View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8255_low_1 (Length: 1123)

Name: NF8255_low_1
Description: NF8255
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8255_low_1
NF8255_low_1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (17-1113)||(38120706-38121805)
chr8 (17-1099)||(38608318-38609400)
chr8 (17-1099)||(38793101-38794183)
chr8 (945-1055)||(34592844-34592957)
chr8 (1048-1089)||(38287457-38287498)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (17-1099)||(28730297-28731379)
chr4 (987-1058)||(33078483-33078557)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (17-148)||(31529202-31529333)
chr1 (17-148)||(51801270-51801401)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-145)||(34875887-34876015)
[»] scaffold0082 (1 HSPs)
scaffold0082 (171-316)||(34038-34183)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 1054; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 1054; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1113
Target Start/End: Complemental strand, 38121805 - 38120706
Alignment:
Q  17 acacatagttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgacttgcttttggcaccaagattgagactctcagtcccggccgttgcgtaaccgtcact 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121805 acacatagttccaggtatattcaccatcgaatatcttcggcgacttgcttttggcaccaagattgagactctcagtcccggccgttgcgtaaccgtcact 38121706  T
Q  117 tccgagtcgattcatccgaacaacacttccggcagtgctccaaaagtcttcatcggaggcgttgagattactcaaccggatctattcaacaacggaatgg 216  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121705 tccgagtcgattcatcagaacaacacttccggcagtgctccaaaagtcttcatcggaggcgttgagattactcaaccggatctattcaacaacggaatgg 38121606  T
Q  217 ttgttgttcacggccttcaaggtttcgcctctaagctttctccgttttcttgcgacgttgagagaatgagttctctctcctttccgtttcatcctgatca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121605 ttgttgttcacggccttcaaggtttcgcctctaagctttctccgttttcttgcgacgttgagagaatgagttctctctcctttccgtttcatcctgatca 38121506  T
Q  317 ccgttccggtgctcatgttcacactcccggcgccaccgtgctccctgctattatgcgcctcatgctacgagatgcaatggtaaggctccgtaataacggt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121505 ccgttccggtgctcatgttcacactcccggcgccaccgtgctccctgctattatgcgcctcatgctacgagatgcaatggtaaggctccgtaataacggt 38121406  T
Q  417 ttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgctgttgatgatctttctatattctccg 516  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121405 ttcagcatcctctcccttgctatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgctgttgatgatctttctatattctccg 38121306  T
Q  517 gttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccggttggaactgctctgcc 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121305 gttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccggttggaactgctctgcc 38121206  T
Q  617 tacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgac 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121205 tacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgac 38121106  T
Q  717 gtcatccgcaatgtgaagattgttgtgcacagcgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaag 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121105 gtcatccgcaatgtgaagattgttgtgcacagcgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaag 38121006  T
Q  817 gagcatcggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggccacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtgg 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38121005 gagcatcggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggccacggaagaaacctgctctgctcctgatggacgtgg 38120906  T
Q  917 tggttgtgctgctgatgtcactactgcagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcga 1016  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38120905 tggttgtgctgctgatgtcactactgcagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcga 38120806  T
Q  1017 tgcttcgatgatg---atgaagattgtggttcagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttacgctgatgtccatct 1113  Q
    |||||||||||||   |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  38120805 tgcttcgatgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttacactgttgtccatct 38120706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 843; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1099
Target Start/End: Original strand, 38608318 - 38609400
Alignment:
Q  17 acacatagttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgacttgcttttggcaccaagattgagactctcagtcccggccgttgcgtaaccgtcact 116  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||| | ||    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  38608318 acacatcgttccaggtttattcactatcgagtatttgcgtacgcttccttttggcaccaagatcgagacgctcagtccaggccgttgcataaccgtcact 38608417  T
Q  117 tccgagtcgattcatccgaacaacacttccggcagtgctccaaaagtcttcatcggaggcgttgagattactcaaccggatctattcaacaacggaatgg 216  Q
    ||||| ||||||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608418 tccgattcgattcattcgaacattactaccggcggtgctccaaaagttttcatcggaggcgttgagattgctcaaccggatctattcaacaacggaatgg 38608517  T
Q  217 ttgttgttcacggccttcaaggtttcgcctctaagctttctccgttttcttgcgacgttgagagaatgagttctctctcctttccgtttcatcctgatca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38608518 ttgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgtttcatcctgatca 38608617  T
Q  317 ccgttccggtgctcatgttcacactcccggcgccaccgtgctccctgctattatgcgcctcatgctacgagatgcaatggtaaggctccgtaataacggt 416  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  38608618 ccgttccagtgctcacgttcacactcacggcgtcaccgtgctccctgctataatgcgcctcatgctacgagatgcaatgctcaggctccgtaataacggt 38608717  T
Q  417 ttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgctgttgatgatctttctatattctccg 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38608718 ttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccg 38608817  T
Q  517 gttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccggttggaactgctctgcc 616  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38608818 gttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaattattacttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcc 38608917  T
