View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8190_low_8 (Length: 269)

Name: NF8190_low_8
Description: NF8190
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8190_low_8
NF8190_low_8
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (37-246)||(20924863-20925072)
chr7 (72-243)||(26132685-26132855)
chr7 (72-237)||(10280040-10280203)
chr7 (72-237)||(16437005-16437167)
chr7 (72-237)||(14926877-14927040)
chr7 (72-237)||(15350343-15350506)
chr7 (56-237)||(10661075-10661255)
chr7 (79-193)||(23960259-23960369)
chr7 (101-237)||(42783019-42783153)
chr7 (134-237)||(42636511-42636611)
chr7 (71-168)||(24902328-24902422)
chr7 (72-196)||(29545942-29546067)
chr7 (71-233)||(7586306-7586465)
chr7 (71-233)||(21260655-21260814)
chr7 (72-196)||(15506496-15506622)
chr7 (160-196)||(15438415-15438451)
chr7 (74-132)||(6045543-6045600)
chr7 (71-156)||(23579808-23579889)
chr7 (75-128)||(10038607-10038660)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (54-239)||(19444812-19444995)
chr2 (72-246)||(19466282-19466454)
chr2 (71-237)||(21530610-21530774)
chr2 (71-243)||(15328547-15328720)
chr2 (72-233)||(21249975-21250133)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (40-233)||(13338786-13338976)
chr5 (72-237)||(23624108-23624270)
chr5 (72-237)||(26328981-26329143)
chr5 (53-237)||(30605459-30605640)
chr5 (73-243)||(20714500-20714669)
chr5 (62-194)||(22184409-22184541)
chr5 (72-194)||(13941816-13941933)
chr5 (72-168)||(9522756-9522849)
chr5 (72-237)||(18221341-18221502)
chr5 (72-196)||(26037041-26037167)
chr5 (112-230)||(22082463-22082578)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (72-243)||(286656-286826)
chr3 (71-243)||(21253757-21253926)
chr3 (72-237)||(28051367-28051530)
chr3 (56-237)||(6579315-6579495)
chr3 (56-237)||(17042520-17042700)
chr3 (71-196)||(21718736-21718859)
chr3 (139-237)||(295749-295844)
chr3 (73-166)||(21094545-21094635)
chr3 (72-156)||(15674950-15675031)
chr3 (96-193)||(980184-980278)
chr3 (163-193)||(13515402-13515432)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (72-237)||(15803877-15804040)
chr1 (66-237)||(17851142-17851311)
chr1 (72-237)||(23477702-23477864)
chr1 (71-243)||(1625798-1625975)
chr1 (175-243)||(25349968-25350037)
chr1 (56-237)||(12753273-12753453)
chr1 (72-196)||(11667665-11667790)
chr1 (71-196)||(10339972-10340093)
chr1 (139-196)||(24986296-24986353)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (65-231)||(24092180-24092344)
chr8 (72-237)||(33977287-33977450)
chr8 (72-168)||(24850274-24850367)
chr8 (72-196)||(33961968-33962094)
chr8 (56-221)||(9996711-9996875)
chr8 (72-193)||(20254693-20254810)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (71-243)||(17869674-17869845)
chr6 (71-243)||(17879426-17879597)
chr6 (71-237)||(23882464-23882628)
chr6 (72-243)||(21323038-21323207)
chr6 (72-233)||(11960703-11960861)
chr6 (72-237)||(17864193-17864355)
chr6 (63-192)||(28623745-28623875)
chr6 (133-237)||(29253448-29253549)
chr6 (72-168)||(26965413-26965505)
chr6 (134-237)||(24541945-24542045)
chr6 (72-233)||(24563940-24564098)
chr6 (72-133)||(29254784-29254844)
chr6 (71-154)||(20764852-20764931)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (71-243)||(15622665-15622836)
chr4 (55-237)||(19183450-19183629)
chr4 (38-236)||(13399076-13399270)
chr4 (62-237)||(19659656-19659831)
chr4 (134-237)||(9069237-9069337)
chr4 (72-166)||(32861871-32861962)
chr4 (72-192)||(15162294-15162416)
chr4 (71-168)||(41785658-41785753)
chr4 (56-92)||(33746175-33746211)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (72-237)||(26635-26797)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (71-243)||(202616-202786)
[»] scaffold0226 (3 HSPs)
scaffold0226 (72-195)||(7345-7469)
scaffold0226 (72-195)||(17932-18056)
scaffold0226 (72-195)||(27326-27450)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 37 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 20925072 - 20924863
Alignment:
Q  37 acctgtgattattaaactaaaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagattt 136  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20925072 acctatgattatcaaactaaaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagattt 20924973  T
Q  137 acaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtag 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20924972 acaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtag 20924873  T
Q  237 acacacatac 246  Q
    ||||||||||    
T  20924872 acacacatac 20924863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 72 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 26132855 - 26132685
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaa 171  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |     
T  26132855 tgaagttaccttcaaacaaacaactacaaccttgcttaaaagttttggtgtagcaca-acgagttacaactcaacacacaatccttaacatgtatca-ag 26132758  T
Q  172 acaatacaagaaaggctcacaa-taataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacaca 243  Q
    |  ||||||| |||| ||||||  || ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26132757 aagatacaagcaaggatcacaacaaacaaacagtactaaacttgcatcaacacgatacaagagtagacacaca 26132685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Original strand, 10280040 - 10280203
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||  |||||||| ||| ||||| |||| | ||| |||||||    
T  10280040 tgaagttaccttcaaacagacaactacaaccttacttaacagctttggcgtagcacacaagtgtttacaacccaacacacagtcctaaacatttatcaca 10280139  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  10280140 aacgatacaagaaaggctcacaataaaag---gtactaaacttgcatcaacatgatacaagaataga 10280203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Original strand, 16437005 - 16437167
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||| |||||| | ||||| |||| | |||||||||||    
T  16437005 tgaagttaccttcaaacaaaaa-ctacaaccttgcttaaaagctttggcgtagaacacaagagtttccaactctacacacagtcctaaacatgtatcaca 16437103  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
     || ||||||||||||||| |||||| |    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  16437104 tacgatacaagaaaggctcgcaataaaag---gtactaaacttgcatcaacatgatacaagaataga 16437167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Original strand, 14926877 - 14927040
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |    
T  14926877 tgaagttaccttcaaacaaacaactacaacctttcttaaaagctttggcgtagcacagaagagtttacaactcaacacacagtccttaacatgtatca-a 14926975  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    |   | ||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  14926976 attgaaacaaggaaggctcacaata--aaacagaactaaacttgcatcaacacgatacaagaataga 14927040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Original strand, 15350343 - 15350506
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |    
