View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8206A_low_11 (Length: 488)

Name: NF8206A_low_11
Description: NF8206A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8206A_low_11
NF8206A_low_11
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (20-478)||(24782592-24783051)
chr8 (20-474)||(35197945-35198400)
chr8 (207-456)||(41997858-41998108)
chr8 (195-391)||(26619079-26619276)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (20-478)||(8057291-8057750)
chr1 (20-478)||(49574971-49575430)
chr1 (68-478)||(36027478-36027889)
chr1 (250-478)||(46021335-46021564)
chr1 (171-432)||(5306347-5306609)
chr1 (171-432)||(23947320-23947582)
chr1 (171-432)||(50954817-50955079)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (20-478)||(111242-111704)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (180-456)||(8033262-8033539)
chr7 (195-430)||(22944944-22945180)
chr7 (282-444)||(1610346-1610509)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (64-432)||(54814562-54814931)
chr3 (54-432)||(46426064-46426442)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (340-388)||(34567098-34567147)
chr2 (81-226)||(34566929-34567074)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 478
Target Start/End: Original strand, 24782592 - 24783051
Alignment:
Q  20 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782592 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 24782691  T
Q  120 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782692 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 24782791  T
Q  220 atactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782792 atactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 24782891  T
Q  320 ggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagt-cagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782892 ggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 24782991  T
Q  419 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24782992 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 24783051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 35198400 - 35197945
Alignment:
Q  20 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198400 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 35198301  T
Q  120 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198300 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 35198201  T
Q  220 atactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35198200 atactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatatctaa 35198101  T
Q  320 ggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagt-cagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198100 ggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 35198001  T
Q  419 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtc 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35198000 gctcaggagatggtacattccatggcaagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtc 35197945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 207 - 456
Target Start/End: Original strand, 41997858 - 41998108
Alignment:
Q  207 tcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttata 306  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||| | |||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  41997858 tcttctattaataatacactaattgttatgatacctaaagttgataagcctgattttgtttctcaatttagacctatttctttatgcaatgttatttata 41997957  T
Q  307 agataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtc-agttttattccaggtagaagtatccacca 405  Q
    | || |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||||  ||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||| | |||||||| ||    
T  41997958 aaattatttctaaagttattgttaataggattaagcctttgcttgataatattatttcaccttatcaatctagttttattccgggtcgtagtatccatca 41998057  T
Q  406 taatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaagg 456  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||| ||| |||||||||    
T  41998058 taatattattgtagctcaagagatggtgtattctatgtccaaaatgaaagg 41998108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 195 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 26619276 - 26619079
Alignment:
Q  195 ccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgta 294  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| |||||  ||||||| | ||| ||||| |||||| | |||||||    
T  26619276 ccttctctcatttcttttattaataatacccttattgtgatgattcctaaaattgagaaaccataatttgtttatcagtttaggcctatttcattatgta 26619177  T
Q  295 atgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcag-tcagttttattccaggt 391  Q
    ||||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||| || || || ||| ||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  26619176 atgttatatataaaattatttctaaagtgattgttaacaggattaaacctttgtttgatcgtattatttctccataccagtttagttttattccaggt 26619079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 8057750 - 8057291
Alignment:
Q  20 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057750 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 8057651  T
Q  120 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057650 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 8057551  T
Q  220 atactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057550 atactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 8057451  T
Q  320 ggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagt-cagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057450 ggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 8057351  T
Q  419 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8057350 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 8057291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 49575430 - 49574971
Alignment:
Q  20 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575430 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 49575331  T
Q  120 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575330 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 49575231  T
Q  220 atactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575230 atactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 49575131  T
Q  320 ggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagt-cagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575130 ggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 49575031  T
