View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8202_low_2 (Length: 813)

Name: NF8202_low_2
Description: NF8202
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8202_low_2
NF8202_low_2
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (18-797)||(28915094-28915873)
chr3 (22-797)||(28924313-28925070)
chr3 (22-797)||(28900663-28901442)
chr3 (454-783)||(28890602-28890937)
chr3 (161-367)||(28933356-28933570)
chr3 (450-778)||(28933665-28933993)
chr3 (161-360)||(28890299-28890498)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 739; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 739; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 797
Target Start/End: Original strand, 28915094 - 28915873
Alignment:
Q  18 caaacttgatctatggatacctgatgatgtatatgtatggcaaagaagcttctgtagatgtattacttttattactatattattaaatgaaattcattca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28915094 caaacttgatctatggatacctgatgatgtatatgtacggcaaagaagcttctgtagatgtattacttttattactatattattaaatgaaattcattca 28915193  T
Q  118 cccttactttttgagatattttcaagtaagggtgaaaatattaaccacaaaataataaattcttactgttaaaatctgaaaagatttacagggacctaat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28915194 cccttactttttgagatattttcaagtaagggtgaaaatattaaccacaaaataataaattcttactgttaaaatctgaaaagatttacagggacctaat 28915293  T
Q  218 tcatatatgatcagatgaccaagcataagnnnnnnncatcgcacatactaatgactcacatacagaaaacttaccagagttggctttttgagctgaccat 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28915294 tcatatatgatcagatgaccaagcataagtttttttcatcgcacatactaatgactcacatacagcaaacttaccagagttggctttttgagctgaccat 28915393  T
Q  318 ttgtcattctctgatacagatcttgacattcttcctgcagatataatgcttatgattaggaccaactagggtgagtgtatggtttacagcagaacccata 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28915394 ttgtcattctctgatacagatcttgacattcttcctgcagatataatgcttatgattaggaccaactagggtgagtgtatggtttacagcagaacccata 28915493  T
Q  418 tcctaggcataatttttgatttgtttgaagattatggatacaaaaatcatatcggataacatcaacaaactatgaaatcaataacaaataatcaccttca 517  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28915494 tcctaggcataatttttgttttgtttgaagattatggatacaaaaatcatatcggataacatcaacaaactatgaaatcaataacaaataatcaccttca 28915593  T
Q  518 catcagaaacccagctatggtcttacgccggaaataatacaatatattaaacaaattatagaaaaatggttttggaaatgagtttccattttaacttgga 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28915594 catcagaaacccagctatggtcttacgccggaaataatacaatatattaaacaaattatagaaaaatggttttggaaatgagtttccattttaacttgga 28915693  T
Q  618 aaccactactttgattgaaaccaggtttcagaattgtgggacattgcagcagaaaatcttgttagcaaagtaataatacctcagaaaagtcaacatcaga 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28915694 aaccactactttgattgaaaccaggtttcagaattgtgggacattgcagcagaaaatattgttagcaaagtaataatacctcagaaaagtcaacatcaga 28915793  T
Q  718 aatttggctgatagatacatctttgggcacattagaaagccggagcagaatttcttcgttgatttcgtcttggtttgatg 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28915794 aatttggctgatagatacatctttgggcacattagaaagccggagcagaatttcttggttgatttcgtcttggtttgatg 28915873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 797
Target Start/End: Original strand, 28924313 - 28925070
Alignment:
Q  22 cttgatctatggatacctgatgatgtatatgtatggcaaagaagcttctgtagatgtattacttttattactatattattaaatgaaattcattcaccct 121  Q
    |||||| |||||||||||||||   ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||| |    
T  28924313 cttgatatatggatacctgatg---tatatgtactgcaaagaagcttctgtagaagtattacttttattactatgttattaaataaacttcatttaccat 28924409  T
Q  122 tactttttgagatattttcaagta-agggtgaaaatatta-accacaaaataataaattcttactgttaaaatctgaaaagatttacagggacctaattc 219  Q
    | | |||| |||||||||| |||| |     | ||||||  |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||     
T  28924410 ttccttttaagatattttctagtacatccccataatattgcaccacataataataaatttttactattaaaatctgaaaagatttacagggaccatattt 28924509  T
Q  220 atatatgatcagatgaccaagcataagnnnnnnncatcgcacatactaa-tgactcacatacagaaaacttaccagagttggctttttgagctgaccatt 318  Q
    ||||  ||||| ||||||||||||||          | ||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||| | || |||||||    
T  28924510 atatccgatcaaatgaccaagcataattttttc---ttgcacatactaaatcactcacacacagagaacttactatagttggcttttggggcagaccatt 28924606  T
Q  319 tgtcattctctgatacagatcttgacattcttcctgcagatataatgcttatgattaggaccaactagggtgagtgtatggtttacagcagaacccatat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |        ||    
