View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8214_low_14 (Length: 368)

Name: NF8214_low_14
Description: NF8214
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8214_low_14
NF8214_low_14
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-349)||(48912117-48912465)
chr4 (2-345)||(48958207-48958550)
chr4 (1-345)||(48965392-48965733)
chr4 (134-345)||(48961356-48961567)
chr4 (113-240)||(48951399-48951526)
[»] scaffold0536 (2 HSPs)
scaffold0536 (5-349)||(6287-6631)
scaffold0536 (3-349)||(10269-10613)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (2-349)||(12589942-12590292)
chr6 (2-348)||(12483237-12483586)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (93-345)||(13448426-13448675)
chr2 (55-345)||(13440263-13440550)
chr2 (152-345)||(13454897-13455087)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (33-345)||(3417334-3417643)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (55-256)||(28385483-28385684)
chr5 (50-340)||(12540753-12541040)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (101-350)||(12641353-12641602)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 48912117 - 48912465
Alignment:
Q  1 agagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48912117 agagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccaatgtcatttttcg 48912216  T
Q  101 gataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48912217 gataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagaatgacaatgaag 48912316  T
Q  201 aggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912317 aggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattct 48912416  T
Q  301 gagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattcc 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912417 gagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattcc 48912465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 48958550 - 48958207
Alignment:
Q  2 gagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcgg 101  Q
    |||| |||||| |||||||| |  ||| |||||||||| |||| |||   | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||| |||| || |    
T  48958550 gagaatgttgttagtgtgcatggttgtctgagttggctcaacttgaagagacataactcagtgttgtacatatgctttggaagcatatgttatttatctg 48958451  T
Q  102 ataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaaga 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||  ||  | || | ||||||    
T  48958450 ataaacaactttatgagattgcgtgtgggatagaagcatcaggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaagaaagggaaagaagacgagagtgaaga 48958351  T
Q  202 ggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctg 301  Q
    |||||||| ||| |||||||| || || || ||||||||||  || ||||||||||| | | |||| |||| ||| ||||| ||||| ||| ||||||||    
T  48958350 ggagaaaggaaagtggttgccgaaaggattcgaagagagaaacattggaaagaagaaaggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctg 48958251  T
Q  302 agccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaa 345  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48958250 agccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaa 48958207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 48965733 - 48965392
Alignment:
Q  1 agagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcg 100  Q
    ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || | | ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||  |||| || |  |    
T  48965733 agagagtgcagtgagcgtgcaagagtgtttgagttggctcaattccaagcgacataactcagtgttgtacataagctttggaagcctctgtcgttatcag 48965634  T
Q  101 gataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaag 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |  || ||||||||| |||| || || ||||||||| ||||    || ||  |||  ||| |||| | |||||    
T  48965633 gataaacagctttatgagattgcgtgtgcaatagaagcatcgggtcatgattttatatgggttattccccttaataacgggaaagaggatgagagtgaag 48965534  T
Q  201 aggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattct 300  Q
    |||||||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||||  || |||||||||   | | ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||    
T  48965533 aggagaagcaaaagtggttaccaaagggattcgaagagagaaacattggaaagaag---ggtttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattct 48965437  T
Q  301 gagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaa 345  Q
    ||||||| | || |||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  48965436 gagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaa 48965392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 134 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 48961567 - 48961356
Alignment:
Q  134 gaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttg 233  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || ||| |||  | | |||| |  |||||||||||||| || |||||||| || || ||||    
T  48961567 gaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaaaaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttgccgaaaggatttg 48961468  T
Q  234 aagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacaca 333  Q
    |||||||||  || | ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||  |||||||| ||    
T  48961467 aagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgca 48961368  T
Q  334 ttgtgggtggaa 345  Q
    ||| ||||||||    
T  48961367 ttgcgggtggaa 48961356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 113 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 48951526 - 48951399
Alignment:
Q  113 tatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaa 212  Q
    |||||||||||  ||| ||| |||| |||  || | ||||||||||||||||| || ||||||||  ||| |||| | || | ||| |||||||| ||||    
T  48951526 tatgagattgcaagcgcgatagaagaatcaggttatgaattcatatgggttgtcccagaaaagaaggggaaggagaacgagagtgatgaggagaaggaaa 48951427  T
Q  213 aatggttgccaaaggggtttgaagagag 240  Q
    ||||||| || | || ||||||||||||    
T  48951426 aatggttacccagggagtttgaagagag 48951399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 2)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 5 - 349
Target Start/End: Original strand, 6287 - 6631
Alignment:
