View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8214_low_4 (Length: 663)

Name: NF8214_low_4
Description: NF8214
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8214_low_4
NF8214_low_4
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (185-652)||(22131763-22132224)
chr3 (185-652)||(18948579-18949040)
chr3 (185-514)||(21961225-21961554)
chr3 (187-509)||(21743098-21743420)
chr3 (16-133)||(22132318-22132435)
chr3 (29-133)||(21961562-21961669)
chr3 (16-78)||(18948381-18948443)
chr3 (582-652)||(21961093-21961163)
chr3 (143-188)||(22132289-22132334)
chr3 (143-188)||(18948465-18948510)
chr3 (92-133)||(18948440-18948481)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (187-506)||(39751802-39752121)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (32-91)||(41194265-41194324)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (24-59)||(20799776-20799811)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 185 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 22132224 - 22131763
Alignment:
Q  185 ttaacaggaagtagagaaattggatcaccctctccataaagtagttaaaaacaatgatggtaaaacagcccgggaagtgttcattgaagaacataaacca 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22132224 ttaacaggaagtagagaaattggatcaccctctccataaagtagttaaaaacaaaaatggtaaaacagctcgggaagtgttcattgaagaacataaacca 22132125  T
Q  285 ttggttgaagaagggaataattggataaaggatagatcaaacgcttgtatgttagtggcaactcttattgcgacaatcacctttgcagctgcaataactg 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  22132124 ttggttgaagaagggaataattggataaaggatagatcaaacgcttgtatgttagtggcaactcttattgcgacaatcacctttgcggccgcaataactg 22132025  T
Q  385 tacctggaggtaacaaccaggagaaaggaataccaatattcttgctacataacaaattcactgtgtttattgtgtcagatgcaatagccttcttttgttc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22132024 tacctggaggtaacaaccaggagaaaggaataccaatattcttgctacataacaaattcactgtgtttattgtgtcagatgcaatagccttcttttgttc 22131925  T
Q  485 aatggcttctcttatgatgtttttaccaaagacnnnnnnnggacccatcaacgaagaaggtattcaaactgtatttactattattgacttaaggataggt 584  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||| ||||       || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  22131924 aatggcttctcttatgaagcttttgccacagac---aaaagggcccatcaacgaagaaggtattcgaactgtatttactatta---acttaaggataggt 22131831  T
Q  585 ttgtattatttgcttgttgccttagtggcaacaacgatagcgtttagtgcagctctgtctctgcttct 652  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22131830 ttgtattatttgcttgttgccttagtggcaacaacgatagcgtttagtgcagctctgtctatgcttct 22131763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 185 - 652
Target Start/End: Original strand, 18948579 - 18949040
Alignment:
Q  185 ttaacaggaagtagagaaattggatcaccctctccataaagtagttaaaaacaatgatggtaaaacagcccgggaagtgttcattgaagaacataaacca 284  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18948579 ttaacaggaagtagagaaattgaatcaccctttccataaagtagttaaaaacaaaaatggtaaaacagcccgagaagtgttcattgaagaacataaacca 18948678  T
Q  285 ttggttgaagaagggaataattggataaaggatagatcaaacgcttgtatgttagtggcaactcttattgcgacaatcacctttgcagctgcaataactg 384  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18948679 atggttgaagaagggaataattggataagggatagatcaaacggttgtatgttagtggcaactcttattgcgacaatcacctttgcagctgcaataactg 18948778  T
Q  385 tacctggaggtaacaaccaggagaaaggaataccaatattcttgctacataacaaattcactgtgtttattgtgtcagatgcaatagccttcttttgttc 484  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18948779 tacctggaggtaacaaccaagagaaaggaataccaatattcttgctacataaaaaattcactgtgtttattgtgtcagatgcaatagccttctattgttc 18948878  T
Q  485 aatggcttctcttatgatgtttttaccaaagacnnnnnnnggacccatcaacgaagaaggtattcaaactgtatttactattattgacttaaggataggt 584  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||  || |||| | | |||    
