View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8240_high_1 (Length: 516)

Name: NF8240_high_1
Description: NF8240
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8240_high_1
NF8240_high_1
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (22-506)||(22870379-22870863)
chr7 (273-506)||(22803881-22804114)
chr7 (22-276)||(22811126-22811378)
chr7 (273-506)||(22808165-22808398)
chr7 (273-506)||(22838597-22838830)
chr7 (273-504)||(22874475-22874706)
chr7 (273-504)||(22887845-22888076)
chr7 (273-457)||(22892547-22892731)
chr7 (273-506)||(22829576-22829809)
chr7 (273-457)||(22896863-22897047)
chr7 (273-436)||(22879252-22879415)
chr7 (273-445)||(22813633-22813805)
chr7 (148-218)||(22871287-22871357)
chr7 (277-379)||(22912331-22912433)
chr7 (29-67)||(22877378-22877416)
chr7 (22-67)||(22895138-22895183)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (273-417)||(21151936-21152080)
chr1 (474-506)||(21152092-21152124)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (173-226)||(32429287-32429340)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 22870863 - 22870379
Alignment:
22 tagaatagaaagattgctcaacaaatatgtcaaaaactgcattttacatagcaaaagcaaagctttgtcatcaccttcaattctgattcaatgttctcca 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22870863 tagaatagaaagattgctcaacaaatatgtcaaaaactgcattttacatagcaaaagcaaagctttgtcatcaccttcaattctgattcaatgttctcca 22870764  T
122 agtcaaaagtatcttgtaaaattctgtcaatttctctatgataggtttgttctccaccatcctaattgagtaaggttgttgtttcaaaaattatcaataa 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22870763 agtcaaaagtatcttgtaaaattctgtcaatttctctatgataggtttgttctccaccatcctaattgagtaaggttgttgtttcaaaaattatcaataa 22870664  T
222 gtcaaaagactttgtcgtgtataatgacttcaactttgttcacatagttgttgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcaca 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22870663 gtcaaaagactttgtcgtgtataatgacttcaactttgttcacatagttgttgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcaca 22870564  T
322 ttcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttggagagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctat 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22870563 ttcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttggagagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctat 22870464  T
422 ggattaacttttgggcaccaagaacttgttgaggacaagacagtgccatatacttctgtgtctattgctgaatctgttctctctg 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22870463 ggattaacttttgggcaccaagaacttgttgaggacaagacagtgccatatacttctgtgtctattgctgaatctgttctctctg 22870379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 273 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 22804114 - 22803881
Alignment:
273 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22804114 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 22804015  T
373 gagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctatggattaacttttgggcaccaagaacttgttgaggacaagacagtgccatat 472  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22804014 gagggatttacctttaccagatttgtcattgcttagtttatcttcctatggattaacttttgggcaccaagaacttgttgaggacaagacagtgccatat 22803915  T
473 acttctgtgtctattgctgaatctgttctctctg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22803914 acttctgtgtctattgctgaatctgttctctctg 22803881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 22 - 276
Target Start/End: Original strand, 22811126 - 22811378
Alignment:
22 tagaatagaaagattgctcaacaaatatgtcaaaaactgcattttacatagcaaaagcaaagctttgtcatcaccttcaattctgattcaatgttctcca 121  Q
    |||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22811126 tagagtagaaagattgatcaataaatatgtcgaaatatgcattttacatagcaaaagcaaagctttgtcatcaccttcaattctgattcaatgttctcca 22811225  T
122 agtcaaaagtatcttgtaaaattctgtcaatttctctatgataggtttgttctccaccatcctaattgagtaaggttgttgtttcaaaaattatcaataa 221  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||    
22811226 -gtcaaaagtatcttgtaaaattctgtcaatttctctatgataggtttgttctccaccatcctaattgagtagggttgttgtttcaaaaactatatataa 22811324  T
222 gtcaaaagactttgtcgtgtataatgacttcaactttgttcacatagttgttgtc 276  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||    
22811325 gtc-aaagactttgtcgtgtataatgcctccaactttgtccacatagttgttgtc 22811378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 273 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 22808398 - 22808165
Alignment:
273 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 372  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22808398 tgtctgaagaggttgaattggtgttgaaacttggcttgttgtgtttgcattcagagcctctggttagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 22808299  T
