View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8211_low_7 (Length: 476)

Name: NF8211_low_7
Description: NF8211
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8211_low_7
NF8211_low_7
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (19-464)||(1361805-1362250)
chr2 (19-464)||(1354919-1355364)
chr2 (55-464)||(20492590-20492999)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (55-464)||(29954455-29954864)
chr4 (62-443)||(51369596-51369977)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (55-451)||(11531781-11532177)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (55-464)||(12846433-12846842)
chr6 (19-440)||(14622560-14622981)
chr6 (19-440)||(14588902-14589323)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 1362250 - 1361805
Alignment:
Q  19 ggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaacct 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  1362250 ggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaagaacatggccgaaatgaacct 1362151  T
Q  119 tttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattcc 218  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362150 tctcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattcc 1362051  T
Q  219 gcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaatt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1362050 gcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagcccaaaagaaagacaacccagaaagctcaatt 1361951  T
Q  319 ccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctt 418  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361950 ccatgagccaactcagttaaatcattctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctt 1361851  T
Q  419 tgattttcacccaatcaggattgttctcttcctcttcatcgtctct 464  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361850 tgattttcacccaatcaggattgttctcttcctcttcatcgtctct 1361805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 1355364 - 1354919
Alignment:
Q  19 ggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaacct 118  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1355364 ggtacttcaacagccacttccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacactggtcaagcaaataaggcagtgtcacaagaacatggccaaaatgaacct 1355265  T
Q  119 tttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattcc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355264 tttcaataacagaaccagaaccacaatgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagatcttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattcc 1355165  T
Q  219 gcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaatt 318  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1355164 gcgttctttcgtcctttcctcgaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaagacaacccagaaagctcaatt 1355065  T
Q  319 ccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355064 ccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctt 1354965  T
Q  419 tgattttcacccaatcaggattgttctcttcctcttcatcgtctct 464  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1354964 tgattttcacccaatcaggattgttctcttcctcttcatcatctct 1354919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 55 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 20492999 - 20492590
Alignment:
Q  55 cttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatac 154  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||    
T  20492999 cttgaaaacaaacattgatcaattaaataaggcaatgtcacaagtacatgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatac 20492900  T
Q  155 atccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaa 254  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||   |||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  20492899 atccaccaattgatccatgagctaagatctttagctgtggtgcccatgttttccaaacgattccatattcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaa 20492800  T
Q  255 ttcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaac 354  Q
    |||||||||||| ||||| || || ||||||| |||||||||||| |||| |||  |||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||| | |||    
T  20492799 ttcaagtgtaccttctttaaggtttttcaaagcccaaaagaaaggtaacctagattgctcaattccatgagctaactcagttagatcttgttgatttaac 20492700  T
Q  355 ttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttgattttcacccaatcaggattgttctcttcctctt 454  Q
    || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||| | ||| ||||| || |    
T  20492699 tttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattcttttgaatccaaccaagccttgattttcacccaatcagggtcgttttcttcttcct 20492600  T
Q  455 catcgtctct 464  Q
    ||| ||||||    
T  20492599 cattgtctct 20492590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 55 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 29954864 - 29954455
Alignment:
Q  55 cttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatac 154  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||    
T  29954864 cttgaaaacaaacattggtcaggtaaataaggcaatgtcacaaggacatgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatac 29954765  T
Q  155 atccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaa 254  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  29954764 atccaccaattgatccatgagctaagatcttaagttgaggtgcccatgttttccaaacgattccacattcttttgttctttcctcaaatcctttaggtaa 29954665  T
Q  255 ttcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaac 354  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||| |||||  || || |||    
T  29954664 ttcaagtgtaccctctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggcaacctagaaagctcaattccatgcgctaactcagttagatcttgttggcttaac 29954565  T
Q  355 ttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttgattttcacccaatcaggattgttctcttcctctt 454  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||  ||| ||| | ||||||||||    
T  29954564 ttcaactcgctcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattcttttgaatccaaccatgccttgattttcacccaactagggttgctttcttcctctt 29954465  T
Q  455 catcgtctct 464  Q
    | ||||||||    
T  29954464 cgtcgtctct 29954455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 62 - 443
Target Start/End: Original strand, 51369596 - 51369977
Alignment:
Q  62 acaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccacc 161  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||| ||| ||||| ||||| |||| ||||| | | ||||  || ||||    ||||||||||||||||||||||||    
T  51369596 acaaacactggtcaagtatataaggcaatgtgacaagaacatgcccaagatgaagcatctcaacgactgaacttccaccacagtgactcatacatccacc 51369695  T
Q  162 aattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagt 261  Q
    ||||| |  ||||||||||||||| | ||| ||| |||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||  |    
T  51369696 aattgatggatgagctaagattttgatctggggtacccaggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcgaatccttgaggtaattcagat 51369795  T
