View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8251_low_4 (Length: 803)

Name: NF8251_low_4
Description: NF8251
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8251_low_4
NF8251_low_4
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (25-788)||(1580634-1581396)
chr5 (25-788)||(1603419-1604181)
chr5 (82-354)||(1587191-1587463)
chr5 (66-354)||(1590760-1591048)
chr5 (425-673)||(1587507-1587763)
chr5 (425-487)||(1590654-1590716)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (189-696)||(39615670-39616178)
chr7 (54-173)||(39616233-39616349)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (81-354)||(19270343-19270616)
chr3 (432-670)||(19270025-19270271)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 715; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 715; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 788
Target Start/End: Original strand, 1580634 - 1581396
Alignment:
Q  25 ttcgccaagaaacaaaattgcctcttaatattccacaaagcacaatgaaaggagaagtagtgaataagaagaaaaggtgtcgctcaagtgatgaaggtag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1580634 ttcgccaagaaacaaaattgcctcttaatattccacaaagcacaatgaaaggagaagcagtgaataagaagaaaaggtgtcgctcaagtgatgaaggtag 1580733  T
Q  125 catggctgataaggcgaaaagaagagtgaaaccaaagagcacgaagaagatggtaccnnnnnnncaagataaggaaaaattgtcatcacctccgccaata 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1580734 catggctgataaggcgaaaagaagagtgaaaccaaagagcacgaagaagatggtaccaaaaaaacaagataaggaaaaattgtcatcacctccgccaata 1580833  T
Q  225 ttgcctattgatgtcgagatcaagatcaaagagttgaatggaattgatatcaaacatatcatgtgtaaggaattgtttgattcagatctcagtaaacacc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1580834 ttgcctattgatgtcgagatcaagatcaaagagttgaatggcactgatatcaaacatatcatgtgtaaggaattgtttgattcagatctcagtaaacacc 1580933  T
Q  325 aaagtcgtcttttaatgtcacttaaagaagatatagctgatgattttctcaacgacacagagaagaagacttttggtagaaaggatcggggcactaaaag 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1580934 aaagtcgtcttttaatgtcacttaaagaagatatagctgatgattttctcaacgacacagagaagaagacttttggtagaaaggatcggggcactaaaag 1581033  T
Q  425 taaactggttggtatagaagtgattgtgttggacccttcttttagagagttcacaatgtctttgaggaagtggggcaaaagtctttacagtcttgtacaa 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1581034 taaactggttggtatagaagtgattgtgttggacccttcttttagagagttcacaatgtctttgaggaagtggggcaaaagtctttacagtcttgtacaa 1581133  T
Q  525 gattggaaacatgttatgaggcaaaatagttttgaaattggtcaaaaactcaacatttggacatttagggtcaatagcaagttgcactttctactcgaca 624  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1581134 gattggaaacatgttatgaggcaaaatagttttgaaattggtcaaaaactcaacatttggacatttagggtcaatagcaagttgcactttctactcgaca 1581233  T
Q  625 aaaattaggtaatagctataaacttgtttatttgtttctgcatttaactctactttgtttatgcgattctggaagcttgatgaagaagactttgaaatag 724  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1581234 aaaattaggtaatagctataaacttgtttatttgtttctgcatttaactgtactttgtttatgcgattctggaagcttgatgaagaagac-ttgaaatag 1581332  T
Q  725 tttataaggagatggaccagtatcagcctcttgaagaattagtcttacctagctaggaagaatt 788  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1581333 tttataaggagatggaccagtatcagcctctggaagaattagtcttacctagctaggaagaatt 1581396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 715; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 1604181 - 1603419
Alignment:
Q  25 ttcgccaagaaacaaaattgcctcttaatattccacaaagcacaatgaaaggagaagtagtgaataagaagaaaaggtgtcgctcaagtgatgaaggtag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1604181 ttcgccaagaaacaaaattgcctcttaatattccacaaagcacaatgaaaggagaagcagtgaataagaagaaaaggtgtcgctcaagtgatgaaggtag 1604082  T