T  15350343 tgaagttaccttcaaacaaacaactacaacctttcttaaaagctttggcgtagcacagaagagtttacaactcaacacacagtccttaacatgtatca-a 15350441  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    |   | ||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  15350442 attgaaacaaggaaggctcacaata--aaacagaactaaacttgcatcaacacgatacaagaataga 15350506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 56 - 237
Target Start/End: Original strand, 10661075 - 10661255
Alignment:
Q  56 aaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaac-agctacaaccttgcttataagctttggtgtagc--acacaagatttacaactcaatacacaa 152  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||| |||||   | |||||||||||   ||||||| |||||||||||| | |||     
T  10661075 aaacacaaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaactacctaacaccgtgcttcacaactttggtgtagtgtacacaag-tttacaactcaacaaacag 10661173  T
Q  153 tccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    |||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||  || || ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  10661174 tccttagcatgtatca-agatgatacaagaaaggctcacaataa--aacaggactaaacttgcatcaacacgatacaagagtaga 10661255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 79 - 193
Target Start/End: Original strand, 23960259 - 23960369
Alignment:
Q  79 accttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatac 178  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||  || ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||   ||||    
T  23960259 accttcaaacaaaaa-ctacaaccttgcttcaaagctttggtgtaggacac--gagttacaactcaataaacaattcttaacatgtatca-aagtgatac 23960354  T
Q  179 aagaaaggctcacaa 193  Q
    |||||||||||||||    
T  23960355 aagaaaggctcacaa 23960369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 237
Target Start/End: Original strand, 42783019 - 42783153
Alignment:
Q  101 ccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataa 199  Q
    ||||||||| |||||| || ||||  |||| || |||||||||||| | ||| |||||||||| ||||| | |  ||||||||||| ||||||||||  |    
T  42783019 ccttgcttaaaagcttcggagtagtgcacatgagtttacaactcaacaaacagtccttagcatttatca-atatgatacaagaaagactcacaataa--a 42783115  T
Q  200 atagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    | || ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42783116 acagaactaaacttgcatcaacatgatacaagagtaga 42783153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 237
Target Start/End: Original strand, 42636511 - 42636611
Alignment:
Q  134 tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagag 233  Q
    |||||||||||| | ||| |||||| ||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||    
T  42636511 tttacaactcaacaaacagtccttaacatgtatca-agatgatacaagaaaggctcacaataa--aataggattaaacttgcatcaacacgatacaagag 42636607  T
Q  234 taga 237  Q
    ||||    
T  42636608 taga 42636611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 71 - 168
Target Start/End: Original strand, 24902328 - 24902422
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatca 168  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||  || ||||||||||||| ||| || ||| |||||||||    
T  24902328 gtgaagttaccttcaaacacaaa-ctacaactttgcttcaaagctttggtgtagcacac--gagttacaactcaataaacagtctttaacatgtatca 24902422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 72 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 29546067 - 29545942
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttata-agctttggtgtagcacacaagatttacaa-ctcaatacacaatccttagcatgtatcac 169  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||| | | ||| ||||||| | |||||| |  ||| ||||| ||||| |||| | ||||||||||    
T  29546067 tgaagttaccttcaaacaaacaactagcaccttg-ttacacaacttcggtgtagtatacaagagtatcaaactcaacacacagtcctaaacatgtatcac 29545969  T
Q  170 aaacaatacaagaaaggctcacaataa 196  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||    
T  29545968 aaacgatacaagaaaggctcacaataa 29545942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 71 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 7586465 - 7586306
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||  || |||||| |||||| ||| |||||| ||||||||| |    
T  7586465 gtgaagttaccttcaaacac-caactacaaccttgctttaaagttttggtgtaggacac--gagttacaattcaataaacagtccttaacatgtatca-a 7586370  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcac-aataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagag 233  Q
        ||||||||||||||||| ||||| ||| | | ||| |||| |||||| | ||||||||||    
T  7586369 ggtgatacaagaaaggctcacaaataacaaacaatcctagactttcatcaaaacgatacaagag 7586306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 71 - 233
Target Start/End: Original strand, 21260655 - 21260814
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||  ||||| |||||||  ||||| || ||||||||||||| | |||| ||| ||||||||| |    
T  21260655 gtgaagttaccttcaaacaca-aactacaaccttgcttcaaagctatggtgta--acacatgagttacaactcaataaaaaatcattaacatgtatca-a 21260750  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcac-aataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagag 233  Q
        ||||||||||||||||| ||||| ||| | | ||| |||| |||||| | ||||||||||    
T  21260751 ggtgatacaagaaaggctcacaaataaaaaaaaattctagacttgcatcaaaacgatacaagag 21260814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 196
Target Start/End: Original strand, 15506496 - 15506622
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaa-cagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatt-tacaactcaatacacaatccttagcatgtatcac 169  Q
    |||||||||||||||||||| || |||  |||||| ||   | ||| ||||||| |||||||| | |  ||||||| ||||| |||| | ||||||||||    
T  15506496 tgaagttaccttcaaacaaaacaactagcaccttgtttcacaacttcggtgtagtacacaagagtattaaactcaacacacagtcctaaacatgtatcac 15506595  T
Q  170 aaacaatacaagaaaggctcacaataa 196  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  15506596 aaacgatacaagaaagactcacaataa 15506622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 196
Target Start/End: Original strand, 15438415 - 15438451
Alignment:
Q  160 catgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataa 196  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15438415 catgtatcacaaacgatacaagaaaggctcacaataa 15438451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 132
Target Start/End: Original strand, 6045543 - 6045600
Alignment:
Q  74 aagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaag 132  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  6045543 aagttacctttaaacaaaaa-ctacaaccttgcttcaaagctttggtgtagcacgcaag 6045600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 23579889 - 23579808
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatcct 156  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||  |||||||||||||||| |||  | ||||||||||||| ||||||||    
T  23579889 gtgaacttaccttcaaacacaca-ctactaccttgcttcaaagctttggtgtagca-aca--aattacaactcaataaacaatcct 23579808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 75 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 10038660 - 10038607
Alignment:
Q  75 agttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcaca 128  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  10038660 agttaccttcaaacacaaaactacaaccttgcttcaaagctttggggtagcaca 10038607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 54 - 239
Target Start/End: Original strand, 19444812 - 19444995
Alignment:
Q  54 taaaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaa 152  Q
    ||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||     
T  19444812 taaaacacaaacaaaagatgaagttaccttcaaacaaacaactacgaccttgcttacaagcttcggtgtagcatacaagagtttacaactcaacaaacag 19444911  T
Q  153 tccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagaca 239  Q
    |||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  19444912 tccttagcatgtatca-agatgatacaagaaaggctcacaata--aaacagtactaaacttgcatcaacacgatacaagagtagaca 19444995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 72 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 19466454 - 19466282
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaa 171  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | || ||| || ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||    
T  19466454 tgaagttaccttcaaacaaacaactacaatcttgctcaaaaacttaggcgtagcacacaagtgttacaactcaacacacaatccttaacatgtatca-aa 19466356  T
Q  172 acaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacacatac 246  Q
       |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  19466355 gagatacaagaaaggctcacaataa-aaacagtactaaacctacatcaaggtgatacaagtgtagacacacatac 19466282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 71 - 237
Target Start/End: Original strand, 21530610 - 21530774
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcac 169  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||     
T  21530610 gtgaagttaccttcaaacaaccaactacaatcttgcttaaaagctttggcgtagcacacaagagtttacaactcaacacacattccttaacatgtatca- 21530708  T
Q  170 aaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    ||   |||||||||||||||||||||  ||| || ||||||| | ||||||||  |||||||||||||    
T  21530709 aactgatacaagaaaggctcacaata--aaacaggactaaacctgcatcaacacaatacaagagtaga 21530774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 71 - 243
Target Start/End: Original strand, 15328547 - 15328720
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaac-aaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcaca-caagatttacaactcaata---cacaatccttagcatgta 165  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||   ||||||| |||  |||||    
T  15328547 gtgaagttaccttcaaactaaacaactacgaccttgtttaaaagctctggtgtagcacaacaag-tttacaactcaataaagcacaatctttaatatgta 15328645  T
Q  166 tcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacaca 243  Q
    ||| | |  |||||||||||||||||||| |  || | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15328646 tca-agatgatacaagaaaggctcacaatca--aacaatactaaacttgcatcaacacgatacaagagtagacacaca 15328720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 72 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 21250133 - 21249975
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaa 171  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||  || ||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |     
T  21250133 tgaagttaccttcaaacataaa-ctacaaccttgcttcaaagctttggtgtagtacac--gagttacaactcaataaacagtccttaacatgtacca-ag 21250038  T
Q  172 acaatacaagaaaggctcac-aataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagag 233  Q
       ||||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| |||| |||||| ||||||||||||    
T  21250037 gtgatacaagaaaggctcacaaataacaaagagtcctagacttgcatcaaaatgatacaagag 21249975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 40 - 233
Target Start/End: Original strand, 13338786 - 13338976
Alignment:
Q  40 tgtgattattaaactaaaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttac 138  Q
    ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  13338786 tgtgattatcagactaaaaaataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaacaactacaaccttacttaacagctttggcgtagcacacaagagtttac 13338885  T
Q  139 aactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagag 233  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||   ||| ||||||| |||||   ||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  13338886 aactcaaaacacagtccttaacatgtatca-aactgatataagaaagactcac---aataaaaggtactaaacttgcatcaacacgatacaagag 13338976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Original strand, 23624108 - 23624270
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||   |||| |||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  23624108 tgaagttaccttcaaacaaaaa-ctacaaccttgcttaaaagctttttcgtagaacacaagagtttacaactctacacacagtccttagcatgtatcaca 23624206  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |    |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  23624207 aacgatacaagaaaggctcacaataaaag---gtactagacttgcatcaacatgatacaagaataga 23624270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 26329143 - 26328981
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||| |||| | |||||||| ||    
T  26329143 tgaagttaccatcaaacaaaaa-ctacaaccttgcttaaaagctttggtgtagaacacaagtgtttacaactcaacacacagtcctaaacatgtatccca 26329045  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  26329044 aacgatacaagaaaggctcacaataaaag---gtactaaacttgcatcaacatgatacaagaataga 26328981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 53 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 30605640 - 30605459
Alignment:
Q  53 ctaaaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatt-tacaactcaatacaca 151  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||    ||||||| || |||||    
T  30605640 ctaaaacacaaactaacggtgaagttaccttcaaacatacaactaacaccttgcttacaagctttggtgtagtacacaagtgaatacaacttaacacaca 30605541  T
Q  152 atccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
     |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30605540 gtccttaacatgtatcacaaacgacacaagaaaggctcacaataaag----gtactaaacttgcatcaacatgatacaagagtaga 30605459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 73 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 20714669 - 20714500
Alignment:
Q  73 gaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaa 172  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||| || ||| ||||||||| | |    
T  20714669 gaagttaccttcaaacaaacaactacaaccttgcttaacaactttggtgtagcaca-acgagttacaactcaacaaacagtctttaacatgtatca-aga 20714572  T
Q  173 caatacaagaaaggctcacaat-aataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacaca 243  Q
      ||||||| ||| |||||||| || ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20714571 agatacaagcaagactcacaataaacaaacagtactaaacttgcatcaacacgatacaagagtagacacaca 20714500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 62 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 22184541 - 22184409
Alignment:
