View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8211_low_3 (Length: 706)

Name: NF8211_low_3
Description: NF8211
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8211_low_3
NF8211_low_3
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (14-692)||(35680347-35681024)
chr8 (92-688)||(35685693-35686280)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (366-675)||(23669444-23669753)
chr3 (366-675)||(24041720-24042029)
chr3 (294-675)||(23685130-23685507)
chr3 (294-675)||(24057367-24057744)
chr3 (246-684)||(23674163-23674596)
chr3 (246-684)||(24046439-24046872)
chr3 (532-692)||(52548577-52548737)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (120-156)||(33203307-33203343)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 618; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 618; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 692
Target Start/End: Original strand, 35680347 - 35681024
Alignment:
Q  14 agatcaaggaataagaaagataaaaaatgtannnnnnnnaatattttaagaagnnnnnnnngcattcattcaataagagacatagtgacatcaaaagatt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||        ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35680347 agatcaaggaataagaaagataaaaaatgtattttttttaatattttaagaagaagaaaa-gcattcattcaataagagacaaagtgacatcaaaagatt 35680445  T
Q  114 aaaacctagatttagaaatagcaactaagaattgattccaaccttctttatatggcaatataaagtaccaataattcacctttatgcatccaatagagtg 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35680446 aaaacctagatttagaaatagcaactaagaattgattccaaccttctttatatggcaatataaagtaccaataattcatctttatgcatccaatagagtg 35680545  T
Q  214 ttaattttgcttaatatattgtggtgaactggtgatgctaatttgcagggaaaaatggcaacgttagttgaacccccttacagaattaagccaaagggaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35680546 ttaattttgcttaatatattgtggtgaactggtgatgctaatttgcagggaaaaatggcaacgttagttgaacccccttacagaattaagccaaagggaa 35680645  T
Q  314 agcattattatagaatatcaaaaacattgtttgaggttgatatgaagtatgttccaattaaggctattggcagaggaacatatggtgtggtgtgctcatc 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35680646 agcattattatagaatatcaaaaacattgtttgaggttgatatgaagtatgttccaattaaggctattggcagaggaacatatggtgtggtgtgctcatc 35680745  T
Q  414 catcaataaagatactgatgagaaagttgcaattaagaagattagcaatatatttgataattgtattgattcagtgagaactttaagggagatgatgctg 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35680746 catcaataaagatactgatgagaaagttgcaattaagaagattagcaatatatttgataattgtattgattcagtgagaactttaagggagatgatgctg 35680845  T
Q  514 cttagaaatattcgacacgagaatgtgattgctttgaaagatgttatgatgccggtacatagaacaagttttaaggatgtctacttggtttatgaactca 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35680846 cttagaaatattcgacacgagaatgtgattgctttgaaagatgttatgatgccggtacatagaacaagttttaaggatgtctacttggtttatgaactca 35680945  T
Q  614 tggaaacagatcttcatcaaattatcaagtctactcagccactttctaatgatcattgcaaatatttcttgtttcaggt 692  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35680946 tggaaacagatcttcatcaaattatcaagtctactcagccactttctaatgatcattgcaaatatttcttgtttcaggt 35681024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 92 - 688
Target Start/End: Original strand, 35685693 - 35686280
Alignment:
Q  92 gacatagtgacatcaaaagattaaaacctagatttagaaatagcaactaagaattgattccaaccttct-ttatatggcaatataaagtaccaataattc 190  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  35685693 gacaaagtgacatcaaaagattaaaatctagatttggaaataagaactaagaattgattccaaccttctcttacatggcaatataaagtttcaataattc 35685792  T
Q  191 acctttatgcatccaatagagtgttaattttgcttaatatattgtggtgaactggtgatgctaatttgcagggaaaaatggcaacgttagttgaaccccc 290  Q
    || ||||||||| |||   |||||||||||||||||| |  |||||||||        ||||||||||||||  ||| ||||||  ||||||||||| ||    
T  35685793 acttttatgcattcaagtaagtgttaattttgcttaacaccttgtggtga--------tgctaatttgcaggtcaaa-tggcaaaattagttgaacctcc 35685883  T