T  18948879 aatggcttctcttatgaatcttttaccagagac---aaaaggacccatcaacgaagaaggtattcaaactgaacttgttatta--ga-ttaaagctcggt 18948972  T
Q  585 ttgtattatttgcttgttgccttagtggcaacaacgatagcgtttagtgcagctctgtctctgcttct 652  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  18948973 ttgtattatttgcttattgccttagtggcaacaacgatagcgtttgctgcagctctgtctatgcttct 18949040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 185 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 21961554 - 21961225
Alignment:
Q  185 ttaacaggaagtagagaaattggatcaccctctccataaagtagttaaaaacaatgatggtaaaacagcccgggaagtgttcattgaagaacataaacca 284  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21961554 ttaacaggaagtagagaaattggaccaccctctccataaagacgttaagaacagcgatggtaaaacagcccgggaagtgttcattgaagaacataaacaa 21961455  T
Q  285 ttggttgaagaagggaataattggataaaggatagatcaaacgcttgtatgttagtggcaactcttattgcgacaatcacctttgcagctgcaataactg 384  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21961454 ttggttgaagaagggaataattgggtaaaggatagatcaaacgcttgtatgttagtggcaactcttattgcgacaatcacctttgcagctgcaataactg 21961355  T
Q  385 tacctggaggtaacaaccaggagaaaggaataccaatattcttgctacataacaaattcactgtgtttattgtgtcagatgcaatagccttcttttgttc 484  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||  | |||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||    
T  21961354 tacctggaggtaacaaccaggacaaaggaataccaatattcttgctacaaaaaaaattcgatctgtttattgtatcagatgtaatagccttcttttattc 21961255  T
Q  485 aatggcttctcttatgatgtttttaccaaa 514  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  21961254 aatgggttctcttttgatgtttttaccaaa 21961225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 187 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 21743420 - 21743098
Alignment:
Q  187 aacaggaagtagagaaattggatcaccctctccataaagtagttaaaaacaatgatggtaaaacagcccgggaagtgttcattgaagaacataaaccatt 286  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||  || |||| ||||  ||||| |||||  ||||    
T  21743420 aacaggaagtagagaaattggaccaccctctccataaagacgttaagaacaacgatggtaaaacagcttggcaagttttcaaggaagagcataagacatt 21743321  T
Q  287 ggttgaagaagggaataattggataaaggatagatcaaacgcttgtatgttagtggcaactcttattgcgacaatcacctttgcagctgcaataactgta 386  Q
    | | ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||     
T  21743320 gctagaagaagggaaaaattggatgaaggatacatcaaactcttgtatgttagtggcaactcttattgcaacaatcacctttgcggctgcaattactgtt 21743221  T
Q  387 cctggaggtaacaaccaggagaaaggaataccaatattcttgctacataacaaattcactgtgtttattgtgtcagatgcaatagccttcttttgttcaa 486  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | | || | |||||   | |||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||    
T  21743220 cctggaggtaacaaccaggacaaaggaataccaatattcttgtcagacaagacattcatgttatttattgtgtcagatgcactagccttgttttcctcaa 21743121  T
Q  487 tggcttctcttatgatgttttta 509  Q
    ||| ||||||| |||||||||||    
T  21743120 tggtttctcttctgatgttttta 21743098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 22132435 - 22132318
Alignment:
Q  16 aacaataattatatagtttagatgttatcttgatgaattgaagaagtaatttttctatttaaatggtcaagtaagataaagtttgattcaaaaacattgt 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22132435 aacaataattatttagtttagatgttatcttgatgaattgaagaagtaatttatctatttaaatggtcaagtaagataaagtttgattgaaaaacattgt 22132336  T
Q  116 taacataaagctatattt 133  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22132335 taacataaagctatattt 22132318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 29 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 21961669 - 21961562
Alignment:
Q  29 tagtttagatgttatcttgatgaattgaagaagtaatttttctattta---aatggtcaagtaagataaagtttgattcaaaaacattgttaacataaag 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21961669 tagtttagatgttatcttgatgaattgaagaagtaatttatctatttataaaatggtcaagtaagataaagtttgattcaaaaacattgttaacataaag 21961570  T
