View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8261_low_1 (Length: 833)

Name: NF8261_low_1
Description: NF8261
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8261_low_1
NF8261_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-828)||(43408444-43409257)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 753; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 753; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 828
Target Start/End: Original strand, 43408444 - 43409257
Alignment:
Q  17 caatatggatctcttctagcacttccagtttttgagagaggaagtgggacatgccttggtgttattgagtttgttatctccaatcaaaccctcatcaatt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408444 caatatggatctcttctagcacttccagtttttgagagaggaagtgggacatgccttggtgttattgagtttgttatctccaatcaaaccctcatcaatt 43408543  T
Q  117 accgtccacaacttgatcatctctctaatgctcttgaggtatatatgtttgttacttcttcttgaaattaaattaacaaatgttagaaacatacatgaga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408544 accgtccacaacttgatcatctctctaatgctcttgaggtat----gtttgttacttcttcttgaaattaaattaacaaatgttagaaacatacatgaga 43408639  T
Q  217 ttgaatatggatccatcttttgctgatgcaggctgttgattttagaagtagtcacaacatgaatatcccacaagcagtaaaggtaa---gcaaacaatca 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  43408640 ttgaatatggatccatcttttgctgatgcaggctgttgattttagaagtagtcacaacatgaatatcccacaagcagtaaaggtaattagcaaacaatca 43408739  T
Q  314 ---tcagatcatagtactggatttgattaaatcaacaaaaactaaataaaattgtttctaaaaatgatatgataatgaataattaggtatttgaagagct 410  Q
       |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408740 tcatcagatcatagtactggatttgattagatcaacaaaaactatataaaattgtttctaaaaatgatatgataatgaataattaggtatttgaagagct 43408839  T
Q  411 atatgaagcagccgtgaacgagataatggaagtgttggcttcagtgtgcaagacgcacaatttaccattagcactaacatgggctccttgcctacaacaa 510  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408840 atatgaagcagcggtgaacgagataatggaagtgttggcgtcagtgtgcaagacgcacaatttaccattagcactaacatgggctccttgcctacaacaa 43408939  T
Q  511 caacaaggaggaggaaagggaagtagtggtgcatcaggttgtggtgtttcaactatgagttgctgcatatcaacggttgattcagcttgttatgttggtg 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408940 caacaaggaggaggaaagggaagtagtggtgcatcaggttgtggtgtttcaactatgagttgctgcatatcaacggttgattcagcttgttatgttggtg 43409039  T
Q  611 acatggatgtattgggattccaagaagcgtgcagtgagtatcacctttttaatggacaaggaatagtaggaacagccttcacaacaaccaaaccttgttt 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409040 acatggatgtattgggattccaagaagcgtgcagtgagtatcacctttttaatggacaaggaatagtaggaacagccttcacaacaaccaaaccttgttt 43409139  T
Q  711 tgctattgatattactgccttcagcaaatctgaatatccacttgctcaccatgccaacatgtttggcttacacgctgctgttgccattccattgaggagt 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409140 tgctattgatattactgccttcagcaaatctgaatatccacttgctcaccatgccaacatgtttggcttacacgctgctgttgccattccattgaggagt 43409239  T
Q  811 gtctacacaggttctgct 828  Q
    |||||||| |||||||||    
T  43409240 gtctacactggttctgct 43409257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University