View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8251_low_61 (Length: 250)

Name: NF8251_low_61
Description: NF8251
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8251_low_61
NF8251_low_61
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (4-243)||(3301027-3301266)
chr1 (1-243)||(43045288-43045530)
chr1 (1-243)||(43045741-43045983)
chr1 (1-243)||(43066424-43066666)
chr1 (1-243)||(43084169-43084411)
chr1 (4-241)||(45983463-45983700)
chr1 (1-243)||(45993241-45993483)
chr1 (10-243)||(38137609-38137842)
chr1 (31-243)||(7890793-7891005)
chr1 (6-243)||(7888528-7888765)
chr1 (29-243)||(40034449-40034661)
chr1 (10-243)||(51291919-51292151)
chr1 (34-228)||(43076553-43076746)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-243)||(4231761-4232003)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (43-243)||(4620026-4620226)
chr8 (10-243)||(1846695-1846928)
chr8 (4-224)||(4297767-4297990)
chr8 (76-228)||(4787274-4787426)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-224)||(16349433-16349656)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (25-243)||(34691145-34691361)
chr2 (25-243)||(34713557-34713773)
chr2 (25-243)||(16232488-16232710)
chr2 (11-235)||(33861140-33861367)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (4-243)||(7519468-7519707)
chr6 (4-243)||(7528839-7529078)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (110-172)||(39242152-39242214)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 4 - 243
Target Start/End: Original strand, 3301027 - 3301266
Alignment:
Q  4 ataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtc 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3301027 ataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtc 3301126  T
Q  104 cgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3301127 cgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacattcagccttgagcttgtc 3301226  T
Q  204 gagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3301227 gagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 3301266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Original strand, 43045288 - 43045530
Alignment:
Q  1 gaaataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  43045288 gaaataccggcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgt 43045387  T
Q  101 gtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagctt 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43045388 gtccgggggcatcgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagctt 43045487  T
Q  201 gtcgagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43045488 gtcaaggacccaggcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 43045530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Original strand, 43045741 - 43045983
Alignment:
Q  1 gaaataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  43045741 gaaataccggcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgt 43045840  T
Q  101 gtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagctt 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43045841 gtccgggggcatcgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagctt 43045940  T
Q  201 gtcgagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43045941 gtcaaggacccaggcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 43045983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 43066666 - 43066424
Alignment:
Q  1 gaaataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  43066666 gaaataccggcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgt 43066567  T
Q  101 gtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagctt 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43066566 gtccgggggcatcgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagctt 43066467  T
Q  201 gtcgagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43066466 gtcaagaacccaggcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 43066424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Original strand, 43084169 - 43084411
Alignment:
Q  1 gaaataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  43084169 gaaataccggcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgt 43084268  T
Q  101 gtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagctt 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43084269 gtccgggggcatcgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagctt 43084368  T
Q  201 gtcgagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43084369 gtcaaggacccaggcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 43084411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 4 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 45983700 - 45983463
Alignment:
Q  4 ataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtc 103  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45983700 ataccggcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtc 45983601  T
Q  104 cgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||| |||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45983600 cgggggcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttcgacagggtaatgtcaattgtaacacctctttcacgttcagccttgagcttgtc 45983501  T
Q  204 gagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatct 241  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45983500 aagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatct 45983463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 45993483 - 45993241
Alignment:
Q  1 gaaataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||    
T  45993483 gaaataccggcttcaaaaccacgagtagtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggacgtcccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgt 45993384  T
Q  101 gtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagctt 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||||||  | |||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  45993383 gtccggaggcatcaatgacagtgcagctgtacttgtttgtctcaaacttcgacaaagaactgtcaattgtgatacctctttcacgctcagtcttgagctt 45993284  T
Q  201 gtcgagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45993283 gtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgatcatctca 45993241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 10 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 38137842 - 38137609
Alignment:
Q  10 gcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggggg 109  Q
    |||||||||| ||| || |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38137842 gcttcaaaactaccagttgtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgtcccggtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggggg 38137743  T
Q  110 catcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcgagcac 209  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  38137742 catcaatgagagtgcagtagtacttggtagtctcaaactttgacagagaaatgtcaatagtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcgagcac 38137643  T
Q  210 ccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||    
T  38137642 ccaagcatacttgaacgatggcttgtttatctca 38137609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 31 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 7891005 - 7890793
