View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8208A_low_73 (Length: 362)

Name: NF8208A_low_73
Description: NF8208A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8208A_low_73
NF8208A_low_73
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (1-362)||(2327091-2327452)
chr2 (1-321)||(2330806-2331126)
chr2 (38-354)||(2321275-2321591)
chr2 (38-343)||(2303573-2303878)
chr2 (38-362)||(2293960-2294284)
chr2 (38-362)||(2351149-2351473)
chr2 (38-341)||(2310291-2310594)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (5-360)||(41127122-41127480)
chr8 (44-157)||(26494725-26494838)
chr8 (38-157)||(26506764-26506883)
chr8 (191-307)||(26494893-26495009)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (174-221)||(55017070-55017117)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (185-306)||(15176287-15176408)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 362
Target Start/End: Original strand, 2327091 - 2327452
Alignment:
Q  1 accagggcattttgtgttgcctcatgtaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327091 accagggcattttgtgttgcctcatgcagtgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagag 2327190  T
Q  101 atggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327191 atggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatca 2327290  T
Q  201 agatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcga 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327291 agatgatgccgtttggagctggtaggagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcga 2327390  T
Q  301 ttggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcggaaaaatttgaattcaccgtggtga 362  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2327391 ttggaaggttccggagggtggccatgtcgatttgtcagaaaaatttgaattcaccgtggtga 2327452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Original strand, 2330806 - 2331126
Alignment:
Q  1 accagggcattttgtgttgcctcatgtaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagag 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  2330806 accagggcatttcgtgttgcctcacgcagtgagcgaggatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaagatgggacggtgaattttatggttgcagag 2330905  T
Q  101 atggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatca 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  2330906 atggggttggaccctcgtgtttgggaggatccaatggaatttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgacattacaggaagtaaagagataa 2331005  T
Q  201 agatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcga 300  Q
    |||||||||| ||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2331006 agatgatgccatttggagctgggaggagaatttgtcctggatataatttagctttgcttcatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcga 2331105  T
Q  301 ttggaaggttccagagggtgg 321  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  2331106 ttggaaggttcccgagggtgg 2331126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 38 - 354
Target Start/End: Original strand, 2321275 - 2321591
Alignment:
Q  38 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 137  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321275 gatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 2321374  T
Q  138 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||||||    
T  2321375 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattatagggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcc 2321474  T
Q  238 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 337  Q
     |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  2321475 cggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaacttggtttggaatttcaattggcagcttccggagggtggccatgttgatttgtcg 2321574  T
Q  338 gaaaaatttgaattcac 354  Q
    ||||||  |||||||||    
T  2321575 gaaaaagatgaattcac 2321591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 38 - 343
Target Start/End: Original strand, 2303573 - 2303878
Alignment:
Q  38 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 137  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2303573 gatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctggcggagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 2303672  T
Q  138 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 237  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  2303673 agtttaagccagaaaggttttggaaggatgagaattttgacattacagggagtaaggagataaagatgatgccgtttgaagctgaaaggagaatttgtcc 2303772  T
Q  238 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 337  Q
     | |  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  2303773 tgcacttaatttagctttgctccatttagaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaagcttccagagggcggctatgttgatttgtcg 2303872  T
Q  338 gaaaaa 343  Q
    ||||||    
T  2303873 gaaaaa 2303878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 38 - 362
Target Start/End: Original strand, 2293960 - 2294284
Alignment:
Q  38 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 137  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  2293960 gatgtggttttggacggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaatttcttgctggcggagatggcgttggatcctcgtgtttgggaggacccgttgg 2294059  T
Q  138 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  2294060 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgacattacaggaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatttgtcc 2294159  T
Q  238 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 337  Q
     |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||    
T  2294160 cggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaacttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggcgggcatgttgatttgacg 2294259  T
Q  338 gaaaaatttgaattcaccgtggtga 362  Q
    |||| |   ||||||||| ||||||    
