View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8250_high_1 (Length: 965)

Name: NF8250_high_1
Description: NF8250
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8250_high_1
NF8250_high_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-863)||(34673507-34674363)
chr4 (914-949)||(34673422-34673457)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 692; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 34674363 - 34673507
Alignment:
Q  1 tctcctaaaaatcacatatgtttgtagaaaatgtaaatttgcaaaacttccaatgagttattggatgtaatttcttttctaaggtatacnnnnnnnncta 100  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||    
T  34674363 tctcctaaacatcacataggtttgtagaaaatgtaaatttgcaaaacttccaatgagttattggatgtaatttcttttctaaggtatacaaaaaaaacta 34674264  T
Q  101 tctctcatgtatcaatcattcatctgttgtctgtttcactccattgttcaaaaggtctacacnnnnnnnnnnnnnnnntgaaatcaaagtctaatttgat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||    
T  34674263 tctctcatgtatcaatcattcatctgttgtctgtttcactccattgttcaaaaggtctacacaaaaataaaataaaaatgaaatcaaagtctaatttgat 34674164  T
Q  201 caatgcatgaaatgaaacagtgagttagacatagatagcatatgtggggaaaaataaaactaacaaaaacaccatacataggtgtggagaaatgcttaca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34674163 caatgcatgaaatgaaacagtgagttagacatagatagcat--gtggggaaaaataaaactaacaaaaacaccatacataggtgtggagaaatgcttaca 34674066  T
Q  301 catgaaccagcagctccgttgtacaaaatcatcaagtcaatctaattaagaaatagagtaaaatttgtgaggtaagtcgcaccaaactttgtaaacaaca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34674065 catgaaccagcagctccgttgtacaaaatcatcaagtcaatctaattaagaaattgagtaaaatttgtcaggtaagtcgcaccaaactttgtaaacaaca 34673966  T
Q  401 aaattattgtgaaacctcacaaacaagtgtaatttcacatgcatacaataacctcatctagtaaattaggagtaactaatgaaatttaagacagaaagga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34673965 aaattattgtgaaacctcacaaacaagtgtaatttcacatgcacacaataac-tcatctaataaattaggagtaactaatgaaatttaagacagaaagga 34673867  T
Q  501 atataa-tataagagcgacatctagcattttccataatatctcatatcccatcatatgcatgcataaggcgcctagttttttagttgaacctacttttga 599  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34673866 atataaatataagagcgacatctagcatttttcataatatctcatatcccatcatatgcat----aaggcgcctagttttttagttgaacctaattttga 34673771  T
Q  600 atggatcaacatgagactgagattggtagtgttggtaacatattctcaaacatatatttctaaatatactatattctattgattgaaatttaaatcggat 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34673770 atggatcaacatgagactgagattggtagtgttagtaacatattctcaaacatacatttctaaatatactacattctattgattgaaatttaaatcggat 34673671  T
Q  700 tcattaaatttaatgatacaactcagcaacgagccaacgacgaacccaaatattgtaaatattacacgcaatgcatatataaatttatatcaataaatac 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34673670 tcattaaatttaatgatacaactcagcaacgagccaacgacgaacccaaatattgtgagtattacactcaatgcatatataaatttatatcaataaatac 34673571  T
Q  800 ataagtagtcaaataatattttaaacattcatctttcgaataatacaaatatgagaggtagacc 863  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34673570 ataagtagtcaaataatattttaaacattcatctttcgaataatacaaatatgagaggtagacc 34673507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 914 - 949
Target Start/End: Complemental strand, 34673457 - 34673422
Alignment:
Q  914 aacttgatgttataatgcggacctttgtcaaatttt 949  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34673457 aacttgatgttataatgcggacctttgtcaaatttt 34673422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University