Alignment:
Q  31 gaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgacagtgcagtagt 130  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |     
T  7891005 gaatcaatgataagaacagcacagtcagcttcggacgctccagtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccaggggcatcaatgagagtgcagcgga 7890906  T
Q  131 acttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcgagcacccaagcatacttgaatgaacg 230  Q
    | || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  7890905 agttggttgtctcaaacttccacagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaatg 7890806  T
Q  231 cttgttcatctca 243  Q
    | |||||||||||    
T  7890805 cctgttcatctca 7890793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 7888765 - 7888528
Alignment:
Q  6 accggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccg 105  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |  || || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7888765 accggcttcaaaaccaccagttgtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttcagacgccccggtgatcatgttcttgatgaaatccctgtgtccg 7888666  T
Q  106 ggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcga 205  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||  | || |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
T  7888665 ggggcatcaatgagagtgcagcagtagctggttgtctgaaacttccaaagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagtttgtcaa 7888566  T
Q  206 gcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||    
T  7888565 gcacccaagcatacttgaataaacgtctgtttatctca 7888528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 29 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 40034661 - 40034449
Alignment:
Q  29 tggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgacagtgcagta 128  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| || || || | ||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||     
T  40034661 tggaatcaatgatgagaacagcacagtcagctagggacgtgccggttaacatgttcttgatgaaatc--tgtgtccgggggcgtcaatgagagtgcagtg 40034564  T
Q  129 gtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcgagcacccaagcatacttgaatgaa 228  Q
    ||| || || |||||||||||  |||  | ||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||     
T  40034563 gtatttggttgtctcaaacttggacatggaaatatcaattgtaacacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagtacccaagcatacttgaatgag 40034464  T
Q  229 cgcttgttcatctca 243  Q
    |||||||||||||||    
T  40034463 cgcttgttcatctca 40034449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 243
Target Start/End: Original strand, 51291919 - 51292151
Alignment:
Q  10 gcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggggg 109  Q
    |||||||| || || || |||||||||| ||| |||| | |||| ||||||||| | |  || |  ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  51291919 gcttcaaacccgccagttgtggaatcaaggatgagaataacacagtcagcttggaacggcccggcgatcatgttcttaatgaaattcccatgtccggggg 51292018  T
Q  110 catcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcgagcac 209  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||  | || ||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  51292019 catcaatgagagtgcaatagtacttgattgt-tcaaacttggatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgaacttgtcaagcac 51292117  T
Q  210 ccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  51292118 ccaagcatacgtgaatgaacgcatgttcatctca 51292151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 34 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 43076746 - 43076553
Alignment:
Q  34 tcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtact 133  Q
    |||| ||| |||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||  |||| ||| ||    
T  43076746 tcaaggataagaagagcacaatcagcttgggacgtcccagtgatcatgttcttaatgaaattcttgtgtcccgggacatcaatgacaacgcagcagttct 43076647  T
Q  134 tagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcgagcacccaagcatacttgaatgaa 228  Q
    | || |||||||||||||| |||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| || | ||| |||||||||| ||||    
T  43076646 ttgttgtctcaaacttccagagagaaatctcaatggt-atacctctttcacgttcagccctgagcttgtcaaggatccaggcatacttgactgaa 43076553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Original strand, 4231761 - 4232003
Alignment:
Q  1 gaaataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4231761 gaaataccagcttcaaaaccaccagtggtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggatgtaccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgt 4231860  T
Q  101 gtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagctt 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4231861 gtccaggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtggtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagctt 4231960  T
Q  201 gtcgagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
    ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4231961 gtcaagaacccaagcatacttaaatgaacgcttgttcatctca 4232003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 43 - 243
Target Start/End: Original strand, 4620026 - 4620226
Alignment:
Q  43 agaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtct 142  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  4620026 agaacagcacagtcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtct 4620125  T
Q  143 caaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcgagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctc 242  Q
    |||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||    
T  4620126 caaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgtttatctc 4620225  T
Q  243 a 243  Q
    |    
T  4620226 a 4620226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 243
Target Start/End: Original strand, 1846695 - 1846928
Alignment:
Q  10 gcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggggg 109  Q
    |||||||||||||| |  || || |||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846695 gcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggggg 1846794  T
Q  110 catcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcgagcac 209  Q
    ||||||||| |||||||  | | || || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  1846795 catcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcac 1846894  T
Q  210 ccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  1846895 ccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctca 1846928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 224
Target Start/End: Original strand, 4297767 - 4297990
Alignment:
Q  4 ataccggcttcaaaaccaccggtag---tggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||  |||||| |||| | |||| |||| | ||||||  |||||||||||||| | ||||| |    
T  4297767 ataccggcttcaaaaccaccagtagtagtggaatcaatgacgagaacatcacagttagctagggacgctccagtggtcatgttcttaatgcattccctat 4297866  T
Q  101 gtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagctt 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||  |||||| |||||||||||||  |||||||||| | ||||| ||||| ||    
T  4297867 gtccgggggcatcaatgacaatgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacagagaaatgtcaattgtggcacctctttcatggtcagctttgagttt 4297966  T
Q  201 gtcgagcacccaagcatacttgaa 224  Q
    ||| || |||||||||||||||||    
