga 38300275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 379
Target Start/End: Original strand, 38320659 - 38321020
Alignment:
Q  18 cccactgcatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaaga 117  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | |||    
T  38320659 cccactggagctgagatgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagatcttctctctcactttagatgattcatctgaga 38320758  T
Q  118 ataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgtttt 217  Q
    || | ||||||||||||  |||  ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  38320759 atgacattttgcaagaactattgaaaactcaacttggtttgcaaaatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttatgcacgtgtttt 38320858  T
Q  218 aaaactgattgttgaagaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcattcaaagagtggaagggaa 317  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  ||||||||| | |||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||| ||    
T  38320859 aaaattgattgttgaagaggggttgaaactagttagtgatgctgtgtcgaaaattagacagagcatcttgttttttagggattcaaagagtcgaaggcaa 38320958  T
Q  318 aaatttaatgagtgtattgcaaaggttggtggtgttgattgttccgttcgcttgcatctgga 379  Q
    |||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  38320959 aaatttaaggagtgcgttgaaaaggttggtggtgttgatagttcagttcgcttgcatctgga 38321020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 3 - 379
Target Start/End: Original strand, 38305818 - 38306194
Alignment:
Q  3 ttctgtcttgttttacccactgcatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttag 102  Q
    |||||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  38305818 ttctgtgttgttttacccactgtagccgagatgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttag 38305917  T
Q  103 aagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattg 202  Q
    | || ||||||||| | || |||||||||||| | ||  ||  ||| |||| |||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  38305918 aggactcatttaaggacaacattttgcaagaacagttgaaatctcatcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattg 38306017  T
Q  203 ttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcattca 302  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || | ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||    
T  38306018 ttctgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttaaaactagttagtggtgacgtgtctaaaattagagagagcatcttgtttgtgagggattca 38306117  T
Q  303 aagagtggaagggaaaaatttaatgagtgtattgcaaaggttggtggtgttgattgttccgttcgcttgcatctgga 379  Q
    |||||| ||||| |||||||||| |||||  ||| ||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||| ||||    
T  38306118 aagagtagaaggaaaaaatttaaggagtgcgttgaaaaggttggtggtattgacagttcagttcgcttgcatatgga 38306194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 29 - 375
Target Start/End: Original strand, 38325420 - 38325766
Alignment:
Q  29 tgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttg 128  Q
    |||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||| |  |||||||  || |     
T  38325420 tgagatgtgtgaaagaatgattgaattgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttttctcttactttagatgattcagtcgagaataatgttcta 38325519  T
Q  129 caagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattg 228  Q
    |||||| ||||  ||  ||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  38325520 caagaacaattgaaatctcatcttggtttgcaaaatgggttgttgtgtgatggagagttctttcacgggcactgttttgcacgtgttttaaatctgattg 38325619  T
Q  229 ttgaagaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcattcaaagagtggaagggaaaaatttaatga 328  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  38325620 ttgaagacgggttgaaactagttagtgatgccgtgtcaaaaattagagagagcatcatgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggagaaatttaagga 38325719  T
Q  329 gtgtattgcaaaggttggtggtgttgattgttccgttcgcttgcatc 375  Q
     || |||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  38325720 atgcattgaaaaggttggtggtgtcgatagttccgttcgcttgcatc 38325766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 28 - 376
Target Start/End: Original strand, 38313165 - 38313513
Alignment:
Q  28 ctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaatttt 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| | |||||    
T  38313165 ctgagatgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactttagatgattcatctgagaatgacatttt 38313264  T
Q  128 gcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgatt 227  Q
    ||||||| ||||  |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  38313265 gcaagaacaattaaaaaatcaactttgtttgcaaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgtgcattgttttgcccgcgttttaaacctgatt 38313364  T
Q  228 gttgaagaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcattcaaagagtggaagggaaaaatttaatg 327  Q
    ||||| || ||||| |||||||||  |  |||  | ||||| || ||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||| || || ||   ||||| |    
T  38313365 gttgatgaagggttaaaactagttgagagtgttgtctgtaagatcagagagagcattttgtttgtaaggcattccaagagtagatggaaattttttaagg 38313464  T
Q  328 agtgtattgcaaaggttggtggtgttgattgttccgttcgcttgcatct 376  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  38313465 agtgcgttgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttgcatct 38313513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 39 - 379
Target Start/End: Original strand, 38316585 - 38316925
Alignment:
Q  39 gagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaat 138  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  || ||| |||| |||    
T  38316585 gagagaatgattgaattgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactttagatgattcatttgagaataatgttatgctagaacaat 38316684  T
Q  139 ttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggg 238  Q
    |  |||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  38316685 tgaaaaatcaactttgtttgcgaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgctcattgttttgcatgcgttttaaaactgattgctgaagaggg 38316784  T
Q  239 gttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcattcaaagagtggaagggaaaaatttaatgagtgtattgca 338  Q
    ||| ||||||||||| | || | ||| |  |||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| | | |||||  ||||||||| ||||| |||| |    
T  38316785 gttaaaactagttagtggtgccgtgtatggaattcgagacagcatcatgtttgtgaggaattcaaaaaatagaaggacaaaatttaaggagtgcattgaa 38316884  T
Q  339 aaggttggtggtgttgattgttccgttcgcttgcatctgga 379  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||    
T  38316885 aaggttggtggtgttgatagttctgtttgcctgcatctgga 38316925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 57 - 376
Target Start/End: Original strand, 38308600 - 38308919
Alignment:
Q  57 ttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttt 156  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||  | |||||||| ||||||||| |||||||  || ||||| || ||||  | | |||||||| ||    
T  38308600 ttgaatgattggggagtagagaaaaagattttttcatttactttagatgattcatttgagaataatgttctgcaacaacaattgaagactcaacttggtt 38308699  T
Q  157 tgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttgaaactagttaggga 256  Q
    || | |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |     
T  38308700 tggaaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgctcattgttttgcacatgttttaaaactgattgttgaagaggggtgtaaactagttagtgg 38308799  T
Q  257 tgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcattcaaagagtggaagggaaaaatttaatgagtgtattgcaaaggttggtggtgttgat 356  Q
    || | ||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  38308800 tgccgtgtataagattagaaagagcatcatgtttgtgaggcgatcaaagagtcacagggaaaaatttaaggagtgcattgaaaaggttggtggtgttgat 38308899  T
Q  357 tgttccgttcgcttgcatct 376  Q
     |||| ||||| ||||||||    
T  38308900 agttctgttcgtttgcatct 38308919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 30 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 38850769 - 38850419
Alignment:
Q  30 gagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgc 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||| | ||||| | |||||||    
T  38850769 gagatttgtgagagaatggttgagttgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactattgatgattcatctgagaatgagattttgc 38850670  T
Q  130 aagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgt 229  Q
    ||||| ||||  ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  38850669 aagaacaattgaaaactcaacttgttttgcaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcatgtgaattgttttgcacgcgttttaaatcagatagt 38850570  T
Q  230 tgaagaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcattcaaagagtggaagggaaaaatttaatgag 329  Q
    |||||| | ||| |||||||||||   ||   ||  ||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||    
T  38850569 tgaagaagcgttaaaactagttagctgtggtgtgcataagatcagagagagtatcatgtttgtgaggcattcaaagagtaggagggaaaaatttaaggag 38850470  T
Q  330 tgtattgcaaaggttggtggtgttgattgttccgttcgcttgcatctggat 380  Q
    ||  ||| ||||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||| |||||    
T  38850469 tgctttgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcacttacatttggat 38850419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University