Q  62 aaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagc 160  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||   |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |    
T  22184541 aaacaaacggtggagttaccttcaaacaaaacactacgaccttgcttacaagctttggtgtagcacacaagagtttacaactcaataaacaatccttaac 22184442  T
Q  161 atgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaat 194  Q
    |||||||| | |  ||| ||||||||||||||||    
T  22184441 atgtatca-agatgataaaagaaaggctcacaat 22184409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 72 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 13941933 - 13941816
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaa 171  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||  |||||||||||||||||||  || ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |     
T  13941933 tgaagttaccttcaaacaaaa--ctacaaccttgcttcaaagctttggtgtagcacac--gagttacaactcaataaacagtccttagcaagtatca-ag 13941839  T
Q  172 acaatacaagaaaggctcacaat 194  Q
       ||||||||||||||||||||    
T  13941838 gagatacaagaaaggctcacaat 13941816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 72 - 168
Target Start/End: Original strand, 9522756 - 9522849
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatca 168  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||  || ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  9522756 tgaagttaccttcaaacacaaa-ctacaaccttgcttcaaagctttggtgtagcacac--gagttacaactcaataaacagtccttaacatgtatca 9522849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Original strand, 18221341 - 18221502
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaa 171  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||| || |||| |||||||   |||  |||||||| || |||||| | ||||| |||| | |||||||| |||    
T  18221341 tgaagttaccttcaaagaaaaa-ctacaacttttcttaaaagctttatcgtaaaacacaagagtttcaactctacacacagtcctaaacatgtatcgcaa 18221439  T
Q  172 acaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    |  ||||||||||| |||||||||| |    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  18221440 atgatacaagaaagactcacaataaaag---gtactaaacttgcatcaacatgatacaagaataga 18221502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 72 - 196
Target Start/End: Original strand, 26037041 - 26037167
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaaca-aacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatt-tacaactcaatacacaatccttagcatgtatcac 169  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||  ||||||| || || ||| ||||||| || ||||| | || ||||||| ||||| |||| | |||||||||     
T  26037041 tgaagttaccttcaaacacaacaactaacaccttgcgtaaaatcttcggtgtagtacccaagagtataaaactcaacacacagtcctaaacatgtatcaa 26037140  T
Q  170 aaacaatacaagaaaggctcacaataa 196  Q
    | || ||||||||||||||||||||||    
T  26037141 agacgatacaagaaaggctcacaataa 26037167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 22082578 - 22082463
Alignment:
Q  112 agctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaa 210  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||| | ||| || ||| |||||||||||||| | |||||||||| |||   |||||||  ||||||||    
T  22082578 agctttggtgtagtacacatgagtttacaactcaacatacagtcattaacatgtatcacaaacgacacaagaaaggttca---taataaag-gtactaaa 22082483  T
Q  211 cttacatcaacatgatacaa 230  Q
     || ||||||||||||||||    
T  22082482 tttgcatcaacatgatacaa 22082463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 72 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 286826 - 286656
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaa 171  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |     
T  286826 tgaagttaccttcaaacaaacaactacaaccttgcttaaaagctttggtgtagcaca-atgacttacaactcaacacacagtccttaacatgtatca-ag 286729  T
Q  172 acaatacaagaaaggctcacaat-aataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacaca 243  Q
    |  |||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  286728 aagatacaagaaaggctcacaataaacaaacaatactaaacttgcatctacacgatacaagagtagacacaca 286656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 71 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 21253926 - 21253757
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcac-acaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcac 169  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||     
T  21253926 gtgaagttagcttcaaacaaacaactacgaccatgcttacaagctttgttgtagcacaacgag-tttacaactcaacaaacagtccttagcatgtatca- 21253829  T
Q  170 aaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacaca 243  Q
    | |  ||| |||| ||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  21253828 agatgatataagataggctcacaata--aaacagtactaaacttgcatcaacacgatactagagtagacacaca 21253757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Original strand, 28051367 - 28051530
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatt-tacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| | |||   |||||| | |||| ||||| || | |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  28051367 tgaagttaccttcaaacaaacaactacaaccgtacttcagagcttttgagtagtacacatgagtatacaactcaacacacagtccttaacatgtatcaca 28051466  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    ||| | |||||||||||||||||||| |    ||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  28051467 aacgacacaagaaaggctcacaataaaag---gtaataaacttgcatcaacatgatacaagaataga 28051530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 56 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 6579495 - 6579315
Alignment:
Q  56 aaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaac-agctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaat 153  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||  | | |||||   |||||||||||||   ||| || |||||||||||| | |||||    
T  6579495 aaacacaaacaaacggtgaagttaccttcaaacaaactacctaacatcgtgcttcacagctttggtgtagtgtacacgagtttacaactcaacaaacaat 6579396  T
Q  154 ccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    ||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  6579395 ccttagcatgtatca-agatgatacaagaaaggctcacaata--aaacaggactaaacttgcatcaacacgatacaagagtaga 6579315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 56 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 17042700 - 17042520
Alignment:
Q  56 aaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaac-agctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaat 153  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||  ||| |||||   |||||||||||||   ||| || |||||||||||| | ||| |    
T  17042700 aaacacaaacaaacggtgaagttaccttcaaacaaactacctaacaccgtgcttcacagctttggtgtagtgtacacgagtttacaactcaacaaacagt 17042601  T
Q  154 ccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    ||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  17042600 ccttagcatgtatca-agatgatacaagaaaggctcacaataa--aatagaactaaacttgcatcaacacgttacaagagtaga 17042520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 71 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 21718859 - 21718736
