View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8246_low_3 (Length: 742)

Name: NF8246_low_3
Description: NF8246
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8246_low_3
NF8246_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-726)||(5549287-5550020)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 579; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 5550020 - 5549287
Alignment:
Q  1 cccaactgaggtcagcatgttctgctctgagacgacctttgtaatgtttcatacgcaacaaacatattaagccacaggactttcaatttcatgtcaaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5550020 cccaactgaggtcagcatgttctgctctgagacgacctttgtaatgtttcatacgcaacaaacata--aagccacaagactttcaatttcatgtcaaaat 5549923  T
Q  101 caaaactt----------ttaaatatattaaacttgacaaaatcaaaatgtatccaatttgtcatcaaaatgattttgtaaattcatcataactggagct 190  Q
    ||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5549922 caaaacttcacaaaacttttaaatatattaaacttgacaaaatcaaaatgtatccaatttgtcatcaaaatgattttgtaaattcatcataactggagct 5549823  T
Q  191 gttgagtatatcaaatcattgatgtatatgttttcaattttcacacacataaaaacatgcgtgtaagtgttaggttgagtaaattaaatcaaaattacta 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5549822 gttgagtatatcaaatcattgatgtatatgttttcaattttcacacacataaaaacatgcgtgtaagtgttaggttgagtaaattaaatcaaaattacta 5549723  T
Q  291 ggacgaaattagcaaagaaatgattnnnnnnnntaccttttactactttactaatctgatttattgggtttatactttacctttctatgaattctggttg 390  Q
    |||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5549722 ggacgaaattagcaaagaaatgattaaaaaaaataccttttactactttactaatctgatttattgggtttatactttacctttctatgaattctggttg 5549623  T
Q  391 tcaattcttacataagcatgattctaccattttcaatttcatgtcaaagatgtcaatcatagtatttatatagtcataacacattgaagattattaaccn 490  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5549622 tcagttcttacataagcatgattctaccattttcaatttcatgtcaaaggtgtcaatcatagtatttatatagtcataacacattgaagattattaacca 5549523  T
Q  491 nnnnnncttgtctctgttgatggtcaaatcatccatatttcttggtaattttctgaaccttaaaaacaactgtttnnnnnnnnnnnnnntccaatgatct 590  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||    
T  5549522 aaaaaacttgtctctgttgatggtcaaatcatccatatttcttggtaattttctgaaccttaaaaacaactgtttaaaaagaaaaaaaatccaatgatct 5549423  T
Q  591 cattcttcagtcatcatgtcaaaatctgattggatgtgatataaaataaagtactaaaataatatatctaattttggaataactacaaaattattaaata 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5549422 cattcttcagtcatcatgtcaaaatctgattggatgtgatataaaataaagtactaaaataatatatctaattttggaatatctacaaaattataaaata 5549323  T
Q  691 ttaagaaacccttttattaatttctacaaatgatgt 726  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5549322 ttaagaaacccttttattaatttctacacatgatgt 5549287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University