View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8215_low_1 (Length: 697)

Name: NF8215_low_1
Description: NF8215
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8215_low_1
NF8215_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (27-697)||(46053449-46054120)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 612; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 612; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 46054120 - 46053449
Alignment:
Q  27 agcagagagaaactccagtagaaaatctcggtcagaaaccgcatcgatactattcaatatgacaaaatgtaatcaattatccaagaaaaaa-cgtgaaca 125  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  46054120 agcagagagaaactccagtaggaaatctcggtcagaaaccgcatcgatactattcaatatgacaacatgtaatcaattatccaagaaaaaaacgcgaaca 46054021  T
Q  126 ttaacatatttaatattaatcccatgccaggtccaactacatggatcaatttcaaaccagtaaaaagtaagatacctattcctcattggagctgtaaatc 225  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46054020 ttcacatatttaacattaatcccatgccaggtccaactacatggatcaatttcaaaccagtaaaaagcaagatacctattcctcattggagctgtaaatc 46053921  T
Q  226 ccaatgcatcagatgtcatgaatcgatcaataggaagccctgtaccagccaatgcacaagctcctaaaggacaaaaattcatcctagctctacaatcgat 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46053920 ccaatgcatcagatgtcatgaatcgatcaataggaagccctgtaccagccaatgcacaagcccctaaaggacaaaaattcatcctagctctacaatcgat 46053821  T
Q  326 caaacgaccagcatcacgctcaatctgcaagaggggtcaataaaactaaatgagctcaaactgaaacagggtaccccacaagcgaatgaataaactggaa 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46053820 caaacgaccagcatcacgctcaatctgcaagaggggtcaataaaactaaatgagctcaaactgaaacagggcaccccacaagcgaatgaataaactggaa 46053721  T
Q  426 agtatgtacttctttcacaagaagtcaacaacgatgatgttaggattgaactccactaaagtacacaattaattctattaggtaaaataaacaatttcaa 525  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  46053720 agtatgtacttctttcacaagaagtcaacaaagatgatgttaggattgaactccactaaagtacacaattaattcaattaggtaaaataaacaatttgaa 46053621  T
Q  526 ctgttaatttcaacgatctatgatgtgtttgaacattaaagcttgagaatatttaaccgaaaattaaatagctcatgttagacacaccaaattcatactt 625  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46053620 ctgttaatttcaacgatctatgatgtgtttgaacatcaaagcttgagaatatttaaccgaaaattaaatagctcatgttagacacaccaaattcatactt 46053521  T
Q  626 tccattaacacaattcaaactttgcaagagaatcataaattaaattttaaagcaaacctcttcaacataagc 697  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46053520 tccattaacacaactcaaactttgcaagagaatcataaattaaattttaaagcaaacctcttcaacataagc 46053449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University