View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8202_high_1 (Length: 817)

Name: NF8202_high_1
Description: NF8202
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8202_high_1
NF8202_high_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (8-625)||(9828052-9828671)
chr6 (627-799)||(9828748-9828919)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 625
Target Start/End: Original strand, 9828052 - 9828671
Alignment:
Q  8 ggtagataatactcatagtagatcggatttttaaattattttcgttttagggtaaaatgagagtgatggaagatcggttgcttaggaataaagaacacaa 107  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9828052 ggtaaataatactcatagtaggtcggatttttaa-ttattttcgttttagggtaaaatgagagtgatggtagatcggttgcttaggaataaagaacacaa 9828150  T
Q  108 tcgggtgccatcttctcaagaacaaggtgcatatgacttatttgttaatctattgatgttagaagacgagaaacgatgtgatattactaaaataccatca 207  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9828151 tcgggtgtcatcttctcaagaacacggtgcatatgacttatttgttaatctattgatgttagaagacgagaaacgatgtgatattactaaaatcccatca 9828250  T
Q  208 ggggatgggtgcatggaggggaaactcgatccctaccagagatggggatggagatcaaaattcctaccca-ccggagtacatgttcgggatttttgtggg 306  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||| |||| |    
T  9828251 ggggatgggtgcatggtggggaaactcgatccctataagagacggggatggatatcaaaattccaaccctgccggagtacatgttcgggttttctgtgcg 9828350  T
Q  307 gaataatcggtgtttgggggtgagagaggtaaaactagtctccacccccattggtatatatacatatcaccaacatggatgtacctgcaaaa--aacatt 404  Q
    | ||| |||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  9828351 ggatactcgggggttgggggtgagagaggtaaaactaatctccacccccattggtatatatacatatcaccaacatgggtgtacctgcaaaaaaaacatt 9828450  T
Q  405 ttgatgtcaaagtcagccattatgctagtaagtaacaagtgagtaattgtagagaaaatatggtgaccgtacctagagggaagaccccctgttgatctta 504  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9828451 ttgatgtcaaagtcagacattatggtagtaagtaacaagtgagtaattgtagagaaaatatggtgatcgtacctagagggaagaccccctgttgatctta 9828550  T
Q  505 tggctccaaagtgacactttgatggttgttgctatcatcatgttgaacttgtataagataagctaagttgtaatggaaaactgaatccgagataaacaat 604  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9828551 tggctccaaagtgacaccttgatggttgttgccatcatcatgttgaacttgtataagataagctaagttgttatggaaaactgaatccgagataaacaat 9828650  T
Q  605 agcacttatcatatttgaata 625  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  9828651 agcacttatcatatttgaata 9828671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 627 - 799
Target Start/End: Original strand, 9828748 - 9828919
Alignment:
Q  627 gttgaacttttgttgttgggcaaatctaattccttcgaagtgagctttcattgttggatcatcattagatacaattggattgagccttttaatttgatat 726  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||    
T  9828748 gttgaacttttgttattgggcaaatctaatgccttccaagtgagctt-cattgttggatcatcattagatataattggatagagccttttaatttgacat 9828846  T
Q  727 cacaagtgtaaaataaaataacaattaatttgagatagaaaggttaagttttgttgagaaaagggataatctt 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9828847 cacaagtgtaaaataaaataacaattactttgagatagaaaggttaagttttgttgagaaaagggataatctt 9828919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University