T  28924607 tgtcattctctgatacagatcttgacattcttcctgcagatataatgcttatgattaggaccaactaaggtgagtgtatggtttacaaaa--------at 28924698  T
Q  419 cctaggcataatttttgatttgtttgaagattatggatacaaaaatcatatcggataacatcaacaaactatgaaatcaataacaaataatcaccttcac 518  Q
    | |||||||| |||||      |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| |||    
T  28924699 cataggcatacttttt------tttgaagaatatggatacacaaatcatatcggataacatcaacaaattttgaaatcaataacaaataatgacctccac 28924792  T
Q  519 atcagaaacccagctatggtcttacgccggaaataatacaatatattaaacaaattatagaaaaatggttttggaaatgagtttccattttaacttggaa 618  Q
     ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| | |||||| ||||  | ||||||||||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||    
T  28924793 gtcagaaacccagctatgctcttactcaggaaataatatagtatattcaacatctaatagaaaaatggtttagaaaattagtttc-attttaacttggaa 28924891  T
Q  619 accactactttgattgaaaccaggtttcagaattgtgggacattgcagcagaaaatcttgttagcaaagtaataatacctcagaaaagtcaacatcagaa 718  Q
    |  ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28924892 aatactactttgattgcaaccaggattcagaattgggggatattgcatcagaaaatattgttggcaaagtaataatacctcagaaaagtcaacatcagaa 28924991  T
Q  719 atttggctgatagatacatctttgggcacattagaaagccggagcagaatttcttcgttgatttcgtcttggtttgatg 797  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||| |||||||    
T  28924992 atttggctgataggtacatcttttggcacattagaaagccggagcagaatttcttggctgatgtcatcttgctttgatg 28925070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 22 - 797
Target Start/End: Original strand, 28900663 - 28901442
Alignment:
Q  22 cttgatctatggatacctgatgatgtatatgtatggcaaagaagcttctgtagatgtattacttttattactatattattaaatgaaattcattcaccct 121  Q
    ||||||||||||||||||||||   | ||||||  ||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  28900663 cttgatctatggatacctgatg---tgtatgtactgcaaagaa-----tgtagatgtattacttttattactatattaataaataaacttcattcaccct 28900754  T
Q  122 tactttttgagatattttcaagta-agggtgaa-aatatt-aaccacaaaataataaattcttactgttaaaatctgaaaagatttacagggacctaatt 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |    | | |||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||| |  |||| |||||||||||||  |||    
T  28900755 tactttttcagatattttcaagtacatccagcataatattgaaacacataataataaattcttactattaaaaccataaaatatttacagggaccctatt 28900854  T
Q  219 catatatgatcagatgaccaagcataagnnnnnnncatcgcacatactaa-tgactcacatacagaaaacttaccagagttggctttttgagctgaccat 317  Q
    ||||| ||| |||| ||||||   |           |  ||||||||||| | ||||| | | |  |||||||| | ||||||||||||||||   ||||    
T  28900855 catatctgaacagaagaccaaattttttttttttt-acggcacatactaaatcactcaaacatatcaaacttactacagttggctttttgagcatgccat 28900953  T
Q  318 ttgtcattctctgatacagatcttgacattcttcctgcagatataatgcttatgattaggac-------------------caactagggtgagtgtatg 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||                    |||||||||||||||||      
T  28900954 ttgtcattctctgatacagatcttgacattcttcctgcagata--atgcttataattaggaatccatgaaatatacattaacaactagggtgagtgtaga 28901051  T
Q  399 gtttacagcagaacccatatcctaggcataatttttgatttgtttgaagattatggatacaaaaatcatatcggataacatcaacaaactatgaaatcaa 498  Q
     ||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||         ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||     
T  28901052 ctttactgcagaaccaataacctaggcctaatttcc-------ttgaagaatatggatacacaaatcatatcgaataacatcaacaaactttgaaaccag 28901144  T
Q  499 taacaaataatcaccttcacatcagaaacccagctatggtcttacgccggaaataatacaatatattaaacaaattatagaaaaatggttttggaaatga 598  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||| | ||||  | ||||||||||||||| | ||||||    
T  28901145 taacagataatcacattcacatcagaaacccagctatgctctaacgcaggaaataatacagtatagtcaacatctaatagaaaaatggtttagaaaatga 28901244  T
Q  599 gtttccattttaacttggaaaccactactttgattgaaaccaggtttcagaattgtgggacattgcagcagaaaatcttgttagcaaagtaataatacct 698  Q
    ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  28901245 gtttc-attttaacttggaaaatactactttgattgcaaccaggtttcagaattgggggatagtgcagcagaaaatattgttagcaaattaataatacct 28901343  T
Q  699 cagaaaagtcaacatcagaaatttggctgatagatacatctttgggcacattagaaagccggagcagaatttcttcgttgatttcgtcttggtttgatg 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||| |||||||    
T  28901344 cagaaaagtcaacatcagaaatttggctgataggtacatcttttggcacataagaaagccggagcagaatttcttggttgatgtcagcttgctttgatg 28901442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 454 - 783