Q  125 catggctgataaggcgaaaagaagagtgaaaccaaagagcacgaagaagatggtaccnnnnnnncaagataaggaaaaattgtcatcacctccgccaata 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1604081 catggctgataaggcgaaaagaagagtgaaaccaaagagcacgaagaagatggtaccaaaaaaacaagataaggaaaaattgtcatcacctccgccaata 1603982  T
Q  225 ttgcctattgatgtcgagatcaagatcaaagagttgaatggaattgatatcaaacatatcatgtgtaaggaattgtttgattcagatctcagtaaacacc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1603981 ttgcctattgatgtcgagatcaagatcaaagagttgaatggcactgatatcaaacatatcatgtgtaaggaattgtttgattcagatctcagtaaacacc 1603882  T
Q  325 aaagtcgtcttttaatgtcacttaaagaagatatagctgatgattttctcaacgacacagagaagaagacttttggtagaaaggatcggggcactaaaag 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1603881 aaagtcgtcttttaatgtcacttaaagaagatatagctgatgattttctcaacgacacagagaagaagacttttggtagaaaggatcggggcactaaaag 1603782  T
Q  425 taaactggttggtatagaagtgattgtgttggacccttcttttagagagttcacaatgtctttgaggaagtggggcaaaagtctttacagtcttgtacaa 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1603781 taaactggttggtatagaagtgattgtgttggacccttcttttagagagttcacaatgtctttgaggaagtggggcaaaagtctttacagtcttgtacaa 1603682  T
Q  525 gattggaaacatgttatgaggcaaaatagttttgaaattggtcaaaaactcaacatttggacatttagggtcaatagcaagttgcactttctactcgaca 624  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1603681 gattggaaacatgttatgaggcaaaatagttttgaaattggtcaaaaactcaacatttggacatttagggtcaatagcaagttgcactttctactcgaca 1603582  T
Q  625 aaaattaggtaatagctataaacttgtttatttgtttctgcatttaactctactttgtttatgcgattctggaagcttgatgaagaagactttgaaatag 724  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1603581 aaaattaggtaatagctataaacttgtttatttgtttctgcatttaactgtactttgtttatgcgattctggaagcttgatgaagaagac-ttgaaatag 1603483  T
Q  725 tttataaggagatggaccagtatcagcctcttgaagaattagtcttacctagctaggaagaatt 788  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1603482 tttataaggagatggaccagtatcagcctctggaagaattagtcttacctagctaggaagaatt 1603419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 82 - 354
Target Start/End: Original strand, 1587191 - 1587463
Alignment:
Q  82 tagtgaataagaagaaaaggtgtcgctcaagtgatgaaggtagca---tggctgataaggcgaaaagaagagtgaaaccaaagagcacgaagaagatggt 178  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   || || ||  ||   |||||||||| |||||||||| ||||||||||||       
T  1587191 tagtgaataaaaagaaaaggtgtcgctcaagtgatgaaggtagcagcatgtcttatgtgg---aaagaagagttaaaccaaagaccacgaagaagatcaa 1587287  T
Q  179 accnnnnnnncaagataaggaaaaattgtcatcacctccgccaatattgcctattgatgtcgagatcaagatcaaagagttgaatggaattgatatcaaa 278  Q
    |||       || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  1587288 accaaaaaaacatgataaggaaaatttgtcatcacctccaccaatattgcctattcacgttgagaacaagatcaaagagtttaatggcactgatatcaaa 1587387  T
Q  279 catatcatgtgtaaggaattgtttgattcagatctcagtaaacaccaaagtcgtcttttaatgtcacttaaagaag 354  Q
     |||||||||||||  |||||| ||  |||||||||||  |  |||||| ||||||||||||| | ||||||||||    
T  1587388 aatatcatgtgtaaaaaattgtctgcgtcagatctcagggatgaccaaaatcgtcttttaatgccgcttaaagaag 1587463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 66 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 1591048 - 1590760
Alignment:
Q  66 acaatgaaaggagaagtagtgaataagaagaaaaggtgtcgctcaagtgatgaaggtagcatggctgata-aggcgaaaagaagagtgaaaccaaagagc 164  Q
    |||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |  | ||| ||||||| || |||||||||| |    
T  1591048 acaatggaaggagatgtcgtgaataaaaagaaaaggtgtcgctcaagtgatgaaggtagca-gcatgttttatgcggaaagaagtgttaaaccaaagacc 1590950  T