Q  291 ttacagaattaagccaaagggaaagcattattatagaatatcaaaaacattgtttgaggttgatatgaagtatgttccaattaaggctattggcagagga 390  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35685884 ttacaaagttaagccaaagggaaagcattattattcaatatcaaaaatattgtttgaggttgatatgaagtatgttccaatcaaggctattggcagagga 35685983  T
Q  391 acatatggtgtggtgtgctcatccatcaataaagatactgatgagaaagttgcaattaagaagattagcaatatatttgataattgtattgattcagtga 490  Q
     || ||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| |||    
T  35685984 gcaaatggtttggtgtgttcatctatcaataaggatactaatgagaaagttgcaattaagaagattagcaacatctttgataattgtgttgattcaatga 35686083  T
Q  491 gaactttaagggagatgatgctgcttagaaatattcgacacgagaatgtgattgctttgaaagatgttatgatgccggtacatagaacaagttttaagga 590  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35686084 aaactttaagggagatgatgctgcttagaaatattcgacatgaaaatgtgatcgttttgaaagat-ttatgatgccggtacatagaacaagttttaagga 35686182  T
Q  591 tgtctacttggtttatgaactcatggaaacagatcttcatcaaattatcaagtctactcagccactttctaatgatcattgcaaatatttcttgtttc 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||  ||||| ||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||    
T  35686183 tgtctacttggtttatgaactcatggatacagatcttcatcagattataaagtccgctcagtcactttctaatgatatttgcagatattttttgtttc 35686280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 366 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 23669753 - 23669444
Alignment:
Q  366 tccaattaaggctattggcagaggaacatatggtgtggtgtgctcatccatcaataaagatactgatgagaaagttgcaattaagaagattagcaatata 465  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||  | |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||    
T  23669753 tccaatcaagcctattggccgaggaacatatggcgtggtgtgctcatccatcaatatggataccaacgagaaagtggcaatcaagaagattagcaacgta 23669654  T
Q  466 tttgataattgtattgattcagtgagaactttaagggagatgatgctgcttagaaatattcgacacgagaatgtgattgctttgaaagatgttatgatgc 565  Q
    |||||| |||||  |||| || | ||||||||||||||||||| | ||||| || || |||| || |||||||||||| || |||||||||||||||| |    
T  23669653 tttgatgattgtggtgatgcactcagaactttaagggagatgaagttgcttcgacatgttcggcatgagaatgtgatttctctgaaagatgttatgatac 23669554  T
Q  566 cggtacatagaacaagttttaaggatgtctacttggtttatgaactcatggaaacagatcttcatcaaattatcaagtctactcagccactttctaatga 665  Q
    | |  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||  |||||||||||  || |||||||||| ||| |    
T  23669553 cagaccaaagaacaagttttaaggatgtctacttggtctatgaactcatggataaagaccttcatcgtattatcaagtcctctaagccactttccaataa 23669454  T
Q  666 tcattgcaaa 675  Q
    ||||||||||    
T  23669453 tcattgcaaa 23669444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 366 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 24042029 - 24041720
Alignment:
Q  366 tccaattaaggctattggcagaggaacatatggtgtggtgtgctcatccatcaataaagatactgatgagaaagttgcaattaagaagattagcaatata 465  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||  | |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||    
T  24042029 tccaatcaagcctattggccgaggaacatatggcgtggtgtgctcatccatcaatatggataccaacgagaaagtggcaatcaagaagattagcaacgta 24041930  T
Q  466 tttgataattgtattgattcagtgagaactttaagggagatgatgctgcttagaaatattcgacacgagaatgtgattgctttgaaagatgttatgatgc 565  Q
    |||||| |||||  |||| || | ||||||||||||||||||| | ||||| || || |||| || |||||||||||| || |||||||||||||||| |    
T  24041929 tttgatgattgtggtgatgcactcagaactttaagggagatgaagttgcttcgacatgttcggcatgagaatgtgatttctctgaaagatgttatgatac 24041830  T
Q  566 cggtacatagaacaagttttaaggatgtctacttggtttatgaactcatggaaacagatcttcatcaaattatcaagtctactcagccactttctaatga 665  Q
    | |  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||  |||||||||||  || |||||||||| ||| |    
T  24041829 cagaccaaagaacaagttttaaggatgtctacttggtctatgaactcatggataaagaccttcatcgtattatcaagtcctctaagccactttccaataa 24041730  T
Q  666 tcattgcaaa 675  Q
    ||||||||||    
T  24041729 tcattgcaaa 24041720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 294 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 23685507 - 23685130