Q  262 gtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaact 361  Q
      ||| |||||  |||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||   |||||  |||    
T  51369796 acaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaaggtaacccagaaagttcaattccatgagctaactcagttaaatcttgttgatctaactttgact 51369895  T
Q  362 cactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttgattttcacccaatcaggattgtt 443  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  | ||||| |  ||||||||||| |||||    
T  51369896 cgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattcttttgagtccaaccatgccttgatgtggacccaatcagggttgtt 51369977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 55 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 11532177 - 11531781
Alignment:
Q  55 cttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatac 154  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||  |||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||    
T  11532177 cttgagaacaaacattggtcaattaaataaggcaatgtcacaagagcatgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacagtgactcatac 11532078  T
Q  155 atccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaa 254  Q
    ||||||| |||| |||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  11532077 atccaccgattgatccatgtgctaagatcttaagttgtggtgcccatgttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcaaattctttaggtaa 11531978  T
Q  255 ttcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaac 354  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||  ||||| |      
T  11531977 ttcaagtgtaccctctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggcaacctagaaagctcaattccatgagctaactcaattagatcttgttgacttatt 11531878  T
Q  355 ttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttgattttcacccaatcaggattgttctcttcct 451  Q
    |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  | |||||||||| ||||||| | ||||| |||||||    
T  11531877 ttcgtctcgctcccaaatccaatgtaaacaacagaagacgattcttttgaatccaaccatgccttgattttcatccaatcaaggttgttttcttcct 11531781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 55 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 12846842 - 12846433
Alignment:
Q  55 cttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatac 154  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||| | ||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||    
T  12846842 cttgaaaacaaacattgatctagcaaataaggcaatgtaacaagaacatgtccaaaatggagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatac 12846743  T
Q  155 atccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaa 254  Q
    | || |||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  || || ||||||| ||||||    
T  12846742 accccccaattgctccatgggataagatcttaagctggggtgcccatgttttccaaacaattccacgttctttggttcgatcttcgaatcctttaggtaa 12846643  T
Q  255 ttcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaac 354  Q
     ||||||||||||| ||| || || ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| || || |||| |||||  ||  | |||    
T  12846642 ctcaagtgtacccttttttaggtttttcaaagcccaaaagaaaggtaacctagaaagctcaattccatgagctaattcggttagatctttttgcgttaac 12846543  T
Q  355 ttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttgattttcacccaatcaggattgttctcttcctctt 454  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||   ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |    
T  12846542 ctcaactcgctcccaaatccaatgtaaacaacggaagatgattctcttgaatccagccatttttttattttcaaccaatcaggatggttctcttcctcct 12846443  T
Q  455 catcgtctct 464  Q
    ||||||||||    
T  12846442 catcgtctct 12846433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 14622981 - 14622560
Alignment:
Q  19 ggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaacct 118  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||  | | | | |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||| |     
T  14622981 ggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacattggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcccaagatgaagca 14622882  T
Q  119 tttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattcc 218  Q
    ||||||| || ||||  | |||||| ||| ||||||| |||| ||||| | |||||| |||||| |||| ||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  14622881 tttcaatgactgaactgggaccacaatgagtcatacaaccactaattgattcatgagttaagatcttaaactggggtgcccaagttttccaaacaattcc 14622782  T
Q  219 gcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaatt 318  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||  ||||||||| ||||  || |||| ||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  14622781 gcgttcttttgttctttcctcgaaccctttaggcaattcaagtacaccctctttaagatcttttaaagcccaaaagaacggtaacctagaaagctcaatt 14622682  T
Q  319 ccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctt 418  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||  ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  | |    
T  14622681 ccatgagctaactcagttatatcttgttgacttaacttcgactcgctcccaaatccaatgtaaacaatagaagatgattcttttgaatccaaccatgcct 14622582  T
Q  419 tgattttcacccaatcaggatt 440  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  14622581 tgattttcacccagtcaggatt 14622560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 14589323 - 14588902
Alignment:
Q  19 ggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaacct 118  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||  | | | | |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||| || || |     
T  14589323 ggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacattggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcccaagataaagca 14589224  T
Q  119 tttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattcc 218  Q
    ||||||  || ||||  | |||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||| ||| ||| |||| || ||||||||||||||    
T  14589223 tttcaaagactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatccatgagttaagatcttaaactggggtacccaagttttccaaacaattcc 14589124  T
Q  219 gcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaatt 318  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||  ||||||||| ||||  || |||| ||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  14589123 gcgttcttttgttctttcctcgaaccctttaggcaattcaagtacaccctctttaagatcttttaaagcccaaaagaacggtaacctagaaagctcaatt 14589024  T
Q  319 ccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctt 418  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||  ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  | |    
T  14589023 ccatgagctaactcagttatatcttgttgacttaacttcgactcgctcccaaatccaatgtaaacaatagaagatgattcttttgaatccaaccatgcct 14588924  T
Q  419 tgattttcacccaatcaggatt 440  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  14588923 tgattttcacccattcaggatt 14588902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University