Q  419 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49575030 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 49574971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 478
Target Start/End: Original strand, 36027478 - 36027889
Alignment:
Q  68 agctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatatac 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36027478 agctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttaggacacagttgctgattctatatac 36027577  T
Q  168 cagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtct 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36027578 cagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtct 36027677  T
Q  268 ctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctcc 367  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36027678 ctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctcc 36027777  T
Q  368 atatcagt-cagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatg 466  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36027778 atatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatg 36027877  T
Q  467 ttgatgtccatc 478  Q
    || |||||||||    
T  36027878 ttcatgtccatc 36027889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 250 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 46021564 - 46021335
Alignment:
Q  250 ataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgct 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46021564 ataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatctctaaggttattgtcaacagaatcaagccattgct 46021465  T
Q  350 tgatggtattatttctccatatcagt-cagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccaga 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46021464 tgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccaga 46021365  T
Q  449 atgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 478  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46021364 atgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 46021335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 171 - 432
Target Start/End: Original strand, 5306347 - 5306609
Alignment:
Q  171 tttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctc 270  Q
    ||||| || ||||||||||| |  | |||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  5306347 tttgtcaaacaggtttgggtaaatcattctctcatttcttttattaataatacccttattgtgatgattcctaaaattgagaaaccagaatttgtttctc 5306446  T
Q  271 aatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccata 370  Q
    | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||| || || || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  5306447 agtttaggcctatttcattatgtaatgttatttataaaattatttctaaagtgattgttaacaggattaaacctttgcttgatcgtattatttctccata 5306546  T
Q  371 tcagtc-agttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 432  Q
     ||||| ||||||||||||||| | |  || ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  5306547 ccagtctagttttattccaggtcgtaacatacaccacaacattattgtggctcaagaaatggt 5306609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 171 - 432
Target Start/End: Original strand, 23947320 - 23947582
Alignment:
Q  171 tttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctc 270  Q
    ||||| || ||||||||||| |  | |||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  23947320 tttgtcaaacaggtttgggtaaatcattctctcatttcttttattaataatacccttattgtgatgattcctaaaattgagaaaccagaatttgtttctc 23947419  T
Q  271 aatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccata 370  Q
    | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||  || || || || |||||| ||||||||||||||||    
T  23947420 agtttaggcctatttcattatgtaatgttatttataaaattatttctaaagtgattgttaacaagattaaacctttccttgatcgtattatttctccata 23947519  T
Q  371 tcagtc-agttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 432  Q
     ||||| ||||||||||||||| | |  || ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  23947520 ccagtctagttttattccaggtcgtaacatacaccacaacattattgtggctcaagaaatggt 23947582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 171 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 50955079 - 50954817
Alignment:
Q  171 tttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctc 270  Q
    ||||| || ||||||||||| |  |||||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  50955079 tttgtcaatcaggtttgggtaaatccttctctcatttcttttattaataatacccttattgtgatgattcctaaaattgagaaaccagaatttgtttctc 50954980  T
Q  271 aatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccata 370  Q
    | ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||  || || || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  50954979 agtttaggcctatttcattatgtaatgttatatataaaattatttctaaagtgattgttaacatgattaaacctttgcttgatcgtattatttctccata 50954880  T
Q  371 tcagtc-agttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 432  Q
     ||||| |||||||||| |||| | |  || ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  50954879 ccagtctagttttattctaggtcgtaacatacaccacaacattattgtggctcaagaaatggt 50954817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 111704 - 111242
Alignment:
Q  20 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccc- 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||      
T  111704 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgatatgaatcctcacaaggcgccgagagaggatggatacctt 111605  T
Q  119 --cgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctatta 216  Q
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  111604 ttcgctatattttttcaaaaatgctgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccctttctcttatatcttctatta 111505  T
Q  217 ataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111504 ataatactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttc 111405  T
Q  317 taaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagt-cagttttattccaggtagaagtatccaccataatattatt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111404 taaggttattgtcaacagaatcaagcctttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattatt 111305  T
Q  416 gtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 478  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  111304 gtcgctcaggagatggtacattccatggctagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 111242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 98; Significance: 5e-48; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 180 - 456