Q  5 agtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggata 104  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| | |||  ||||||    
T  6287 agtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggctagactcgaagccagataactcagtgttgtacatatgctttggaagcttatgccttttcccggata 6386  T
Q  105 aacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagagga 204  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||  |||| | |||||||||    
T  6387 aacaactttacgagattgcatgtgggatagaagcatcgggtcacaaattcatatgggttgttcctgagaagaaagggaaagaagatgagagtgaagagga 6486  T
Q  205 gaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagc 304  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  6487 gaaaggaaaatggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagc 6586  T
Q  305 cacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattcc 349  Q
    |||| |||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  6587 cacaaagctctgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattcc 6631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 349
Target Start/End: Original strand, 10269 - 10613
Alignment:
Q  3 agagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcgga 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| | |||||  || ||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||    
T  10269 agagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggcttaacttgaagcgagata--tcagtgttgtacatttgctttggaagcctatgttatttttcaga 10366  T
Q  103 taaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagag 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||  |||| ||||||||||| |||||| |||  ||| |||| | | |||||    
T  10367 taaacaactttatgagattgcgtgcagggtagaagcatcgggttacgaatttgtatgagttgttcctgagaagaaagggaaagagaatgagagtcaagag 10466  T
Q  203 gagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctga 302  Q
    ||||||||||||||| | || || || |||||||| ||| |||| | ||||||||||| | ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  10467 gagaaagaaaaatggctaccgaaaggatttgaagaaagagttattgcaaagaagaagggtttgattattaagggttgggcccctcaggttatgattctaa 10566  T
Q  303 gccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattcc 349  Q
    ||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10567 gccacactgttgtgggtgcgtttatgacacattgtgggtggaattcc 10613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 2 - 349
Target Start/End: Original strand, 12589942 - 12590292
Alignment:
Q  2 gagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcgg 101  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||  |||  |||| || |    
T  12589942 gagagtgttgtgaacgtgcaagagtgtctgagttggctaaactcgaagcgagataactctgtgttgtacatatgctttgggagcatatgctatttctcag 12590041  T
Q  102 ataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaaga 201  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||  | ||||||||| |||||||| |||| || || ||| ||| |||  |||| | ||| ||    
T  12590042 ataaacaactttatgagatttcgtgtggcatagaagcatcaggccacgaattcgtatgggttattcccgagaaaaaagggaaggaagatgagagtgatga 12590141  T
Q  202 ggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcg---gaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgatt 298  Q
    ||| ||| ||||||||||||| |  || |||||||||||||  || |   |||||||||||| | |||| |||| ||||||||| ||||| || ||||||    
T  12590142 ggataaacaaaaatggttgcctagtggatttgaagagagaaacattgggagaaagaagaagggtttgatcattaggggttgggccccacaagtaatgatt 12590241  T
Q  299 ctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattcc 349  Q
     |||||||||  || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  12590242 atgagccacaatgcagtgggcgcgtttatgacacattgtggatggaattcc 12590292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 2 - 348
Target Start/End: Original strand, 12483237 - 12483586
Alignment:
Q  2 gagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcgg 101  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||   |||||||| ||||| || ||||| || || ||| |||||||||||||||| |||| |||  |||| || |    
T  12483237 gagagtgttgtgagcgtgcatgagtgtcaaagttggctaaactcaaagcaagaaaattcagtgttgtacatatgctttgggagcctatgcaatttctctg 12483336  T
Q  102 ataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaaga 201  Q
    ||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||| || |  |||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||  |||| |  || ||    
T  12483337 ataaacagctttacgaaatttcatgcggaatagaagcatcgggtaaaaaattcatatgggttgttcctgagaaaaaagggaaggaagatgagagcgatga 12483436  T
Q  202 ggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagaga---attatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgatt 298  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||   ||||   | || |||| || | | || || | ||| ||||| ||||||||  |||||    
T  12483437 ggagaaagaaaagtggttgccgaagggatttgaggagagaaacattagaaggaataagatgggtttaatcatcagggggtgggcaccacaggtactgatt 12483536  T
Q  299 ctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattc 348  Q
     |||||||| | || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  12483537 ttgagccaccctgcagtgggtgcatttatgactcactgtggatggaattc 12483586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 93 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 13448675 - 13448426
Alignment:
Q  93 atttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatga 192  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||| || || | ||| ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||  ||||    
T  13448675 atttttctgataaacaactatacgagatggcatgtgcgatagaagcatccggtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaagggaaagaagatga 13448576  T
Q  193 caatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggtt 292  Q
     |  ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||   |||||||| | |||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  13448575 gagcgaagaagagaaagaaaagtggttaccgaagggatttgaagagagaaatatcgg---gaagaagggtttgatcattaggggttgggccccacaggtt 13448479  T
Q  293 atgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaa 345  Q
    | |||  |||||||| | || ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||    
T  13448478 aagatattgagccaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaa 13448426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 55 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 13440550 - 13440263