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcac-acaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcac 169  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||     
T  21718859 gtgaagttaccttcaaacaaacaactatgaccttgcttacaag-tttggtgtagcacaacgag-tttacaactcaataaacagtccttaacatgtatca- 21718763  T
Q  170 aaacaatacaagaaaggctcacaataa 196  Q
    | |  ||||||||||||||||||||||    
T  21718762 agatgatacaagaaaggctcacaataa 21718736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 139 - 237
Target Start/End: Original strand, 295749 - 295844
Alignment:
Q  139 aactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |    || |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  295749 aactcaacacacagtccttaacatgtatcacaaacgacacaacaaaggctcacaataaaag---gttctaaacttacatcaacatgatataagagtaga 295844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 73 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 21094635 - 21094545
Alignment:
Q  73 gaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtat 166  Q
    ||||||||||||||||| | | ||| |||| |||||  ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  21094635 gaagttaccttcaaacacaaa-ctaaaaccgtgcttcaaagctttggtgtagcacacgag--ttacaactcaataaacaatccttatcatgtat 21094545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 15675031 - 15674950
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatcct 156  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||  || ||||||||||||| ||| ||||    
T  15675031 tgaagttaccttcaaacataaa-ctacaaccttgcttcaaagctttggtgtagcacac--gagttacaactcaataaacagtcct 15674950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 980278 - 980184
Alignment:
Q  96 tacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaa 193  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |    |||||||||||||||||||    
T  980278 tacaaccttgtttcaaagctttggtgtaggacacgag--ttacaactcaataaacagtccttaacatgtatca-aggtgatacaagaaaggctcacaa 980184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 163 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 13515432 - 13515402
Alignment:
Q  163 gtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaa 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13515432 gtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaa 13515402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15804040 - 15803877
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |    
T  15804040 tgaagttaccttcaaacaaacaactacaaccttacttaaaagctttggcgtagcacacaagagtttacaactcaacacacaatccttaacatgtatca-a 15803942  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    |   |||||||||||||||| ||||  ||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15803941 actgatacaagaaaggctcataata--aaacagaactaaacttgcatcaacacgatacaagagtaga 15803877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 66 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 17851311 - 17851142
Alignment:
Q  66 aaacagtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgt 164  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||||    
T  17851311 aaacggtgaagttaccttcaaacaaacaactacaaccttgcttaatagttttggcgtagcacacaagagtttacaactcaacacacagtccttaacatgt 17851212  T
Q  165 atcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    |||| ||   |||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  17851211 atca-aactgatacaagaaaggctcacaata--aaacaggactaaacttgcatcaacgcgatacaagagtaga 17851142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 23477864 - 23477702
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || | |||| ||||||    
T  23477864 tgaagttaccttcaaataaacaactacaacctaacttaacagctttggcgtagcacacaagagtttacaactcaacacacaattctaaacatgaatcaca 23477765  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    ||  |||||||||||| ||||   ||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||    
T  23477764 aaagatacaagaaaggatcac---aataaaaggtactaaacttgcatc-acatgatacaagaataga 23477702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 71 - 243
Target Start/End: Original strand, 1625798 - 1625975
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||| | | |||||| ||||||||| |    
T  1625798 gtgaagttaccttcaaacaca-atctacaaccttgcttaaaagctttggtgtaggacacgag-tttacaactcaataaatagtccttaacatgtatca-a 1625894  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataataaat--------agtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacaca 243  Q
        ||||||| ||| |||||||||| ||||        |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1625895 ggagatacaagcaagcctcacaataaaaaataaaaaaacagtactaaacttgcatcaacacgatacaagagtagacacaca 1625975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 175 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 25350037 - 25349968
Alignment:
Q  175 atacaagaaaggctcacaataat-aaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacaca 243  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25350037 atacaagaaaggctcacaataaacaaacagtactaaacttacatcaacacgatacaagagtagacacaca 25349968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 56 - 237
Target Start/End: Original strand, 12753273 - 12753453
Alignment:
Q  56 aaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaac-agctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaat 153  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||  | | |||||   |||||| ||||||   ||| || |||||||||||| | ||| |    
T  12753273 aaacataaacaaacgatgaagttaccttcaaacaaactacctaacatcgtgcttcatagctttagtgtagtgtacatgagtttacaactcaacaaacagt 12753372  T
Q  154 ccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    ||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||  || || ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  12753373 ccttagcatgtatca-agatgatacaagaaaggctcacaataa--aacagaactaaacttgcatcaacacgatacaagagtaga 12753453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 11667790 - 11667665
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgctt-ataagctttggtgtagcacacaagatttacaa-ctcaatacacaatccttagcatgtatcac 169  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||  |||||| || |||| ||| ||||||| |||||||| |  ||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  11667790 tgaagttacattcaaacaaacaactaacaccttgtttcataa-cttcggtgtagtacacaagagtatcaaactcaacacacagtccttaacatgtatcac 11667692  T
Q  170 aaacaatacaagaaaggctcacaataa 196  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||    
T  11667691 aaacgatacaagaaaggatcacaataa 11667665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 71 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 10340093 - 10339972
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||  |||||||||||||  ||||| || ||||||||||||| | | || ||| ||||||||| |    
T  10340093 gtgaagttaccttcaaacacaaa-ctacaacattgcttcaaagctttggtgta--acacacgagttacaactcaataaaaagtcattaacatgtatca-a 10339998  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataa 196  Q
        ||||||||||||||||||||||    
T  10339997 gctgatacaagaaaggctcacaataa 10339972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 139 - 196