Alignment:
Q  294 cagaattaagccaaagggaaagcattattatagaatatcaaaaacattgtttgaggttgatatgaagtatgttccaattaaggctattggcagaggaaca 393  Q
    ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| ||| |   |||||||||||||  || |||  ||||||  |||||| ||| |||||||| ||| ||||    
T  23685507 cagaaataggccaaggagaaagcattgttatacaatgtgggaaacattgtttgatattcatacaaagtatcgtccaatcaagcctattggccgagcaaca 23685408  T
Q  394 tatggtgtggtgtgctcatccatcaataaagatactgatgagaaagttgcaattaagaagattagcaatatatttgataattgtattgattcagtgagaa 493  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||  |||  || ||||||    
T  23685407 tatggcatggtgtgctcatccatcaatatggataccaatgagaaagtggcaatcaagaagattagcaatgtatttgatgattgtggtgacgcactgagaa 23685308  T
Q  494 ctttaagggagatgatgctgcttagaaatattcgacacgagaatgtgattgctttgaaagatgttatgatgccggtacatagaacaagttttaaggatgt 593  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||  ||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||| |    
T  23685307 ctttaagggagatgaagttgcttagacat-gtcggcatgagaatgtgattgctctgaaagatgttatgataccggaccaaagaacaagttttaaggatat 23685209  T
Q  594 ctacttggtttatgaactcatggaaacagatcttcatcaaattatcaagtctactcagccactttctaatgatcattgcaaa 675  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||    ||| |||||  || |||||||||| |||||||||||||||    
T  23685208 ctacttggtctatgaattcatggataaagatcttcatc---gtattaagtcctctaagccactttccaatgatcattgcaaa 23685130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 294 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 24057744 - 24057367
Alignment:
Q  294 cagaattaagccaaagggaaagcattattatagaatatcaaaaacattgtttgaggttgatatgaagtatgttccaattaaggctattggcagaggaaca 393  Q
    ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| ||| |   |||||||||||||  || |||  ||||||  |||||| ||| |||||||| ||| ||||    
T  24057744 cagaaataggccaaggagaaagcattgttatacaatgtgggaaacattgtttgatattcatacaaagtatcgtccaatcaagcctattggccgagcaaca 24057645  T
Q  394 tatggtgtggtgtgctcatccatcaataaagatactgatgagaaagttgcaattaagaagattagcaatatatttgataattgtattgattcagtgagaa 493  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||  |||  || ||||||    
T  24057644 tatggcatggtgtgctcatccatcaatatggataccaatgagaaagtggcaatcaagaagattagcaatgtatttgatgattgtggtgacgcactgagaa 24057545  T
Q  494 ctttaagggagatgatgctgcttagaaatattcgacacgagaatgtgattgctttgaaagatgttatgatgccggtacatagaacaagttttaaggatgt 593  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||  ||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||| |    
T  24057544 ctttaagggagatgaagttgcttagacat-gtcggcatgagaatgtgattgctctgaaagatgttatgataccggaccaaagaacaagttttaaggatat 24057446  T
Q  594 ctacttggtttatgaactcatggaaacagatcttcatcaaattatcaagtctactcagccactttctaatgatcattgcaaa 675  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||    ||| |||||  || |||||||||| |||||||||||||||    
T  24057445 ctacttggtctatgaattcatggataaagatcttcatc---gtattaagtcctctaagccactttccaatgatcattgcaaa 24057367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 246 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 23674596 - 23674163
Alignment:
Q  246 tgatgctaatttgcagggaaaaatggcaacgttagttgaacccccttacagaattaagccaaagggaaagcattattatagaatatcaaaaacattgttt 345  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||||| | | | |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |  |||||||         
T  23674596 tgatgctattttgcagg-aaaaatggcaactttagtggaacctcataagagaattaagccaaaggtaaagcataattatacaatgtggaaaacat----- 23674503  T
Q  346 gaggttgatatgaagtatgttccaattaaggctattggcagaggaacatatggtgtggtgtgctcatccatcaataaagatactgatgagaaagttgcaa 445  Q
      | ||||||||||||||  || |||  ||   ||| || ||||    |||| ||||||||||||| |||||| ||| || ||  |||||||||| ||||    
T  23674502 --gattgatatgaagtatagtctaatcgagcagatttgccgagggttgtatgttgtggtgtgctcagccatcagtaaggagaccaatgagaaagtcgcaa 23674405  T