373 gagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctatggattaacttttgggcaccaagaacttgttgaggacaagacagtgccatat 472  Q
    |||||||||| |||| |||| |||||| | ||||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||    
22808298 gagggatatagctttgccagatttgtcttcgcttagtttatcttcttctggtttaacttttgggtaccaagaatgtgttgaagacaagacaatgccatat 22808199  T
473 acttctgtgtctattgctgaatctgttctctctg 506  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
22808198 acttctgtgtctattgctgagtctgttctctctg 22808165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 273 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 22838830 - 22838597
Alignment:
273 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 372  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
22838830 tgtctgaagaggtggagttggtgttgaaacttggattgttgtgttctcattcagagcctttggctagaccaagtatgaggcaagttgtgcagtatttgga 22838731  T
373 gagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctatggattaacttttgggcaccaagaacttgttgaggacaagacagtgccatat 472  Q
    || ||||||||| || |||| |||||| | ||||||||||||| | | ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||| |||    
22838730 gacggatataccctttccagatttgtcttcgcttagtttatctacttttggtttaacttttgggtaccaagaatgtgttgaggacaagacaatgccgtat 22838631  T
473 acttctgtgtctattgctgaatctgttctctctg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
22838630 acttctgtgtctattgctgaatccgttctctctg 22838597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 273 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 22874706 - 22874475
Alignment:
273 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 372  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
22874706 tgtctgaagaggtggaattggttttgaaacttggattgttgtgttctcattcagagcctttggctagaccaagcatgaggcaagttgtgcagtatttgga 22874607  T
373 gagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctatggattaacttttgggcaccaagaacttgttgaggacaagacagtgccatat 472  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| || | ||||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||| |||    
22874606 gagggatatacctttgccagatttttcttcgcttagtttatcttcttttggtttaacttttgggtaccaagaatgtgttgaggacaagacaatgccgtat 22874507  T
473 acttctgtgtctattgctgaatctgttctctc 504  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
22874506 acttctgtgtctatttctgaatccgttctctc 22874475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 273 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 22888076 - 22887845
Alignment:
273 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
22888076 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgttgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtacagtatttgga 22887977  T
373 gagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctatggattaacttttgggcaccaagaacttgttgaggacaagacagtgccatat 472  Q
    |||||||| |||||| |||| ||| || | ||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||  | |||||||||||| || | ||||||||    
22887976 gagggatacacctttgccagatttttcttcgcttagtttatcttcttctggtttaacttttgggtaccaattatttgttgaggacaggagaatgccatat 22887877  T
473 acttctgtgtctattgctgaatctgttctctc 504  Q
    ||||| | ||  ||||||||||||||||||||    
22887876 acttcagcgttaattgctgaatctgttctctc 22887845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 273 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 22892731 - 22892547
Alignment:
273 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 372  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
22892731 tgtctgaagaggtggagttggtgttgaaacttggattgttgtgttcacattcagaacctttggctagaccatgtatgagacaagttgtgcagtatttgga 22892632  T
373 gagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctatggattaacttttgggcaccaagaacttgttgaggac 457  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||    
22892631 gagggatatacctttgccagatttgtctttgcttagtttatcttcttctggattaacttttgggtaccaagaattttttgaggac 22892547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 273 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 22829809 - 22829576
Alignment:
273 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 372  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
22829809 tgtctgaggaggtcgagttggtgttgaaacttggattgttgtgttcacattcagaacctttggctagaccaggtatgagacaagttgtgcagtatttgga 22829710  T
373 gagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctatggattaacttttgggcaccaagaacttgttgaggacaagacagtgccatat 472  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||  | ||||||||||||||| | ||| |||  ||||||| |||||| |  |||||||||||||||| |||| |||    
22829709 gagggatatacctttgccatatttgttttcgcttagtttatcttcttctggtttattttttgggtaccaagtatctgttgaggacaagacaatgccgtat 22829610  T
473 acttctgtgtctattgctgaatctgttctctctg 506  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