Q  165 acgaagaagatggtaccnnnnnnncaagataaggaaaaattgtcatcacctccgccaatattgcctattgatgtcgagatcaagatcaaagagttgaatg 264  Q
    |||||||||||   |||       || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||| ||||||||||||||| ||||    
T  1590949 acgaagaagatcaaaccaaaaaaacatgataaggaaaatttgtcatcacctccaccaatattgcctattcacgttgagaacaagatcaaagagtttaatg 1590850  T
Q  265 gaattgatatcaaacatatcatgtgtaaggaattgtttgattcagatctcagtaaacaccaaagtcgtcttttaatgtcacttaaagaag 354  Q
    | | |||||||||| |||||||||||||  |||||| ||  || ||||||||  |  |||||| ||||||||||||| | ||||||||||    
T  1590849 gcactgatatcaaaaatatcatgtgtaaaaaattgtctgcgtcggatctcagggatgaccaaaatcgtcttttaatgccgcttaaagaag 1590760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 425 - 673
Target Start/End: Original strand, 1587507 - 1587763
Alignment:
Q  425 taaactggttggtatagaagtgattgtgttggacccttcttttagagagttcacaatgtctttgaggaagtggggc----------aaaagtctttacag 514  Q
    ||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||          | ||||  ||||||    
T  1587507 taaacaggatggtttagaagtgactgtgttggacccttcttttagagagttcacaatgtctttgaggaagtggagcatgggaactaacaagt-attacag 1587605  T
Q  515 tcttgtacaagattggaaacatgttatgaggcaaaatagttttgaaattggtcaaaaactcaacatttggacatttagggtcaatagcaagttgcacttt 614  Q
    |||| |||  | |||||||  |||| ||||  ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  1587606 tcttctacgtggttggaaaactgttgtgagcaaaaatagttttaaaaagggtaaaaaactcaacatctggacttttagggtcaatgacaagttgcacttt 1587705  T
Q  615 ctactcgacaaaaattaggtaatagctataaacttgtttatttgtttctgcatttaact 673  Q
     |||| ||||| ||  |||| || | |||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  1587706 gtacttgacaataaccaggtgat-gttataaactcgtttattattttctgcatttaact 1587763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 425 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 1590716 - 1590654
Alignment:
Q  425 taaactggttggtatagaagtgattgtgttggacccttcttttagagagttcacaatgtcttt 487  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1590716 taaaccggttggtttagaagtgattgtgttggacccttcttttagagagttcagaatgtcttt 1590654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 110; Significance: 5e-55; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 189 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 39616178 - 39615670
Alignment:
Q  189 caagataaggaaaaattgtcatcacctccgccaatattgcctattgatgtcgagatcaagatcaaagagttgaatggaattgatatcaaacatatcatgt 288  Q
    ||||||||| |||| ||| | | ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||| | |||||||| | |||||||||    
T  39616178 caagataagaaaaatttggctttacctccgccaatattacctattaatgtcaagaacaagatcaaggagttgaatggcactgatatcagatatatcatgt 39616079  T
Q  289 gtaaggaattgtttgattcagatctcagtaaacaccaaagtcgtcttttaatgtcacttaaagaagatatagctgatgattttctcaacgacacagagaa 388  Q
      ||| |||||||||  |||||| ||  | ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||   | ||  || |||||||| | | ||||| ||    
T  39616078 caaagaaattgtttgcgtcagatatcgatgaaggccaaagtcgtcttttaatgccacttaaagaagacgaa-ct--tggttttctcaccaagacagaaaa 39615982  T
Q  389 gaagacttttggtagaaaggatcggggcactaaaagtaaactggttggtatagaagtgattgtgttggacccttcttttagagagttcacaatgtctttg 488  Q
    | ||||||| | |  |||||||    | |  ||   ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||  ||     
T  39615981 ggagactttagatgaaaaggat----gaa--aacgataaaccggttggtttagaagtgattgtgttggacccttattttagaagcttcacaatgtgcttc 39615888  T
Q  489 aggaagtgg-----ggc----aaaagtctttacagtcttgtacaagattggaaacatgttatgaggcaaaatagttttgaaattggtcaaaaactcaaca 579  Q
    | |||||||     | |    ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||||  |||| |||||||||| ||||||| |||||||     