Q  126 ctatattt 133  Q
    ||||||||    
T  21961569 ctatattt 21961562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 78
Target Start/End: Original strand, 18948381 - 18948443
Alignment:
Q  16 aacaataattatatagtttagatgttatcttgatgaattgaagaagtaatttttctatttaaa 78  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18948381 aacaataattatgtagtttagatgttatcttgatgaattgaagaagtaatttatctatttaaa 18948443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 582 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 21961163 - 21961093
Alignment:
Q  582 ggtttgtattatttgcttgttgccttagtggcaacaacgatagcgtttagtgcagctctgtctctgcttct 652  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||    
T  21961163 ggtttgtattttttgctttttgccttagtggcaacaacgatagcctttactgcagctctgtctatgcttct 21961093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 143 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 22132334 - 22132289
Alignment:
Q  143 aacataaagctatatttaacttcacatgaaattttatctatgttaa 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22132334 aacataaagctatatttaacttcacatgaaattttatctatgttaa 22132289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 188
Target Start/End: Original strand, 18948465 - 18948510
Alignment:
Q  143 aacataaagctatatttaacttcacatgaaattttatctatgttaa 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18948465 aacataaagctatatttaacttcacatgaaattttatcaatgttaa 18948510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 92 - 133
Target Start/End: Original strand, 18948440 - 18948481
Alignment:
Q  92 taaagtttgattcaaaaacattgttaacataaagctatattt 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18948440 taaagtttgattaaaaaacattgttaacataaagctatattt 18948481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 184; Significance: 3e-99; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 187 - 506
Target Start/End: Original strand, 39751802 - 39752121
Alignment:
Q  187 aacaggaagtagagaaattggatcaccctctccataaagtagttaaaaacaatgatggtaaaacagcccgggaagtgttcattgaagaacataaaccatt 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || |||||||||||  || |||||||||  |||||||||||| ||||    
T  39751802 aacaggaagtagagaaattggatcaccctctccataaagaagttaaaaaccaagaaggtaaaacagcatggcaagtgttcaaggaagaacataaagcatt 39751901  T
Q  287 ggttgaagaagggaataattggataaaggatagatcaaacgcttgtatgttagtggcaactcttattgcgacaatcacctttgcagctgcaataactgta 386  Q
    | ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  39751902 gcttgaagaagggaaaaattggatgaaggatacatcaaactcttgtatgttagtagcaactcttattgcgacaatcgcctttgcagccgcaataactgta 39752001  T
Q  387 cctggaggtaacaaccaggagaaaggaataccaatattcttgctacataacaaattcactgtgtttattgtgtcagatgcaatagccttcttttgttcaa 486  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | | |||| |||||  || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||  ||||    
T  39752002 cctggaggtaacaaccaggacaaaggaataccaatattcttgtcagacaacacattcatggtatttgttgtgtcagatgcactagccttattttcctcaa 39752101  T
Q  487 tggcttctcttatgatgttt 506  Q
    ||||||||||| | ||||||    
T  39752102 tggcttctcttctaatgttt 39752121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 91
Target Start/End: Original strand, 41194265 - 41194324
Alignment:
Q  32 tttagatgttatcttgatgaattgaagaagtaatttttctatttaaatggtcaagtaaga 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  41194265 tttagatgttatcttgatgaattgaagatgtaatttatctttttaaatggttaagtaaga 41194324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 20799811 - 20799776
Alignment:
Q  24 ttatatagtttagatgttatcttgatgaattgaaga 59  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20799811 ttatataatttagatgttatcttgatgaattgaaga 20799776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University