22829609 acttctgtatctattgctgagtctgttctctctg 22829576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 273 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 22897047 - 22896863
Alignment:
273 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 372  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
22897047 tgtctgaagaggttgaattggtgttgaaacttggtttgttgtgttcacattcagaacctttggctagaccaggtatgagacaagttgtacagtatttgga 22896948  T
373 gagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctatggattaacttttgggcaccaagaacttgttgaggac 457  Q
     ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||    
22896947 aagggatatacctttaccagatttgtctttgcttagtttatcttcttctggtttaacttttgggtaccaagaattttttgaggac 22896863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 273 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 22879415 - 22879252
Alignment:
273 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
22879415 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggtttgttgtgttcacattcagaacctttggctagaccaggtatgagacaagttgtgcagtatttgga 22879316  T
373 gagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctatggattaacttttggg 436  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||    
22879315 gagggatatacctttgccagatttgtctttgcctagtttatcttcttctggattaacttttggg 22879252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 273 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 22813805 - 22813633
Alignment:
273 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 372  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
22813805 tgtctgaagaggttgagttggtgttgaaacttggtttgttgtgttcacattcagaacctttggctagaccaggtatgagacaagttgtgcagtatttgga 22813706  T
373 gagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctatggattaacttttgggcaccaagaa 445  Q
    | ||||||||||||| |||| |||| | | ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||    
22813705 gcgggatatacctttgccagatttgccttcgcttagtttatcttcttctggattaacttttgggtaccaagaa 22813633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 148 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 22871357 - 22871287
Alignment:
148 tcaatttctctatgataggtttgttctccaccatcctaattgagtaaggttgttgtttcaaaaattatcaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22871357 tcaatttctctatgataggtttgttctccaccatcctaattgagtaaggttgttgtttcaaaaattatcaa 22871287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 277 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 22912433 - 22912331
Alignment:
277 tgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttggagagg 376  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
22912433 tgaagaagttgaattggttttgaaacttggtttgttatgttcacattgtgaggctttggctagaccaagtatgagacaagttttgaggtatttggagagg 22912334  T
377 gat 379  Q
    |||    
22912333 gat 22912331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 22877416 - 22877378
Alignment:
29 gaaagattgctcaacaaatatgtcaaaaactgcatttta 67  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
22877416 gaaagattgctcaacaaatatgtcaaaaactgtatttta 22877378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 22 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 22895183 - 22895138
Alignment:
22 tagaatagaaagattgctcaacaaatatgtcaaaaactgcatttta 67  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
22895183 tagagtagaaagattgctcgacaaatatgtcaaaaactgaatttta 22895138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 113; Significance: 5e-57; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 273 - 417
Target Start/End: Original strand, 21151936 - 21152080
Alignment:
273 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttgga 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
21151936 tgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgttgtgttcacattccgagcctttggctagaccaagtatgaggcaagttgtgcagtatttgga 21152035  T
373 gagggatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttc 417  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| |  ||||||||||||||    
21152036 gagggatatacctttgccagatttgtcttcacttagtttatcttc 21152080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 474 - 506
Target Start/End: Original strand, 21152092 - 21152124
Alignment:
474 cttctgtgtctattgctgaatctgttctctctg 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
21152092 cttctgtgtctattgctgaatctgttctctctg 21152124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 226
Target Start/End: Original strand, 32429287 - 32429340
Alignment:
173 ctccaccatcctaattgagtaaggttgttgtttcaaaaattatcaataagtcaa 226  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| |||| || |||||||||    
32429287 ctccaccatcctaaatgagtagagttgttgtttcaagaattgtctataagtcaa 32429340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University