View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8248_low_1 (Length: 1115)

Name: NF8248_low_1
Description: NF8248
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8248_low_1
NF8248_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-1096)||(21003203-21004287)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1033; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1033; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1096
Target Start/End: Original strand, 21003203 - 21004287
Alignment:
Q  12 gagaagaacaaagctgtgtcactaacatcgagagttcaggcaacaacaattcttgaccccaacaaagcgtttcttcaaccaaaaccaatgcattttttag 111  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21003203 gagatgaacaaagctgtctcactaacatcgagagttcaggcaacaacaattcttgatcccaacaaagcatttcttcaaccaaaaccaatgcatttttaag 21003302  T
Q  112 gttattactgctgcattcttttttgacagatgaactgaagttcggtaacacagactcttcaagaattgaagcaacgtggttctcaaactcgtctacatct 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21003303 gttattactgctgcattcttttttgacagatgaactgaagttcggtaacacagactcttcaagaattgaagcaatgtggttctcaaactcgtctacatct 21003402  T
Q  212 gtatccaaataaagtccatttcccatttcgtcaaagaactccgctttgaaaagtttcttgttgttgtctcgtttcaacctcacactcaaagggttcaatc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21003403 gtatccaaataaagtccatttcccatttcgtcaaagaactccgctttgaaaagtttcttgttgttgtctcgtttcaacctcacactcaaagggttcaatc 21003502  T
Q  312 ccaaaatccgaaacgcctttgaaagcggactctccatcgaagaaagtttaaccaaaccacggttctccatttcgcaaaccaaacttttcactttatcaaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21003503 ccaaaatccgaaacgcctttgaaagcggactctccatcgaagaaagtttaaccaaaccacgtttctccatttcgcaaaccaaacttttcactttatcaaa 21003602  T
Q  412 ccgcctagacttacaataccctgctacaagaaccctataagtcgaaatatcaggtgctgttcctctatcaatcatctcatcaagaatatctttagcattc 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21003603 ccgcctagacttacaataccctgctacaagaaccctataagtcgaaatatcaggtgctgttcctctatcaatcatctcatcaagaatatctttagcattt 21003702  T
Q  512 tccaacatacctactttaaacaaaccacttacaagagcattataagtacataaacgaggcactaaacttttcgatgacataatcgatagataactcaatg 611  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21003703 tctaacatacttactttaaacaaaccacttataagagcattataagtacataaacgaggcactaaacttttcaatgacataatcgatagataactcaatg 21003802  T
Q  612 catctttcatcttccctttatgacaactccaaccaattaatatcccataggttacttcatcaggacaaaaacctacactttctagttccttcaaaaacaa 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21003803 catctttcatcttccctttatgacaactccaaccaattaatatcccataggttacttcatcaggacaaaaacctacactttctagttccttcaaaaacaa 21003902  T
Q  712 acctgctctttctacaccatagcttttgcacatagaattcacaactctattaccagctattacactaggagcacaattcacttcaacaaagaaactaatc 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21003903 acctgctctttctacaccatagcttttgcacatagaattcacaactctattaccagctattacactaggagcacaattcacttcaacaaagaaactaatc 21004002  T
Q  812 aaatctttaaaatccttcttctcacaatatccaaatgccatttcatcaaaaaccaagctactaacctgagtaaactcgtagtttttcaaatgcaaaacct 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21004003 aaatctttaaaatccttcttctcacaatatccaaatgccatttcatcaaaaaccaagctactaacctgagtaaactcgtagtttttcaaatgcaaaacct 21004102  T
Q  912 tcctaatcaagcttcttgcttcctgaatcctcccatcgatacaaagcaaaaccataacatcctccatatttctcatctcatcacaactcaatggttcccc 1011  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21004103 tcctaatcaagcttcttgcttcctgaatcctcccatcgatacaaagcaaaaccataacatcctccatatttctcatctcatcacaactcaatggttcccc 21004202  T
Q  1012 caattccaccaaatcaaacgccacgcgaaacacaatctttgttctcttcatcttcaccaagtaatcaagtaaaactcgctgacac 1096  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21004203 caattccaccaaatcaaacgccacgcgaaacgcaatctttgttctcttcatcttcaccaagtaatcaagtaaaactcgctgacac 21004287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University