Q  446 ttaagaagattagcaatatatttgataattgtattgattcagtgagaactttaagggagatgatgctgcttagaaatattcgacacgagaatgtgattgc 545  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| || | ||||||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||||||||||  |    
T  23674404 tgaagaagattagcaatgtatttgataatttgattgatgcactaagaactttatgggagatgaagcttcttagacatgttcggcacgagaatgtgatcac 23674305  T
Q  546 tttgaaagatgttatgatgccggtacatagaacaa---gttttaaggatgtctacttggtttatgaactcatggaaacagatcttcatcaaattatcaag 642  Q
    |||||||||||||||||| |  |  || | |||||   |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||  || ||| ||| ||||| |||    
T  23674304 tttgaaagatgttatgatactagatcaaaaaacaacatgttttaaggatgtctacttggtctatgaactaatggatactaatattcgtcatattatgaag 23674205  T
Q  643 tctactcagccactttctaatgatcattgcaaatatttcttg 684  Q
    ||  |||||| | |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  23674204 tcctctcagcgaatttccaatgatcattgccaatatttcttg 23674163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 246 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 24046872 - 24046439
Alignment:
Q  246 tgatgctaatttgcagggaaaaatggcaacgttagttgaacccccttacagaattaagccaaagggaaagcattattatagaatatcaaaaacattgttt 345  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||||| | | | |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |  |||||||         
T  24046872 tgatgctattttgcagg-aaaaatggcaactttagtggaacctcataagagaattaagccaaaggtaaagcataattatacaatgtggaaaacat----- 24046779  T
Q  346 gaggttgatatgaagtatgttccaattaaggctattggcagaggaacatatggtgtggtgtgctcatccatcaataaagatactgatgagaaagttgcaa 445  Q
      | ||||||||||||||  || |||  ||   ||| || ||||    |||| ||||||||||||| |||||| ||| || ||  |||||||||| ||||    
T  24046778 --gattgatatgaagtatagtctaatcgagcagatttgccgagggttgtatgttgtggtgtgctcagccatcagtaaggagaccaatgagaaagtcgcaa 24046681  T
Q  446 ttaagaagattagcaatatatttgataattgtattgattcagtgagaactttaagggagatgatgctgcttagaaatattcgacacgagaatgtgattgc 545  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| || | ||||||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||||||||||  |    
T  24046680 tgaagaagattagcaatgtatttgataatttgattgatgcactaagaactttatgggagatgaagcttcttagacatgttcggcacgagaatgtgatcac 24046581  T
Q  546 tttgaaagatgttatgatgccggtacatagaacaa---gttttaaggatgtctacttggtttatgaactcatggaaacagatcttcatcaaattatcaag 642  Q
    |||||||||||||||||| |  |  || | |||||   |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||  || ||| ||| ||||| |||    
T  24046580 tttgaaagatgttatgatactagatcaaaaaacaacatgttttaaggatgtctacttggtctatgaactaatggatactaatattcgtcatattatgaag 24046481  T
Q  643 tctactcagccactttctaatgatcattgcaaatatttcttg 684  Q
    ||  |||||| | |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  24046480 tcctctcagcgaatttccaatgatcattgccaatatttcttg 24046439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 532 - 692
Target Start/End: Original strand, 52548577 - 52548737
Alignment:
Q  532 gagaatgtgattgctttgaaagatgttatgatgccggtacatagaacaagttttaaggatgtctacttggtttatgaactcatggaaacagatcttcatc 631  Q
    |||||||| ||||||||||||||  | ||||||||    ||||| |  | |||||||||||| ||  | ||||||||||||||||| || ||| | ||||    
T  52548577 gagaatgttattgctttgaaagacatcatgatgcctaatcataggaataattttaaggatgtttatcttgtttatgaactcatggacaccgatttgcatc 52548676  T
Q  632 aaattatcaagtctactcagccactttctaatgatcattgcaaatatttcttgtttcaggt 692  Q
    | ||||| |||||| | ||  |||||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||    
T  52548677 agattattaagtcttcccaagcactttctaatgatcactgccaatatttcctctttcaggt 52548737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 156
Target Start/End: Original strand, 33203307 - 33203343
Alignment:
Q  120 tagatttagaaatagcaactaagaattgattccaacc 156  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  33203307 tagatttagaaataagaactaagaattgattccaacc 33203343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University