Alignment:
Q  55 taactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattc 154  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||       |||| || ||||||||||| |||||||| |||||||  || |||||||| ||||||  ||||    
T  13440550 taactcggtgttgtacatatgttttggaagcatcaactatttctctgataaacaactatatgagatggcgtgcgcaatagaagcatctagtcacccattc 13440451  T
Q  155 atatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaaga 254  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||  ||  |||| | ||| || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||  ||    | ||    
T  13440450 atatgggttgttcctgagaagaaagggaaagaagatgagagtgaggaagagaaagaaaagtggttgccaaagggattcgaagagagaaacat---tagga 13440354  T
Q  255 agaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaa 345  Q
     || || | |||| |||||||||||||| ||||| |||| |||  |||||||| | || ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||    
T  13440353 ggatgggtttgatcattaagggttgggccccacaagttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacgcattgcggggggaa 13440263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 13455087 - 13454897
Alignment:
Q  152 ttcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaa 251  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||  ||  |||| |  |||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||| ||  ||||       
T  13455087 ttcatatgggttgttccggagaagaaagggaaagaagatgagagcgaagaggagaaacaaaagtggttgccgaagggatttgaagagaaaaacatcg--- 13454991  T
Q  252 agaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaa 345  Q
    |||| |||| | |||| |||| ||||||||| ||||| |||| |||  |||| ||| | || ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||    
T  13454990 agaaaaagggtttgatcattaggggttgggccccacaagttaagatattgagtcaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaa 13454897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 33 - 345
Target Start/End: Original strand, 3417334 - 3417643
Alignment:
Q  33 gttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggat 132  Q
    ||||||| |||||  |||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||  |    |||| || ||||||||||| ||||||||||| | ||  ||    
T  3417334 gttggctcaactcacaacaagttaactcagtgttgtacatatgttttggaagcttaaactatttctctgataaacaactatatgagattgcatacgcaat 3417433  T
Q  133 tgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggttt 232  Q
     ||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||| |||||| | |  ||  |||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  3417434 agaagcatcgggtcacccattcatatgggttgttcttgagaagaaaggaaaagaagatgagaacgaagaagagaaagaaaagtggttgccgaagggattt 3417533  T
Q  233 gaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacac 332  Q
    || |||||||  || |||||||||   | | ||||  ||| ||||||||| |||||||||  |||  |||||||| | || || || | |||||||||||    
T  3417534 gaggagagaaacattggaaagaag---ggtttgatcgttaggggttgggccccacaggttcagatattgagccaccctgcggtagggggatttatgacac 3417630  T
Q  333 attgtgggtggaa 345  Q
    |||||||| ||||    
T  3417631 attgtggggggaa 3417643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 55 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 28385684 - 28385483
Alignment:
Q  55 taactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattc 154  Q
    |||||| || ||||||||||| |||||||||  |   ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||   | ||||||||  |||||  ||||    
T  28385684 taactcagttgtgtacatatgttttggaagcataaaccatttctctgataaacaactatatgagattgcatgcgcagtagaagcatcaggtcacccattc 28385585  T
Q  155 atatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaaga 254  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||  || |||||||    
T  28385584 atatgggttgttcctgagaagaaagggaaagaagatgagatcgaagaagagaaagaaaagtggctgccaaagggatttgaggagagaaacattggaaaga 28385485  T
Q  255 ag 256  Q
    ||    
T  28385484 ag 28385483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 12541040 - 12540753
Alignment:
Q  50 caagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacg 149  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| |||||||||  |  |||||| |  || |||||||| ||||||||||| || |   | |||| |  | |||||     
T  12541040 caagttaactcagtggtgtacatatgttttggaagcataaatcatttctttgacaaacaactatatgagattgcatgtgcagtagaaggaatgggtcacc 12540941  T
Q  150 aattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcgg 249  Q
     ||||||||||||||||||||| |||| | |||  ||  |||| | |||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||  || ||    
T  12540940 cattcatatgggttgttcctgagaagagagggaaagaagatgagactgaagaagagaaagaaaagtggatgccgaagggatttgaggagagaaacattgg 12540841  T
Q  250 aaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtggg 340  Q
    ||| |||   | | |||| |||| ||||||||| |||||||||| |||  |||||||| | || ||||| | |||||||||||||||||||    
T  12540840 aaaaaag---ggtttgatcattaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacacattgtggg 12540753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 46; Significance: 4e-17; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 101 - 350
Target Start/End: Original strand, 12641353 - 12641602
Alignment:
Q  101 gataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaag 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||| || |||   ||  ||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||   |  |||| | |||||    
T  12641353 gataaacaactttacgagattgcgagcggaatagaaaattcaggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaagaaagggaaaaaagatgagagtgaag 12641452  T
Q  201 aggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattct 300  Q
    ||||||||||||| |||||||| || || || |||||||||| | | | ||| ||||| | | | || |||| ||  ||||| ||||| || |||||| |    
T  12641453 aggagaaagaaaagtggttgcctaaaggattcgaagagagaaatgttgaaaataagaaaggttttatcattagggagtgggccccacaagtaatgatttt 12641552  T
Q  301 gagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattcct 350  Q
     |||||| | || ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||    
T  12641553 aagccacgctgctgtgggtgcattcatgacgcattgcgggtcgaactcct 12641602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University