View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8246_low_2 (Length: 808)

Name: NF8246_low_2
Description: NF8246
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8246_low_2
NF8246_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-797)||(25996750-25997532)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (147-796)||(12557829-12558478)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 751; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 751; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 797
Target Start/End: Original strand, 25996750 - 25997532
Alignment:
Q  15 acattcttcataaacacaccaagtttcttcttaatatcctctatagcaatcttcacagcttcttcttcaattgcaaaatcaacagtatgaaacaaagatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25996750 acattcttcataaacacaccaagtttcttcttaatatcctctatagcaatcttcacagcttcttcttcaattgcaaaatcaacagtatgaagcaaagatt 25996849  T
Q  115 caacctcgatttcaagccggtcgataagtacgcggatattgtccaaatccttaatagctacataagtaccagcttgcattgagccaataacttctttctg 214  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25996850 caacctcgatttcaagccgatcgataagcacgcggatgttgtccaaatccttgatggctacataagtaccagcttgcattgagccaataacttctttctg 25996949  T
Q  215 tcctttcaatgcaatttcatagtttctccaaagtgaatcaatccattttcccatcgaaccgatagggatcgatgtagcggctgctaaagccgcagcaaca 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25996950 tcctttcaatgcaatttcatagtttctccaaagtgaatcaatccattttcccatcgaaccgatagggatcgatgtagcggctgctaaagccgcagcaaca 25997049  T
Q  315 ggtggagctgcaatagctgcagccacaacagaacatattaaaacagctgcaaatgttgctacaaatatcatacttgaaactttcctccatgaatgaattc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997050 ggtggagctgcaatagctgcagccacaacagaacatattaaaacagctgcaaatgttgctacaaatatcatacttgaaactttcctccatgaatgaattc 25997149  T
Q  415 ctttcagcttcttatcaagcttgttctttctgatttgaagcttttcaagcattgaagtctgttgcttataaacagattgaaaaatttggaaaaattcctc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997150 ctttcagcttcttatcaagcttgttctttctgatttgaagcttttcaagcattgaagtctgttgcttataaacagattgaaaaatttggaaaaattcctc 25997249  T
Q  515 agtgaaaggatcaccagctgttttaaaattcttcaattcttgcaatgttcttgcatagcatttgtctcctgattcagattcttcctcgaaccgttgaatc 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997250 agtgaaaggatcaccagctgttttaaaattcttcaattcttgcaatgttcttgcatagcatttgtctcctgattcagattcttcctcgaaccgttgaatc 25997349  T
Q  615 gcaacaagaataagcaattggctatccctagctcttttcaagcacttctccaatgcagtgcagaaatccaatgtctgcaaactgttttcaaaatattctt 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25997350 gcaacaagaataagcaattggctatccctagctcttttcaagcacttctccaatgcagtgcagaaatccaatgtttgcaaactgttttcaaaatattctt 25997449  T
Q  715 caaccagctcaaacagttcttggctgttccatatgtctttcttgcaatccaagattactttcacaacttcttgattcatctca 797  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997450 caaccagctcaaacagatcttggctgttccatatgtctttcttgcaatccaagattactttcacaacttcttgattcatctca 25997532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 79; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 147 - 796
Target Start/End: Original strand, 12557829 - 12558478
Alignment:
Q  147 cggatattgtccaaatccttaatagctacataagtaccagcttgcattgagccaataacttctttctgtcctttcaatgcaatttcatagtttctccaaa 246  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| ||| |||||||  | | ||||| || || |||||||||||| ||||||||||  ||  ||    
T  12557829 cggatattgtccaaatcctttatagctacataggatccaacttccattgagatagttacttccttatgacctttcaatgcattttcatagttcttcataa 12557928  T
Q  247 gtgaatcaatccattttcccatcgaaccgatagggatcgatgtagcggctgctaaagccgcagcaacaggtggagctgcaatagctgcagccacaacaga 346  Q
    |||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| |  ||| | || |||| ||| || |||||| ||||||  |||| |||||| || ||||| ||    
T  12557929 gtgagtcgatccactttcccattgaaccaattgggatagcagtaacagcagctacagcagctgcaacatgtggagaagcaacagctgctgctacaactga 12558028  T
Q  347 acatattaaaacagctgcaaatgttgctacaaatatcatacttgaaactttcctccatgaatgaattcctttcagcttcttatcaagcttgttctttctg 446  Q
     || || |||||||  |||| ||| ||||||||||| |||   || || ||||||||   | | |||  ||| || ||||| |||||||||   ||||||    
T  12558029 gcagatcaaaacagaagcaactgtggctacaaatatgataaacgacaccttcctccaaatacggatttgttttagtttcttgtcaagcttgccttttctg 12558128  T
Q  447 atttgaagcttttcaagcatt-gaagtctgttgcttataaacagattgaaaaatttggaaaaattcctcagtgaaaggatcaccagctgttttaaaattc 545  Q
    | ||  |  || ||||||||  | | | || || ||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |  |||||| ||    
T  12558129 agtttcaatttctcaagcatgagtact-tgctgattataaacagattgatatatttggaagaattcttcagtgaaaggatcaccgacagccttaaaactc 12558227  T
Q  546 ttcaattcttgcaatgttcttgcatagcatttgtctcctgattcagattcttcctcgaaccgttgaatcgcaacaagaataagcaattggctatccctag 645  Q
    ||||  || || || ||  |  | ||||| |||||||| ||  ||| ||| || || |||  |||||  || |||  |||||||||||| |||||||| |    
T  12558228 ttcagctcctgtaacgtcttcacgtagcaattgtctcccgacacagtttcctcatcaaacttttgaagagctacatcaataagcaattgactatccctgg 12558327  T
Q  646 ctcttttcaagcacttctccaatgcagtgcagaaatccaatgtctgcaaactgttttcaaaatattcttcaaccagctcaaacagttcttggctgttcca 745  Q
    |||| ||||  |||||||| || ||| |||||||||| |  |||| ||| || || ||||| || || ||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  12558328 ctctcttcagacacttctctaaagcattgcagaaatctagagtcttcaagctattatcaaagtactcctcaacaagctcaaacagttcttgactcttcca 12558427  T
Q  746 tatgtctttcttgcaatccaagattactttcacaacttcttgattcatctc 796  Q
    ||| |||||||| || || |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  12558428 tatatctttcttacagtctaagattaccttcacaacttcctgattcatctc 12558478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University