Target Start/End: Original strand, 28890602 - 28890937
Alignment:
Q  454 gatacaaaaatcatatcggataacatcaacaaactatgaaatcaataacaaataatcaccttcacatcagaaacccagctatggtcttacgccggaaata 553  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||| |||||| |  ||||||    
T  28890602 gatacacaaattatatcggataacatcaacaaactttgaagtcaataacaaataaccaccttcatagcagaaacccggctatgctcttactcaagaaata 28890701  T
Q  554 atacaatatattaaacaaattatagaaaaatggttttggaaatgagtttccattttaacttggaaaccactactttgattgaaaccaggtttcagaattg 653  Q
    ||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||| |||||  ||||| || ||| |||||||||||| || |     
T  28890702 atacagtatattcaacatcttatagaaaaatggtttagaaaatgagtttccacttttactt-gaaacagctactctgtttgcaaccaggtttcaaaaatt 28890800  T
Q  654 tgggacattgcagcagaaaat-------cttgttagcaaagtaataatacctcagaaaagtcaacatcagaaatttggctgatagatacatctttgggca 746  Q
     || | ||||||| |||||||        | ||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||  | ||    
T  28890801 gggtaaattgcagtagaaaatactgttagtagttagcacaatattaatacctcagaaaagtcatcatcagaaattttgctgataggtacatcttctgcca 28890900  T
Q  747 cattagaaagccggagcagaatttcttcgttgatttc 783  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  28890901 cataagaaagccggagctgaatttcttggtagatttc 28890937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 161 - 367
Target Start/End: Original strand, 28933356 - 28933570
Alignment:
Q  161 accacaaaataataaattcttactgttaaaatctgaaaagatttacagggacctaattcatatatgatcagatgaccaagcataagnnnnnnncatcgca 260  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||         || |||    
T  28933356 accacataataataaattcttactattaaaatctgaaaagatttacagggaccttattcatatcagatcagatgatcaagcataatttttttttatggca 28933455  T
Q  261 catactaa--------tgactcacatacagaaaacttaccagagttggctttttgagctgaccatttgtcattctctgatacagatcttgacattcttcc 352  Q
    ||||||||        | ||||||| |||  |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28933456 catactaaatactaaatcactcacacacatcaaacttactatagttggctttttgagcagaccatttgccattctctgatacagatcttgacattcttcc 28933555  T
Q  353 tgcagatataatgct 367  Q
    |||||||||| ||||    
T  28933556 tgcagatatagtgct 28933570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 450 - 778
Target Start/End: Original strand, 28933665 - 28933993
Alignment:
Q  450 tatggatacaaaaatcatatcggataacatcaacaaactatgaaatcaataacaaataatcaccttcacatcagaaacccagctatggtctt-acgccgg 548  Q
    |||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||    
T  28933665 tatggatacccaaataataccggataacatcaacaaactttgaaatcaatatcaaataaccaccttcacatcagaaacccagctatgctcttaatgcagg 28933764  T
Q  549 aaataatacaatatattaaacaaattatagaaaaatggttttggaaatgagtttccattttaacttggaaaccactactttgattgaaaccaggtttcag 648  Q
    ||     | | |||||  ||||  ||||||||| ||||||| | |||| |||||||| ||| ||||||||   |||||| |||||| ||||||||||||     
T  28933765 aa-----agagtatatccaacatcttatagaaatatggtttagaaaataagtttccacttttacttggaa---actactatgattgcaaccaggtttcat 28933856  T
Q  649 aattgtgggacattgcagcagaaaatcttgttag-------caaagtaataatacctcagaaaagtcaacatcagaaatttggctgatagatacatcttt 741  Q
    || ||  | | ||||| |||||||||  ||||||       || |||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  28933857 aaatggagaatattgcggcagaaaatactgttagcagttatcacagtattaatacctcagaaaagtcatcgtcagatattttgctgataggtacatcttt 28933956  T
Q  742 gggcacattagaaagccggagcagaatttcttcgttg 778  Q
     ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||    
T  28933957 tggcacattagagagctggagcagaatttcttggttg 28933993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 161 - 360
Target Start/End: Original strand, 28890299 - 28890498
Alignment:
Q  161 accacaaaataataaattcttactgttaaaatctgaaaagatttacagggacctaattcatatatgatcagatgaccaagcataagnnnnnnncatcgca 260  Q
    |||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||  ||||||| ||||| |||        ||| |||    
T  28890299 accacataatagtaaattcttattattaaaatctgaaaagatttacagggaccttatttatatctggacagatgaacaagcgtaa-cttatttcatggca 28890397  T
Q  261 catactaa-tgactcacatacagaaaacttaccagagttggctttttgagctgaccatttgtcattctctgatacagatcttgacattcttcctgcagat 359  Q
    ||| |||| | | ||||| |||| |||||||| | ||| |||||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28890398 catgctaaatcaatcacacacagcaaacttactatagtcggctttttgagtagaccatttgtcattctgcgatacagatcttgacattcttcctgcagat 28890497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University