Target Start/End: Original strand, 24986296 - 24986353
Alignment:
Q  139 aactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataa 196  Q
    ||||||| ||||| |||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  24986296 aactcaacacacagtcctaaacatgtatcacaaacgatacaagtaaggctcacaataa 24986353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 82; Significance: 9e-39; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 65 - 231
Target Start/End: Original strand, 24092180 - 24092344
Alignment:
Q  65 caaacagtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatg 163  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||| | ||||    
T  24092180 caaacggtgaagttaccttcaaacaaacaactagcaccttgcttacaagctttggtgtagtactcaagagtttacaactcaacacacaatcctaaacatg 24092279  T
Q  164 tatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaag 231  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||| |    ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  24092280 tatcaaaaacgatacaagaaaggctcacaataaaag---gtactaaacctgcatcaacatgatacaag 24092344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Original strand, 33977287 - 33977450
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaaca-aacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaa-ctcaatacacaatccttagcatgtatcac 169  Q
    |||||||||||||||||| ||||  ||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |  ||| ||||| ||||| |||| | ||||||||||    
T  33977287 tgaagttaccttcaaacacaacaagtaacaccttgcttacaagctttggtgtagtacacaagagtatcaaactcaacacacagtcctaaacatgtatcac 33977386  T
Q  170 aaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    | || |||| |||||||||||||||||  |    | ||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  33977387 agacgatacgagaaaggctcacaataaaga----ttctaaacttgaatcaacatgatacaagagtaga 33977450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 24850367 - 24850274
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatca 168  Q
    ||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||  ||||||||||||||  |||| || ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||    
T  24850367 tgaagttacattcaaacacaaa-ctacaaccttgcttcaaagctttggtgtag--cacatgagttacaactcaataaacaatcattaacatgtatca 24850274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 196
Target Start/End: Original strand, 33961968 - 33962094
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaaca-aacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaa-ctcaatacacaatccttagcatgtatcac 169  Q
    |||||||| ||| ||||| |||| |||  |||||||||| ||| |||||||||| |||||| | |  ||| ||||| ||||| |||| | ||||||||||    
T  33961968 tgaagttatctttaaacacaacaactaacaccttgcttacaaggtttggtgtagtacacaaaagtatcaaactcaacacacagtcctaaacatgtatcac 33962067  T
Q  170 aaacaatacaagaaaggctcacaataa 196  Q
    | || |||| |||||||||||||||||    
T  33962068 agacgatacgagaaaggctcacaataa 33962094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 221
Target Start/End: Original strand, 9996711 - 9996875
Alignment:
Q  56 aaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaac-agctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaat 153  Q
    ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| | |||  ||| |||||   | |||||||||||   ||| || |||||||||||| | | | |    
T  9996711 aaacacaaacaagcggtgaagttaccttcaaacaaactacctaacaccgtgcttcacaactttggtgtagtgtacacgagtttacaactcaacaaatagt 9996810  T
Q  154 ccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaac 221  Q
    ||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||| |||||||    
T  9996811 ccttagcatgtatca-agatgatacaagaaaggctcacaata--aaacaggactaaacttgcatcaac 9996875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 20254810 - 20254693
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaa 171  Q
    |||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||  ||||||| |||||| | || ||  ||||||||||||| || ||||||| ||||||||| |     
T  20254810 tgaagttaccttcagacacaaa-ctacaaccttgcttcaaagctttagtgtaggaaacgag--ttacaactcaataaactatccttaacatgtatca-at 20254715  T
Q  172 acaatacaagaaaggctcacaa 193  Q
       |||||||||||||||||||    
T  20254714 gtgatacaagaaaggctcacaa 20254693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 82; Significance: 9e-39; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 71 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 17869845 - 17869674
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | || ||||||||||| | |||||||||| | ||||||| |    
T  17869845 gtgaagttaccttcaaacaaacaactacaaccttgcttaaaagttttggtgtagcaca-acgagttacaactcaacaaacaatccttaacttgtatca-a 17869748  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaat-aataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacaca 243  Q
     |  ||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  17869747 gaagatacaagaaaggctcgcaataaacaaacagtactaaacttgcaccaacatgatacaagagtagacacaca 17869674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 71 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 17879597 - 17879426
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | || ||||||||||| | |||||||||| | ||||||| |    
T  17879597 gtgaagttaccttcaaacaaacaactacaaccttgcttaaaagttttggtgtagcaca-acgagttacaactcaacaaacaatccttaacttgtatca-a 17879500  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaat-aataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacaca 243  Q
     |  ||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  17879499 gaagatacaagaaaggctcgcaataaacaaacagtactaaacttgcaccaacatgatacaagagtagacacaca 17879426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 71 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 23882628 - 23882464
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcac 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||  | |||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||     
T  23882628 gtgaatttaccttcaaacaaacaactgcaaccttgcttaacaactttggcgtagcacacaagagtttataactcaacacacagtccttaacatgtatca- 23882530  T
Q  170 aaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    ||   |||||||||||||||||||||  ||| || |||||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  23882529 aactgatacaagaaaggctcacaata--aaacaggactaaacttgaatcaacacgatacaagagtaga 23882464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 21323207 - 21323038
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaa-cagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcac 169  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||| || | ||||||||||||| | || |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||     
T  21323207 tgaagttaccttcaaacaaaacaactacgaccttgtttaaaatcattggtgtagcaca-acgagtttacaactcaataaacagtccttatcatgtatca- 21323110  T
Q  170 aaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacaca 243  Q
    | |   |||| ||||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21323109 agatgttacacgaaaggctcacaataa--aacagtactaaacttgcatcaacacgatacaagagtagacacaca 21323038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 72 - 233
