View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8206_low_1 (Length: 678)

Name: NF8206_low_1
Description: NF8206
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8206_low_1
NF8206_low_1
[»] scaffold0095 (2 HSPs)
scaffold0095 (294-678)||(40751-41135)
scaffold0095 (22-230)||(40479-40687)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (294-678)||(39413552-39413936)
chr8 (22-230)||(39413280-39413488)


Alignment Details
Target: scaffold0095 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0095
Description:

Target: scaffold0095; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 294 - 678
Target Start/End: Original strand, 40751 - 41135
Alignment:
Q  294 gtagaaagtagttcagatgtcaagtggatggagacacacggttgctgtcaccgatcgtgcaaatgtatattcttggggaagaggtgcaaatggacaactt 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40751 gtagaaagtagttcagatgtcaagtggatggagacacacggttgctgtcaccgatcgtgcaaatgtatattcttggggaagaggtgcaaatggacaactt 40850  T
Q  394 gggcatggagacaccaaagaccggtaacttcatgcacaagaaaccatatattgaatatagccttgcataattgttacaacattttacaagttttgagtat 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40851 gggcatggagacaccaaagaccggtaacttcatgcacaagaaaccatatattgaatatagccttgcataattgttacaacattttacaagttttgagtat 40950  T
Q  494 taatgtgatctgtctgggatttgcaggaacgttccaacgattattgatgccttcggtgttgatggatgtagtgagcagcacatagaatcctcaaagtatc 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40951 taatgtgatctgtctgggatttgcaggaacgttccgacgattattgatgccttcagtgttgatggatgtagtgagcagcacatagaatcctcaaactatc 41050  T
Q  594 cattaccaggttctctgattgggctcatttttgtgattgtgttccttttttgtacacattactgatttataccatttggcggttc 678  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41051 cattaccaggttccctgactgggctcatatttgtgattgtgttccttttttgtacacattactgatttataccatttggcggttc 41135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0095; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 22 - 230
Target Start/End: Original strand, 40479 - 40687
Alignment:
Q  22 gaaacactcattaaacaaaatacttaggaatgaagttatggttggttaaataatgaagttgaaacacttttagcctgtgtttggtaaattgtaacccggt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40479 gaaacactcattaaacaaaatacttaggaatgaagttatggttggttaaataatgaagttgaaacacttttagcctgtgtttggtaaattgtaacccggt 40578  T
Q  122 tttctttttcattatagttcgggcagattggaattggtcacaattttgattgctcctctcccatgctagtgaactttcctcatgctcaggtacttgaaac 221  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40579 tttctttttcattatagttcggacagattggaattggtcacaattttgattgctcctctcccatgctagtgaactttcctcatgctcaggtactagaaac 40678  T
Q  222 ttctagaac 230  Q
    |||||||||    
T  40679 ttctagaac 40687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 294 - 678
Target Start/End: Original strand, 39413552 - 39413936
Alignment:
Q  294 gtagaaagtagttcagatgtcaagtggatggagacacacggttgctgtcaccgatcgtgcaaatgtatattcttggggaagaggtgcaaatggacaactt 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39413552 gtagaaagtagttcagatgtcaagtggatggagacacacggttgctgtcaccgatcgtgcaaatgtatattcttggggaagaggtgcaaatggacaactt 39413651  T
Q  394 gggcatggagacaccaaagaccggtaacttcatgcacaagaaaccatatattgaatatagccttgcataattgttacaacattttacaagttttgagtat 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39413652 gggcatggagacaccaaagaccggtaacttcatgcacaagaaaccatatattgaatatagccttgcataattgttacaacattttacaagttttgagtat 39413751  T
Q  494 taatgtgatctgtctgggatttgcaggaacgttccaacgattattgatgccttcggtgttgatggatgtagtgagcagcacatagaatcctcaaagtatc 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39413752 taatgtgatctgtctgggatttgcaggaacgttccgacgattattgatgccttcagtgttgatggatgtagtgagcagcacatagaatcctcaaactatc 39413851  T
Q  594 cattaccaggttctctgattgggctcatttttgtgattgtgttccttttttgtacacattactgatttataccatttggcggttc 678  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39413852 cattaccaggttccctgactgggctcatatttgtgattgtgttccttttttgtacacattactgatttataccatttggcggttc 39413936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 22 - 230
Target Start/End: Original strand, 39413280 - 39413488
Alignment:
Q  22 gaaacactcattaaacaaaatacttaggaatgaagttatggttggttaaataatgaagttgaaacacttttagcctgtgtttggtaaattgtaacccggt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39413280 gaaacactcattaaacaaaatacttaggaatgaagttatggttggttaaataatgaagttgaaacacttttagcctgtgtttggtaaattgtaacccggt 39413379  T
Q  122 tttctttttcattatagttcgggcagattggaattggtcacaattttgattgctcctctcccatgctagtgaactttcctcatgctcaggtacttgaaac 221  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39413380 tttctttttcattatagttcggacagattggaattggtcacaattttgattgctcctctcccatgctagtgaactttcctcatgctcaggtactagaaac 39413479  T
Q  222 ttctagaac 230  Q
    |||||||||    
T  39413480 ttctagaac 39413488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University