T  39615887 aagaagtggaaaatgactaataaatgggtttacagtcttatacaaaattggaaacatgctgtgaggggaaatggttttgaaataggtcaaatactcaacg 39615788  T
Q  580 tttggacatttagggtcaatagcaagttgcactttctactcgacaaaaattaggtaatagctataaacttgtttatttgtttctgcatttaact-ctact 678  Q
    ||||| |||||||||||||   ||||||||| ||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||    
T  39615787 tttggtcatttagggtcaaggacaagttgcagtttgtactcaacattaattaggtaatagctataaacttgtttatttctttctgcatttaactagtact 39615688  T
Q  679 ttgtttatgcgattctgg 696  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  39615687 ttgtttatgcgtttctgg 39615670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 54 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 39616349 - 39616233
Alignment:
Q  54 attccacaaagcacaatgaaaggagaagtagtgaataagaagaaaaggtgtcgctcaagtgatgaaggtagcatggctgataaggcgaaaagaagagtga 153  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||| |||||  ||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| || ||   ||| ||||||||  ||    
T  39616349 attccacaaaacacagtggaaggagaagtagcgaataccaagaaaaggtgtcgcccatgtgatgaagttagcatgtcttat---gcggaaagaagaacga 39616253  T
Q  154 aaccaaagagcacgaagaag 173  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  39616252 aaccaaagaccacgaagaag 39616233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 88; Significance: 7e-42; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 81 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 19270616 - 19270343
Alignment:
Q  81 gtagtgaataagaagaaaaggtgtcgctcaagtgatgaaggtag---catggctgataaggcgaaaagaagagtgaaaccaaagagcacgaagaagatgg 177  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||   |||| || |    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19270616 gtagtgaataaaaagaaaaggtgttgctcaagtgatgaaggtagaagcatgtctcac---gcagaaagaagagtgaaaccaaagagcacgaagaagatga 19270520  T
Q  178 taccnnnnnnncaagataaggaaaaattgtcatcacctccgccaatattgcctattgatgtcgagatcaagatcaaagagttgaatggaattgatatcaa 277  Q
     |||       |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |  | |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  19270519 aaccaaaaaaacaagataaggaaaatttgtcatctcctccaccaatattgcctattcacatagagaacaagatcaaagagttgaatggcactgatatcaa 19270420  T
Q  278 acatatcatgtgtaaggaattgtttgattcagatctcagtaaacaccaaagtcgtcttttaatgtcacttaaagaag 354  Q
    | |||||||| ||||  |||||||||  ||| ||||||   |  |||||| |||||| ||||||||  |||||||||    
T  19270419 atatatcatgggtaaaaaattgtttgcatcaaatctcaaagatgaccaaaatcgtctattaatgtcgattaaagaag 19270343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 432 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 19270271 - 19270025
Alignment:
Q  432 gttggtatagaagtgattgtgttggacccttcttttagagagttcacaatgtctttgaggaagtggggcaa----------aagtctttacagtcttgta 521  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||           |||| || |||||||||||    
T  19270271 gttggtttagaagtgattgtgttggacccttcttttagagagttcacaatgtcgttgaggaagtggagcatgggcattaacaagtatt-acagtcttgta 19270173  T
Q  522 caagattggaaacatgttatgaggcaaaatagttttgaaattggtcaaaaactcaacatttggacatttagggtcaatagcaagttgcactttctactcg 621  Q
    || | |||||||  |||| ||||  |||||||||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  19270172 catggttggaaaactgttgtgagcaaaaatagttttgaaaagggtaaaaaacttaacatctggacttttagggtcaatgacaagttgcactttgtactcg 19270073  T
Q  622 acaaaaattaggtaatagctataaacttgtttatttgtttctgcattta 670  Q
    |||| ||| |||| || | |||||||  |||||||  ||||||||||||    
T  19270072 acaataatcaggtgat-gttataaacgcgtttattattttctgcattta 19270025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University