Target Start/End: Original strand, 11960703 - 11960861
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaa 171  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||  || ||||||||||||| ||| |||||| | ||| ||| ||    
T  11960703 tgaagttaccttcaaacacaaa-ctacaaccttgctttaaagctttggtgtagcacac--gagttacaactcaataaacagtccttaacctgtgtca-aa 11960798  T
Q  172 acaatacaagaaaggctcacaa-taataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagag 233  Q
    |  ||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  11960799 aagatacaagaaaggctcacaattaacaaacagtcctagacttgcatcaacacgatacaagag 11960861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 17864355 - 17864193
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaa-ctcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||||||| ||   |||||| ||   | ||||||||||| |||||||| |  ||| ||||| ||||| |||| | |||||||||||    
T  17864355 tgaagttaccttcaaacaaacaactcacaccttgttttacaactttggtgtagtacacaagagtatcaaactcaacacacagtcctaaacatgtatcaca 17864256  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
     || ||||||||||||||||||||    ||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17864255 gacgatacaagaaaggctcacaat----aaaggttctaaacttgcatcaacatgatacaagagtaga 17864193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 63 - 192
Target Start/End: Original strand, 28623745 - 28623875
Alignment:
Q  63 aacaaacagtgaagttaccttcaaacaaacagctacaac-cttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagc 160  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||   |||| ||  ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||| |    
T  28623745 aacaaacggtgaagttaccttcaaacaaaacactacgacatttgcttacaagctttggtgtagcatacaagagtttacaactcaataaacagtccttaac 28623844  T
Q  161 atgtatcacaaacaatacaagaaaggctcaca 192  Q
     ||||||| | |  ||||||||||||||||||    
T  28623845 ttgtatca-agatgatacaagaaaggctcaca 28623875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 133 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 29253549 - 29253448
Alignment:
Q  133 atttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaaga 232  Q
    ||||||||||| | ||||| |||| | |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |    ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29253549 atttacaactctacacacagtcctaaacatgtatcacaaatgatacaagaaaggctcacaataaaag---gtactaaacttgcatcaacatgatacaaga 29253453  T
Q  233 gtaga 237  Q
     ||||    
T  29253452 ataga 29253448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 72 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 26965505 - 26965413
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatca 168  Q
    |||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||  |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  26965505 tgaagtgaccttcaaacacaaa-ctacaaccttgcttcaaagctttggtgtagcac---agagttacaactcaataaacagtccttaacatgtatca 26965413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 134 - 237
Target Start/End: Original strand, 24541945 - 24542045
Alignment:
Q  134 tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagag 233  Q
    |||||||||||| | | | |||||||||||||||| | |  |||||| |||| ||||||||||  || || ||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  24541945 tttacaactcaacaaatagtccttagcatgtatca-agatgatacaaaaaagactcacaataa--aacagaactaaacttgcatcaacataatacaagag 24542041  T
Q  234 taga 237  Q
    ||||    
T  24542042 taga 24542045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 72 - 233
Target Start/End: Original strand, 24563940 - 24564098
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaa 171  Q
    ||||||||||| |||||| | | | ||||||||||||  ||||||| |||||| |||| ||  ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |     
T  24563940 tgaagttacctccaaacacaaa-cgacaaccttgcttcaaagctttagtgtagtacacgag--ttacaactcaataaacaatacttaacatgtatca-ag 24564035  T
Q  172 acaatacaagaaaggctcac-aataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagag 233  Q
       |||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||| |||| |||||| | ||||||||||    
T  24564036 gtgatacaaaaaaggctcacaaataaaaaacagtcctagacttgcatcaaaacgatacaagag 24564098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 72 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 29254844 - 29254784
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga 133  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||  ||| ||||||||    
T  29254844 tgaagttaccttcaaacaaa-aactacaaccttacttaaaagctttggcatagaacacaaga 29254784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 71 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 20764931 - 20764852
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatc 154  Q
    ||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||  |||||||||||||||| |||  | ||||||||||||| ||||||    
T  20764931 gtgaagttaccttcaaacacaaa-ctactaccttgcttcaaagctttggtgtagca-aca--acttacaactcaataaacaatc 20764852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 71 - 243
Target Start/End: Original strand, 15622665 - 15622836
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||| || | ||| |||||| ||||||||| |    
T  15622665 gtgaagttaccttcaaacaaacaactacaaccttgcttaaaagctttggtgtagcaca-atgagttacaactaaacaaacagtccttaacatgtatca-a 15622762  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaat-aataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacaca 243  Q
     |  ||||||| |||||||||||| || ||| | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15622763 gaagatacaagcaaggctcacaataaacaaacaatactaaacttgcatcaacacgatacaagagtagacacaca 15622836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 55 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 19183629 - 19183450
Alignment:
Q  55 aaaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcac-acaagatttacaactcaatacacaat 153  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| || | |||||||| || || |||||||||||| | ||| |    
T  19183629 aaaacacaaacaaatggtgaagttaccttcaaacaaacaactacgaccttgcttacaagattcgatgtagcacaacgag-tttacaactcaacaaacagt 19183531  T
Q  154 ccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
    ||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  19183530 ccttagcatgtatca-agatgatacaagaaaggctcacaata--aaacagaactaaacttgcatcaacacgatacaagaataga 19183450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 38 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 13399270 - 13399076
Alignment:
Q  38 cctgtgattattaaactaaaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcac-acaagattt 136  Q
    ||||||||||| | ||||||| | | |||||  ||||| |||| |||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| || || |||    
T  13399270 cctgtgattatcagactaaaa-acacacaaatggtgaatttacattcaaacaaacaactacgaccttccttaaaagctttggtgtagcacaacgag-ttt 13399173  T