Q  617 tacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgac 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608918 tacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgac 38609017  T
Q  717 gtcatccgcaatgtgaagattgttgtgcacagcgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaag 816  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38609018 gtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaag 38609117  T
Q  817 gagcatcggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggccacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtgg 916  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||  | ||| ||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609118 gagcgtcggaaggagcaggtgttggagccggagcatcaactttattagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtgg 38609217  T
Q  917 tggttgtgctgctgatgtcactactgcagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcga 1016  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609218 tggttgtgctgctggtgtcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcga 38609317  T
Q  1017 tgcttcgatgatgatgaagattgtggttcagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttac 1099  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609318 tgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttac 38609400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 843; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1099
Target Start/End: Original strand, 38793101 - 38794183
Alignment:
Q  17 acacatagttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgacttgcttttggcaccaagattgagactctcagtcccggccgttgcgtaaccgtcact 116  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||| | ||    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  38793101 acacatcgttccaggtttattcactatcgagtatttgcgtacgcttccttttggcaccaagatcgagacgctcagtccaggccgttgcataaccgtcact 38793200  T
Q  117 tccgagtcgattcatccgaacaacacttccggcagtgctccaaaagtcttcatcggaggcgttgagattactcaaccggatctattcaacaacggaatgg 216  Q
    ||||| ||||||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793201 tccgattcgattcattcgaacattactaccggcggtgctccaaaagttttcatcggaggcgttgagattgctcaaccggatctattcaacaacggaatgg 38793300  T
Q  217 ttgttgttcacggccttcaaggtttcgcctctaagctttctccgttttcttgcgacgttgagagaatgagttctctctcctttccgtttcatcctgatca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38793301 ttgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgtttcatcctgatca 38793400  T
Q  317 ccgttccggtgctcatgttcacactcccggcgccaccgtgctccctgctattatgcgcctcatgctacgagatgcaatggtaaggctccgtaataacggt 416  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  38793401 ccgttccagtgctcacgttcacactcacggcgtcaccgtgctccctgctataatgcgcctcatgctacgagatgcaatgctcaggctccgtaataacggt 38793500  T
Q  417 ttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgctgttgatgatctttctatattctccg 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38793501 ttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccg 38793600  T
Q  517 gttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccggttggaactgctctgcc 616  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38793601 gttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaattattacttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcc 38793700  T
Q  617 tacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgac 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793701 tacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgac 38793800  T
Q  717 gtcatccgcaatgtgaagattgttgtgcacagcgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaag 816  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38793801 gtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaag 38793900  T
Q  817 gagcatcggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggccacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtgg 916  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||  | ||| ||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793901 gagcgtcggaaggagcaggtgttggagccggagcatcaactttattagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtgg 38794000  T
Q  917 tggttgtgctgctgatgtcactactgcagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcga 1016  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794001 tggttgtgctgctggtgtcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcga 38794100  T
Q  1017 tgcttcgatgatgatgaagattgtggttcagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttac 1099  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794101 tgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttac 38794183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 945 - 1055
Target Start/End: Original strand, 34592844 - 34592957
Alignment:
Q  945 gcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttc---gatgatgatgaagattgtg 1041  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||| |    
T  34592844 gcaggtgtgtctcccgtgcctcgggtcaggccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgtgatgcttcaatgatgatgatgaagattgcg 34592943  T
Q  1042 gttcagttctttct 1055  Q
    ||| | ||||||||    
T  34592944 gtttacttctttct 34592957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 1048 - 1089
Target Start/End: Original strand, 38287457 - 38287498
Alignment:
Q  1048 ttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagtta 1089  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  38287457 ttctttttctgctgaagtgaaactctatgaaacttgtagtta 38287498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 863; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 863; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1099
Target Start/End: Complemental strand, 28731379 - 28730297
Alignment:
Q  17 acacatagttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgacttgcttttggcaccaagattgagactctcagtcccggccgttgcgtaaccgtcact 116  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28731379 acacatcgttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgtcttgcttttggcaccaagatcgagactctcagtcccggccgttgcgtaactgtcact 28731280  T