T  2294260 gaaatacaagaattcaccatggtga 2294284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 38 - 362
Target Start/End: Original strand, 2351149 - 2351473
Alignment:
Q  38 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 137  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351149 gatgtgctttttaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 2351248  T
Q  138 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 237  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | || ||| ||||| |||||    
T  2351249 agtttaagccagagaggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcc 2351348  T
Q  238 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 337  Q
     ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  2351349 cggatataatttagctttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaaggtgggcatgttgatttgtcg 2351448  T
Q  338 gaaaaatttgaattcaccgtggtga 362  Q
    ||||||   |||||||| |||||||    
T  2351449 gaaaaacaagaattcactgtggtga 2351473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 38 - 341
Target Start/End: Original strand, 2310291 - 2310594
Alignment:
Q  38 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 137  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||    
T  2310291 gatgtggttttggacggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaatttctttctggcggagatggcgttggatcgtcgtgtttgggaggacccattgg 2310390  T
Q  138 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  2310391 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgtcattccaggaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatttgtcc 2310490  T
Q  238 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 337  Q
     |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||    
T  2310491 cggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggcgggcatgttgatttgacg 2310590  T
Q  338 gaaa 341  Q
    ||||    
T  2310591 gaaa 2310594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 5 - 360
Target Start/End: Original strand, 41127122 - 41127480
Alignment:
Q  5 gggcattttgtgttgcctcatgtaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatgg 104  Q
    ||||| ||||||||||| ||||   |||  || |||||||||||  | ||||| ||| |||||||||||| |   |||||||||||||||||||| || |    
T  41127122 gggcactttgtgttgccccatgcggtgaaggaggatgtggttttcgacggttacttgctgcctaaaaatgtggtagtgaatttcatggtggcagacatag 41127221  T
Q  105 ggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagat 204  Q
    ||  ||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  41127222 ggagggaccctagtgtttgggaagatccattggagtttaaaccagaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggactaaagagataaagat 41127321  T
Q  205 gatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattgg 304  Q
    |||||||||||||| ||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||    
T  41127322 gatgccgtttggagttgggaggagaatttgtcctggatataatttagctttgctccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattgg 41127421  T
Q  305 aaggttccagaggg---tggccatgtcgatttgtcggaaaaatttgaattcaccgtggt 360  Q
    ||| ||| ||||||   |||  |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  41127422 aagattctagagggagctggttatgttgatttgtcggaaaaaactgaattcaccgtggt 41127480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 44 - 157
Target Start/End: Original strand, 26494725 - 26494838
Alignment:
Q  44 gttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagttta 143  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || |||||    |||||||||||||| | || |||||    
T  26494725 gttttgaatggttacttggtgcctaaaaatgggactgtgaattttatggtggcagatataggattagatccaacggtttgggaggatcctacggtgttta 26494824  T
Q  144 agccagaaaggttt 157  Q
    ||||||| ||||||    
T  26494825 agccagagaggttt 26494838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 38 - 157
Target Start/End: Original strand, 26506764 - 26506883
Alignment:
Q  38 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 137  Q
    |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| | |||| ||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  26506764 gatgtgatttttaacggttacttggtgcctaaaaatgggacagttaattttatggtggcagaggttgggtgggatccaagtgtttgggaggatcccatgg 26506863  T
Q  138 agtttaagccagaaaggttt 157  Q
      || |||||||| ||||||    
T  26506864 cattcaagccagataggttt 26506883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 307
Target Start/End: Original strand, 26494893 - 26495009
Alignment:
Q  191 aaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggttt 290  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |  || || |||||||| |  ||||| || ||  | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  26494893 aaagagataaagatgatgccgtttggagcagggaggaggatttgtcctgcctataaattggcaatgctccatttagaatactttgttgctaatttggttt 26494992  T
Q  291 ggaatttcgattggaag 307  Q
     ||| || || ||||||    
T  26494993 tgaactttgagtggaag 26495009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 174 - 221
Target Start/End: Original strand, 55017070 - 55017117
Alignment:
Q  174 ttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctg 221  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  55017070 ttgatattacaggaactaaagagatgaagatgatgccgtttggtgctg 55017117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 185 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 15176408 - 15176287
Alignment:
Q  185 gggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatt 284  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  || ||||| ||||| || |||  |||||| ||  | || |||||||| ||||| || ||||    
T  15176408 gggagtaaagagataaagatgatgccatttggagcagggaggagaatgtgtcctggctatggtttagcattgttgcacttggaatactttgttgccaatt 15176309  T
Q  285 tggtttggaatttcgattggaa 306  Q
    | |||| |||||| || |||||    
T  15176308 ttgttttgaattttgagtggaa 15176287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University