Q  137 acaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtag 236  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |  ||||||||||| || | ||||  |||||||| ||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  13399172 acaactcaataaacagtccttagcatgtatca-agatgatacaagaaagactaagaata--aaatagtattaaacttgcttcaacacgatacaagagtag 13399076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 62 - 237
Target Start/End: Original strand, 19659656 - 19659831
Alignment:
Q  62 aaacaaacagtgaagttaccttcaaaca--aacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatcctta 158  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| | || |||||||  ||| ||||| ||||||    
T  19659656 aaacaaacggcgaagttaccttcaaacacaaacaactacaaccttgcttcaaagctttggtgtagcaca-atgagtttacaatccaacacacagtcctta 19659754  T
Q  159 gcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
     |||||| || | |  ||| ||||||||||||||| |  ||| || ||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  19659755 ccatgtacca-agatgatataagaaaggctcacaa-ataaaacaggactaaacttgcatcaacacaatacaagagtaga 19659831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 237
Target Start/End: Original strand, 9069237 - 9069337
Alignment:
Q  134 tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcacaaacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagag 233  Q
    |||||||||||| | ||| | |||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||  || || ||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  9069237 tttacaactcaacaaacagttcttagcatgtatca-agatgatacaagaaaggctcacaataa--aacaggactaaacttgcatcaacacgatacaagag 9069333  T
Q  234 taga 237  Q
    ||||    
T  9069334 taga 9069337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 166
Target Start/End: Original strand, 32861871 - 32861962
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtat 166  Q
    |||||||||||||||||| | | |||||||||| |||  |||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||| ||| |||||| |||||||    
T  32861871 tgaagttaccttcaaacataaa-ctacaaccttccttcaaagctttggtgtagtacacgag--ttacaactcaataaacagtccttaacatgtat 32861962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 15162416 - 15162294
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaa-cagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaa-ctcaatacacaatccttagcatgtatcac 169  Q
    |||||||||||||||||||| || |||  |||||| ||   | ||| ||||||| |||||||| |  ||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  15162416 tgaagttaccttcaaacaaaacaactagcaccttgtttcacaacttcggtgtagtacacaagagtatcaaactcaacacacagtcctaagcatgtatcac 15162317  T
Q  170 aaacaatacaagaaaggctcaca 192  Q
    |||| |||||||||||| |||||    
T  15162316 aaacgatacaagaaaggatcaca 15162294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 71 - 168
Target Start/End: Original strand, 41785658 - 41785753
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatca 168  Q
    ||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||  |||||||| ||||||||| | || |||||| |||||| |||||| ||| |||||||||    
T  41785658 gtgaagttaccttcaaacaca-aactactaccttgctttaaagctttgatgtagcaca-acgagttacaattcaataaacaatctttaacatgtatca 41785753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 56 - 92
Target Start/End: Original strand, 33746175 - 33746211
Alignment:
Q  56 aaacataaacaaacagtgaagttaccttcaaacaaac 92  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33746175 aaacacaaacaaacggtgaagttaccttcaaacaaac 33746211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 72 - 237
Target Start/End: Original strand, 26635 - 26797
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaaga-tttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||| |||||| | ||||| |||| | |||||||||||    
T  26635 tgaagttaccttcaaacaaaaa-ctacaaccttgcttaaaagctttggcgtagaacacaagagtttccaactctacacacagtcctaaacatgtatcaca 26733  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaataataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtaga 237  Q
     || ||||||||||||||| |||||| |    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  26734 tacgatacaagaaaggctcgcaataaaag---gtactaaacttgcatcaacatgatacaagaataga 26797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 71 - 243
Target Start/End: Original strand, 202616 - 202786
Alignment:
Q  71 gtgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaactcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    ||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||  |||||||||||||| | || || |||||||||||||| | | |||||| |||||||||      
T  202616 gtgaagttaacttcaaacaca-atctacaaccttgcttcaaagctttggtgtaggatacgag-tttacaactcaataaaaagtccttaacatgtatcaag 202713  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaat-aataaatagtactaaacttacatcaacatgatacaagagtagacacaca 243  Q
    || | ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  202714 aaga-tacaagaaaggctcacaatgaacaaacagtactaaacttgcatcaacacgatacaagagtagacacaca 202786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0226 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 3)
Name: scaffold0226
Description:

Target: scaffold0226; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 72 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 7469 - 7345
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaa-ctcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||  | ||| ||||||| |||||||| |  ||| ||||| ||||| |||| | |||||||||||    
T  7469 tgaagttaccttcaaacaaacaactaacaccttgtttaacaacttcggtgtagtacacaagagtatcaaactcaacacacagtcctaaacatgtatcaca 7370  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaata 195  Q
     || |||||||||||||||||||||    
T  7369 gacgatacaagaaaggctcacaata 7345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0226; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 72 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 18056 - 17932
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaa-ctcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||   | ||| ||||||| |||||||| |  ||| ||||| ||||| |||| | ||||||||||     
T  18056 tgaagttaccttcaaacaaacaactaacaccttgtttcacaacttcggtgtagtacacaagagtatcaaactcaacacacagtcctaaacatgtatcacg 17957  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaata 195  Q
     || |||||||||||||||||||||    
T  17956 gacgatacaagaaaggctcacaata 17932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0226; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 72 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 27450 - 27326
Alignment:
Q  72 tgaagttaccttcaaacaaacagctacaaccttgcttataagctttggtgtagcacacaagatttacaa-ctcaatacacaatccttagcatgtatcaca 170  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||   | ||| ||||||| |||||||| |  ||| ||||| ||||| |||| | ||||||||||     
T  27450 tgaagttaccttcaaacaaacaactaacaccttgtttcacaacttcggtgtagtacacaagagtatcaaactcaacacacagtcctaaacatgtatcacg 27351  T
Q  171 aacaatacaagaaaggctcacaata 195  Q
     || |||||||||||||||||||||    
T  27350 gacgatacaagaaaggctcacaata 27326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University