Target Start/End: Original strand, 8033262 - 8033539
Alignment:
Q  180 caggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagac 279  Q
    ||||||||||| |  |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| | |||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  8033262 caggtttgggtaaatccttctctcatctcttctattaataatacactgattgttatgatacctaaagttgataagcctgattttgtttctcaatttagac 8033361  T
Q  280 ctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtc-ag 378  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||||  ||||||||| || ||||| || ||    
T  8033362 ctatttctttatgcaatgttatttataaaattatttctaaagttattgttaataggattaagcctttgcttgataatattatttcaccttatcaatctag 8033461  T
Q  379 ttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaagg 456  Q
    ||||||||| | | | || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||| ||| |||||||||    
T  8033462 ttttattccggttcgtagcatccatcataatattattgtagctcaagagatggtgtattctatgtccaaaatgaaagg 8033539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 195 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 22945180 - 22944944
Alignment:
Q  195 ccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgta 294  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| || ||| | ||||| | |||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |    
T  22945180 ccttctctcatctcttctattaataatacactgatttttatgatacctaaagttgataagcctgattttgtttctcaatttagacctatttctttatgca 22945081  T
Q  295 atgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtc-agttttattccaggtag 393  Q
    ||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||||  ||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||| |    
T  22945080 atgttatttataaaattatttctaaagttattgttaataggattaagcctttgcttgataatattatttcaccttatcaatctagttttattccgggtcg 22944981  T
Q  394 aagtatccaccataatattattgtggctcaggagatg 430  Q
     || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22944980 tagcatccatcataatattattgtagctcaagagatg 22944944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 282 - 444
Target Start/End: Original strand, 1610346 - 1610509
Alignment:
Q  282 attgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtc-agtt 380  Q
    |||||||| |||||||  | |||||| || ||| ||||||||||||| || |||||||| || ||| | ||||| || |||||||| ||||| || || |    
T  1610346 attgctttgtgtaatgggacttataacatcattactaaggttattgttaatagaatcaaacctttgttagatggaatcatttctccttatcaatctagct 1610445  T
Q  381 ttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggc 444  Q
    ||||| ||||  |||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1610446 ttatttcaggacgaacaatccaccataatatcattgtggctcagaagatggtacattccatggc 1610509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 64 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 54814931 - 54814562
Alignment:
Q  64 aaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctat 163  Q
    |||||||| | ||||||||||  ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||  || |||||||||| |||| ||||||  |    
T  54814931 aaagagctttatttgacatgagccctcataaggctcctggagaggatggctaccctgctgtcttttttcagcaacgttgggacaccgttgttgattccct 54814832  T
Q  164 ataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaattt 263  Q
     |   | ||||  |||||||||||||| |  |||||| |||| |||| ||||||||||||| |  |||| ||||| |  ||  | |||||||||||||||    
T  54814831 ttttaaatttgccaaccaggtttgggtaaatccttcttttatctcttttattaataatactttgcttgttatgattccaaaattagataaacctgaattt 54814732  T
Q  264 gtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattattt 363  Q
    || || |||||||  |||||| |  | ||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||  || ||||| ||||||||| | |||||||    
T  54814731 gtttcacaatttaagcctatttccctttgtaatggtatatataaaataatttctaaggtcattgttaacatgattaagcctttgcttgatagaattattt 54814632  T
Q  364 ctccatatcagtc-agttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 432  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||| | ||||||||    
T  54814631 ctccataccagtctagttttattccaggtcgaagcattcaccacaatattattatggctaaagagatggt 54814562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 54 - 432
Target Start/End: Original strand, 46426064 - 46426442
Alignment:
Q  54 aatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttg 153  Q
    ||||| || ||||||| | | ||||||||||  ||||| ||||| || ||||||||||| || || ||| | ||||||||  |||||||||| || ||||    
T  46426064 aatgagtgcaaaagagatttatttgacatgagccctcataaggctcctggagaggatggctagcctgctgtcttttttcagcaatgttggga-accgttg 46426162  T
Q  154 ctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataa 253  Q
    |||||||  | |   | ||||  |||||||||||||| |  |||||| |||| |||| ||||||||||||| |  |||| |||||    ||  | |||||    
T  46426163 ctgattccctttttaaatttgccaaccaggtttgggtaaatccttcttttatctcttttattaataatactttgcttgtaatgattacaaaattagataa 46426262  T
Q  254 acctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgat 353  Q
    |||| ||||||| |  |||||||| |||||| |  | ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||    
T  46426263 acctaaatttgtttaacaatttaggcctatttccctttgtaatgttatctataaaataatttctaaggtgattgttaacaggattaagcctttgcttgat 46426362  T
Q  354 ggtattatttctccatatcagtc-agttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 432  Q
     | ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  46426363 agaattatttttccataccagtctagttttattccaggtcgaagcattcaccacaatattattgtggctaaagagatggt 46426442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 340 - 388
Target Start/End: Original strand, 34567098 - 34567147
Alignment:
Q  340 agccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtc-agttttattcca 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  34567098 agccgttgcttgatggtattatttctccataccagtctaattttattcca 34567147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 226
Target Start/End: Original strand, 34566929 - 34567074
Alignment:
Q  81 atgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaacc 180  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||| | || ||  || |||||||| ||||  || |||| ||  | ||||||| ||||||||    
T  34566929 atgaatcctcataagacgcccggagaagacgggtaccctgctcttttcttctaataatgttggaacactatttctgagtcattgtaccagtatgtgaacc 34567028  T
Q  181 aggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactct 226  Q
    | |||| |||||  |||| |||||| ||||  ||||||||||||||    
T  34567029 atgttttggttaatccttttcttatctcttacattaataatactct 34567074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University