Q  117 tccgagtcgattcatccgaacaacacttccggcagtgctccaaaagtcttcatcggaggcgttgagattactcaaccggatctattcaacaacggaatgg 216  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28731279 tccgagtcgattcatccgaacagcacttccggcggtgctccaaaagtattcatcggaggcgttgagattactcaaccagatctattcaacaacggaatgg 28731180  T
Q  217 ttgttgttcacggccttcaaggtttcgcctctaagctttctccgttttcttgcgacgttgagagaatgagttctctctcctttccgtttcatcctgatca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28731179 ttgttgttcacggccttcaaggtttcgcctctacgctttctccgttttcttgcgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgtttcatcctgatca 28731080  T
Q  317 ccgttccggtgctcatgttcacactcccggcgccaccgtgctccctgctattatgcgcctcatgctacgagatgcaatggtaaggctccgtaataacggt 416  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| | | ||||||||||||||||||    
T  28731079 ccgttccagtgctcatgttcacactcccggcgccaccgtgcttcctgctattatgcgcctcatgctacgagacacaacgctcaggctccgtaataacggt 28730980  T
Q  417 ttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgctgttgatgatctttctatattctccg 516  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28730979 ttcagcatcctctcccttgcaatgaaggtaaaatacgaagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccg 28730880  T
Q  517 gttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccggttggaactgctctgcc 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28730879 gttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcgttacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcc 28730780  T
Q  617 tacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgac 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||    
T  28730779 tacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtgacattagcaccgatgaggattaactatgttagggtgaaggttgctgac 28730680  T
Q  717 gtcatccgcaatgtgaagattgttgtgcacagcgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaag 816  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730679 gtcatccgtaatgtgaagatagttgtgcatagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggatgcttatgatactatcttaggaggtgaag 28730580  T
Q  817 gagcatcggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggccacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtgg 916  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28730579 gagcatcggaaggagcaggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggcgactgaagaaacctgctctgctcttgatgggcgtgg 28730480  T
Q  917 tggttgtgctgctgatgtcactactgcagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcga 1016  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28730479 tggctgtgctgctgatgtcactgctgcaacaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaggccaatgtttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgtga 28730380  T
Q  1017 tgcttcgatgatgatgaagattgtggttcagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttac 1099  Q
    || || ||| |||| |||||||| | || | |||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  28730379 tggtttgatcatgacgaagattgcgatttacttctttctctgctgaagtaaaactatatgaaatttgtagttaataagtttac 28730297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 987 - 1058
Target Start/End: Original strand, 33078483 - 33078557
Alignment:
Q  987 attgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttc---gatgatgatgaagattgtggttcagttctttctctg 1058  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||   ||||||||||||||| | |||| | |||||||||||    
T  33078483 attgaagatcaccatgggctgtgactgcgatgcttcaatgatgatgatgaagatcgcggtttacttctttctctg 33078557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 128; Significance: 1e-65; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 31529333 - 31529202
Alignment:
Q  17 acacatagttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgacttgcttttggcaccaagattgagactctcagtcccggccgttgcgtaaccgtcact 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31529333 acacatcgttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgacttgcttttggcaccaagattgagactctcagtcccggccgttgcgtaaccgtcact 31529234  T
Q  117 tccgagtcgattcatccgaacaacacttccgg 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31529233 tccgagtcgattcatccgaacaacacttccgg 31529202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 51801401 - 51801270
Alignment:
Q  17 acacatagttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgacttgcttttggcaccaagattgagactctcagtcccggccgttgcgtaaccgtcact 116  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  51801401 acacatcgttccagatatattcaccatcaaatacctccggcgacttgcttttggcaccaagatcgagactctcagtcccggccgttgcgtaatcgtcact 51801302  T
Q  117 tccgagtcgattcatccgaacaacacttccgg 148  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  51801301 tccgattcgattcatccgaacaacacttccgg 51801270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 117; Significance: 5e-59; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 145
Target Start/End: Original strand, 34875887 - 34876015
Alignment:
Q  17 acacatagttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgacttgcttttggcaccaagattgagactctcagtcccggccgttgcgtaaccgtcact 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34875887 acacatcgttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgacttgcttttggcaccaagatcgagactctcagtcccggccgttgcgtaaccatcact 34875986  T
Q  117 tccgagtcgattcatccgaacaacacttc 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34875987 tccgagtcgattcatccgaacaacacttc 34876015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0082 (Bit Score: 46; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0082
Description:

Target: scaffold0082; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 171 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 34183 - 34038
Alignment:
Q  171 ggaggcgttgagattactcaaccggatctattcaacaacggaatggttgttgttcacggccttcaaggtttcgcctctaagctttctccgttttcttgcg 270  Q
    ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||  ||||  ||| |||||||||| |||||    
T  34183 ggaggggtggagatcacgcaacctgatctcttcaacaacggcatggtggttattcatggccttcaaggtttcatctctccgctctctccgttttattgcg 34084  T
Q  271 acgttgagagaatgagttctctctcctttccgtttcatcctgatca 316  Q
    |||| ||||| ||||  || ||||| || ||||| ||||| |||||    
T  34083 acgtggagaggatgacctcgctctcgttcccgttccatccagatca 34038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University