View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8241_high_52 (Length: 245)

Name: NF8241_high_52
Description: NF8241
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8241_high_52
NF8241_high_52
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-245)||(21262567-21262798)
[»] scaffold0097 (1 HSPs)
scaffold0097 (13-243)||(20324-20554)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (13-243)||(22530187-22530417)
chr8 (13-243)||(22534872-22535102)
chr8 (13-243)||(25992796-25993026)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (13-243)||(33092149-33092379)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-243)||(13190616-13190846)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (13-243)||(20984239-20984469)
chr3 (13-243)||(49367265-49367495)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-243)||(20716486-20716716)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Original strand, 21262567 - 21262798
Alignment:
Q  14 gacatcacacgatctctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagatgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgat 113  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21262567 gacatcacatgatttctcacattatgtcctaccatctgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgat 21262666  T
Q  114 ctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcattttt 213  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  21262667 ctcgtaataagatgcacaagtttaagaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattacctcatttct 21262766  T
Q  214 aactctctccctatgctctgtgattctagaat 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21262767 aactctctccctatgctctgtgattctagaat 21262798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Original strand, 20324 - 20554
Alignment:
Q  13 ggacatcacacgatctctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagatgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcga 112  Q
    ||||| |||||||| ||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  20324 ggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtga 20423  T
Q  113 tctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||      
T  20424 tctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcc 20523  T
Q  213 taactctctccctatgctctgtgattctaga 243  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  20524 taactttctctctatgctctatgattctaga 20554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Original strand, 22530187 - 22530417
Alignment:
Q  13 ggacatcacacgatctctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagatgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcga 112  Q
    ||||| |||||||| ||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  22530187 ggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtga 22530286  T
Q  113 tctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||      
T  22530287 tctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcc 22530386  T
Q  213 taactctctccctatgctctgtgattctaga 243  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  22530387 taactttctctctatgctctatgattctaga 22530417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Original strand, 22534872 - 22535102
Alignment:
Q  13 ggacatcacacgatctctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagatgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcga 112  Q
    ||||| |||||||| ||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  22534872 ggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtga 22534971  T
Q  113 tctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||      
T  22534972 tctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcc 22535071  T
Q  213 taactctctccctatgctctgtgattctaga 243  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  22535072 taactttctctctatgctctatgattctaga 22535102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Original strand, 25992796 - 25993026
Alignment:
Q  13 ggacatcacacgatctctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagatgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcga 112  Q
    ||||| |||||||| ||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  25992796 ggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtga 25992895  T
Q  113 tctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||      
T  25992896 tctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcc 25992995  T
Q  213 taactctctccctatgctctgtgattctaga 243  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  25992996 taactttctctctatgctctatgattctaga 25993026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 33092379 - 33092149
Alignment:
Q  13 ggacatcacacgatctctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagatgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcga 112  Q
    ||||| |||||||| ||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  33092379 ggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtga 33092280  T
Q  113 tctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||      
T  33092279 tctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcc 33092180  T
Q  213 taactctctccctatgctctgtgattctaga 243  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  33092179 taactttctctctatgctctatgattctaga 33092149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Original strand, 13190616 - 13190846
Alignment:
Q  13 ggacatcacacgatctctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagatgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcga 112  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||    
T  13190616 ggacaacacacgatttctgacattatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcatgtatgtgtaagcccaccgtga 13190715  T
Q  113 tctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||      
T  13190716 tctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcc 13190815  T
Q  213 taactctctccctatgctctgtgattctaga 243  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  13190816 taactttctctctatgctctttgattctaga 13190846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 20984469 - 20984239
Alignment:
Q  13 ggacatcacacgatctctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagatgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcga 112  Q
    ||||| |||||||| ||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  20984469 ggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtga 20984370  T
Q  113 tctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||      
T  20984369 tctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcc 20984270  T
Q  213 taactctctccctatgctctgtgattctaga 243  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  20984269 taactttctctctatgctctatgattctaga 20984239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Original strand, 49367265 - 49367495
Alignment:
Q  13 ggacatcacacgatctctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagatgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcga 112  Q
    ||||| |||||||| ||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  49367265 ggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtga 49367364  T
Q  113 tctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||      
T  49367365 tctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacaaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcc 49367464  T
Q  213 taactctctccctatgctctgtgattctaga 243  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  49367465 taactttctctctatgctctatgattctaga 49367495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Original strand, 20716486 - 20716716
Alignment:
Q  13 ggacatcacacgatctctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagatgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcga 112  Q
    ||||| |||||||| ||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  20716486 ggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtga 20716585  T
Q  113 tctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||      
T  20716586 tctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcc 20716685  T
Q  213 taactctctccctatgctctgtgattctaga 243  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  20716686 taactttctctctatgctctatgattctaga 20716716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University