T  4297967 gtcaagtacccaagcatacttgaa 4297990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 76 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 4787426 - 4787274
Alignment:
Q  76 atcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatac 175  Q
    ||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||  ||| || |||||||||||||  ||    
T  4787426 atcatgttcctaatgtattccctgtgtccgggagcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacatagaaatgtcaattgtggcac 4787327  T
Q  176 ctctttcacgttcagccttgagcttgtcgagcacccaagcatacttgaatgaa 228  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4787326 ctctttcacgctcacccttgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 4787274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 16349433 - 16349656
Alignment:
Q  1 gaaataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgt 100  Q
    |||||||||||| |||||||| | | ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16349433 gaaataccggctccaaaaccagcaggagtggaatcaacgataagaagagcacaatcagcttgggatgtcccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgt 16349532  T
Q  101 gtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagctt 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  |||||| || |||||||| ||| ||| || | |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||    
T  16349533 gtccgggggcatcaatgatagtgcagcggtacttggttgtctcaaaattcaacatagaattgtcaattgtgatacctctttcgcgctcagccttgagttt 16349632  T
Q  201 gtcgagcacccaagcatacttgaa 224  Q
    ||| || ||||| |||||||||||    
T  16349633 gtcaagaacccacgcatacttgaa 16349656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 25 - 243
Target Start/End: Original strand, 34691145 - 34691361
Alignment:
Q  25 gtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgacagtgc 124  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||     
T  34691145 gtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggagcatcaatgagagtga 34691244  T
Q  125 agtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcgagcacccaagcatacttgaa 224  Q
    || ||||||| || ||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34691245 agcagtacttggttgtctcaaacttgcataga--aatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcgttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaa 34691342  T
Q  225 tgaacgcttgttcatctca 243  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  34691343 tgaacgcttcttcatctca 34691361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 25 - 243
Target Start/End: Original strand, 34713557 - 34713773
Alignment:
Q  25 gtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgacagtgc 124  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||     
T  34713557 gtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggagcatcaatgagagtga 34713656  T
Q  125 agtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcgagcacccaagcatacttgaa 224  Q
    || ||||||| || ||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34713657 agcagtacttggttgtctcaaacttgcataga--aatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcgttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaa 34713754  T
Q  225 tgaacgcttgttcatctca 243  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  34713755 tgaacgcttcttcatctca 34713773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 25 - 243
Target Start/End: Original strand, 16232488 - 16232710
Alignment:
Q  25 gtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgaca 120  Q
    ||||||||||  ||||  ||||||||||| ||||||| ||| || ||  | |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||      
T  16232488 gtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccgatgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagg 16232587  T
Q  121 gtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcgagcacccaagcatact 220  Q
    |||||  ||||||| || ||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16232588 gtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatact 16232687  T
Q  221 tgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
    ||||||||||| | |||||||||    
T  16232688 tgaatgaacgcatcttcatctca 16232710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 11 - 235
Target Start/End: Original strand, 33861140 - 33861367
Alignment:
Q  11 cttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggc 110  Q
    ||||||||||||| | || |||||||| ||| |||| ||| |||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  33861140 cttcaaaaccaccaggagaggaatcaacgataagaagagcgcaatcagcataggatgtcccattaatcatgttcttaatataatccctgtgtccaggggc 33861239  T
Q  111 atcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcgagcacc 210  Q
    ||||||||||||| |   |||||   | |||||||| || | || || || |||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||    
T  33861240 atcaatgacagtgtaccggtactggtttgtctcaaaattacgcatagaaacgtcaatggagatacctctttcacgctcagcctcgagcttgtcaagaacc 33861339  T
Q  211 ca---agcatacttgaatgaacgcttgt 235  Q
    ||   ||||||||||||||||| |||||    
T  33861340 caattagcatacttgaatgaacacttgt 33861367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 4 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 7519707 - 7519468
Alignment:
Q  4 ataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtc 103  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||    
T  7519707 ataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtc 7519608  T
Q  104 cgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtc 203  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||| |||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  7519607 cgggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaaagcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtc 7519508  T
Q  204 gagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
     || ||||| || |||||||| || | |||||||||||||    
T  7519507 aagaacccatgcgtacttgaaagacctcttgttcatctca 7519468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 4 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 7529078 - 7528839
Alignment:
Q  4 ataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtc 103  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||    
T  7529078 ataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataagcacggcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtc 7528979  T
Q  104 cgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtc 203  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||  ||||| || || || || ||||||||||| |||||||| || |||||    
T  7528978 cgggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaaggcaatatcgatggtaattcctctttcacgctcagccttaagtttgtc 7528879  T
Q  204 gagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 243  Q
     || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528878 aagaacccatgcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 7528839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 39242214 - 39242152
Alignment:
Q  110 catcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtga 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  39242214 catcaatgacagtgcagtagtactttgttgtctcaaacttggacagagcaatgtcaattgtga 39242152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University